genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26170109--26170239	6	21.3	6	69	16	81	48	13	18	19	1.81
26170118--26170239	37	3.5	37	79	13	157	48	13	18	19	1.81
26170132--26170239	31	3.3	31	78	14	126	47	13	18	20	1.82
26170743--26170990	27	9.2	27	83	5	74	40	7	22	29	1.80
26170743--26170990	54	4.6	54	87	0	334	40	7	22	29	1.80
26170743--26170990	81	3.1	81	88	0	361	40	7	22	29	1.80
26170967--26171135	53	3.2	52	77	9	171	29	9	21	39	1.85
26170967--26171135	54	3.2	53	80	6	171	29	9	21	39	1.85
26171011--26171135	27	4.7	27	76	12	105	29	9	22	38	1.86
26176776--26176827	20	2.6	20	81	0	59	34	9	9	46	1.69
26185954--26185981	14	2.0	14	100	0	56	35	0	64	0	0.94
26190149--26190435	27	11.0	24	72	17	96	2	44	6	46	1.41
26190138--26190342	51	3.9	51	68	22	138	2	46	5	44	1.40
26190222--26190270	15	3.3	15	76	21	57	0	53	8	38	1.31
26190164--26190315	81	1.9	81	87	5	227	1	47	5	45	1.35
26190240--26190450	51	4.0	54	83	10	274	1	43	4	49	1.34
26190138--26190361	81	2.8	77	75	16	185	2	46	5	45	1.41
26190321--26190519	81	2.5	81	81	11	214	1	42	6	49	1.37
26190188--26190450	108	2.5	106	83	12	342	1	44	5	48	1.36
26190351--26190435	24	3.4	24	72	15	91	1	43	5	49	1.34
26190242--26190450	108	2.0	107	92	4	343	1	43	4	49	1.34
26190432--26190486	24	2.3	24	78	12	60	1	36	9	52	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26200054--26200460	114	3.6	114	91	0	636	33	22	16	27	1.96
26204661--26204694	17	2.1	17	88	5	52	47	0	38	14	1.45
26205125--26205158	16	2.2	15	89	5	50	64	0	0	35	0.94
26205639--26205668	12	2.5	12	94	0	51	30	0	6	63	1.20
26205964--26206002	18	2.2	17	90	4	60	33	2	0	64	1.08
26207974--26208041	30	2.2	30	97	2	127	47	7	17	27	1.74
26214893--26214939	11	4.3	11	81	8	51	74	0	21	4	0.99
26223067--26223091	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
26224934--26224970	18	2.1	18	100	0	74	45	5	21	27	1.73
26237367--26237727	48	7.5	47	87	2	427	27	29	16	26	1.97
26237402--26237726	144	2.3	144	87	0	470	28	29	16	26	1.97
26247971--26248247	115	2.3	115	83	6	313	24	6	17	51	1.69
26247966--26248273	115	2.6	116	82	6	291	24	5	17	51	1.67
26260188--26260227	3	13.7	3	89	5	55	32	5	0	62	1.17
26260438--26260475	20	1.9	20	94	0	67	78	0	5	15	0.91
26273308--26273354	24	2.0	24	91	0	76	34	4	17	44	1.68
26273712--26273745	13	2.5	13	95	4	59	29	0	17	52	1.45
26275651--26275732	26	3.2	26	98	0	155	31	7	25	35	1.84
26276756--26276857	51	2.0	51	100	0	204	29	5	25	39	1.79
26277373--26277532	27	6.0	25	82	9	158	19	24	21	34	1.96
26277370--26277532	54	3.0	54	90	3	231	19	24	22	34	1.96
26277373--26277532	81	2.0	81	83	4	207	19	24	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26281135--26281168	11	3.1	11	86	0	50	8	11	14	64	1.49
26289499--26289577	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
26289698--26289871	47	3.7	47	89	1	215	27	31	9	32	1.88
26289696--26289871	94	1.9	94	84	2	237	27	31	9	32	1.88
26294325--26294376	18	2.9	18	83	11	70	44	17	15	23	1.86
26296837--26296873	18	2.2	18	85	9	51	27	0	8	64	1.21
26296854--26297088	108	2.2	104	85	8	303	28	2	17	52	1.56
26297135--26297166	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
26297274--26297321	21	2.3	20	79	10	51	18	2	10	68	1.28
26299184--26299278	33	2.9	34	71	16	90	15	42	12	29	1.84
26299255--26299333	33	2.4	33	78	0	95	13	44	10	31	1.78
26303492--26303527	18	2.0	19	89	10	58	16	36	30	16	1.91
26305128--26305183	27	2.1	27	86	3	78	25	26	25	23	2.00
26317888--26317920	17	1.9	17	88	11	50	54	3	9	33	1.47
26318154--26318187	16	2.2	16	89	5	52	29	11	8	50	1.69
26319548--26319812	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
26320140--26320204	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
26320147--26320204	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
