genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11224769--11224808	20	2.0	20	85	14	55	27	12	2	57	1.48
11228663--11228691	14	2.1	14	100	0	58	27	27	17	27	1.97
11230615--11230647	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
11237450--11237604	43	3.6	43	71	14	140	25	20	28	26	1.99
11239769--11239943	46	3.8	46	77	13	196	29	29	20	20	1.97
11239777--11239947	93	1.8	93	92	0	288	29	29	20	20	1.98
11240499--11240535	20	1.9	19	89	10	58	35	18	0	45	1.50
11242980--11243037	24	2.5	22	78	8	55	36	1	12	50	1.50
11257362--11257475	52	2.2	51	85	3	149	38	16	21	23	1.93
11260890--11260923	16	2.1	17	94	5	61	23	5	11	58	1.55
11261087--11261116	15	2.1	14	93	6	51	36	0	0	63	0.95
11263257--11263350	47	2.0	47	97	0	179	25	7	38	28	1.83
11272936--11273830	206	4.4	206	90	2	1345	31	16	21	30	1.96
11275616--11275649	16	2.1	17	88	5	52	26	5	8	58	1.51
11277530--11277601	29	2.5	28	79	2	72	29	5	0	65	1.15
11277544--11277599	28	2.0	29	82	3	69	28	7	0	64	1.20
11277619--11277758	74	1.9	74	80	16	164	27	7	2	62	1.37
11277719--11277754	14	2.5	15	90	4	56	33	8	2	55	1.44
11279732--11279883	53	2.9	51	82	6	160	32	16	25	25	1.96
11283209--11283254	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
11283216--11283260	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
11290846--11290891	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11290853--11290897	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
11292610--11292647	18	2.1	18	100	0	76	21	10	18	50	1.76
11294320--11294467	25	6.0	25	82	4	174	20	24	20	34	1.96
11294347--11294499	75	2.0	76	83	6	195	22	22	20	33	1.97
11296626--11296661	18	2.0	18	100	0	72	5	33	11	50	1.61
11298261--11298524	46	5.7	46	92	0	368	21	22	14	41	1.89
11300654--11300696	11	3.7	11	82	11	59	62	0	0	37	0.95
11300648--11300696	24	2.0	24	92	0	80	61	2	0	36	1.08
11300658--11300703	14	3.6	13	74	14	51	63	0	0	36	0.95
11304441--11304473	14	2.3	15	89	5	50	57	3	0	39	1.14
11304903--11304941	18	2.2	18	90	0	60	64	2	2	30	1.21
11313220--11313263	21	2.1	21	83	8	54	54	0	4	40	1.21
11313229--11313297	29	2.3	30	83	14	88	60	0	1	37	1.06
11313303--11313387	10	8.5	10	71	18	52	51	1	4	42	1.30
11313668--11313712	20	2.2	20	88	7	65	37	0	2	60	1.09
11313795--11313853	9	6.6	9	75	14	59	28	5	0	66	1.13
11313736--11313837	19	5.6	18	72	16	68	36	5	0	57	1.23
11313795--11313853	17	3.3	18	83	9	68	28	5	0	66	1.13
11313793--11313859	17	3.7	18	74	8	55	28	4	0	67	1.10
11314379--11314415	15	2.3	17	86	9	51	16	10	0	72	1.10
11316040--11316130	40	2.3	40	82	0	110	10	16	31	40	1.83
11316134--11316191	25	2.3	25	87	3	80	22	17	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11318990--11319014	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
11322117--11322149	16	2.0	17	94	5	59	36	12	0	51	1.39
11322430--11322886	46	10.0	46	87	2	598	22	22	13	41	1.89
11325561--11325715	38	3.9	38	84	12	220	34	16	23	24	1.95
11325597--11325805	46	4.7	46	79	11	229	38	15	23	22	1.92
11325547--11325761	84	2.6	84	90	1	324	36	16	23	23	1.94
11326066--11326112	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
11330035--11330109	6	12.3	6	78	13	82	50	16	14	18	1.78
11330531--11330638	54	2.0	54	89	3	164	24	16	19	39	1.91
11330523--11330637	27	4.3	27	85	0	140	23	17	20	39	1.92
11330544--11330672	54	2.4	54	80	5	136	27	13	19	39	1.90
11330630--11331176	27	20.6	27	75	4	297	32	7	19	39	1.80
11330630--11331176	81	6.9	81	73	5	346	32	7	19	39	1.80
11330849--11331176	54	6.1	53	81	5	327	32	7	19	40	1.80
11348328--11348391	9	7.2	9	92	1	85	23	10	25	40	1.87
11348331--11348391	18	3.4	18	90	0	95	24	9	26	39	1.86
11349923--11349974	27	1.9	27	92	0	86	25	9	21	44	1.82
