genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82410701--82410742	5	9.0	5	80	15	54	35	2	0	61	1.09
82410701--82410742	14	3.0	14	89	6	59	35	2	0	61	1.09
82410702--82410729	9	3.1	9	100	0	56	35	0	0	64	0.94
82410707--82410747	14	3.0	14	89	3	57	31	4	0	63	1.15
82417174--82417211	19	2.0	19	100	0	76	36	15	10	36	1.82
82421615--82421736	59	2.1	59	93	0	208	48	0	13	36	1.49
82421621--82421750	59	2.2	59	88	2	190	49	1	12	36	1.50
82421766--82421798	14	2.3	15	89	5	50	78	0	12	9	0.95
82425635--82425687	27	2.0	27	96	0	97	30	3	9	56	1.49
82426119--82426263	73	2.0	73	98	0	281	53	7	4	34	1.48
82438565--82438638	14	5.1	14	72	4	67	24	20	29	25	1.99
82438560--82438638	29	2.8	28	84	5	104	26	18	27	26	1.98
82444521--82444582	32	1.9	32	100	0	124	22	11	6	59	1.54
82445474--82445643	41	4.2	40	90	2	241	34	22	22	20	1.96
82445474--82445643	81	2.1	81	87	2	243	34	22	22	20	1.96
82445648--82445779	54	2.6	48	75	15	133	50	31	0	18	1.47
82445713--82445747	17	2.1	17	88	0	52	54	28	0	17	1.43
82446802--82446831	14	2.1	14	93	0	51	43	40	3	13	1.60
82446899--82446942	14	3.1	14	93	0	79	25	36	0	38	1.56
82447231--82447261	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
82449068--82449114	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
82454808--82454905	43	2.3	43	85	0	133	22	15	31	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82457815--82458006	86	2.2	85	85	6	246	34	11	8	44	1.71
82458049--82458183	66	2.0	66	86	0	189	31	11	12	44	1.79
82458136--82458308	77	2.2	77	81	5	193	28	10	11	48	1.73
82458177--82458339	77	2.1	77	81	4	186	30	9	12	47	1.73
82458414--82458444	13	2.4	13	94	0	53	22	9	22	45	1.81
82460468--82460833	84	4.4	83	79	6	348	32	11	9	45	1.73
82461003--82461100	51	1.9	51	93	0	169	26	28	11	33	1.91
82461978--82462209	28	8.4	28	76	10	167	23	14	6	55	1.63
82461938--82462209	56	4.9	55	76	10	218	24	14	6	54	1.64
82461936--82462168	82	2.8	80	77	11	231	24	16	5	53	1.64
82462498--82462569	34	2.1	34	86	0	99	33	13	12	40	1.83
82462689--82462826	45	3.0	45	78	5	145	25	19	13	42	1.87
82469307--82469348	22	1.9	22	90	0	66	16	9	26	47	1.77
82471329--82471379	19	2.6	19	81	15	59	58	1	27	11	1.44
82473930--82473972	21	2.0	22	81	9	52	72	6	2	18	1.19
82474281--82474353	20	3.7	19	77	14	76	64	0	5	30	1.16
82475892--82476569	90	7.5	90	91	0	1014	27	27	14	30	1.95
82475969--82476615	45	14.4	44	68	16	332	26	27	14	31	1.95
82488481--82488547	29	2.5	27	77	13	66	55	1	1	41	1.18
82488668--82488740	20	3.7	19	77	14	76	64	0	5	30	1.16
82490655--82490724	13	5.5	13	80	10	72	27	10	27	35	1.88
82490657--82490732	38	2.0	39	89	2	118	27	9	28	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82492466--82492535	27	2.6	27	100	0	140	30	27	0	42	1.56
82499209--82499264	3	18.7	3	96	0	103	0	33	0	66	0.92
82507683--82507725	21	2.0	22	86	4	61	51	4	2	41	1.35
82510643--82510672	16	1.9	15	93	6	51	46	3	6	43	1.46
82512245--82512276	17	1.9	17	93	6	57	62	12	6	18	1.50
82512649--82512697	24	2.0	24	88	7	73	73	6	4	16	1.19
82512956--82512989	16	2.2	15	89	5	50	67	2	0	29	1.05
82517615--82517692	30	2.6	30	87	0	111	14	32	23	30	1.94
82524909--82524937	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
82525938--82525972	6	6.0	6	90	3	54	80	0	2	17	0.84
82529702--82529737	15	2.4	15	100	0	72	36	0	13	50	1.43
82530298--82530338	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
82532419--82532504	41	2.1	40	82	2	100	65	10	3	20	1.38
82533441--82533479	16	2.4	16	100	0	78	28	20	0	51	1.48
82533651--82533814	47	3.6	44	83	9	186	23	31	20	25	1.98
82535076--82535796	359	2.0	359	98	0	1388	27	24	18	30	1.98
