genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25264348--25264538	72	2.7	72	86	3	251	27	20	25	26	1.99
25265540--25265695	25	6.3	25	79	9	140	32	22	26	19	1.97
25265525--25265695	75	2.3	74	81	3	191	32	22	25	19	1.97
25265723--25265796	26	2.9	26	75	13	82	36	22	24	16	1.94
25265738--25265810	26	2.8	25	77	6	74	35	23	23	17	1.95
25275543--25275718	91	1.9	92	86	3	248	21	23	14	40	1.90
25275543--25275723	46	4.0	46	88	2	231	21	23	14	39	1.91
25293261--25293313	27	2.1	24	83	13	63	45	3	11	39	1.58
25295829--25295896	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
25298262--25298673	46	9.0	46	95	0	691	38	15	23	22	1.92
25303582--25303679	42	2.3	42	82	5	126	30	23	19	26	1.98
25306873--25308332	44	31.9	44	70	11	416	33	16	19	30	1.94
25306873--25308282	88	15.4	87	69	12	458	33	16	19	30	1.94
25306913--25307347	228	1.9	227	87	1	638	32	15	19	31	1.93
25307135--25307624	265	1.8	266	85	1	687	34	16	18	30	1.93
25307135--25307624	133	3.7	132	78	2	516	34	16	18	30	1.93
25307533--25307708	96	1.8	95	82	3	228	33	17	18	30	1.94
25307713--25307739	13	2.1	13	100	0	54	48	14	22	14	1.81
25307923--25308049	51	2.5	51	81	0	146	35	18	14	31	1.91
25308067--25308248	95	1.9	95	84	2	240	31	16	20	31	1.95
25307971--25308282	139	2.2	139	82	2	401	32	16	19	31	1.94
25309726--25309780	3	17.7	3	78	17	51	29	1	3	65	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25309715--25309767	25	2.1	25	82	6	63	24	7	1	66	1.28
25309725--25309780	21	2.8	20	83	8	69	28	3	3	64	1.27
25313086--25313351	137	1.9	137	85	1	363	33	13	16	37	1.87
25322844--25322898	13	4.4	13	81	6	69	54	0	0	45	0.99
25322844--25322915	25	2.9	25	91	4	110	54	1	1	43	1.17
25326683--25326713	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
25328245--25328275	13	2.5	13	94	5	55	29	0	0	70	0.87
25330402--25330840	62	7.1	62	83	3	528	21	25	27	25	1.99
25332735--25332773	11	3.5	11	82	6	51	43	5	2	48	1.38
25333761--25333813	27	2.0	27	96	0	97	35	24	11	28	1.90
25334083--25334129	24	2.0	23	84	12	60	40	17	6	36	1.75
25337253--25337326	25	3.0	25	87	0	103	31	20	18	29	1.97
25337248--25337357	50	2.2	50	85	6	143	30	22	18	28	1.97
25337258--25337338	25	3.2	24	79	6	81	28	23	19	28	1.98
25342543--25342687	54	2.7	54	80	4	150	20	23	14	42	1.88
25342531--25342662	27	4.9	27	76	0	93	18	25	16	40	1.91
25342703--25342860	67	2.4	67	80	8	160	23	20	18	37	1.94
25352640--25352750	6	18.3	6	87	9	163	49	16	16	18	1.80
25352875--25352976	27	3.8	26	84	5	123	37	20	23	18	1.94
25353135--25353198	22	2.9	22	77	9	67	35	23	20	20	1.96
25353611--25354259	27	24.3	27	85	2	677	25	19	18	35	1.95
25353612--25354197	80	7.3	81	87	3	774	24	20	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25353612--25354197	53	11.0	54	86	1	736	24	20	18	35	1.96
25354188--25354429	54	4.5	54	87	3	330	32	8	19	39	1.82
25354188--25354420	27	8.7	27	82	2	292	31	7	20	40	1.81
25357663--25357717	28	2.0	28	85	0	74	27	23	10	38	1.88
25357700--25357777	28	2.9	27	79	5	86	33	23	14	29	1.93
25357726--25357782	28	2.0	28	89	0	87	31	22	14	31	1.93
25359572--25359596	10	2.5	10	100	0	50	12	32	0	56	1.36
25361874--25361906	17	1.9	17	88	11	50	9	24	0	66	1.20
25362808--25362832	11	2.3	11	100	0	50	60	16	0	24	1.36
25364298--25364416	62	1.9	62	85	0	166	21	22	28	26	1.99
25364824--25364883	17	3.2	19	81	13	79	36	8	20	35	1.82
25370043--25370258	40	5.5	39	87	6	278	24	23	28	24	1.99
25370039--25370248	79	2.7	79	87	5	293	24	22	28	24	2.00
25378073--25378277	40	5.2	39	80	14	203	23	23	28	23	1.99
25382431--25382508	19	4.3	19	81	14	94	37	16	10	35	1.83
25382956--25383538	175	3.3	175	90	1	909	28	20	18	32	1.96
25383519--25383805	44	6.5	43	69	9	141	28	23	17	31	1.97
