genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26432352--26432503	48	3.0	48	83	9	205	38	6	23	31	1.81
26432644--26432746	37	2.8	37	89	0	161	23	21	32	23	1.98
26435811--26435905	43	2.2	43	84	3	120	32	25	15	26	1.96
26450551--26450602	23	2.4	21	79	17	61	65	5	1	26	1.26
26450645--26450704	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
26453228--26453319	46	2.0	46	91	0	148	25	13	9	52	1.70
26463183--26463366	27	6.9	27	78	3	167	36	17	14	31	1.90
26463298--26463377	27	3.0	27	78	14	85	35	16	20	28	1.94
26466287--26466392	43	2.5	42	80	7	124	28	18	23	29	1.98
26473122--26473159	20	2.0	19	85	10	51	44	5	18	31	1.72
26475253--26475294	21	1.9	23	90	9	70	38	23	9	28	1.86
26478765--26478876	48	2.3	48	98	0	215	35	5	25	33	1.79
26478858--26478896	20	2.0	20	100	0	78	30	0	33	35	1.58
26478810--26478945	68	2.0	68	100	0	272	33	4	29	32	1.77
26478878--26479040	48	3.4	48	98	0	317	34	5	28	31	1.80
26478765--26479108	116	3.0	116	88	5	484	34	5	27	32	1.79
26478765--26479204	164	2.7	164	98	0	844	34	5	27	32	1.80
26479022--26479060	20	2.0	20	100	0	78	30	0	33	35	1.58
26478974--26479108	68	2.0	68	100	0	270	34	4	28	32	1.77
26479042--26479375	48	7.0	48	93	0	551	35	7	27	29	1.84
26478810--26479156	116	3.0	116	89	5	499	34	5	28	31	1.79
26479523--26479667	37	3.9	37	88	0	209	24	18	31	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26480944--26481594	82	8.0	82	94	1	985	23	21	29	26	1.99
26480944--26481594	204	3.2	204	92	1	1058	23	21	29	26	1.99
26481758--26481808	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
26485196--26485532	48	7.0	48	95	0	575	35	7	27	30	1.84
26485674--26485782	37	2.9	37	89	2	166	23	18	30	27	1.98
26488095--26488272	31	5.7	31	87	1	241	29	17	25	27	1.97
26488095--26488272	93	1.9	93	89	2	277	29	17	25	27	1.97
26488283--26488409	33	3.8	33	86	0	173	35	8	19	36	1.83
26488283--26488409	66	1.9	66	88	0	191	35	8	19	36	1.83
26490311--26490434	43	2.9	43	81	9	164	31	24	15	29	1.95
26497272--26497383	43	2.6	42	84	5	127	35	25	15	24	1.94
26517661--26517698	17	2.2	17	90	0	58	15	5	15	63	1.48
26532905--26532943	20	2.0	20	100	0	78	53	20	10	15	1.70
26558433--26558805	47	7.9	47	96	0	656	32	8	30	28	1.87
26558924--26559002	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
26562702--26562824	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
26562702--26562824	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
26562727--26562837	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
26571003--26571126	28	4.4	28	87	3	160	26	12	27	33	1.92
26575277--26575407	40	3.3	39	81	4	165	25	28	23	22	2.00
26583225--26583392	40	4.2	40	86	3	223	26	27	22	23	1.99
26606478--26606548	35	2.0	35	97	0	133	50	12	14	22	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26607563--26607599	9	3.9	9	86	13	56	62	0	0	37	0.96
26607563--26607600	5	7.8	5	83	16	53	60	0	0	39	0.97
26607561--26607600	20	2.0	20	100	0	80	60	0	0	40	0.97
26623987--26624104	62	1.9	62	87	0	173	26	22	28	22	1.99
26623989--26624118	62	2.1	62	82	0	152	27	24	26	20	1.99
26626404--26626676	96	2.8	97	87	3	392	21	28	20	28	1.98
26626403--26626675	48	5.7	48	79	7	304	21	28	20	28	1.98
26631834--26631879	22	2.1	22	95	0	83	30	19	23	26	1.98
26634124--26634358	48	4.9	48	79	4	240	25	25	18	30	1.98
26635733--26635767	18	2.0	17	94	5	61	20	17	5	57	1.60
26642940--26642976	18	2.1	18	94	0	65	48	8	10	32	1.67
26643585--26643622	19	2.0	19	89	0	58	36	10	21	31	1.87
26643809--26643862	26	2.0	26	85	7	72	59	20	3	16	1.52
26647617--26647641	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
26650872--26650930	27	2.1	28	81	6	66	64	8	8	18	1.46
26654627--26654665	19	2.0	19	85	5	51	66	2	2	28	1.18
