genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
384322--384354	14	2.3	15	89	5	50	6	0	12	81	0.85
387910--387977	26	2.6	27	79	11	79	38	8	1	51	1.42
387910--387977	27	2.6	27	75	15	70	38	8	1	51	1.42
388255--388298	22	2.0	22	82	8	54	59	4	9	27	1.48
393969--394035	33	2.1	32	94	2	116	62	28	5	2	1.33
403665--403755	27	3.1	30	84	10	125	42	6	24	26	1.78
408323--408413	27	3.1	30	84	10	125	42	6	24	26	1.78
419345--419385	22	2.0	20	85	9	55	60	4	0	34	1.18
447913--447952	20	2.0	20	85	9	55	42	7	10	40	1.67
447868--448028	80	2.0	80	100	0	322	36	7	12	44	1.70
455074--455160	43	2.0	43	100	0	174	34	18	18	28	1.95
458989--459136	48	3.1	48	88	0	224	29	24	7	38	1.83
460506--460754	50	4.8	50	84	4	275	20	29	24	26	1.99
460505--460754	100	2.4	104	87	6	348	20	29	24	26	1.99
460849--460880	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
463169--463221	27	2.0	27	85	3	72	39	20	11	28	1.87
465649--465775	42	3.0	42	86	6	170	29	26	14	29	1.95
465734--465857	47	2.7	46	86	2	167	29	27	16	27	1.97
465882--466030	31	4.8	31	91	1	228	26	27	18	26	1.98
466006--466182	50	3.5	50	89	3	257	27	20	15	36	1.93
471301--471448	39	3.8	39	90	0	134	25	29	22	22	1.99
471336--471464	39	3.3	39	95	0	222	22	27	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
479234--479364	39	3.4	39	94	0	217	22	28	22	25	1.99
482013--482068	18	2.8	21	74	15	57	60	10	0	28	1.30
489369--489435	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
495307--495340	15	2.2	16	89	5	52	41	0	0	58	0.98
495587--495612	10	2.6	10	100	0	52	76	0	0	23	0.78
497574--497633	28	2.2	26	82	11	68	61	1	1	35	1.16
505347--505377	15	2.1	15	93	0	53	22	32	38	6	1.80
507175--507204	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
510152--510211	29	2.1	28	78	9	66	56	15	5	23	1.58
510153--510233	31	2.7	29	74	12	74	56	12	4	25	1.56
511771--511817	20	2.3	20	96	0	85	31	4	14	48	1.63
529172--529225	26	2.1	27	83	10	69	38	1	1	57	1.20
534445--534469	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
536801--536844	20	2.2	20	88	4	63	65	2	0	31	1.05
537390--537435	22	2.1	22	84	8	58	43	2	2	52	1.25
540131--540156	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
545464--545499	18	2.0	18	94	0	63	47	33	19	0	1.50
553572--553619	22	2.1	23	84	3	62	12	14	2	70	1.25
554470--554517	14	3.5	13	86	8	60	27	2	4	66	1.21
554574--554628	20	2.8	20	88	0	74	30	7	5	56	1.49
554590--554635	24	2.0	23	82	4	56	28	8	6	56	1.54
554571--554632	20	2.9	22	76	9	65	30	8	4	56	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
555981--556059	30	2.7	30	77	11	83	29	6	2	62	1.33
560817--560897	34	2.4	34	93	0	135	60	7	13	18	1.56
563330--563387	25	2.3	25	80	11	73	56	1	3	37	1.26
566693--566729	11	2.9	13	80	19	51	72	2	0	24	0.97
572390--572470	40	2.0	40	92	0	135	27	9	18	44	1.81
573004--573052	23	2.2	23	78	7	57	36	12	2	48	1.52
574042--574128	28	2.9	31	77	16	103	37	20	4	36	1.74
574332--574369	16	2.4	16	95	0	67	68	13	5	13	1.37
574578--574617	18	2.2	18	86	0	53	5	12	7	75	1.18
580733--580878	37	4.0	37	92	1	233	24	21	16	37	1.93
580842--581163	46	6.6	46	81	12	356	28	22	13	35	1.93
580885--581157	52	5.3	52	86	7	387	28	23	13	35	1.92
580852--581149	151	2.0	151	93	0	506	28	22	14	35	1.93
580842--581163	98	3.3	99	86	8	426	28	22	13	35	1.93
584290--584435	49	3.0	49	91	1	238	31	29	15	23	1.95
585687--585832	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
585796--586064	46	5.6	46	83	10	322	28	22	13	34	1.93
585839--586050	52	4.2	51	85	8	290	28	23	13	34	1.92
585807--586064	98	2.6	98	94	0	453	29	22	14	34	1.93
