genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21688198--21688322	45	2.8	45	82	6	137	36	19	18	25	1.94
21688658--21688755	49	2.0	49	89	0	151	47	6	19	26	1.72
21691474--21691520	23	2.0	23	100	0	94	6	17	25	51	1.69
21692987--21693024	3	13.3	3	83	10	53	63	0	36	0	0.95
21700516--21700657	33	4.4	31	74	10	99	23	38	12	25	1.90
21702831--21702878	19	2.6	18	83	3	51	68	2	27	2	1.11
21706671--21706703	17	1.9	17	93	0	57	42	45	3	9	1.51
21706793--21706869	9	8.6	9	88	0	73	27	9	20	42	1.82
21706793--21706869	18	4.3	18	85	6	93	27	9	20	42	1.82
21706793--21706869	27	2.9	27	84	3	93	27	9	20	42	1.82
21707781--21707837	27	2.1	27	90	6	89	15	42	17	24	1.88
21714284--21714354	19	3.7	19	84	5	90	57	7	1	33	1.34
21715337--21715633	3	99.7	3	72	9	178	59	0	8	30	1.32
21715460--21715538	22	3.5	23	72	16	67	59	1	6	32	1.31
21717178--21717312	49	2.7	49	87	4	191	28	23	14	34	1.93
21717289--21717627	130	2.6	131	82	6	404	29	22	17	30	1.97
21717468--21717669	86	2.4	85	84	3	262	31	20	16	31	1.95
21717474--21717713	86	2.8	86	82	3	234	30	20	17	32	1.95
21717337--21717799	216	2.1	216	91	1	750	29	19	17	32	1.95
21717142--21718028	44	19.8	44	70	10	397	28	21	17	31	1.96
21717551--21717898	130	2.6	132	82	5	407	29	20	18	31	1.96
21717814--21718029	89	2.4	89	82	3	247	27	24	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21722493--21722653	81	2.0	82	87	1	234	50	6	14	27	1.67
21722558--21722732	90	2.0	89	86	3	244	54	6	14	25	1.63
21730090--21730356	3	89.3	3	72	6	130	56	1	10	31	1.40
21730372--21730420	3	16.3	3	100	0	98	32	0	32	34	1.58
21736474--21736504	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
21741544--21741589	9	5.2	9	81	2	58	56	0	0	43	0.99
21741541--21741575	18	1.9	18	100	0	70	60	0	0	40	0.97
21747487--21747514	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
21751647--21751692	24	2.0	23	86	4	65	52	0	2	45	1.13
21751647--21751704	30	1.9	30	82	6	73	51	0	1	46	1.11
21751660--21751709	15	3.3	15	74	0	55	48	0	0	52	1.00
21754919--21755043	62	2.0	62	95	0	223	41	8	7	42	1.63
21758344--21758372	12	2.5	12	94	5	51	0	13	0	86	0.58
21759469--21759552	42	2.0	42	97	0	159	25	9	17	47	1.78
21772522--21772655	48	2.8	48	87	0	169	31	15	39	13	1.86
21773357--21773396	21	1.9	21	94	0	71	27	20	30	22	1.98
21773841--21773895	18	3.1	18	76	10	58	20	9	12	58	1.61
21773853--21773895	12	3.6	12	78	12	52	18	9	13	58	1.62
21774004--21774183	89	2.0	89	93	0	306	29	13	17	39	1.88
21774460--21774489	15	2.0	15	100	0	60	13	6	40	40	1.71
21774462--21774495	15	2.3	15	89	0	50	14	11	35	38	1.83
21776104--21776150	22	2.1	22	92	0	76	12	19	14	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21776216--21776274	27	2.2	27	87	3	84	27	3	15	54	1.57
21777664--21777747	38	2.3	38	87	4	118	44	26	9	20	1.82
21777696--21777766	36	2.0	36	83	5	90	50	26	5	16	1.67
21778113--21778183	3	24.0	3	78	8	56	2	35	0	61	1.10
21778803--21778849	16	2.7	18	81	15	55	53	4	4	38	1.40
21783464--21783498	19	1.9	17	88	11	52	28	17	0	54	1.43
21784195--21784260	29	2.3	27	77	10	69	65	0	7	27	1.20
21784205--21784262	30	2.0	29	82	3	71	63	0	8	27	1.23
21790120--21790291	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	20	1.98
21790113--21790288	46	3.8	46	78	12	198	28	29	21	20	1.98
21792849--21792913	34	1.9	34	93	6	114	44	9	9	36	1.68
21792847--21792924	34	2.3	34	86	4	113	44	10	8	35	1.70
21793211--21793363	28	5.4	28	78	3	137	54	5	16	22	1.64
21798156--21798182	12	2.2	12	100	0	54	22	22	11	44	1.84
21801339--21801475	40	3.4	40	86	2	159	23	16	26	33	1.96
21807035--21807159	62	2.0	62	100	0	250	35	4	17	42	1.71
21814025--21814064	21	1.9	21	85	10	55	37	27	2	32	1.70