26660620--26660706	17	5.1	17	80	0	102	47	13	8	31	1.72
26660773--26660815	23	2.0	22	86	9	61	37	25	11	25	1.90
26661373--26661447	18	4.2	18	75	11	73	48	18	1	32	1.57
26661835--26661906	29	2.5	29	78	13	76	48	18	0	33	1.48
26661832--26661896	30	2.2	29	88	2	94	50	18	0	30	1.47
26665181--26665247	32	2.1	31	83	8	82	37	5	0	56	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26670905--26670942	20	2.0	20	89	5	60	60	0	0	39	0.97
26674961--26675247	27	10.6	27	81	3	211	33	21	8	36	1.83
26674961--26675255	54	5.5	54	83	0	268	33	22	7	36	1.83
26674981--26675190	81	2.6	80	89	1	303	29	23	8	39	1.83
26675210--26675338	27	4.8	27	79	5	109	38	18	11	31	1.87
26675183--26675338	54	2.9	52	78	7	125	39	18	11	30	1.86
26675316--26675495	27	6.7	27	85	1	236	35	17	20	26	1.95
26675316--26675495	80	2.2	81	91	1	281	35	17	20	26	1.95
26675653--26675683	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
26675716--26675810	25	3.8	25	87	4	138	26	24	22	27	2.00
26678760--26678857	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
26678788--26678870	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
26678760--26678871	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
26681650--26681716	27	2.5	27	80	0	80	40	20	5	32	1.77
26681695--26682201	27	18.8	27	80	6	253	32	21	8	37	1.84
26681696--26681878	81	2.3	81	89	0	285	31	24	6	37	1.81
26681695--26682201	54	9.4	54	77	5	292	32	21	8	37	1.84
26682073--26682776	27	26.1	27	79	6	131	35	20	9	34	1.85
26682046--26682228	81	2.3	82	84	3	228	29	21	9	38	1.86
26682194--26682398	80	2.6	80	84	5	254	40	19	9	31	1.84
26682417--26682576	27	5.9	27	87	1	144	30	21	7	40	1.81
26682429--26682577	81	1.8	81	86	2	219	31	20	6	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26682449--26682604	81	1.9	81	82	0	195	33	21	6	38	1.79
26682564--26682738	81	2.2	80	84	5	226	41	19	8	31	1.80
26681857--26682776	54	17.1	54	77	4	278	35	20	9	34	1.85
26682569--26682776	81	2.6	81	81	7	217	40	20	8	30	1.83
26682757--26682980	27	8.4	27	86	1	283	36	18	19	25	1.94
26683185--26683279	25	3.8	25	91	0	145	27	23	21	28	1.99
26683185--26683304	25	4.8	26	86	5	106	28	21	21	28	1.99
26683185--26683304	50	2.4	50	83	5	118	28	21	21	28	1.99
26683498--26683579	28	2.8	29	78	14	96	30	19	25	24	1.98
26688023--26688078	23	2.4	23	82	11	69	50	10	21	17	1.77
26688118--26688191	22	3.3	21	73	14	67	63	5	10	20	1.46
26688128--26688191	24	2.8	23	76	17	62	64	6	10	18	1.46
26688118--26688256	45	3.1	45	76	11	142	60	10	11	17	1.58
26692316--26692353	20	1.9	20	88	0	58	34	18	13	34	1.89
26692415--26692457	20	2.1	20	86	4	59	58	0	0	41	0.98
26692417--26692518	38	2.6	39	80	9	102	62	0	0	35	1.08
26692436--26692527	9	9.7	9	72	16	53	65	1	1	32	1.07
26692439--26692471	8	4.1	8	92	7	50	63	0	0	36	0.95
26692448--26692508	30	2.0	31	84	9	81	67	0	1	31	1.01
26692418--26692527	10	11.3	10	69	14	52	62	0	0	35	1.08
26692494--26692538	20	2.2	20	88	7	65	64	4	2	28	1.25
26693459--26693585	63	2.0	63	96	0	236	25	6	17	51	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26693723--26693808	42	2.1	41	82	6	102	25	11	25	37	1.90
26695623--26695674	18	3.1	18	83	8	65	69	0	19	11	1.18
26701714--26701757	21	2.1	21	91	4	72	15	11	9	63	1.51
26702765--26702846	43	1.9	43	92	0	137	25	14	25	34	1.94
26705958--26705995	19	2.0	19	94	0	67	34	10	7	47	1.67
26706100--26706124	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26709591--26709878	48	6.0	48	76	6	183	27	18	27	26	1.98
26709654--26709878	96	2.3	97	81	7	242	29	19	27	24	1.98
26710476--26710519	22	2.0	22	100	0	88	31	9	9	50	1.65
26715530--26715580	20	2.6	20	96	3	95	31	11	17	39	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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