588595--588641	22	2.1	22	100	0	94	38	12	31	17	1.87
588890--588937	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
592072--592117	19	2.5	19	89	3	76	54	8	4	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
592919--592969	15	3.3	16	81	8	70	35	1	11	50	1.50
593415--593482	27	2.4	27	79	16	75	19	2	35	42	1.66
593600--593639	13	3.2	13	80	19	50	50	0	25	25	1.50
599108--599356	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
599107--599356	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
599451--599482	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
599694--599751	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
606695--606943	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
606694--606943	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
607038--607069	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
607281--607338	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
608530--608577	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
611754--611796	18	2.4	18	84	7	52	44	0	2	53	1.13
613000--613029	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
613327--613354	12	2.3	12	100	0	56	60	14	0	25	1.34
615394--615474	30	2.7	30	88	3	110	27	44	6	22	1.76
615642--615693	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
615642--615856	47	4.5	48	72	10	145	34	6	4	54	1.46
615710--615850	25	5.8	23	73	15	90	34	6	4	54	1.47
615790--615876	24	3.5	24	77	12	70	31	5	5	57	1.46
615833--615891	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
624017--624076	24	2.5	24	86	8	77	60	0	8	31	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
624018--624076	23	2.6	23	87	12	79	59	0	8	32	1.28
627367--627446	41	2.0	41	94	0	142	38	26	3	31	1.74
630595--630632	18	2.1	18	100	0	76	10	21	23	44	1.83
631246--631303	24	2.5	22	78	13	64	65	5	3	25	1.29
635896--635936	19	2.1	20	86	4	57	53	0	0	46	1.00
635890--635944	20	2.9	19	72	17	53	56	0	1	41	1.10
640777--640965	61	3.2	60	78	5	177	42	17	5	34	1.72
642082--642138	30	1.9	30	85	7	80	49	0	5	45	1.24
642802--642831	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
643606--643640	16	2.2	16	89	0	52	71	0	0	28	0.86
643839--643893	24	2.3	24	81	12	69	70	5	0	23	1.07
645433--645478	20	2.3	20	84	0	56	45	4	0	50	1.21
645444--645481	20	1.9	20	94	0	67	42	5	0	52	1.24
645775--645809	17	2.0	18	88	5	54	37	2	0	60	1.12
651327--651419	18	5.2	18	89	0	141	31	12	24	31	1.93
651325--651419	36	2.6	36	90	6	165	30	13	24	31	1.94
660260--660848	174	3.4	172	81	8	665	27	13	22	37	1.91
660260--660905	354	1.9	346	80	7	761	26	13	21	38	1.91
661485--661537	26	2.0	26	100	0	106	15	11	22	50	1.75
662453--662512	30	2.0	30	86	0	84	28	43	6	21	1.78
667506--667554	25	1.9	26	84	12	66	71	2	16	10	1.22
669062--669127	23	3.0	23	80	6	91	15	19	24	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673033--674268	72	16.5	75	83	7	1260	31	16	18	32	1.94
673033--674268	366	3.3	361	83	8	1279	31	16	18	32	1.94
673770--674268	74	6.5	81	83	7	252	31	17	19	31	1.95
674312--674419	53	2.0	53	92	0	180	29	13	16	39	1.88
674388--674449	30	2.1	30	93	0	106	19	11	29	40	1.86
674335--674490	84	1.9	84	93	1	269	27	13	21	37	1.91
675347--675373	12	2.2	12	100	0	54	29	59	0	11	1.32
675319--675406	42	2.1	42	86	0	122	29	47	4	18	1.68
675359--675429	30	2.4	30	90	0	115	25	47	5	21	1.72
678645--678713	30	2.3	30	92	0	111	17	5	49	27	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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