genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.278.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90999781--90999994	112	1.8	112	83	6	275	29	5	12	52	1.61
91004366--91004440	25	3.0	25	92	0	123	37	25	18	18	1.94
91011515--91012061	45	12.2	45	65	11	167	31	14	27	26	1.95
91011552--91012138	90	6.5	90	89	1	820	31	14	26	26	1.95
91013582--91013689	26	4.2	26	86	0	162	31	6	24	37	1.81
91015133--91015206	26	2.8	26	79	4	67	36	20	9	33	1.85
91015316--91015452	27	5.1	26	82	8	159	17	24	23	35	1.96
91015316--91015452	54	2.5	53	91	4	213	17	24	23	35	1.96
91015331--91015452	27	4.5	27	83	10	160	17	23	23	35	1.95
91015331--91015470	27	5.2	27	79	14	148	18	24	22	35	1.96
91016671--91016727	29	2.0	29	92	0	96	31	0	1	66	1.02
91016709--91016932	17	12.9	17	68	19	74	35	2	1	61	1.17
91016759--91016927	12	14.1	12	73	18	113	33	1	1	63	1.13
91016755--91016886	67	2.0	67	84	7	173	34	2	0	62	1.13
91016759--91016931	52	3.3	54	79	12	173	33	1	1	63	1.12
91017300--91017334	18	1.9	18	94	0	61	20	0	5	74	1.02
91017376--91017589	115	1.8	112	82	6	266	30	5	12	51	1.60
91018970--91019077	26	4.2	26	90	0	171	34	7	22	36	1.82
91018970--91019077	52	2.1	52	96	0	198	34	7	22	36	1.82
91023869--91023913	19	2.3	20	84	3	56	53	2	6	37	1.40
91025337--91025373	18	2.1	18	100	0	74	48	0	10	40	1.38
91046019--91046077	30	2.0	30	93	0	100	25	13	28	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91053313--91053372	30	2.0	30	93	0	102	23	6	25	45	1.77
91054677--91054900	104	2.2	104	92	1	369	17	18	31	31	1.95
91054930--91054981	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
91054819--91054969	72	2.1	72	90	2	234	23	15	29	31	1.96
91063215--91063384	93	1.8	93	94	0	304	21	21	29	28	1.98
91063219--91063390	46	3.7	46	78	16	201	21	21	28	28	1.99
91065140--91065174	10	3.6	10	92	3	54	20	0	2	77	0.90
91065169--91065229	19	3.3	18	80	13	70	32	6	0	60	1.22
91066695--91066785	19	4.9	19	88	8	134	37	13	15	34	1.86
91066702--91066785	35	2.3	37	87	8	127	36	14	15	33	1.88
91067074--91067108	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
91078871--91079016	76	1.9	79	82	13	187	34	18	22	23	1.96
91081241--91081464	40	5.7	40	80	9	210	25	20	27	26	1.99
91081334--91081487	79	1.9	81	80	10	183	27	18	25	27	1.98
91089034--91089253	39	5.7	40	81	11	235	25	21	27	25	2.00
91089034--91089253	76	2.8	80	83	9	260	25	21	27	25	2.00
91096841--91097049	80	2.6	78	84	5	244	26	20	26	26	1.99
91096802--91097026	40	5.7	40	84	5	269	25	21	26	26	2.00
91100798--91101049	61	4.1	61	90	0	380	34	8	17	39	1.80
91100948--91101059	32	3.6	32	70	16	108	33	5	17	42	1.72
91101007--91101064	18	3.4	18	65	18	52	36	5	15	43	1.69
91105316--91105502	39	4.7	40	79	6	202	25	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91105316--91105502	79	2.4	78	82	5	234	25	27	20	25	1.99
91110031--91110214	39	4.7	40	77	9	191	26	26	21	26	1.99
91114734--91114920	39	4.7	39	77	7	182	26	26	20	25	1.99
91114711--91114916	40	5.2	40	76	10	165	26	26	20	25	1.99
91114734--91114916	79	2.3	79	82	5	210	26	27	21	24	1.99
91119438--91119624	39	4.7	39	77	7	182	26	26	20	25	1.99
91119415--91119620	40	5.2	40	76	10	165	26	26	20	25	1.99
91119438--91119620	79	2.3	79	82	5	210	26	27	21	24	1.99
91124148--91124278	40	3.3	38	86	6	163	25	30	17	25	1.97
91124861--91124898	19	2.0	20	94	5	69	50	10	5	34	1.59
91127844--91127910	33	2.0	33	97	0	125	47	17	16	17	1.83
91130510--91130551	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
91133317--91133540	79	2.8	78	83	6	272	25	28	22	24	2.00
91133317--91133540	40	5.7	40	87	6	280	25	28	22	24	2.00
91142553--91142697	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
91146640--91146851	40	5.3	40	88	3	277	23	20	28	28	1.99
91163704--91163763	24	2.5	24	94	0	102	63	6	8	21	1.45
