genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86818950--86819043	42	2.2	42	82	0	107	15	23	18	42	1.88
86822432--86822592	43	3.7	43	70	9	130	26	16	22	34	1.95
86822622--86822652	5	6.2	5	92	0	53	45	19	16	19	1.86
86822908--86822949	19	2.2	19	86	0	57	59	23	2	14	1.47
86825810--86825876	30	2.2	30	94	0	116	55	4	7	32	1.48
86836720--86836774	25	2.2	24	78	15	58	38	1	3	56	1.28
86836729--86836787	25	2.3	27	88	11	104	30	3	5	61	1.34
86836735--86836787	25	2.1	25	100	0	106	32	3	3	60	1.32
86836795--86836835	22	1.9	22	85	5	57	60	4	2	31	1.30
86837214--86837254	20	2.0	20	95	0	73	43	4	2	48	1.37
86848255--86848297	16	2.6	16	85	3	59	62	13	6	16	1.51
86848617--86848660	21	2.0	21	86	4	61	36	0	0	63	0.95
86856151--86856189	20	2.0	20	84	0	51	56	5	15	23	1.59
86861446--86861493	22	2.2	22	96	0	87	41	14	25	18	1.88
86862136--86862268	55	2.4	55	89	0	203	21	23	29	25	1.99
86864232--86864271	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
86868266--86868402	60	2.3	60	88	1	193	32	37	9	19	1.84
86876423--86876457	18	1.9	18	100	0	70	22	22	37	17	1.94
86881555--86881584	13	2.3	13	94	0	51	40	0	13	46	1.43
86884414--86884484	23	3.2	23	78	6	74	33	1	0	64	1.02
86884423--86884462	12	3.4	12	79	6	55	27	0	0	72	0.85
86885006--86885218	117	1.8	117	87	0	318	45	23	8	23	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86888870--86888923	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
86895029--86895137	31	3.5	31	91	0	164	29	25	17	27	1.97
86895356--86895478	26	4.8	26	87	1	169	26	22	23	26	2.00
86895356--86895478	52	2.4	51	93	2	203	26	22	23	26	2.00
86896279--86896362	27	3.1	27	91	3	125	20	26	21	32	1.98
86896424--86896521	27	3.6	27	72	10	72	33	7	18	40	1.78
86896473--86896731	27	9.6	27	78	6	213	29	7	22	40	1.81
86896486--86896692	81	2.6	79	83	6	236	27	7	22	42	1.81
86896512--86896720	80	2.6	81	83	2	233	28	8	22	41	1.82
86896459--86896898	27	16.3	27	80	4	210	33	8	20	37	1.82
86896685--86896895	54	3.9	54	85	0	242	39	8	19	32	1.82
86896701--86896895	81	2.4	81	80	0	246	39	8	20	32	1.82
86898768--86898821	27	2.0	27	85	0	72	40	5	14	38	1.70
86903617--86903679	28	2.2	29	85	5	83	65	0	1	33	1.03
86907968--86907997	15	1.9	16	93	6	53	40	0	33	26	1.57
86908429--86908463	18	1.9	18	94	0	61	40	22	8	28	1.84
86908762--86908962	100	2.0	100	100	0	402	27	26	14	30	1.95
86912275--86912356	25	3.2	25	76	10	92	26	2	12	58	1.46
86912299--86912344	9	4.9	10	78	21	55	21	0	17	60	1.35
86912337--86912424	21	4.3	21	69	13	76	29	2	10	57	1.44
86912273--86912424	30	5.3	30	80	7	158	28	1	11	57	1.45
86912785--86912818	17	2.0	17	94	0	59	29	14	14	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86912850--86912929	26	3.1	26	94	0	133	21	5	21	52	1.65
86916956--86916997	22	2.0	21	85	4	57	47	2	0	50	1.14
86921993--86922030	20	1.9	20	94	0	67	60	0	2	36	1.11
86922503--86922567	24	2.7	23	78	4	67	26	4	3	66	1.26
86922522--86922559	19	2.0	19	89	0	58	26	5	2	65	1.27
86922813--86922852	21	2.0	21	85	5	55	55	25	2	17	1.55
86930511--86930544	11	3.0	11	91	4	50	85	2	11	0	0.71
86930510--86930544	6	5.8	6	90	10	54	82	2	14	0	0.77
86932101--86932129	13	2.2	13	100	0	58	27	13	6	51	1.66
86932747--86932792	15	3.0	16	78	9	60	67	0	0	32	0.91
86932747--86932793	16	3.0	15	81	6	58	68	0	0	31	0.90
86932903--86932970	30	2.2	31	79	10	77	38	5	11	44	1.65
86933492--86933538	23	2.0	25	87	8	71	65	8	0	25	1.20
86933636--86933665	15	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
86938565--86938638	19	3.8	20	79	12	73	45	22	1	29	1.61
86941642--86941751	46	2.4	46	83	6	125	33	21	20	23	1.97
86943712--86943761	20	2.4	22	80	6	59	54	16	4	26	1.59
