genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30123778--30123807	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
30135216--30135252	19	1.9	19	100	0	74	56	5	10	27	1.55
30135498--30135655	41	3.8	41	73	13	115	27	14	25	32	1.95
30143067--30143100	15	2.3	15	94	0	59	41	20	17	20	1.91
30148282--30148349	23	2.9	23	85	8	93	27	22	13	36	1.91
30148501--30148525	13	1.9	13	100	0	50	52	8	16	24	1.70
30150130--30150176	10	4.8	10	78	21	55	59	17	0	23	1.37
30150130--30150174	19	2.3	20	92	7	83	60	15	0	24	1.36
30151208--30151246	19	2.0	20	95	5	71	46	12	5	35	1.65
30155247--30155554	154	2.0	154	94	0	544	31	14	21	32	1.93
30156048--30156310	133	2.0	133	95	0	472	27	5	39	26	1.79
30157630--30158012	27	14.4	27	76	4	348	28	16	15	38	1.90
30157630--30158013	53	7.2	53	83	3	432	28	16	15	38	1.90
30157654--30158005	80	4.4	80	76	10	213	28	17	15	38	1.90
30160994--30161111	43	2.8	42	80	6	139	33	27	16	22	1.95
30160994--30161162	44	3.9	43	77	14	161	34	26	16	22	1.95
30163202--30163254	26	2.0	27	85	7	74	24	16	22	35	1.95
30164736--30164832	32	3.0	32	96	0	185	38	23	6	31	1.80
30168764--30168820	16	3.4	16	69	21	53	17	14	12	56	1.68
30168756--30168825	35	2.0	35	97	0	131	17	15	14	52	1.74
30169285--30169310	6	4.3	6	100	0	52	0	0	15	84	0.62
30173890--30174037	43	3.5	41	79	13	131	25	18	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30173937--30174053	43	2.8	41	75	16	105	25	18	24	30	1.98
30176018--30176057	20	2.0	20	95	4	73	15	10	5	70	1.32
30176228--30176261	4	8.0	4	87	12	50	23	0	0	76	0.79
30176228--30176262	13	2.7	13	100	0	70	22	0	0	77	0.78
30178006--30178052	19	2.5	18	86	10	67	19	23	12	44	1.85
30179953--30180103	81	1.9	79	79	8	171	27	15	6	50	1.68
30182750--30183847	178	6.2	178	85	2	1312	28	17	27	26	1.98
30182825--30183815	44	22.3	44	66	11	306	27	17	27	27	1.97
30183732--30183837	44	2.4	44	81	7	110	31	16	31	21	1.95
30185461--30185506	13	3.5	13	78	21	51	17	6	0	76	1.00
30185464--30185525	27	2.5	23	76	16	61	17	6	0	75	1.00
30185485--30185525	12	3.5	12	93	3	66	17	4	0	78	0.93
30185461--30185514	12	4.1	13	80	17	58	16	7	0	75	1.01
30185485--30185536	24	2.2	23	83	10	61	13	7	0	78	0.94
30185584--30185626	3	14.3	3	90	0	50	27	9	0	62	1.25
30193295--30193510	39	5.5	39	90	1	342	27	27	24	21	1.99
30193503--30193634	39	3.4	39	92	2	203	25	25	19	30	1.98
30193297--30193598	78	3.8	80	85	5	332	26	26	22	23	2.00
30193293--30193559	117	2.3	118	83	6	353	26	26	23	23	2.00
30199002--30199042	21	2.0	21	100	0	82	43	4	9	41	1.59
30204266--30204308	22	2.0	22	90	9	70	37	27	13	20	1.91
30206356--30206409	27	2.0	27	85	0	72	42	7	11	38	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30206659--30206878	101	2.3	95	86	4	287	25	17	27	29	1.97
30214155--30214247	24	3.9	24	80	5	109	21	21	19	37	1.94
30214189--30214244	23	2.4	24	85	8	71	23	25	19	32	1.98
30216005--30216117	56	2.0	56	98	0	217	46	8	12	32	1.73
30216155--30216219	22	3.1	21	75	24	66	32	0	3	64	1.09
30216171--30216236	18	3.3	20	77	12	66	31	1	3	63	1.19
30230477--30230610	42	3.2	42	82	8	159	26	10	19	43	1.83
30231753--30231891	59	2.4	59	92	0	224	30	19	14	35	1.91
30238150--30238194	23	2.0	23	91	4	74	71	13	2	13	1.25
30241442--30241595	71	2.2	71	90	0	254	20	19	17	42	1.89
30242276--30242692	90	4.7	89	81	6	405	25	5	14	54	1.62
30242325--30242649	90	3.6	89	89	2	481	25	5	15	53	1.64
30245237--30245271	6	5.8	6	96	0	61	17	28	0	54	1.43
30245238--30245277	18	2.2	18	86	0	53	22	22	0	55	1.44
30248729--30249521	177	4.5	177	85	2	952	27	23	16	32	1.96
30250654--30250815	54	3.0	54	81	8	186	14	22	17	45	1.85
30258947--30259073	42	3.0	42	85	6	170	29	26	13	29	1.94
