genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84753611--84754063	143	3.2	143	94	1	788	32	8	29	29	1.87
84759010--84759106	23	4.3	23	80	6	99	23	20	20	35	1.96
84759010--84759117	23	4.7	23	78	5	94	25	19	21	33	1.97
84761423--84761549	43	3.0	42	76	11	150	28	21	14	36	1.92
84784917--84784970	18	3.0	18	91	0	81	24	20	9	46	1.79
84795638--84795667	9	3.3	9	100	0	60	23	0	56	20	1.42
84803377--84803406	7	4.3	7	95	0	51	33	0	53	13	1.40
84805345--84805728	50	7.7	50	79	6	391	27	17	24	30	1.98
84805345--84805728	101	3.8	100	79	8	341	27	17	24	30	1.98
84805345--84805739	151	2.6	151	89	1	596	27	18	24	30	1.98
84805943--84805972	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
84809732--84809801	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
84809677--84809828	55	2.8	53	81	4	178	28	16	28	26	1.97
84809678--84809833	27	5.7	27	78	6	145	27	16	28	27	1.97
84816840--84816909	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
84816785--84816936	55	2.8	53	81	4	178	28	16	28	26	1.97
84816786--84816941	27	5.7	27	78	6	145	27	16	28	27	1.97
84820633--84821026	50	7.9	50	77	7	368	26	16	26	30	1.97
84820633--84821020	151	2.6	152	88	1	575	26	16	26	30	1.97
84821231--84821260	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
84824396--84824503	43	2.5	42	80	5	128	25	25	15	32	1.96
84829403--84829436	16	2.0	17	88	11	52	76	5	17	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84833702--84833727	12	2.2	12	100	0	52	61	15	0	23	1.33
84836915--84837033	40	3.0	40	76	7	109	31	24	20	23	1.98
84841856--84842023	46	3.6	45	81	12	207	29	27	20	22	1.98
84841856--84842027	93	1.8	93	93	0	299	29	27	20	22	1.98
84847603--84847800	38	5.2	38	77	2	175	14	21	29	34	1.93
84847770--84847847	41	1.9	41	91	0	129	20	23	24	32	1.98
84852827--84852891	32	2.0	32	100	0	130	27	9	24	38	1.86
84856054--84856087	10	3.4	10	87	0	50	52	14	2	29	1.56
84860371--84860520	43	3.5	43	82	8	198	29	15	22	32	1.95
84865774--84865867	43	2.2	43	83	5	118	25	13	24	36	1.93
84865788--84865881	43	2.2	43	86	3	127	26	14	22	36	1.93
84868562--84868658	49	2.0	49	97	0	185	25	26	25	21	2.00
84874272--84874417	43	3.4	43	79	7	161	26	21	26	26	1.99
84876890--84877068	47	3.8	47	91	2	295	32	8	29	29	1.87
84876890--84877068	96	1.9	94	97	2	340	32	8	29	29	1.87
84880390--84880607	40	5.5	40	90	2	316	24	27	23	24	2.00
84881954--84881994	19	2.1	20	86	4	57	51	7	12	29	1.66
84882317--84882412	46	2.1	46	94	1	167	29	31	20	18	1.97
84886026--84886341	158	2.0	158	97	0	596	43	17	10	29	1.81
84889562--84889647	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
84896989--84897117	46	2.8	46	93	0	213	29	28	21	20	1.98
84896997--84897136	46	3.0	45	87	4	131	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84901015--84901236	48	4.7	47	83	5	218	31	17	26	25	1.97
84902588--84902767	40	4.6	39	86	5	238	25	26	23	23	2.00
84905986--84906039	7	7.9	7	76	12	58	1	14	1	81	0.86
84905986--84906037	13	3.9	13	80	9	61	1	13	1	82	0.84
84905986--84906049	15	4.6	14	75	12	60	1	15	1	81	0.85
84908088--84909051	210	4.6	210	93	0	1635	30	21	18	29	1.97
84914196--84914355	46	3.5	46	91	0	230	25	29	7	38	1.83
84914339--84914458	47	2.6	47	91	1	197	25	30	11	31	1.91
84914357--84914431	22	3.3	22	64	29	57	24	30	14	30	1.95
84925474--84925595	12	10.5	12	68	19	80	63	1	4	31	1.23
84925503--84925594	16	5.9	15	74	12	53	64	1	4	30	1.20
84925547--84925594	17	2.8	17	78	15	55	68	0	4	27	1.07
84925489--84925609	31	4.0	30	78	13	97	62	2	4	30	1.27
84925565--84925622	17	3.6	17	71	19	54	63	3	3	29	1.27
84930653--84930699	17	2.8	17	83	0	58	14	2	6	76	1.08
84931038--84931071	16	2.1	16	94	0	59	76	0	2	20	0.92
84936715--84936752	17	2.2	18	85	4	51	42	0	13	44	1.43