11349923--11349981	9	6.6	9	80	7	66	25	8	20	45	1.79
11350373--11350447	20	3.5	20	65	16	51	33	18	17	30	1.94
11350355--11350446	45	2.0	45	100	0	184	35	17	17	29	1.93
11358925--11359110	93	2.0	93	95	0	336	42	11	11	34	1.77
11365719--11365800	24	3.4	24	78	8	85	35	17	29	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11365719--11365828	25	4.5	24	75	10	80	34	18	28	19	1.95
11365823--11365888	27	2.6	24	75	15	69	31	19	25	22	1.98
11369565--11369674	43	2.6	43	86	0	139	26	30	20	22	1.99
11371598--11371627	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
11378230--11378266	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
11383473--11383568	48	2.0	48	97	0	183	45	17	14	21	1.84
11384303--11384374	2	36.0	2	77	0	54	41	0	47	11	1.39
11388155--11388288	66	2.0	66	100	0	268	42	14	16	26	1.87
11389547--11389696	27	5.5	27	90	1	210	32	12	27	28	1.92
11389547--11389696	28	5.5	28	91	1	225	32	12	27	28	1.92
11389547--11389696	55	2.7	56	90	3	243	32	12	27	28	1.92
11390033--11390103	24	3.2	24	60	32	57	32	21	14	32	1.93
11390025--11390114	43	2.1	43	97	0	171	30	21	15	33	1.94
11390603--11390783	46	3.9	47	87	2	244	22	23	12	41	1.87
11392868--11392917	11	4.4	11	80	9	64	66	0	0	34	0.92
11392873--11392919	24	1.9	25	91	4	78	61	0	0	38	0.96
11392856--11392953	32	3.1	32	72	10	87	60	3	0	36	1.13
11395318--11395372	17	3.4	16	71	19	51	36	3	10	49	1.56
11395316--11395378	32	2.0	32	96	0	117	34	4	9	50	1.56
11396083--11396133	24	2.1	24	88	0	75	35	23	1	39	1.66
11396777--11396869	44	2.1	44	84	7	118	35	22	21	20	1.96
11397321--11397349	15	1.9	15	100	0	58	48	17	0	34	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11398205--11398272	31	2.3	28	80	10	73	52	5	0	41	1.25
11400320--11400402	42	2.0	43	87	2	123	22	25	14	37	1.92
11400373--11400491	46	2.6	47	81	6	127	30	25	15	29	1.95
11400514--11400662	31	4.8	31	88	0	208	26	25	19	28	1.99
11400638--11400766	50	2.5	51	86	2	179	27	24	14	34	1.94
11403973--11404005	16	2.0	17	94	5	59	3	18	0	78	0.87
11406360--11406396	18	2.0	20	89	10	60	40	0	2	56	1.13
11422424--11422470	23	2.0	23	100	0	94	38	12	14	34	1.85
11422459--11423101	126	5.0	126	85	2	777	36	17	17	28	1.93
11426523--11426564	18	2.3	18	83	0	57	45	7	26	21	1.77
11427148--11427172	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
11427168--11427207	7	5.7	7	93	0	71	57	12	0	30	1.36
11427148--11427207	14	4.3	15	85	12	67	56	13	0	30	1.37
11427161--11427207	21	2.2	22	88	7	71	57	12	0	29	1.36
11428143--11428278	48	2.8	46	82	7	148	52	5	9	32	1.56
11428143--11428278	49	2.8	47	80	9	143	52	5	9	32	1.56
11428415--11428473	11	5.5	11	73	4	57	37	1	16	44	1.59
11432827--11432893	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
11432842--11432881	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
11432821--11432897	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
11444901--11444950	18	2.7	19	81	12	59	30	2	4	64	1.23
11446624--11446668	23	2.0	23	86	0	63	13	13	0	73	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11446632--11446692	23	2.5	24	81	7	61	8	18	1	72	1.18
11451851--11451893	21	2.0	21	100	0	86	23	13	13	48	1.79
11452298--11452323	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
11456081--11456232	78	1.9	78	91	0	250	32	21	13	32	1.93
11456197--11456338	40	3.5	40	79	0	140	37	19	11	31	1.87
11460278--11460321	14	3.1	14	80	6	52	38	0	2	59	1.10
11460276--11460347	26	2.8	26	77	12	76	38	0	2	58	1.13
11469623--11469785	42	3.7	42	78	8	157	30	26	12	30	1.93
11469692--11469797	49	2.2	48	86	3	140	33	27	10	29	1.90
11469729--11469873	47	3.1	46	84	4	164	30	26	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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