21817236--21817270	16	2.2	16	89	0	52	42	11	0	45	1.40
21825240--21825285	19	2.4	18	75	10	56	34	2	0	63	1.07
21843434--21843503	36	1.9	36	88	0	104	35	31	4	28	1.77
21851395--21851447	18	2.9	18	88	0	79	26	16	26	30	1.97
21857188--21857235	20	2.3	20	89	3	78	50	10	14	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21861588--21861666	39	2.0	39	97	0	149	54	8	10	26	1.63
21861865--21861891	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
21872220--21872278	28	2.1	28	100	0	118	28	0	10	61	1.29
21872992--21873051	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
21873523--21873569	21	2.3	20	89	7	76	17	21	31	29	1.96
21873471--21873612	68	2.1	68	94	0	248	19	17	31	30	1.95
21875567--21875615	10	5.1	9	85	11	62	32	10	2	55	1.45
21879157--21879516	46	7.8	46	91	1	452	21	23	14	41	1.89
21883176--21883208	12	2.7	13	90	9	52	0	9	0	90	0.44
21891090--21891271	40	4.6	40	92	2	287	25	27	22	24	2.00
21894071--21894126	13	4.2	13	73	13	51	35	3	0	60	1.14
21894070--21894125	27	2.0	28	86	10	80	35	3	0	60	1.14
21894070--21894114	13	3.2	15	78	15	60	37	2	0	60	1.09
21903279--21903353	32	2.4	31	80	8	80	61	2	2	33	1.24
21903300--21903376	31	2.5	31	81	10	93	62	3	3	29	1.31
21905694--21905750	5	10.6	5	81	10	60	24	17	0	57	1.39
21905693--21905749	22	2.6	22	83	5	71	24	17	0	57	1.39
21905879--21905918	11	3.6	11	87	9	55	27	10	0	62	1.27
21905877--21905911	12	3.0	12	87	8	54	31	8	0	60	1.27
21905950--21906027	16	5.1	14	72	22	52	24	7	2	65	1.32
21906202--21906258	5	10.6	5	78	14	60	19	26	0	54	1.44
21906205--21906257	11	4.9	10	80	15	61	20	28	0	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21906205--21906263	22	2.7	22	84	7	75	23	25	0	50	1.49
21906367--21906423	27	2.1	27	93	6	98	26	14	0	59	1.35
21906365--21906562	46	4.3	47	73	18	150	25	13	0	60	1.38
21906365--21906593	89	2.5	89	80	11	214	25	13	0	59	1.40
21906488--21906558	21	3.4	21	70	18	67	25	9	1	63	1.34
21906440--21906612	89	1.9	90	83	5	226	25	12	1	60	1.39
21909675--21909783	46	2.4	46	80	0	128	24	23	20	31	1.98
21909756--21910187	55	7.8	55	80	5	381	32	18	17	31	1.94
21912299--21912340	21	2.0	21	90	9	68	61	4	9	23	1.45
21913193--21913258	25	2.7	24	80	2	78	30	22	19	27	1.98
21914994--21915072	25	3.2	25	87	0	77	18	26	21	32	1.97
21915009--21915076	25	2.7	25	90	0	109	16	27	20	35	1.94
21919288--21919398	45	2.5	45	86	0	141	24	18	15	42	1.88
21920445--21920661	21	10.3	21	70	2	130	49	14	19	15	1.79
21920441--21920662	42	5.3	42	81	0	210	49	14	20	15	1.80
21924042--21924070	13	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
21926054--21926144	35	2.6	35	85	13	125	38	8	14	38	1.77
21926066--21926137	19	3.9	19	89	10	123	37	9	15	37	1.80
21926066--21926160	19	4.8	22	75	21	79	36	8	15	38	1.78
21930409--21930637	39	5.9	39	94	0	395	22	24	30	22	1.99
21940058--21940252	90	2.2	88	87	3	266	29	19	22	28	1.98
21939750--21940416	220	3.1	220	87	4	921	32	19	21	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21940279--21940573	78	3.8	78	90	1	457	32	18	24	25	1.97
21940513--21940786	45	6.1	45	77	6	250	31	14	27	26	1.95
21940587--21940786	89	2.2	90	83	3	251	32	13	28	25	1.94
21941146--21941190	17	2.5	18	89	7	65	37	11	15	35	1.83
21942596--21942654	17	3.1	19	85	14	86	38	10	15	35	1.81
21946495--21946559	8	7.9	8	75	17	53	84	0	12	3	0.73
21946494--21946560	9	6.9	9	79	12	71	85	0	11	2	0.72
21946493--21946560	5	13.8	5	76	13	52	85	0	11	2	0.71
21946493--21946560	21	3.4	19	80	9	82	85	0	11	2	0.71
21947507--21948460	84	11.4	84	86	6	1377	30	23	22	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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