genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81977344--81977387	22	2.0	22	82	8	54	40	2	2	54	1.25
81978864--81978898	3	12.0	3	93	6	63	34	0	0	65	0.93
81979398--81979434	17	2.2	17	100	0	74	32	5	5	56	1.45
81991937--81992012	38	2.0	38	89	5	118	46	9	22	22	1.80
81998916--81998949	15	2.3	15	95	5	61	47	20	17	14	1.83
82014156--82014184	14	2.1	14	93	6	51	48	31	0	20	1.50
82018262--82018310	19	2.6	18	83	6	53	28	4	4	63	1.31
82018564--82018717	34	4.5	34	88	0	200	31	16	18	33	1.93
82018559--82018717	68	2.3	68	88	2	221	31	16	18	33	1.93
82020593--82020673	15	5.4	15	68	11	58	9	34	29	25	1.88
82020588--82020680	30	3.1	30	95	0	159	11	34	29	24	1.91
82049117--82049159	23	1.9	22	90	4	68	58	9	9	23	1.58
82059348--82059454	26	4.2	26	90	2	171	33	7	22	36	1.82
82059348--82059454	51	2.1	52	92	1	180	33	7	22	36	1.82
82061069--82061209	27	5.2	27	80	11	164	18	24	21	34	1.96
82061066--82061209	54	2.7	54	92	2	227	18	25	22	34	1.96
82067440--82067547	26	4.2	26	92	0	180	33	7	23	36	1.83
82069167--82069307	27	5.2	27	81	11	173	17	24	22	34	1.96
82069164--82069307	54	2.7	54	93	2	236	17	25	22	34	1.96
82069167--82069325	81	2.0	79	81	10	189	19	25	20	34	1.96
82071781--82071835	29	1.9	28	96	3	101	32	29	21	16	1.95
82072451--82072491	21	2.0	20	95	4	73	48	24	0	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82081661--82081694	13	2.8	12	91	8	59	14	2	0	82	0.79
82081661--82081700	19	2.2	18	95	4	71	12	5	0	82	0.82
82081661--82081694	6	5.5	6	93	6	59	14	2	0	82	0.79
82081661--82081700	13	3.2	13	85	3	55	12	5	0	82	0.82
82082753--82082778	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
82083114--82083169	29	1.9	29	88	0	85	32	26	12	28	1.93
82089717--82089753	17	2.1	18	95	5	67	29	0	0	70	0.88
82095334--82095400	32	2.1	32	97	0	125	23	8	8	58	1.57
82098350--82098401	18	2.8	19	79	5	61	42	9	13	34	1.77
82099155--82099180	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
82104587--82104633	18	2.8	16	81	12	58	55	2	0	42	1.12
82110083--82110113	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
82110284--82110335	26	2.0	26	88	3	79	50	0	0	50	1.00
82110297--82110352	26	2.2	25	81	6	67	57	0	0	42	0.99
82110298--82110437	61	2.4	57	82	8	156	51	5	0	43	1.23
82110443--82110485	21	2.0	21	86	9	59	62	2	0	34	1.08
82113853--82113911	27	2.2	27	93	0	100	47	6	13	32	1.69
82125715--82125743	15	1.9	15	100	0	58	20	0	13	65	1.26
82128719--82128889	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
82128723--82128894	46	3.7	46	79	13	208	21	22	28	27	1.99
82131660--82131718	18	3.1	19	87	7	84	66	3	0	30	1.08
82144710--82145001	48	6.1	48	87	3	403	27	31	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82144710--82145001	96	3.1	95	91	4	455	27	31	15	26	1.96
82149538--82149656	59	2.0	59	96	0	220	24	31	11	31	1.91
82152525--82152694	46	3.7	46	77	7	182	28	28	21	21	1.99
82152524--82152698	93	1.9	93	90	0	278	28	29	20	21	1.98
82152570--82152711	46	3.1	46	72	18	132	29	29	19	21	1.98
82155082--82155158	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
82155072--82155158	29	3.0	29	80	9	97	56	16	17	10	1.67
82158085--82158255	92	1.9	92	91	0	279	28	30	20	21	1.98
82158075--82158249	46	3.8	46	77	11	178	29	29	20	20	1.98
82158128--82158268	46	3.1	46	70	20	123	29	29	19	21	1.98
82159983--82160016	17	1.9	18	88	5	52	11	35	32	20	1.89
82166125--82166302	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
82166126--82166281	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
82166122--82166302	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
82174119--82174296	27	6.6	27	82	5	198	26	15	28	29	1.96
