genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76071555--76071739	40	4.7	40	82	6	216	25	27	22	24	2.00
76071555--76071737	79	2.3	81	81	8	214	25	27	21	25	1.99
76074496--76074759	134	2.0	135	79	5	293	28	18	18	34	1.95
76081194--76081369	46	3.8	46	80	4	210	28	30	19	21	1.98
76081202--76081373	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
76081245--76081388	46	3.1	46	73	14	143	29	29	20	21	1.98
76087894--76087927	15	2.3	15	89	0	50	44	41	2	11	1.56
76088520--76088557	20	1.9	20	88	0	58	34	34	2	28	1.71
76088674--76088764	42	2.1	42	83	2	110	31	25	12	30	1.92
76088644--76088764	43	2.9	43	81	2	138	29	24	14	30	1.95
76095762--76095838	27	3.1	27	60	21	67	14	22	29	33	1.93
76095756--76095926	48	3.6	48	90	0	261	17	21	29	31	1.96
76098281--76098326	22	2.1	22	95	0	83	30	6	17	45	1.73
76099774--76099917	40	3.5	40	85	1	198	44	26	15	13	1.84
76099774--76099921	41	3.6	41	85	3	210	43	27	15	14	1.85
76125137--76125390	46	5.5	46	79	8	243	22	29	20	27	1.98
76125137--76125390	94	2.8	92	83	3	298	22	29	20	27	1.98
76125132--76125390	140	1.9	135	84	7	342	22	29	20	27	1.98
76128117--76128169	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
76134458--76134618	27	6.0	27	76	7	157	35	19	12	32	1.89
76134458--76134616	54	2.9	54	84	5	180	35	18	12	32	1.89
76134463--76134646	81	2.3	81	80	5	185	36	19	13	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76134597--76134742	27	5.4	27	80	4	150	37	18	17	26	1.93
76134892--76134977	27	3.2	27	75	6	77	22	24	19	33	1.97
76135127--76135184	28	2.1	27	83	3	71	20	18	25	34	1.96
76139163--76139364	27	7.5	27	82	5	203	37	16	11	35	1.84
76139160--76139364	54	3.8	53	80	6	225	36	17	11	35	1.85
76139165--76139364	81	2.5	81	80	3	249	37	16	11	35	1.84
76139358--76139501	27	5.4	27	83	0	173	35	18	19	27	1.95
76139637--76139721	27	3.2	26	81	4	100	21	21	21	36	1.95
76139910--76140005	33	2.9	33	85	0	129	23	18	27	30	1.98
76144793--76144993	63	3.1	62	67	15	158	50	5	3	39	1.44
76144759--76145008	127	2.0	127	93	1	430	51	5	3	39	1.43
76144814--76145009	64	3.1	63	69	14	177	50	5	3	41	1.42
76145711--76145848	44	3.2	43	81	9	149	31	23	18	26	1.98
76152969--76153023	29	1.9	29	82	17	71	32	21	9	36	1.85
76152965--76153025	27	2.2	27	78	21	65	32	21	8	37	1.83
76154012--76154048	17	2.2	17	100	0	74	32	35	18	13	1.90
76158375--76158405	15	2.1	15	100	0	62	35	25	12	25	1.92
76171382--76171439	18	3.2	18	73	9	55	29	25	15	29	1.96
76171552--76171604	24	2.2	24	86	6	72	28	11	7	52	1.64
76172556--76172601	20	2.3	20	78	14	51	45	2	15	36	1.58
76172661--76172699	20	2.0	20	89	0	60	51	2	10	35	1.50
76173243--76173391	56	2.6	58	78	16	168	30	18	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76180275--76180321	20	2.3	21	82	10	62	42	2	19	36	1.63
76180969--76181999	517	2.0	517	90	1	1611	32	13	20	33	1.92
76187203--76187249	24	2.0	24	87	8	69	38	4	8	48	1.53
76193169--76193343	48	3.7	47	85	1	224	22	32	18	26	1.97
76205944--76205984	12	3.5	12	80	6	57	39	0	4	56	1.21
76205941--76205984	23	1.9	23	100	0	88	43	0	4	52	1.22
76210735--76210774	6	6.5	6	91	2	53	15	22	30	32	1.94
76212573--76212749	35	5.1	35	78	6	198	32	22	14	29	1.94
76220284--76220555	40	6.8	40	92	1	445	26	21	29	22	1.99
76220276--76220555	122	2.3	122	92	1	458	26	21	28	23	1.99
76226975--76227147	35	5.0	35	77	4	170	34	21	13	30	1.93
76226975--76227150	69	2.5	70	79	2	212	34	22	13	30	1.92
76236982--76237007	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
76243674--76243700	8	3.4	8	100	0	54	33	11	0	55	1.35
76244398--76244439	17	2.4	18	76	7	52	35	0	4	59	1.19
76244420--76244473	10	5.4	10	78	6	56	27	0	5	66	1.13
76244516--76244541	10	2.6	10	100	0	52	53	0	7	38	1.30
