genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1101263--1101303	21	2.0	21	85	0	55	58	4	4	31	1.40
1117301--1117338	19	2.0	19	94	0	67	26	13	10	50	1.73
1120726--1120750	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
1128186--1128273	31	3.0	29	70	14	72	46	5	2	45	1.39
1132078--1132117	21	1.9	21	85	10	55	40	0	12	47	1.41
1138563--1138711	45	3.3	44	69	17	110	60	2	2	34	1.22
1138649--1138760	56	2.0	57	84	8	149	60	2	3	33	1.28
1138768--1138819	17	2.9	17	80	5	59	65	0	5	28	1.16
1138707--1138808	45	2.3	44	86	5	141	59	1	6	31	1.34
1138707--1138821	45	2.6	44	80	4	140	60	1	6	31	1.31
1139016--1139045	10	3.0	10	100	0	60	40	0	0	60	0.97
1139019--1139069	10	5.2	10	85	7	52	35	0	1	62	1.06
1139420--1139463	3	14.7	3	100	0	88	0	31	0	68	0.90
1171645--1171693	24	2.0	24	100	0	98	8	38	24	28	1.84
1173673--1173763	23	4.0	22	69	22	55	60	3	2	34	1.25
1179268--1179316	11	4.5	11	82	5	55	75	2	18	4	1.06
1182474--1182549	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
1182636--1182664	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
1182769--1182807	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
1189450--1189475	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
1195211--1195269	31	1.9	31	96	0	109	35	15	11	37	1.84
1198239--1198274	6	6.0	6	93	0	54	22	44	33	0	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1202675--1202719	17	2.7	16	80	10	54	62	2	0	35	1.08
1205053--1205094	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
1205057--1205093	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
1205126--1205182	15	3.6	15	72	19	53	50	1	0	47	1.11
1205633--1205671	14	2.8	14	84	0	51	43	12	2	41	1.56
1212389--1212418	15	1.9	16	93	6	53	20	0	3	76	0.92
1212380--1212424	24	1.9	23	86	4	63	22	4	2	71	1.15
1212339--1212483	64	2.2	63	83	9	168	29	3	4	62	1.30
1212452--1212488	17	2.4	16	83	16	51	35	0	0	64	0.94
1212954--1213197	126	1.9	126	96	0	452	29	17	15	37	1.91
1214001--1214182	37	5.0	37	92	2	298	24	21	15	37	1.93
1214001--1214182	73	2.5	74	92	2	298	24	21	15	37	1.93
1214146--1214512	46	7.6	46	87	7	446	28	22	14	34	1.93
1214189--1214506	52	6.3	52	86	7	426	28	22	13	34	1.93
1214146--1214498	196	1.8	196	92	0	607	28	22	14	34	1.93
1214146--1214512	98	3.7	97	85	9	501	28	22	14	34	1.93
1218120--1218160	21	1.9	22	95	5	75	41	0	2	56	1.13
1218117--1218170	18	2.7	20	86	13	76	42	0	1	55	1.10
1223975--1224034	20	3.3	20	65	26	60	38	8	16	36	1.79
1223973--1224044	34	2.1	34	97	0	135	38	9	15	36	1.80
1226578--1226611	17	2.1	17	94	5	61	67	2	0	29	1.05
1233749--1233807	24	2.5	24	78	10	75	30	22	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1233887--1233980	24	3.9	24	90	0	134	27	19	38	14	1.91
1233887--1233991	48	2.2	48	87	0	147	29	20	37	13	1.90
1233887--1233991	24	4.4	24	86	2	131	29	20	37	13	1.90
1234058--1234122	24	2.7	24	95	0	112	30	29	26	13	1.94
1234058--1234146	24	3.7	24	87	0	106	30	25	29	14	1.95
1234055--1234158	24	4.3	24	81	4	102	29	25	27	16	1.97
1234052--1234160	48	2.3	48	78	0	128	29	24	28	17	1.97
1234240--1234401	24	6.8	24	81	0	189	27	23	35	14	1.93
1234217--1234368	48	3.2	48	79	9	159	28	24	31	15	1.96
1234240--1234401	48	3.4	48	88	0	225	27	23	35	14	1.93
1237507--1237556	25	2.0	25	100	0	100	32	4	16	48	1.64
1250081--1250114	17	2.0	17	88	0	50	70	2	2	23	1.15
1271889--1271914	6	4.3	6	100	0	52	30	50	0	19	1.48
1272932--1273011	19	4.3	18	77	15	65	55	3	0	41	1.18
1272932--1272989	28	2.1	28	87	6	82	55	1	0	43	1.10
1278385--1278427	3	14.3	3	80	9	52	32	39	0	27	1.57
1282794--1282829	16	2.2	17	90	5	56	38	5	8	47	1.57