30259032--30259151	47	2.6	47	84	4	145	29	27	15	27	1.96
30259180--30259359	31	5.8	31	92	2	281	25	27	20	27	1.99
30259335--30259463	50	2.5	51	91	2	206	24	21	17	36	1.94
30261628--30261688	30	2.0	30	83	0	77	39	4	26	29	1.77
30266567--30266606	21	1.9	21	89	0	62	22	5	2	70	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30266567--30266613	22	2.2	21	85	11	60	23	6	2	68	1.24
30266849--30266936	27	3.3	27	73	16	83	25	19	0	55	1.43
30266842--30266943	27	3.7	26	72	19	82	25	17	0	56	1.41
30267002--30267115	22	5.2	22	64	16	74	38	3	9	48	1.53
30266990--30267181	44	4.4	44	91	0	276	38	4	9	47	1.56
30267112--30267181	22	3.2	22	67	15	54	38	4	8	48	1.53
30269745--30269841	51	1.9	50	83	12	126	34	17	15	32	1.91
30269909--30270219	111	2.8	110	77	7	304	33	18	20	27	1.96
30270322--30270346	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
30270506--30270557	9	5.8	9	95	0	86	38	28	9	23	1.86
30271925--30271979	21	2.7	20	78	15	58	38	0	0	61	0.96
30272357--30272398	21	2.0	21	90	4	68	64	4	14	16	1.45
30277853--30277923	38	1.9	35	88	8	106	53	0	1	45	1.09
30277861--30277921	11	5.1	11	73	23	52	52	0	1	45	1.10
30278106--30278140	16	2.2	16	94	0	61	25	31	5	37	1.80
30280095--30280141	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
30284018--30284114	42	2.3	42	92	1	160	48	15	7	28	1.71
30284132--30284171	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
30288693--30288776	42	2.0	42	92	0	141	44	14	11	29	1.81
30288695--30288789	42	2.3	42	87	1	129	46	14	8	30	1.74
30288807--30288846	19	2.2	18	90	4	62	40	15	2	42	1.60
30297484--30297554	28	2.5	29	77	11	76	56	1	0	42	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30307048--30307095	16	3.3	15	82	8	55	6	27	0	66	1.15
30309183--30309213	12	2.6	12	94	0	53	12	0	9	77	0.99
30309164--30309226	30	2.1	30	82	5	74	11	1	12	74	1.14
30309164--30309233	18	3.9	17	75	10	59	11	1	11	75	1.11
30311283--30311322	19	2.2	18	86	4	53	12	7	7	72	1.27
30319285--30319325	20	2.0	21	85	4	57	36	9	14	39	1.79
30323806--30324054	124	2.0	124	99	0	489	41	7	17	33	1.77
30337137--30337269	55	2.4	55	88	1	187	26	29	21	22	1.99
30341544--30341675	66	2.0	66	100	0	264	31	15	10	42	1.81
30342791--30342835	23	2.0	23	82	8	56	62	0	6	31	1.21
30343045--30343093	23	2.1	23	96	0	89	30	4	6	59	1.41
30343997--30344142	78	1.9	78	98	0	283	39	25	23	12	1.89
30349761--30349809	21	2.4	21	89	3	73	22	28	8	40	1.82
30349763--30349809	10	4.5	11	79	10	55	23	27	8	40	1.83
30349983--30350053	19	3.6	19	87	7	106	42	19	25	12	1.87
30349986--30350064	40	2.0	40	94	0	140	40	17	27	13	1.88
30350067--30350124	27	2.1	27	90	0	89	46	18	13	20	1.83
30350230--30350268	17	2.3	17	86	8	53	43	20	0	35	1.52
30353321--30353408	43	2.0	43	100	0	176	38	14	18	28	1.90
30355233--30355279	19	2.5	19	80	13	60	57	4	0	38	1.18
30355320--30355352	16	2.2	15	89	10	50	45	6	0	48	1.27
30376007--30376039	16	2.1	16	100	0	66	39	0	42	18	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30376269--30376349	27	3.0	27	83	3	101	37	18	25	18	1.94
30376279--30376365	27	3.2	27	80	3	95	37	18	26	17	1.92
30379481--30379631	47	3.3	46	83	7	182	33	9	29	27	1.88
30379707--30379791	40	2.2	40	86	2	118	17	21	31	29	1.96
30382327--30382682	40	8.9	40	92	0	568	22	21	28	26	1.99
30382846--30382896	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
30386383--30386538	47	3.3	46	84	7	192	33	9	30	26	1.88
30386615--30386693	40	2.0	39	87	2	113	17	21	31	29	1.96
30391409--30391536	38	3.3	37	65	18	89	37	8	5	48	1.57
30391396--30391554	78	2.1	78	95	1	284	37	8	6	47	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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