genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9394874--9394979	7	14.9	7	71	18	60	34	2	0	61	1.17
9394876--9395071	3	61.0	3	66	23	57	34	5	1	58	1.28
9394908--9395023	13	9.1	13	71	24	70	37	4	0	57	1.18
9394908--9394979	27	2.7	28	77	14	71	36	2	0	61	1.11
9394935--9395023	20	4.7	19	74	25	75	39	3	0	57	1.15
9395316--9395362	15	3.1	14	77	22	51	27	2	2	68	1.13
9404194--9404221	13	2.2	13	100	0	56	46	7	0	46	1.30
9412281--9412360	5	16.0	5	100	0	160	40	0	0	60	0.97
9415133--9415176	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
9417176--9417205	8	3.8	8	100	0	60	53	23	23	0	1.46
9417807--9417862	20	2.8	19	79	12	60	26	17	21	33	1.96
9420612--9420719	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
9422300--9422411	27	4.1	27	82	6	147	20	24	20	34	1.96
9422299--9422406	54	2.0	54	96	0	198	20	24	20	35	1.96
9423246--9423353	26	4.2	26	93	0	180	33	7	23	36	1.83
9424929--9425069	54	2.6	53	94	2	237	17	24	24	34	1.95
9424929--9425087	27	5.9	27	83	11	193	18	24	22	34	1.96
9429229--9429292	5	12.6	5	85	9	85	35	3	0	60	1.12
9429231--9429297	8	8.0	8	80	15	57	35	2	0	61	1.12
9433186--9433232	24	2.0	22	84	8	58	34	10	4	51	1.56
9433257--9433298	22	2.0	21	86	9	59	45	7	0	47	1.30
9437163--9437387	48	4.7	48	78	1	227	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9437167--9437387	96	2.3	96	90	0	343	28	18	26	26	1.98
9438541--9438581	21	2.0	20	90	4	64	14	34	34	17	1.90
9441441--9441499	31	1.9	30	83	10	75	28	5	10	55	1.54
9442391--9442859	131	3.6	130	78	3	426	27	19	17	35	1.95
9445699--9445800	50	2.0	50	98	0	195	39	13	30	16	1.88
9453107--9453151	21	2.1	21	100	0	90	26	4	26	42	1.74
9454737--9455002	77	3.5	74	79	9	270	39	10	6	42	1.66
9456665--9456823	85	1.9	85	85	0	219	42	12	14	30	1.83
9457541--9457661	49	2.5	48	82	5	136	30	29	14	25	1.94
9474382--9474437	28	2.0	29	82	3	69	14	21	44	19	1.86
9476208--9476278	21	3.3	21	92	2	106	15	22	16	45	1.85
9476235--9476300	21	3.0	24	87	10	88	15	21	15	48	1.81
9477017--9477068	26	2.0	25	82	10	61	17	7	38	36	1.78
9481939--9481977	21	1.9	20	84	5	51	46	2	0	51	1.14
9482985--9483023	14	2.8	14	92	0	60	53	2	5	38	1.37
9483451--9483498	15	2.9	16	74	20	53	43	0	2	54	1.12
9483450--9483518	34	2.0	34	86	10	97	46	0	4	49	1.21
9484359--9484410	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
9484443--9484479	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
9484491--9484546	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
9485492--9485543	19	2.7	19	71	11	52	51	1	0	46	1.12
9485500--9485546	25	1.9	24	86	4	67	46	4	0	48	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9485865--9485905	20	2.0	21	90	4	66	43	0	0	56	0.99
9493486--9493597	55	2.0	55	98	0	215	40	23	8	27	1.84
9499507--9499535	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
9502421--9502457	19	2.0	19	94	5	67	40	0	5	54	1.24
9502424--9502468	18	2.4	19	85	10	58	44	0	4	51	1.21
9509517--9509613	49	2.0	49	95	0	176	19	8	22	49	1.75
9513404--9513436	16	2.1	16	88	11	50	24	6	0	69	1.10
9519003--9519202	47	4.4	46	71	18	154	56	6	3	35	1.39
9519072--9519113	18	2.2	20	83	8	52	59	2	4	33	1.31
9519198--9519254	25	2.2	27	84	6	73	54	7	5	33	1.50
9519193--9519269	27	2.8	27	79	13	77	53	6	6	33	1.53
9519446--9519486	21	1.9	22	85	5	57	51	9	4	34	1.56
9519473--9519517	23	2.0	22	82	4	54	48	2	4	44	1.35
9519717--9519754	19	2.0	19	85	10	51	65	0	2	31	1.06
9521612--9521646	14	2.6	14	90	4	54	57	5	8	28	1.52
9521492--9521720	88	2.6	86	85	8	275	39	20	13	27	1.89
9521668--9521863	75	2.7	73	88	4	295	33	20	14	31	1.93