86947375--86947408	14	2.4	14	85	0	50	70	2	2	23	1.15
86948512--86948566	23	2.4	23	70	11	58	47	1	9	41	1.46
86952473--86952497	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
86956664--86956710	16	3.1	16	87	6	71	55	0	2	42	1.12
86957063--86957095	14	2.4	14	85	5	50	51	0	6	42	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86958548--86958587	21	2.0	20	90	5	62	40	0	17	42	1.49
86960788--86960827	21	1.9	21	89	0	62	37	2	2	57	1.26
86960789--86960853	29	2.3	27	77	15	67	36	4	4	53	1.42
86960900--86960950	24	2.1	25	85	3	68	35	0	7	56	1.28
86960911--86960972	24	2.7	23	83	14	74	33	1	8	56	1.38
86967472--86967498	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
86970255--86970355	39	2.6	39	91	0	166	38	24	24	11	1.89
86970273--86970337	21	3.2	21	73	20	75	40	23	26	10	1.87
86976671--86976798	31	4.1	31	86	4	168	40	10	29	18	1.85
86979362--86979472	37	3.0	37	91	0	177	37	13	20	27	1.91
86984233--86984267	5	7.0	5	96	0	61	57	0	42	0	0.99
86984693--86984763	35	2.0	35	91	0	115	40	9	12	36	1.77
86986108--86986187	43	1.9	42	82	5	99	67	6	16	10	1.39
86986163--86986207	18	2.4	19	85	7	56	62	2	22	13	1.42
86986120--86986214	43	2.2	43	82	1	109	65	5	17	11	1.43
86986876--86986914	18	2.1	19	85	4	53	30	2	0	66	1.05
86993275--86993321	21	2.2	21	92	7	78	42	8	25	23	1.82
86997843--86997903	20	3.0	21	65	29	51	59	1	1	37	1.17
86999083--86999113	15	2.1	15	93	0	53	32	16	0	51	1.44
87004418--87004497	35	2.3	36	72	14	85	22	18	16	42	1.89
87004611--87004691	40	2.0	40	97	0	153	22	18	3	55	1.58
87015479--87015518	19	2.2	19	86	4	55	70	5	2	22	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87019974--87020016	14	3.1	14	93	0	77	39	0	37	23	1.55
87020045--87020084	19	2.1	19	90	9	64	30	12	32	25	1.92
87020101--87020130	14	2.1	14	93	0	51	13	3	40	43	1.60
87020158--87020193	13	2.6	14	86	8	56	27	0	38	33	1.57
87021139--87021188	21	2.3	23	93	6	86	38	40	4	18	1.69
87021178--87021292	7	16.1	7	71	10	63	47	26	1	23	1.61
87021441--87021744	41	7.4	40	83	5	270	20	21	22	35	1.96
87029766--87029820	29	2.0	27	89	7	83	34	0	0	65	0.93
87029899--87029977	5	15.6	5	71	17	56	34	1	0	64	1.02
87029894--87029974	12	6.5	12	72	18	60	34	1	0	64	1.02
87029892--87029977	15	5.7	16	75	22	80	33	1	0	65	1.01
87033147--87033245	17	6.4	17	71	21	51	59	0	5	35	1.19
87033164--87033236	11	6.4	11	71	13	58	60	0	4	35	1.16
87039578--87039682	42	2.7	38	75	11	106	48	8	12	30	1.71
87042901--87042943	22	1.9	23	90	4	70	20	2	0	76	0.89
87043172--87043314	23	6.3	23	66	23	72	30	2	2	65	1.19
87043215--87043248	16	2.1	16	94	0	59	23	0	8	67	1.18
87043259--87043314	18	3.2	17	77	7	67	32	0	0	67	0.91
87043339--87043392	21	2.5	22	82	14	60	29	3	1	64	1.21
87043395--87043434	19	2.2	19	86	4	55	35	5	0	60	1.19
87043801--87043850	19	2.9	16	80	13	55	40	10	16	34	1.81
87043811--87043853	19	2.1	21	87	8	63	39	9	16	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87044375--87044409	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
87053602--87053659	15	3.9	15	82	10	75	86	0	13	0	0.58
87053604--87053659	7	7.7	7	81	15	69	85	0	14	0	0.59
87053602--87053653	9	5.7	9	84	11	61	86	0	13	0	0.57
87053601--87053659	22	2.7	21	87	12	84	86	0	13	0	0.57
87053601--87053659	23	2.6	24	87	10	81	86	0	13	0	0.57
87054719--87055154	87	5.0	86	66	19	249	33	19	19	27	1.96
87054719--87055241	175	3.0	175	89	2	786	33	18	20	27	1.96
87055656--87055753	19	5.2	19	90	7	155	38	10	15	35	1.81
87055646--87055742	36	2.6	35	76	20	99	38	11	13	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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