82174120--82174275	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
82174116--82174296	82	2.2	81	83	2	229	27	15	28	29	1.96
82178506--82178540	16	2.1	16	89	5	52	25	2	11	60	1.45
82178599--82178629	15	2.1	15	93	0	53	32	25	3	38	1.72
82186825--82186861	17	2.2	17	95	0	65	37	8	21	32	1.83
82188977--82189037	27	2.2	28	86	11	83	32	21	11	34	1.89
82191814--82191838	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82192045--82192088	17	2.5	17	85	3	61	31	0	0	68	0.90
82192052--82192090	16	2.4	17	83	12	55	35	0	0	64	0.94
82195797--82195890	31	3.0	31	84	1	116	26	1	17	55	1.49
82195848--82195906	22	2.7	22	84	5	75	27	0	22	50	1.49
82216495--82216532	19	2.0	19	100	0	76	42	5	0	52	1.24
82219512--82219548	18	2.1	18	100	0	74	32	21	24	21	1.98
82221133--82221183	25	2.0	26	88	3	77	47	0	1	50	1.12
82221325--82221499	85	2.1	85	96	0	323	37	14	12	36	1.84
82222023--82222052	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
82222236--82222270	12	2.9	12	91	0	52	28	0	0	71	0.86
82224794--82224833	21	1.9	22	85	10	57	45	0	5	50	1.23
82226756--82226800	5	8.6	5	82	7	54	73	2	20	4	1.11
82227516--82227568	5	10.6	5	100	0	106	39	0	0	60	0.97
82232575--82232637	30	2.1	30	100	0	126	39	12	20	26	1.89
82234406--82234460	13	4.2	13	81	11	60	74	3	0	21	0.97
82237832--82237860	13	2.2	13	100	0	58	0	13	0	86	0.58
82245053--82245092	13	3.3	13	76	20	50	72	5	0	22	1.04
82246255--82246452	106	1.9	105	82	5	247	15	26	25	33	1.95
82247569--82249216	549	3.0	546	92	1	2709	24	20	18	36	1.95
82261610--82261661	6	8.3	6	83	8	59	75	3	0	21	0.97
82261615--82261661	24	2.0	24	86	0	67	74	4	0	21	0.99
82261681--82261739	9	6.6	9	76	7	57	25	8	23	42	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82261690--82261740	18	2.8	18	78	0	66	25	7	23	43	1.81
82274956--82275001	24	1.9	24	86	8	67	41	6	6	45	1.56
82276878--82277307	131	3.3	130	80	3	445	30	15	13	40	1.86
82286213--82286252	14	2.9	14	88	0	53	32	10	22	35	1.87
82289449--82289523	21	3.0	26	80	14	72	49	0	5	45	1.25
82289489--82289527	21	2.0	19	85	14	53	53	0	0	46	1.00
82294163--82294239	38	2.0	38	94	0	136	31	16	14	37	1.89
82307641--82307687	22	2.0	24	84	8	62	34	2	10	53	1.48
82307673--82307725	27	2.0	27	82	7	65	45	9	5	39	1.60
82320089--82320268	89	2.0	89	97	0	342	49	6	6	37	1.54
82324133--82324299	43	3.9	43	77	8	171	28	13	25	32	1.94
82330556--82330697	74	1.9	74	95	0	257	23	9	28	37	1.87
82336723--82336803	40	2.0	40	92	0	135	34	13	8	43	1.75
82337528--82337572	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
82350283--82350821	137	3.9	137	89	0	774	28	22	17	31	1.96
82350775--82351044	133	2.0	133	87	0	387	27	25	19	27	1.99
82365592--82365717	46	2.7	46	90	0	189	23	20	24	31	1.98
82365942--82365979	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
82373135--82373304	93	1.8	92	92	1	286	21	20	28	28	1.98
82373139--82373309	46	3.7	46	79	11	197	22	20	28	29	1.98
82373349--82373448	52	1.9	51	93	2	173	26	19	19	36	1.95
82373585--82373622	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82379505--82379534	15	2.1	15	93	6	53	53	6	0	40	1.27
82381352--82381385	15	2.3	15	90	5	52	32	0	0	67	0.91
82389636--82389760	23	5.3	23	80	10	130	32	19	20	27	1.97
82389655--82389761	44	2.4	44	82	9	126	33	18	20	27	1.96
82389657--82389759	24	4.5	22	78	12	93	33	19	21	25	1.97
82396922--82396975	9	5.6	9	78	21	56	53	18	3	24	1.60
82400228--82400343	42	2.8	42	81	2	126	26	13	26	32	1.94
82403653--82403820	51	3.3	51	91	0	273	26	22	16	34	1.95
82408641--82408678	11	3.2	12	78	14	51	26	7	0	65	1.19
82409762--82409815	9	6.6	9	78	18	64	57	18	0	24	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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