genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41972013--41972055	16	2.7	16	85	0	59	9	20	18	51	1.74
41975693--41975747	27	2.0	27	96	0	101	27	18	36	18	1.94
41978750--41978894	40	3.6	40	85	4	184	26	24	25	23	2.00
41991847--41991891	15	2.9	16	81	15	51	53	0	0	46	1.00
41992204--41992233	15	2.0	15	100	0	60	46	26	13	13	1.80
41993928--41994006	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
41994125--41994331	47	4.4	47	98	0	405	30	29	7	31	1.85
41996531--41996970	222	2.0	222	94	0	765	38	9	15	35	1.81
42000276--42000333	30	1.9	30	92	0	98	34	13	25	25	1.93
42003430--42003614	47	3.9	47	88	0	271	34	11	27	27	1.91
42003446--42003523	22	3.4	22	70	16	68	35	11	26	25	1.90
42003823--42003968	37	3.9	37	93	0	238	23	17	30	27	1.97
42005243--42005490	40	6.2	40	93	0	424	23	23	28	24	1.99
42011511--42011542	15	2.1	15	94	0	55	0	21	0	78	0.76
42011740--42011773	15	2.2	16	89	5	52	20	5	8	64	1.43
42012091--42012117	12	2.2	12	100	0	54	55	7	0	37	1.28
42012147--42012194	19	2.5	19	80	9	62	64	6	2	27	1.28
42013081--42013112	12	2.7	12	100	0	64	68	6	18	6	1.32
42014235--42014296	24	2.6	24	86	0	88	30	25	6	37	1.81
42017494--42017545	16	3.2	16	76	13	52	44	0	1	53	1.11
42023379--42023839	166	2.7	168	85	6	619	32	16	12	39	1.85
42026036--42026272	118	2.0	118	95	0	429	32	27	13	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42033073--42033143	23	3.1	23	78	10	65	36	18	8	36	1.81
42033086--42033172	23	3.7	23	80	4	86	40	17	11	31	1.85
42035182--42035230	17	2.9	17	81	3	64	8	8	4	79	1.04
42035188--42035248	25	2.5	24	89	7	97	9	9	1	78	1.03
42035188--42035256	25	2.8	24	80	20	81	10	10	1	78	1.04
42036191--42036253	28	2.2	30	94	5	112	52	4	0	42	1.22
42036368--42036414	17	2.8	17	100	0	94	74	0	10	14	1.07
42036368--42036426	17	3.5	17	93	2	84	76	1	10	11	1.10
42036829--42036853	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
42038423--42038471	26	1.9	26	87	4	73	40	18	8	32	1.80
42038422--42038477	25	2.2	27	81	12	73	42	17	7	32	1.77
42039022--42039126	53	2.0	53	100	0	210	39	11	9	40	1.74
42039025--42039111	29	3.2	29	72	21	105	36	11	9	42	1.73
42040166--42040190	11	2.3	11	100	0	50	40	0	0	60	0.97
42043012--42043110	6	16.3	6	70	17	71	49	13	19	18	1.79
42043468--42043529	22	2.8	23	82	7	74	30	22	25	20	1.98
42044200--42044269	27	2.6	27	86	4	88	27	5	24	42	1.77
42044254--42044458	27	7.6	27	81	3	216	26	17	17	38	1.92
42044265--42044458	54	3.6	54	86	3	257	27	18	15	38	1.91
42044227--42044457	81	2.9	79	80	5	248	27	16	17	38	1.91
42046466--42046514	19	2.6	19	87	12	82	59	14	0	26	1.36
42046851--42046895	19	2.4	19	85	7	56	22	0	22	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42051593--42051760	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
42051616--42051760	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
42061405--42061446	20	2.1	20	90	0	66	16	26	33	23	1.96
42076727--42076990	138	1.9	137	87	3	386	20	23	16	39	1.92
42076732--42077005	46	6.0	46	89	0	343	21	23	15	39	1.91
42079931--42080016	30	2.8	31	79	6	79	40	20	15	23	1.90
42082320--42082389	30	2.3	31	83	9	83	21	34	22	21	1.97
42084857--42084929	25	2.9	25	78	8	85	24	19	17	38	1.93
42092819--42092921	51	2.0	51	98	0	197	31	22	11	34	1.90
42096190--42096357	43	3.9	43	92	0	273	12	25	32	29	1.92
42099663--42099725	25	2.5	25	89	5	92	22	19	17	41	1.90
42099677--42099732	25	2.2	25	90	0	85	21	21	19	37	1.94
42120841--42120925	44	1.9	44	82	0	107	21	16	29	32	1.95
42128534--42128627	46	2.0	46	93	0	161	36	21	11	30	1.89
42130547--42130719	59	3.0	58	90	8	291	32	18	15	33	1.92
42132379--42132596	40	5.5	40	90	1	296	24	28	23	22	1.99
