genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13769610--13769690	25	3.2	25	74	10	76	17	22	19	40	1.91
13771888--13771913	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
13772563--13772631	31	2.2	31	89	5	104	27	33	27	11	1.91
13772574--13772634	31	2.0	31	96	0	113	26	29	31	13	1.93
13775758--13775802	16	2.8	16	74	12	56	46	0	24	28	1.53
13776154--13776190	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
13776241--13776275	18	1.9	18	94	0	61	42	20	5	31	1.75
13776601--13776644	20	2.3	18	84	7	52	22	29	34	13	1.93
13777023--13777056	16	2.1	16	88	0	50	23	0	11	64	1.26
13777047--13777162	27	4.2	27	81	8	119	18	0	29	52	1.45
13777046--13777168	34	3.6	36	73	11	96	18	0	28	52	1.52
13777017--13777151	14	9.6	14	71	17	84	20	0	25	54	1.44
13777047--13777145	7	14.6	7	73	12	73	18	0	27	54	1.44
13777047--13777163	7	17.0	7	72	8	62	17	0	29	52	1.46
13778681--13778759	33	2.4	32	79	6	86	24	24	17	34	1.96
13781755--13781811	18	3.2	18	78	14	64	77	0	22	0	0.77
13781751--13781795	23	2.0	22	83	12	56	77	0	22	0	0.76
13781732--13781811	33	2.3	33	83	12	90	75	0	23	1	0.88
13783389--13783435	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
13783706--13783888	46	4.0	46	88	1	242	20	23	14	40	1.90
13783829--13783956	68	1.9	68	100	0	256	22	24	18	34	1.96
13783897--13783991	46	2.1	46	100	0	190	24	24	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13783786--13783991	114	1.8	114	97	0	394	23	24	16	35	1.94
13786119--13786196	27	2.9	28	70	14	81	56	5	1	37	1.30
13788161--13788220	19	3.1	19	90	9	95	38	10	15	36	1.80
13788733--13788788	26	2.2	26	81	12	62	25	5	7	62	1.42
13791109--13791162	28	1.9	28	88	0	81	42	0	16	40	1.48
13793771--13794439	208	3.2	208	95	1	1214	42	7	11	38	1.70
13796509--13796702	96	2.0	96	88	0	289	13	34	17	34	1.89
13804816--13804870	25	2.2	26	86	3	76	40	3	3	52	1.36
13808426--13808558	50	2.7	50	90	1	196	29	29	16	24	1.97
13815715--13815783	32	2.1	33	91	2	113	47	5	11	34	1.64
13816871--13817267	70	5.7	70	86	2	494	30	13	25	30	1.94
13816865--13817266	105	3.8	105	85	1	475	30	13	25	30	1.94
13816865--13817269	35	11.6	34	82	3	405	30	13	24	31	1.94
13820724--13820764	6	6.8	6	86	8	57	82	2	0	14	0.76
13822442--13822488	17	2.8	17	78	12	51	74	2	8	14	1.15
13823843--13823900	30	1.9	30	86	6	82	13	27	36	22	1.92
13824451--13824572	43	2.9	41	79	7	136	27	25	15	31	1.96
13827278--13827388	55	2.0	55	100	0	222	36	10	10	41	1.75
13828512--13828643	35	3.9	34	77	13	128	31	11	23	34	1.90
13834733--13834770	15	2.5	15	91	0	58	47	2	0	50	1.15
13834835--13834886	27	1.9	27	84	0	68	51	9	13	25	1.71
13850454--13850503	21	2.4	21	96	0	91	28	4	12	56	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13851854--13851920	33	2.0	33	100	0	134	35	31	8	23	1.86
13851865--13851923	20	3.3	20	65	30	60	37	28	8	25	1.85
13851938--13852166	127	1.8	127	92	0	386	34	17	17	29	1.94
13852498--13852551	26	2.0	26	85	7	72	64	5	7	22	1.40
13852553--13852600	16	3.1	15	85	11	62	68	0	4	27	1.07
13852566--13852600	16	2.2	16	100	0	70	71	0	5	22	1.07
13852819--13852888	31	2.3	31	82	9	90	65	4	2	27	1.25
13852866--13852930	28	2.3	27	82	12	78	58	1	3	36	1.23
13852960--13853016	27	2.1	27	83	0	69	63	1	7	28	1.30
13856999--13857032	12	2.8	12	86	0	50	50	17	23	8	1.74
13860537--13860589	27	2.0	27	84	0	70	32	18	9	39	1.83
13864697--13864848	52	2.9	52	77	6	146	29	25	17	27	1.97
13869527--13870399	44	19.7	44	66	9	285	30	18	25	25	1.98
13869416--13870574	133	8.7	133	89	1	1666	30	18	25	25	1.98
13877751--13877902	67	2.2	68	79	12	170	32	17	28	21	1.96
13884578--13884620	16	2.6	16	96	3	77	67	13	6	11	1.41
13887662--13887740	31	2.6	30	82	13	106	43	7	6	43	1.58