91164382--91164494	47	2.4	46	78	11	113	55	0	6	37	1.31
91164526--91164644	25	4.9	24	70	18	79	57	0	8	33	1.35
91169128--91169162	2	18.0	2	88	5	54	45	0	0	54	0.99
91170409--91170460	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
91172378--91172429	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91175313--91175403	30	2.7	36	74	22	106	27	12	29	30	1.92
91189637--91189670	17	2.0	17	88	11	52	67	0	0	32	0.91
91189923--91189998	22	3.7	21	73	15	59	40	17	5	36	1.72
91189959--91190049	19	4.9	19	89	8	143	36	14	9	39	1.79
91189971--91190041	35	2.0	36	94	2	126	36	12	11	39	1.79
91190413--91190583	45	3.8	45	88	1	245	26	29	14	30	1.95
91190413--91190582	89	1.9	89	91	0	277	26	29	14	30	1.95
91190612--91191218	78	7.8	78	87	2	815	25	23	18	32	1.97
91192454--91192502	17	2.8	17	78	6	53	24	8	0	67	1.18
91192716--91192751	17	2.2	16	90	5	54	30	2	5	61	1.33
91194265--91194313	17	2.8	17	78	6	53	24	8	0	67	1.18
91194544--91194579	17	2.2	16	90	5	54	30	2	5	61	1.33
91195918--91196384	220	2.1	220	91	0	736	28	21	17	32	1.96
91198385--91198629	49	4.9	49	84	3	319	28	26	18	26	1.98
91198398--91198629	100	2.3	98	86	2	320	29	26	18	25	1.98
91199277--91199336	30	2.0	30	84	12	79	30	26	5	38	1.78
91201383--91201421	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
91204153--91204397	49	4.9	49	84	3	328	28	27	18	25	1.98
91206298--91206336	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
91209079--91209316	49	4.8	49	84	5	316	30	26	18	24	1.98
91209093--91209316	101	2.3	98	88	2	322	30	27	17	24	1.97
91209972--91210031	30	2.0	30	87	6	86	30	26	5	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91210719--91210759	11	3.6	11	80	6	55	43	17	9	29	1.80
91210718--91210763	23	2.0	23	100	0	92	43	17	8	30	1.79
91221503--91221537	17	2.1	17	89	10	54	65	0	0	34	0.93
91221792--91221849	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
91221828--91221918	19	4.9	19	89	8	152	36	15	12	36	1.85
91221828--91221918	35	2.5	37	89	8	141	36	15	12	36	1.85
91222037--91222075	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
91237642--91237671	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
91240982--91241060	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
91241180--91241860	47	14.1	47	90	4	1002	28	29	9	33	1.88
91241180--91241860	98	7.0	95	90	5	992	28	29	9	33	1.88
91241185--91241860	145	4.6	145	92	2	1063	28	29	9	32	1.88
91241180--91241860	243	2.8	242	92	2	1107	28	29	9	33	1.88
91249344--91249551	62	3.3	62	80	3	222	28	27	24	19	1.99
91251640--91251708	31	2.2	33	84	10	90	44	2	0	52	1.16
91253481--91253559	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
91253680--91253806	47	2.7	47	82	2	148	26	31	9	32	1.88
91256082--91256124	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
91256591--91256743	28	5.6	27	95	2	252	26	13	28	32	1.93
91256566--91256743	55	3.2	56	90	3	270	25	12	28	32	1.93
91256591--91256743	83	1.8	83	94	0	270	26	13	28	32	1.93
91264746--91264898	28	5.5	28	96	0	254	26	13	28	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91267171--91267291	56	2.1	57	96	1	226	22	23	9	44	1.81
91267902--91267971	35	2.0	35	94	0	122	12	24	35	27	1.92
91275275--91275302	13	2.2	13	100	0	56	92	0	7	0	0.37
91282944--91283128	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
91282945--91283128	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
91282997--91283161	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
91289870--91289905	18	2.1	17	89	5	54	44	5	0	50	1.25
91292538--91292575	14	2.9	13	85	11	51	0	28	0	71	0.87
91296993--91297042	18	2.9	17	83	16	59	40	0	32	28	1.57
91301645--91301702	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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