genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27043319--27043345	14	1.9	14	100	0	54	85	7	0	7	0.75
27045638--27045667	13	2.4	12	94	5	51	43	0	0	56	0.99
27051936--27052270	39	8.6	38	87	3	420	30	29	20	19	1.97
27051936--27052270	117	2.8	116	86	4	465	30	29	20	19	1.97
27055772--27055930	27	5.9	27	79	11	173	36	22	24	16	1.94
27055765--27055930	54	3.1	54	88	1	235	36	22	24	16	1.94
27057521--27057627	26	4.2	26	90	3	164	36	22	7	33	1.82
27057521--27057627	52	2.1	51	94	1	187	36	22	7	33	1.82
27062532--27062724	27	7.1	28	84	9	222	38	23	21	16	1.93
27064347--27064506	26	6.2	26	94	0	275	35	23	7	33	1.83
27064347--27064506	78	2.1	78	98	0	311	35	23	7	33	1.83
27068996--27069080	43	2.0	43	100	0	170	35	15	18	30	1.92
27072151--27072330	48	3.8	48	90	0	243	30	22	21	26	1.99
27081179--27081359	46	3.9	45	73	13	136	29	16	28	25	1.97
27083113--27083430	46	6.8	44	75	11	197	22	30	20	26	1.98
27083222--27083433	94	2.3	90	80	10	216	22	30	19	26	1.98
27087571--27087629	28	2.1	29	87	3	84	47	1	22	28	1.61
27088167--27088264	43	2.3	43	82	3	117	26	17	23	32	1.96
27096323--27096363	4	10.2	4	82	15	50	73	0	2	24	0.96
27120551--27120576	13	2.0	13	100	0	52	23	38	15	23	1.92
27123330--27123370	22	1.9	21	85	5	55	19	26	41	12	1.87
27124499--27124713	47	4.6	48	74	9	176	22	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27150811--27150851	22	1.9	22	90	5	66	14	29	43	12	1.82
27152354--27152391	19	2.0	19	100	0	76	26	21	15	36	1.93
27154901--27155166	47	5.7	44	72	12	160	25	28	17	28	1.97
27159662--27159688	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
27160029--27160080	3	17.3	3	95	0	95	0	65	0	34	0.93
27170898--27170941	21	2.0	21	91	4	70	77	0	13	9	0.99
27171382--27171417	18	2.0	18	100	0	72	33	11	22	33	1.89
27173110--27173153	17	2.5	18	81	3	54	25	9	11	54	1.65
27178565--27178614	27	1.9	26	84	8	66	44	8	12	36	1.71
27189029--27189070	21	2.0	21	95	0	75	38	0	16	45	1.48
27189542--27189613	34	2.1	34	100	0	144	18	16	23	41	1.89
27189698--27189786	23	3.8	22	75	10	79	24	22	19	33	1.97
27189707--27189799	24	3.9	24	76	10	93	25	21	17	35	1.95
27190256--27190295	13	3.0	13	96	3	71	22	0	30	47	1.52
27191640--27191748	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
27191895--27192029	48	2.8	48	90	0	207	28	28	9	32	1.89
27192002--27192286	47	6.1	47	92	0	471	25	28	12	33	1.92
27192161--27192238	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
27192186--27192261	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
27194123--27194200	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
27194153--27194478	172	1.9	174	94	1	575	30	14	24	31	1.94
27218465--27219050	40	14.6	40	92	0	947	24	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27220330--27220438	37	2.9	37	94	0	182	26	30	19	23	1.98
27220584--27220719	48	2.8	48	89	0	200	29	27	8	34	1.86
27220691--27220975	47	6.1	47	92	0	453	26	27	12	33	1.92
27220850--27220927	23	3.2	25	64	29	69	29	32	10	28	1.90
27220875--27220950	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
27223827--27223960	69	1.9	70	92	1	225	31	13	18	36	1.90
27225019--27225192	45	4.0	45	85	8	225	23	22	30	23	1.99
27228211--27228267	28	2.0	29	96	3	107	28	8	24	38	1.85
27234654--27234878	40	5.7	40	82	6	233	25	27	21	26	1.99
27234810--27234887	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
27239279--27239319	16	2.5	17	80	7	50	46	0	4	48	1.23
27239975--27240022	18	2.6	18	75	15	53	50	6	6	37	1.53
27245014--27245089	40	1.9	40	86	5	109	31	19	17	31	1.95
27245641--27245682	22	2.0	20	86	13	59	47	11	4	35	1.61
27266231--27266282	24	2.1	25	82	10	63	17	3	11	67	1.36
27266719--27266752	10	3.4	10	91	0	50	61	0	17	20	1.34