13889346--13889440	46	2.1	46	100	0	190	42	0	14	43	1.46
13889628--13889655	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
13890233--13890257	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
13890622--13890733	21	5.0	23	77	8	106	19	19	21	39	1.93
13893181--13893225	14	3.1	14	78	6	54	53	8	4	33	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13893178--13893242	29	2.2	29	86	8	87	55	9	3	32	1.47
13894252--13894285	11	3.1	11	91	0	50	70	2	0	26	1.01
13894569--13894683	40	2.9	40	80	0	140	20	30	17	32	1.95
13909716--13909754	21	1.9	20	84	5	51	48	2	0	48	1.15
13912461--13912634	46	3.8	46	78	13	194	31	27	20	21	1.98
13912467--13912635	93	1.8	93	90	0	275	30	27	20	21	1.98
13912510--13912653	46	3.1	44	73	15	114	31	28	18	21	1.97
13922860--13922915	26	2.2	26	96	0	103	32	8	17	41	1.81
13927491--13927516	7	3.7	7	100	0	52	69	15	15	0	1.20
13935114--13935273	42	3.8	42	76	9	121	18	22	15	43	1.88
13940486--13940510	11	2.3	11	100	0	50	0	36	0	64	0.94
13943883--13944116	117	2.0	117	100	0	468	29	18	23	27	1.98
13946914--13946960	24	2.0	23	84	8	60	51	0	4	44	1.21
13950536--13950581	15	3.1	14	81	9	56	0	17	2	80	0.81
13950533--13950573	17	2.5	17	84	15	59	0	19	0	80	0.71
13950531--13950591	25	2.4	26	81	8	81	3	16	3	77	1.04
13950536--13950581	19	2.3	20	82	13	60	0	17	2	80	0.81
13954893--13954936	22	2.0	23	86	4	63	29	2	4	63	1.26
13955753--13955780	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
13958331--13958438	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
13959640--13959701	30	2.1	30	100	0	124	12	29	14	43	1.83
13965743--13965850	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13971578--13971620	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
13974496--13974536	22	1.9	21	85	5	55	53	4	0	41	1.22
13974465--13974598	62	2.2	60	82	5	164	50	5	2	41	1.39
13981345--13981374	12	2.4	12	94	5	51	56	10	0	33	1.32
13996467--13996507	20	2.0	20	86	9	57	19	2	24	53	1.57
14001591--14001617	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
14004498--14004537	17	2.4	17	86	0	53	80	0	5	15	0.88
14004530--14004577	25	1.9	25	91	0	78	68	14	2	14	1.30
14004781--14004817	19	1.9	19	88	0	56	35	2	16	45	1.61
14004936--14004976	20	2.0	22	85	9	59	34	0	9	56	1.32
14014534--14014607	21	3.7	20	71	16	55	63	0	2	33	1.09
14014539--14014575	11	3.3	11	88	3	56	72	0	5	21	1.04
14014551--14014626	29	2.8	27	72	18	68	63	0	2	34	1.09
14014857--14014966	28	3.8	29	77	15	111	30	3	1	63	1.22
14014847--14014968	10	12.3	10	68	17	51	29	4	1	64	1.21
14014981--14015012	16	2.0	16	93	0	55	40	0	0	59	0.97
14014990--14015033	19	2.3	20	80	7	56	43	0	0	56	0.99
14014973--14015059	45	1.9	46	81	11	108	37	0	2	59	1.10
14015089--14015307	89	2.5	90	86	1	280	34	10	16	38	1.82
14018375--14018422	15	3.3	15	76	5	53	31	0	6	62	1.20
14018402--14018449	24	2.0	24	95	0	87	25	2	8	64	1.32
14018714--14018741	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14021133--14021413	144	2.0	144	94	0	499	25	19	19	35	1.95
14022788--14022858	34	2.1	34	100	0	142	15	21	14	49	1.79
14025703--14025833	65	2.0	65	100	0	262	44	22	10	22	1.83
14035777--14035841	17	3.6	17	73	20	53	33	1	6	58	1.32
14036243--14036289	23	2.0	24	83	8	60	21	8	4	65	1.37
14036486--14036597	3	37.3	3	70	13	52	33	8	1	57	1.39
14036643--14036676	3	11.7	3	93	6	61	35	0	0	64	0.94
14036832--14036884	3	17.3	3	81	14	56	33	3	0	62	1.13
14036835--14036876	16	2.7	15	85	7	57	35	2	0	61	1.09
14036832--14036884	12	4.6	11	81	11	63	33	3	0	62	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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