76245285--76245394	27	3.8	28	69	20	68	61	4	3	30	1.33
76245640--76245699	28	2.1	28	84	6	77	33	5	1	60	1.29
76246732--76246757	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
76247466--76247511	19	2.2	20	85	14	67	45	17	10	26	1.81
76254831--76254897	24	2.8	24	93	2	107	14	22	19	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76265117--76265182	29	2.2	31	81	8	73	45	0	7	46	1.31
76265301--76265341	4	9.8	4	84	10	55	48	2	0	48	1.14
76268204--76268335	69	1.9	70	92	1	221	32	12	17	37	1.87
76269091--76269354	118	2.2	118	83	2	352	21	23	26	28	1.99
76269093--76269356	39	6.7	39	88	0	348	21	23	27	28	1.99
76270074--76270137	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
76270331--76270518	23	8.0	24	88	5	251	26	21	22	29	1.99
76270330--76270519	47	4.0	47	85	6	242	25	21	22	30	1.99
76270569--76270607	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
76270570--76270614	20	2.2	20	92	0	72	31	22	13	33	1.92
76274209--76274407	68	3.0	66	71	23	184	40	3	6	49	1.44
76274966--76274995	15	2.0	15	93	0	51	26	30	0	43	1.55
76275413--76275506	49	1.9	49	93	0	161	31	18	15	34	1.92
76284096--76284134	20	2.0	20	84	0	51	41	7	17	33	1.79
76286676--76286726	23	2.2	23	96	0	93	31	15	9	43	1.80
76287372--76287535	42	3.7	42	84	8	168	28	25	15	31	1.95
76287457--76287625	47	3.6	46	84	6	187	29	26	15	28	1.96
76287416--76287625	95	2.3	94	81	9	220	29	26	15	29	1.96
76287647--76287826	31	5.8	30	90	3	243	25	27	20	26	1.99
76287647--76287826	62	2.9	61	90	3	279	25	27	20	26	1.99
76287647--76287826	93	1.9	93	90	2	290	25	27	20	26	1.99
76287802--76287978	50	3.5	50	92	0	291	25	22	16	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76299649--76299714	21	3.1	21	82	6	71	39	3	0	57	1.14
76326762--76326866	47	2.2	47	89	0	156	33	28	13	24	1.93
76329411--76329460	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
76329422--76329469	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
76333008--76333197	47	3.9	46	80	7	166	30	29	15	24	1.95
76340233--76340328	48	2.0	48	100	0	192	31	18	18	31	1.95
76341298--76341322	10	2.5	10	100	0	50	52	16	0	32	1.44
76343602--76343632	15	2.1	15	100	0	62	22	6	6	64	1.40
76347309--76347458	47	2.9	53	73	13	150	28	14	24	32	1.94
76347365--76347538	47	3.7	47	86	4	161	28	16	25	29	1.96
76347416--76347564	49	3.3	43	79	13	131	29	14	27	28	1.95
76347416--76347546	49	2.7	48	89	4	192	28	15	27	29	1.96
76348713--76348757	19	2.3	20	88	7	67	26	24	6	42	1.79
76356842--76357030	89	2.1	88	85	2	245	32	15	19	32	1.94
76356842--76357148	44	7.0	43	76	7	197	32	14	20	32	1.92
76357953--76358015	32	2.1	28	85	11	81	68	9	14	7	1.39
76358853--76358877	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
76362806--76362851	23	2.0	23	100	0	92	39	8	13	39	1.75
76367047--76367091	20	2.2	20	88	0	63	28	31	15	24	1.96
76367064--76367104	21	2.0	20	85	4	55	34	29	9	26	1.88
76372616--76372665	24	2.1	24	96	0	91	44	8	16	32	1.76
76381396--76381462	34	2.0	34	96	0	125	14	23	32	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76391339--76391394	29	1.9	29	88	0	85	46	17	7	28	1.75
76401358--76401445	27	3.3	27	75	13	83	53	2	1	43	1.20
76403867--76404042	46	3.8	46	78	10	196	21	20	28	28	1.98
76403863--76404035	93	1.9	93	93	0	301	21	20	29	27	1.98
76406144--76406360	46	4.6	47	75	12	162	23	29	17	29	1.97
76410292--76410336	21	2.1	21	87	0	63	11	26	28	33	1.91
76411837--76411894	30	2.0	28	90	6	89	41	1	6	50	1.39
76413194--76413344	39	3.9	39	81	2	187	39	10	13	36	1.79
76413207--76413270	18	3.4	18	69	12	56	43	4	12	39	1.63
76413194--76413351	78	2.0	78	86	2	219	40	10	12	36	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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