27266725--27266754	10	3.0	10	95	0	51	66	0	13	20	1.24
27268548--27268589	20	2.0	21	86	4	59	40	2	0	57	1.12
27269314--27269371	9	7.0	8	77	14	64	53	1	0	44	1.10
27269312--27269381	17	4.0	18	76	12	65	55	1	0	42	1.08
27269469--27269511	17	2.4	18	81	14	54	72	0	4	23	1.04
27279760--27279917	43	3.7	42	78	7	149	34	27	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27279824--27279917	44	2.2	42	83	7	118	36	27	14	21	1.93
27282129--27282154	12	2.2	12	100	0	52	7	0	7	84	0.77
27282857--27283041	48	3.9	47	67	12	137	26	18	24	30	1.98
27284590--27284635	23	2.0	23	95	0	83	30	4	10	54	1.55
27285840--27285913	21	3.5	21	67	18	64	36	6	14	41	1.73
27285845--27285926	41	2.0	41	100	0	164	39	7	14	39	1.74
27286199--27286242	13	3.4	13	84	12	63	47	0	22	29	1.51
27286209--27286303	13	7.4	13	68	11	52	45	4	17	32	1.68
27289641--27289999	48	7.6	48	70	16	162	26	18	30	23	1.98
27291152--27291212	21	3.0	21	97	2	115	9	39	29	21	1.85
27294317--27294350	16	2.1	16	100	0	68	11	0	11	76	1.02
27298622--27298647	11	2.4	11	100	0	52	7	50	0	42	1.31
27300304--27300342	6	6.5	6	93	0	60	10	5	0	84	0.76
27308957--27309157	69	3.2	60	74	15	156	49	4	4	40	1.44
27324508--27324563	21	2.5	22	85	5	69	51	1	17	28	1.56
27327843--27327876	14	2.4	14	90	9	52	64	0	35	0	0.94
27331291--27331377	27	3.2	27	84	9	115	18	24	22	34	1.96
27331304--27331395	27	3.4	26	77	19	91	21	25	18	34	1.96
27332999--27333044	9	4.9	9	84	7	56	54	19	0	26	1.44
27333097--27333225	54	2.4	54	89	0	186	41	13	13	31	1.83
27334084--27334115	16	2.0	16	100	0	64	50	31	0	18	1.48
27342482--27342539	23	2.5	26	78	21	74	50	1	3	44	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27342667--27342702	19	1.9	19	88	5	56	52	0	0	47	1.00
27342819--27342870	24	2.2	24	83	13	63	42	0	1	55	1.10
27343898--27343928	6	5.3	6	96	3	55	54	0	12	32	1.38
27349876--27349929	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
27351318--27351345	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
27355416--27355446	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
27355708--27355756	2	24.5	2	100	0	98	0	51	0	48	1.00
27356484--27356553	2	36.0	2	81	5	81	0	44	1	54	1.09
27361481--27361525	22	2.0	22	95	0	81	35	15	8	40	1.79
27361939--27363770	920	2.0	920	97	0	3457	22	22	21	33	1.97
27366511--27366591	26	3.2	26	66	30	75	25	16	29	28	1.96
27366455--27366643	99	1.9	101	86	4	276	25	19	26	29	1.98
27368650--27368815	47	3.6	46	79	13	148	30	25	14	29	1.95
27368694--27368818	49	2.6	48	87	5	164	31	26	15	27	1.96
27368837--27368954	31	3.8	31	89	0	173	26	27	18	27	1.98
27368937--27369058	50	2.4	51	93	2	210	26	22	15	36	1.94
27396800--27396832	16	2.1	16	88	5	50	21	0	24	54	1.45
27403266--27403295	13	2.4	12	89	10	51	83	0	0	16	0.65
27403877--27403924	25	2.0	24	84	11	64	29	6	2	62	1.31
27404100--27404137	15	2.5	15	76	16	51	31	0	2	65	1.06
27404122--27404196	24	3.3	22	74	17	73	30	5	2	61	1.32
27404179--27404240	29	2.1	29	91	5	99	33	4	3	58	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27404263--27404323	25	2.4	25	94	0	104	32	13	8	45	1.72
27404132--27404382	25	9.6	26	70	18	91	33	8	4	52	1.52
27404440--27404489	21	2.5	20	84	12	66	32	6	4	58	1.41
27404584--27404627	21	2.1	21	91	0	70	36	2	0	61	1.09
27404750--27404900	25	6.0	24	74	14	108	32	7	5	54	1.50
27407394--27407569	49	3.5	50	95	2	309	35	16	22	25	1.95
27407545--27407661	31	3.8	31	90	0	189	28	18	27	25	1.98
27407788--27407815	10	2.8	10	100	0	56	32	10	21	35	1.88
27409998--27410120	21	5.9	21	72	0	102	43	17	22	16	1.88
27410000--27410155	42	3.7	42	82	0	161	44	15	22	17	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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