84936728--84936767	20	2.0	21	90	5	64	45	0	12	42	1.42
84939340--84939364	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
84939353--84939453	50	2.0	50	84	3	132	19	36	25	17	1.94
84939532--84939602	24	3.0	24	95	0	124	26	47	19	5	1.71
84939525--84939602	12	6.5	12	74	0	66	26	46	20	6	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84951538--84951575	19	2.0	20	90	10	62	13	26	42	18	1.87
84958125--84958180	24	2.3	24	81	0	67	44	3	39	12	1.60
84962540--84962599	31	2.0	31	83	3	77	33	5	26	35	1.78
84963237--84963409	49	3.6	49	76	9	167	27	21	27	23	1.99
84965822--84965869	25	2.0	25	84	8	64	68	0	2	29	1.01
84972678--84972715	19	2.0	19	100	0	76	26	0	21	52	1.47
84975236--84975269	16	2.1	16	94	0	59	38	8	20	32	1.84
84984626--84984746	46	2.6	47	84	3	156	22	28	19	30	1.98
85004199--85004373	46	3.7	46	82	3	181	23	27	19	29	1.98
85006198--85006333	39	3.5	38	87	6	175	38	22	24	14	1.92
85008269--85008447	46	3.9	46	80	10	211	20	21	30	28	1.98
85008268--85008440	93	1.9	93	92	0	292	20	21	30	27	1.98
85018084--85018109	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
85046063--85046103	19	2.0	20	90	9	66	78	0	17	4	0.93
85053135--85053199	34	1.9	33	84	9	87	24	26	24	24	2.00
85055757--85056015	43	6.1	43	84	5	301	29	24	20	25	1.99
85056312--85056357	21	2.2	21	96	0	83	0	56	17	26	1.41
85056914--85056951	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
85062486--85062525	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
85064586--85064837	133	1.9	133	97	0	477	51	18	10	19	1.75
85068214--85068264	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
85068253--85068284	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85069111--85069150	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
85069308--85069691	41	9.4	41	89	3	569	18	22	23	34	1.96
85069308--85069691	122	3.1	122	90	3	601	18	22	23	34	1.96
85076200--85076404	40	5.2	40	91	4	335	27	25	22	24	2.00
85076200--85076416	79	2.7	80	92	3	359	27	25	22	24	2.00
85077825--85077852	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
85078770--85078802	15	2.2	15	100	0	66	60	12	21	6	1.53
85079071--85079200	43	3.0	43	74	9	122	26	17	24	30	1.97
85079090--85079192	42	2.4	42	79	4	109	28	19	24	28	1.98
85093569--85093720	38	3.9	39	78	5	130	23	21	25	29	1.99
85093605--85093717	38	2.9	38	82	2	136	23	21	23	31	1.98
85104300--85104405	42	2.4	43	77	10	99	30	21	17	30	1.97
85106566--85106881	48	6.6	48	83	2	307	29	19	28	22	1.98
85106564--85106881	144	2.2	144	80	5	356	29	19	28	22	1.98
85107283--85107374	46	2.0	46	91	0	148	27	22	33	16	1.95
85109971--85110158	49	3.8	49	80	2	232	25	19	25	29	1.99
85109966--85110164	100	2.0	100	92	0	335	24	20	25	29	1.99
85112880--85112918	15	2.5	15	91	4	60	20	15	5	58	1.55
85115204--85115450	49	5.0	50	79	4	257	25	18	27	27	1.98
85115207--85115436	100	2.3	98	84	2	289	25	18	26	28	1.98
85122763--85123196	47	9.1	47	93	3	708	31	8	30	29	1.87
85123315--85123393	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85125258--85125339	43	1.9	43	100	0	164	23	14	35	26	1.93
85125312--85125366	27	2.0	27	100	0	110	21	14	38	25	1.92
85125269--85125409	70	2.0	70	100	0	282	22	14	36	26	1.93
85125339--85125430	43	2.1	43	100	0	184	21	15	36	26	1.93
85125412--85125485	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
85125794--85125933	38	3.6	39	80	8	144	25	23	27	22	2.00
85125911--85126062	39	3.9	40	81	4	166	23	21	30	25	1.99
85128801--85128879	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
85128785--85129074	47	6.1	47	88	4	429	32	9	30	28	1.88
85128785--85129074	96	3.0	96	93	1	467	32	9	30	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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