25383519--25383805	132	2.2	132	86	4	391	28	23	17	31	1.97
25384718--25384760	18	2.5	17	88	7	61	4	11	0	83	0.78
25387217--25387279	32	2.0	31	90	9	101	33	12	12	41	1.81
25388230--25388400	40	4.3	39	75	18	131	22	28	21	28	1.99
25388230--25388347	39	2.9	41	84	13	122	23	28	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25389073--25389111	13	3.0	13	88	7	53	48	0	0	51	1.00
25389137--25389170	15	2.3	15	90	10	52	67	0	0	32	0.91
25389191--25389280	48	2.0	46	82	12	114	45	2	1	51	1.21
25389256--25389291	17	2.1	18	90	10	58	58	0	0	41	0.98
25389414--25389457	24	1.9	24	86	9	65	56	0	2	40	1.11
25389453--25389506	16	3.2	18	71	15	51	64	1	1	31	1.14
25389901--25390006	51	2.1	51	94	3	187	33	6	24	35	1.81
25389901--25390006	25	4.2	26	91	3	180	33	6	24	35	1.81
25396942--25397049	26	4.2	26	96	0	198	29	6	26	37	1.82
25403246--25403280	12	2.8	12	91	4	52	42	20	0	37	1.52
25403327--25403446	26	4.6	26	77	2	107	35	20	5	38	1.75
25403338--25403446	13	8.3	13	76	2	92	34	21	3	40	1.71
25407481--25407509	14	2.0	15	93	6	51	13	3	34	48	1.60
25407927--25408000	31	2.4	31	86	0	103	20	33	27	18	1.96
25409258--25409371	25	4.6	25	86	1	140	29	12	27	30	1.93
25416476--25416525	26	1.9	26	91	0	82	46	0	20	34	1.51
25421563--25421612	26	1.9	26	95	0	91	44	0	22	34	1.53
25430827--25430885	19	3.3	19	68	18	63	52	3	1	42	1.28
25430827--25430897	34	2.1	34	100	0	142	52	2	2	42	1.31
25436691--25436977	48	5.9	48	77	4	265	26	19	28	25	1.99
25436697--25436980	96	2.9	95	87	3	372	26	19	28	25	1.99
25443548--25443739	96	2.0	96	98	0	375	34	27	10	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25446054--25446186	41	3.1	42	82	10	139	30	27	18	24	1.97
25446054--25446192	43	3.3	42	79	11	158	30	28	17	23	1.97
25447341--25447372	14	2.2	14	94	5	55	56	18	0	25	1.42
25448022--25448190	56	3.1	56	73	17	199	37	24	13	24	1.92
25447998--25448161	53	3.0	52	74	18	181	35	26	13	24	1.92
25449722--25449823	32	3.1	33	81	5	100	31	8	23	36	1.86
25453437--25453470	16	2.1	17	94	5	61	58	0	0	41	0.98
25453437--25453476	7	5.3	7	85	14	53	60	0	0	40	0.97
25453470--25453494	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
25454395--25454426	6	5.3	6	92	0	55	18	15	15	50	1.79
25454941--25455067	61	2.1	61	100	0	254	44	7	17	30	1.77
25456564--25456719	68	2.2	68	79	11	165	33	16	28	21	1.94
25473069--25473135	25	2.8	25	88	8	95	71	0	23	4	1.04
25473077--25473123	13	3.7	13	82	5	69	72	0	23	4	1.02
25480824--25480848	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
25482050--25482141	33	2.8	33	74	8	98	32	10	23	32	1.90
25482050--25482177	65	2.0	65	80	11	147	35	10	22	32	1.88
25486761--25486839	42	1.9	41	86	2	113	44	18	18	17	1.87
25486774--25486853	42	1.9	42	82	2	99	46	18	18	16	1.85
25493176--25493221	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
25493183--25493227	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
25499048--25499100	20	2.6	21	81	6	63	24	20	13	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25499065--25499149	21	4.0	22	71	8	70	23	15	15	45	1.84
25499070--25499202	42	3.2	42	80	2	142	19	20	17	42	1.89
25499131--25499196	21	3.1	21	72	8	62	15	24	19	40	1.90
25501860--25501895	15	2.5	15	86	4	56	16	22	13	47	1.82
25514200--25514275	38	2.0	38	97	0	143	31	13	22	32	1.92
25515462--25515606	40	3.6	40	85	4	184	25	24	26	24	2.00
25519988--25520036	19	2.6	19	87	3	73	73	8	0	18	1.07
25520669--25520714	11	4.4	11	86	8	69	30	21	0	47	1.51
25520669--25520714	20	2.2	22	88	7	69	30	21	0	47	1.51
25522363--25522398	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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