26327036--26327300	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
26327628--26327692	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
26327635--26327692	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
26328903--26328944	16	2.6	16	96	3	75	9	4	16	69	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26329159--26329259	31	3.4	30	82	5	116	41	1	20	35	1.64
26329256--26329284	10	2.9	10	100	0	58	10	0	0	89	0.48
26330327--26330412	41	2.1	40	84	2	109	20	3	9	66	1.35
26330788--26330817	12	2.5	12	94	0	51	50	36	0	13	1.42
26331266--26331306	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
26331408--26331705	3	99.3	3	66	17	61	28	8	2	60	1.39
26331435--26331525	41	2.3	40	79	5	96	27	5	3	63	1.32
26331506--26331584	30	2.7	29	78	18	83	24	10	2	63	1.38
26331634--26331703	25	2.9	24	81	12	72	31	5	0	62	1.18
26331869--26332121	125	2.0	126	82	5	307	34	13	15	37	1.85
26337971--26338154	38	5.0	38	82	10	220	20	22	26	30	1.98
26338014--26338076	31	2.0	31	93	0	108	12	25	31	30	1.93
26337976--26338114	69	2.0	69	92	0	233	17	23	28	29	1.97
26340718--26340782	21	3.2	21	70	12	73	13	26	21	38	1.91
26340700--26340788	39	2.3	39	94	0	151	14	25	23	35	1.93
26342543--26342588	15	2.9	15	93	6	74	65	0	8	26	1.21
26342544--26342663	29	4.1	29	70	15	79	64	1	7	26	1.30
26342507--26342623	44	2.7	42	81	15	123	63	0	8	28	1.24
26342535--26342651	15	8.1	14	73	17	71	64	0	8	26	1.28
26342984--26343057	32	2.2	32	83	9	85	56	9	13	20	1.64
26343151--26343175	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
26349616--26349662	22	2.1	22	100	0	94	25	8	34	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26351585--26351939	180	2.0	180	85	1	487	33	18	8	38	1.82
26352506--26352734	50	4.6	50	78	5	237	28	26	18	26	1.98
26352503--26352687	101	1.8	101	91	0	307	28	25	20	25	1.99
26359346--26359683	180	1.9	180	88	1	507	34	18	7	39	1.80
26360242--26360529	50	5.7	50	78	2	281	30	27	17	25	1.97
26360256--26360530	101	2.7	100	82	2	291	30	27	16	25	1.97
26360245--26360529	151	1.9	151	89	0	444	30	27	17	25	1.97
26372878--26373055	48	3.7	48	87	3	268	16	19	29	34	1.93
26372880--26373053	96	1.8	96	93	0	303	16	18	30	34	1.93
26375421--26375447	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
26381395--26381538	43	3.4	42	79	9	150	23	19	24	32	1.97
26382618--26382743	66	1.9	66	84	9	168	16	23	30	29	1.96
26384815--26385005	48	4.0	48	85	5	251	17	19	29	33	1.95
26386669--26386713	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
26389255--26389427	46	3.7	46	78	7	197	21	20	28	30	1.98
26389252--26389421	93	1.8	93	93	0	295	21	20	29	29	1.98
26389652--26389689	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
26396835--26397006	47	3.7	47	77	15	194	21	20	27	29	1.98
26398183--26398234	27	1.9	27	96	0	95	11	13	28	46	1.78
26402171--26402334	43	3.9	41	75	10	143	31	22	15	30	1.95
26407296--26407690	50	7.9	50	75	7	343	26	18	25	29	1.98
26407297--26407687	101	3.9	101	76	6	290	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26407295--26407687	151	2.6	151	92	0	651	26	18	25	29	1.98
26407890--26407921	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
26410086--26410192	53	2.0	53	100	0	214	31	11	21	35	1.89
26412814--26412857	15	2.9	15	87	9	63	13	20	15	50	1.78
26412814--26412872	30	2.0	30	82	0	73	13	20	15	50	1.77
26415153--26415211	30	2.0	30	86	0	82	42	6	25	25	1.79
26415819--26416202	50	7.6	50	75	5	317	27	16	25	31	1.96
26415818--26416210	151	2.6	151	91	0	599	27	16	24	31	1.96
26415819--26416226	101	4.1	100	74	5	293	27	16	25	31	1.97
26432346--26432503	54	3.1	51	82	8	205	39	6	23	31	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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