1285482--1285532	17	2.8	18	73	8	59	35	0	1	62	1.06
1285465--1285546	32	2.5	33	83	14	107	36	0	2	60	1.10
1288153--1288229	36	2.1	36	100	0	154	12	19	12	54	1.70
1288455--1288524	27	2.6	27	90	0	113	24	22	12	40	1.89
1292592--1292652	24	2.5	24	81	0	68	42	18	0	39	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1301658--1301724	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
1307663--1307693	4	7.8	4	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1309570--1309625	28	2.0	28	82	6	69	55	1	0	42	1.10
1323829--1323880	18	2.8	18	77	8	52	61	9	1	26	1.38
1326017--1326044	3	9.3	3	100	0	56	0	32	67	0	0.91
1328215--1328667	150	3.0	150	97	0	834	30	12	29	27	1.93
1330707--1330870	89	1.8	89	93	2	285	19	13	23	43	1.86
1341224--1341249	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
1347524--1347579	16	3.5	17	80	11	73	35	1	0	62	1.06
1347523--1347579	24	2.4	24	81	0	69	35	1	0	63	1.05
1347566--1347631	30	2.1	32	91	5	109	43	1	6	48	1.36
1353130--1353154	11	2.3	11	100	0	50	16	28	20	36	1.93
1358690--1358752	23	2.9	21	72	13	56	39	23	20	15	1.91
1367314--1367347	16	2.2	16	89	5	52	14	0	2	82	0.79
1367447--1367508	26	2.3	27	78	15	67	35	1	3	59	1.23
1367999--1368042	22	2.0	21	86	4	61	54	0	0	45	0.99
1368862--1368995	67	2.0	70	92	4	229	38	9	11	39	1.75
1370493--1370522	11	2.7	11	94	0	51	23	10	3	63	1.40
1371185--1371251	29	2.3	30	82	14	86	50	10	8	29	1.67
1377348--1377413	33	2.0	33	100	0	132	27	9	36	27	1.87
1378487--1378550	29	2.2	30	88	2	94	59	14	4	21	1.53
1402337--1402423	43	2.0	43	90	0	138	43	14	12	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1404997--1405028	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
1408699--1408864	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
1410038--1410251	51	4.2	51	93	1	340	29	22	14	33	1.93
1410038--1410251	101	2.1	102	92	0	349	29	22	14	33	1.93
1417866--1418092	51	4.2	51	75	15	211	29	21	15	33	1.95
1417936--1417965	16	1.9	16	93	6	53	33	6	30	30	1.83
1417885--1418015	66	2.0	66	95	3	237	31	19	17	32	1.95
1424797--1424837	20	2.0	20	95	0	73	48	7	9	34	1.64
1427923--1427985	31	2.0	31	87	6	92	19	20	26	33	1.96
1430286--1430353	33	2.1	33	91	0	109	29	23	16	30	1.96
1432811--1432850	20	2.0	20	85	9	55	42	2	10	45	1.51
1433123--1433198	38	2.0	39	87	7	111	46	3	0	50	1.20
1436611--1436645	10	3.4	10	92	4	52	22	2	0	74	0.95
1436613--1436652	19	2.1	19	86	9	55	25	2	0	72	0.97
1438193--1438231	20	1.9	21	89	5	62	43	5	0	51	1.24
1438338--1438417	33	2.4	33	93	0	133	18	22	5	53	1.63
1443514--1443598	42	2.0	43	90	2	136	49	4	12	32	1.62
1443878--1443903	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
1445794--1445869	30	2.4	34	80	14	90	38	2	5	53	1.37
1450242--1450267	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
1450779--1450823	18	2.5	18	100	0	90	24	17	33	24	1.96
1451500--1451534	16	2.3	15	95	5	61	34	0	8	57	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1453849--1453918	22	2.8	25	86	14	101	30	22	28	18	1.98
1454582--1454617	18	2.0	18	89	10	56	58	0	5	36	1.22
1458062--1458110	25	1.9	26	84	12	66	59	2	2	36	1.21
1463701--1463804	52	2.0	52	100	0	208	34	9	15	40	1.80
1475305--1475329	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1479793--1479926	39	3.4	38	74	12	103	27	27	20	23	1.99
1489519--1489559	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1498932--1498962	15	2.1	15	93	0	53	67	0	22	9	1.19
1505622--1505692	29	2.4	29	77	11	72	52	8	4	35	1.51
1509413--1509484	35	2.1	35	94	0	126	37	12	23	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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