9524639--9524887	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
9524638--9524887	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
9524982--9525013	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
9525224--9525281	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
9530106--9530208	37	2.8	37	95	0	179	23	32	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9530358--9530459	50	2.0	50	100	0	204	32	25	5	36	1.80
9530429--9530490	31	2.0	31	96	0	115	35	24	3	37	1.72
9530460--9530733	48	5.4	46	75	17	201	31	26	6	36	1.81
9530349--9530586	127	1.9	127	93	1	413	32	26	5	36	1.78
9530379--9530538	79	2.0	80	93	2	277	33	25	5	36	1.78
9530593--9530623	14	2.2	14	94	0	53	19	25	16	38	1.92
9530545--9530671	62	2.0	62	100	0	254	29	25	7	37	1.84
9530497--9530719	110	2.0	110	96	0	410	30	26	7	36	1.83
9539820--9540025	46	4.4	47	72	17	157	56	6	2	33	1.39
9539961--9540021	23	2.7	22	85	9	79	60	4	1	32	1.28
9539850--9540021	91	1.9	89	80	9	197	56	6	3	33	1.42
9541387--9541416	14	2.1	14	93	0	51	56	6	16	20	1.62
9541983--9542054	32	2.3	32	81	13	87	58	0	5	36	1.22
9543680--9543749	25	2.7	25	80	8	79	55	5	7	31	1.50
9543949--9543993	23	2.0	22	82	4	54	48	2	4	44	1.35
9544196--9544235	15	2.6	15	88	11	55	70	0	5	25	1.08
9544840--9544881	9	4.9	9	80	11	52	11	0	4	83	0.79
9544841--9544873	16	2.1	16	94	0	57	12	0	3	84	0.72
9553582--9553753	46	3.7	46	75	13	172	30	27	19	22	1.98
9553580--9553773	46	4.2	46	71	14	148	30	28	18	22	1.97
9559910--9560156	45	5.6	43	70	5	154	31	18	23	27	1.97
9559996--9560196	44	4.6	44	68	11	124	28	16	24	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9559905--9560196	132	2.2	132	96	0	539	29	17	23	28	1.97
9560087--9560283	87	2.3	87	87	3	272	27	17	24	30	1.97
9560174--9560415	132	1.8	132	88	3	371	28	18	24	28	1.98
9559955--9560462	219	2.3	219	93	0	847	29	18	23	28	1.98
9560259--9560453	87	2.2	86	83	6	232	29	19	23	27	1.98
9563327--9563699	130	2.9	130	86	0	478	29	18	18	33	1.95
9577523--9577567	18	2.5	19	79	17	51	62	0	2	35	1.08
9577622--9577690	27	2.5	28	81	4	88	24	28	36	10	1.88
9578187--9578224	17	2.2	17	100	0	76	10	0	10	78	0.95
9578195--9578235	17	2.4	17	87	0	55	21	0	4	73	1.02
9581524--9581595	23	3.1	23	77	13	76	51	4	8	36	1.51
9581633--9581738	3	35.7	3	73	19	80	63	3	3	29	1.29
9583241--9583438	85	2.3	85	91	0	315	30	22	18	28	1.97
9583331--9583614	129	2.2	129	99	0	559	29	21	19	29	1.98
9583163--9583778	44	14.4	42	66	16	236	29	21	18	30	1.97
9583471--9583781	167	1.9	167	95	0	559	29	20	19	30	1.97
9596553--9596662	3	36.7	3	74	17	86	63	3	3	29	1.28
9602829--9602857	13	2.1	14	93	6	51	0	13	0	86	0.58
9603513--9603557	23	1.9	24	81	4	56	44	2	11	42	1.52
9605598--9605776	38	4.7	38	91	1	236	25	27	15	31	1.96
9608988--9609032	23	1.9	24	86	4	65	53	17	2	26	1.56
9612184--9612256	29	2.5	28	84	10	85	30	5	2	61	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9612153--9612236	28	3.0	29	81	16	90	32	4	2	60	1.30
9615874--9615914	6	6.8	6	97	0	73	53	0	0	46	1.00
9622272--9622315	20	2.2	20	88	8	63	38	0	6	54	1.27
9623681--9623714	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
9625376--9625540	61	2.7	60	75	12	167	54	3	0	41	1.22
9629583--9629749	46	3.5	46	75	12	156	28	28	16	25	1.97
9630814--9630899	21	4.0	22	82	10	106	37	25	22	15	1.93
9630814--9630900	44	2.0	41	84	6	111	36	25	21	16	1.94
9631103--9631213	29	4.0	29	92	4	176	47	29	3	18	1.66
9631103--9631213	55	2.0	54	89	7	168	47	29	3	18	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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