82541294--82541470	96	1.8	97	84	7	243	22	29	18	28	1.97
82542899--82542933	16	2.3	15	90	5	52	62	0	8	28	1.24
82545223--82545298	37	2.1	37	87	0	107	26	10	15	47	1.78
82545982--82546027	16	2.6	18	76	16	51	50	0	10	39	1.38
82546570--82546621	27	1.9	27	88	0	77	38	0	38	23	1.55
82546670--82546704	9	3.9	9	88	0	52	31	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82548830--82548864	15	2.3	15	90	0	52	2	14	0	82	0.77
82554585--82554636	23	2.2	23	86	3	68	40	21	9	28	1.84
82558211--82558236	13	2.0	13	100	0	52	15	0	38	46	1.46
82558331--82558391	28	2.2	27	88	2	86	18	6	31	44	1.75
82559127--82559159	17	1.9	17	88	11	50	63	0	0	36	0.95
82559135--82559172	12	3.0	12	85	14	58	71	0	0	28	0.87
82564276--82564314	16	2.5	15	80	12	51	66	5	2	25	1.25
82564479--82564516	20	1.9	20	100	0	76	36	15	10	36	1.82
82565641--82565679	20	1.9	21	84	5	53	56	5	5	33	1.43
82567347--82567385	20	2.0	20	90	10	62	43	5	2	48	1.38
82570021--82570104	23	3.7	23	77	0	78	33	21	19	26	1.97
82576684--82576743	24	2.5	24	89	2	95	35	1	1	61	1.16
82576692--82576967	26	10.6	26	71	14	149	28	5	5	60	1.40
82578888--82578931	19	2.3	19	84	7	54	22	20	11	45	1.83
82578895--82578939	19	2.3	20	84	3	56	28	17	8	44	1.79
82583210--82583441	45	5.2	44	77	5	212	34	17	19	28	1.95
82583480--82583532	24	2.2	24	83	6	63	37	16	13	32	1.88
82583386--82583616	120	1.9	120	90	0	363	35	16	19	28	1.93
82583506--82583920	141	2.9	141	86	4	536	32	16	20	29	1.95
82583503--82583830	45	7.0	45	72	13	200	33	15	21	29	1.94
82585522--82585573	24	2.2	23	93	3	86	34	1	0	63	1.06
82585681--82585807	26	4.9	26	78	5	132	30	3	6	59	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82585619--82585807	50	3.7	50	75	9	159	29	5	5	59	1.43
82591840--82591867	11	2.5	11	100	0	56	67	0	25	7	1.15
82592946--82593068	60	2.0	60	96	0	228	34	10	27	27	1.90
82594741--82594797	20	3.2	19	69	27	52	29	29	1	38	1.67
82594717--82594797	34	2.4	34	85	0	99	27	28	3	40	1.73
82597832--82597941	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
82599563--82599702	27	5.2	27	85	2	165	17	22	22	36	1.95
82599563--82599702	54	2.6	55	87	2	185	17	22	22	36	1.95
82603335--82603525	95	2.0	95	86	2	269	38	8	17	35	1.80
82604276--82604315	21	1.9	21	94	0	71	42	0	55	2	1.13
82604279--82604316	12	3.2	12	88	0	58	44	0	52	2	1.14
82606435--82606527	47	2.0	47	95	0	168	26	5	9	58	1.52
82609759--82609811	26	2.0	26	100	0	106	49	7	7	35	1.60
82611494--82611534	21	2.0	21	85	0	55	36	21	2	39	1.67
82613818--82613880	27	2.4	26	74	10	65	44	0	3	52	1.17
82613818--82613898	27	3.0	27	70	26	64	43	1	3	51	1.27
82615741--82615923	49	3.8	49	78	2	163	25	27	19	27	1.98
82615981--82616104	46	2.7	44	82	9	144	23	28	18	29	1.98
82620869--82620902	17	2.0	17	88	0	50	38	5	11	44	1.65
82621697--82621776	31	2.6	31	91	0	124	27	22	18	31	1.97
82621996--82622089	25	3.8	25	90	1	145	26	22	25	25	2.00
82622543--82622582	20	2.0	21	90	5	64	22	27	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82622992--82623324	27	12.3	27	77	5	233	30	8	21	40	1.83
82623103--82623310	80	2.6	81	84	3	242	28	8	22	41	1.82
82623186--82623334	80	1.9	80	80	2	174	30	7	21	40	1.80
82623276--82623431	54	2.9	54	85	0	179	39	9	20	30	1.85
82623302--82623431	27	4.9	27	86	0	163	40	10	20	28	1.85
82623303--82623458	27	5.8	27	81	2	145	37	10	22	30	1.87
82624825--82624852	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
82625144--82625182	17	2.3	17	86	8	53	23	2	5	69	1.21
82629836--82630020	94	2.0	93	83	8	232	22	23	19	34	1.97
82634658--82635028	125	3.0	125	85	4	505	28	16	16	38	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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