42140450--42140610	40	4.0	40	91	3	227	24	29	24	21	1.99
42154422--42154646	40	5.7	40	84	5	269	24	21	28	25	1.99
42156761--42156793	16	2.1	16	88	5	50	39	0	3	57	1.14
42169018--42169137	53	2.3	54	82	4	156	25	18	27	28	1.98
42169039--42169167	53	2.4	53	84	2	152	27	17	26	28	1.98
42172617--42172649	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42176989--42177028	6	6.7	6	97	0	62	85	0	10	5	0.75
42180272--42180800	263	2.0	263	96	0	977	23	19	17	39	1.92
42182225--42182249	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
42187023--42187106	31	2.7	31	88	1	125	29	23	17	28	1.97
42187132--42187221	42	2.1	42	87	0	126	36	18	13	31	1.90
42187366--42187513	26	5.8	26	87	2	185	29	23	20	26	1.99
42187366--42187513	51	2.9	52	87	3	221	29	23	20	26	1.99
42188314--42188397	27	3.1	27	87	3	116	21	26	21	30	1.98
42188436--42188795	27	13.3	27	75	6	165	31	9	20	38	1.85
42188546--42188729	81	2.3	81	90	0	280	30	9	20	39	1.84
42188551--42188781	54	4.3	53	81	3	203	29	9	19	41	1.83
42188773--42188900	27	4.7	27	87	3	168	42	8	19	29	1.81
42189121--42189169	19	2.5	19	75	15	55	14	38	26	20	1.91
42190692--42190759	28	2.4	28	87	0	91	30	27	13	27	1.94
42199861--42199891	16	1.9	16	93	0	53	32	29	3	35	1.73
42206964--42206997	17	2.0	17	100	0	68	41	29	11	17	1.85
42219967--42220125	84	1.9	86	80	7	191	28	21	23	25	1.99
42220220--42220248	14	2.1	14	100	0	58	20	6	27	44	1.77
42221927--42221979	15	3.5	15	76	19	65	26	22	32	18	1.97
42221922--42221988	30	2.2	30	100	0	134	20	22	34	22	1.97
42223529--42223677	79	1.9	80	94	1	264	30	14	4	50	1.63
42225558--42225634	16	5.2	16	69	23	53	50	1	0	48	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42225532--42225603	38	2.0	37	84	13	96	51	0	4	44	1.20
42225555--42225604	26	2.0	26	84	4	66	52	0	0	48	1.00
42227900--42228017	39	3.0	39	94	0	209	22	25	29	22	1.99
42232185--42232503	47	6.7	47	93	2	505	32	8	30	28	1.87
42232622--42232700	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
42233866--42234253	40	9.8	40	93	2	611	22	20	29	26	1.99
42237867--42237945	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
42237822--42238373	47	11.7	47	95	1	964	32	8	30	29	1.87
42238492--42238570	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
42243873--42243990	39	3.0	39	94	0	209	21	24	30	23	1.99
42274354--42274531	40	4.5	40	85	4	218	25	26	20	27	1.99
42274354--42274584	80	2.9	79	80	7	234	25	26	21	27	1.99
42280496--42280608	27	4.2	26	82	8	127	37	22	23	17	1.94
42282843--42283058	40	5.4	40	90	2	296	25	27	22	24	2.00
42292035--42292060	7	3.7	7	100	0	52	42	46	11	0	1.40
42296334--42296373	19	2.1	19	95	0	71	25	2	17	55	1.55
42301821--42301877	29	2.0	29	92	0	96	40	8	29	21	1.83
42303658--42303703	24	1.9	24	86	8	67	21	30	30	17	1.96
42323804--42324072	47	5.7	47	77	10	207	30	18	27	23	1.98
42324444--42324470	13	2.1	13	100	0	54	14	7	22	55	1.64
42328619--42328938	27	11.9	27	85	3	259	35	24	5	35	1.78
42328619--42328923	54	5.6	54	82	1	333	34	24	5	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42328633--42328910	81	3.4	81	86	2	360	34	23	5	36	1.77
42328874--42329051	27	6.6	27	81	5	164	43	21	7	28	1.79
42328874--42329082	81	2.6	82	81	9	225	41	21	8	29	1.81
42328874--42329109	54	4.4	54	78	7	189	40	21	9	28	1.85
42328938--42329082	27	5.4	26	81	7	116	37	21	10	30	1.87
42329070--42329310	27	9.0	27	87	1	299	36	19	19	24	1.95
42329516--42329585	25	2.8	25	91	0	104	25	22	22	28	1.99
42329516--42329612	25	4.0	24	79	12	67	27	20	22	28	1.99
42330891--42330919	7	4.1	7	100	0	58	31	27	0	41	1.56
42333991--42334021	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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