genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80044416--80044448	13	2.4	14	90	5	50	42	12	0	45	1.41
80045800--80045838	21	1.9	20	89	5	60	48	20	2	28	1.62
80050997--80051042	23	2.0	23	100	0	92	34	17	26	21	1.95
80072636--80072759	40	3.1	40	89	2	178	28	21	24	25	1.99
80072645--80072769	39	3.2	39	90	1	178	25	22	27	24	2.00
80072698--80072782	39	2.2	39	91	0	134	25	22	29	22	1.99
80081431--80081528	51	1.9	51	95	0	178	32	10	16	40	1.82
80091441--80091484	15	2.9	15	89	0	70	31	36	13	18	1.90
80091504--80091571	33	2.1	33	86	5	93	22	36	23	17	1.94
80091780--80091820	21	2.0	21	85	9	57	21	29	19	29	1.98
80091840--80091881	15	2.8	15	85	0	57	42	11	21	23	1.86
80093646--80093723	28	2.8	28	86	5	104	46	1	5	47	1.33
80094126--80094170	21	2.1	21	84	8	56	42	8	4	44	1.56
80094989--80095038	23	2.3	21	83	13	57	42	20	2	36	1.63
80095677--80095723	23	2.0	23	100	0	94	44	8	4	42	1.54
80098009--80098060	26	2.0	26	84	3	68	17	25	23	34	1.96
80098025--80098076	26	2.0	26	84	0	68	19	30	19	30	1.96
80103185--80103282	49	2.0	51	83	4	128	27	39	17	15	1.89
80106848--80106934	42	2.1	42	100	0	174	48	2	24	25	1.63
80107492--80107631	61	2.3	58	78	12	149	48	12	12	26	1.76
80112458--80112499	18	2.3	18	95	0	75	50	0	2	47	1.14
80119338--80119413	33	2.2	33	88	4	107	38	13	6	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80119382--80120520	620	1.8	619	84	5	1544	33	21	11	33	1.89
80122909--80122952	13	3.4	14	82	17	60	68	0	0	31	0.90
80128339--80128416	29	2.7	29	86	4	104	25	19	32	23	1.98
80132718--80133028	55	5.8	54	80	8	348	21	23	17	37	1.94
80132718--80133014	108	2.7	108	92	2	472	21	23	18	36	1.95
80133005--80133122	47	2.5	47	92	0	200	24	23	13	38	1.91
80139511--80139584	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
80143646--80143803	27	5.9	27	80	11	182	35	22	24	17	1.95
80143664--80143803	53	2.6	54	87	4	221	35	23	25	16	1.95
80144217--80144249	16	2.1	15	94	5	57	9	18	21	51	1.73
80145411--80145518	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
80152806--80153027	39	5.7	40	89	7	289	26	27	21	25	1.99
80152787--80153027	79	3.1	78	83	9	294	25	27	21	25	1.99
80160051--80160275	40	5.7	40	89	4	271	26	27	21	25	1.99
80160051--80160275	79	2.8	79	85	6	294	26	27	21	25	1.99
80160051--80160275	119	1.9	120	82	8	289	26	27	21	25	1.99
80162087--80162236	42	3.5	41	79	9	140	32	24	16	26	1.96
80165135--80165225	37	2.4	37	83	8	114	9	9	42	37	1.71
80172360--80172417	27	2.1	27	81	12	66	50	10	22	17	1.76
80172590--80172668	39	2.0	39	92	0	131	51	12	10	25	1.70
80185760--80185787	11	2.5	11	100	0	56	39	14	0	46	1.44
80187147--80187226	42	1.9	42	84	5	108	27	12	23	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80197022--80197100	24	3.3	24	89	5	124	16	26	13	43	1.86
80207042--80207076	6	5.7	6	96	3	61	82	0	0	17	0.66
80207441--80207481	13	3.1	13	89	3	55	75	0	7	17	1.02
80210616--80210725	40	2.8	40	91	0	184	24	20	26	29	1.99
80218599--80218757	40	4.0	40	83	8	198	25	22	25	26	2.00
80231347--80231482	43	3.2	41	77	13	132	32	24	14	28	1.95
80232802--80232972	46	3.7	47	76	14	183	30	27	19	22	1.98
80232807--80232977	93	1.8	93	92	2	290	29	28	19	22	1.98
80240933--80241157	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
80240933--80241190	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
80248803--80249026	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
80248803--80249026	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
80250897--80250970	29	2.6	29	82	0	94	25	28	17	28	1.98
80261503--80261562	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
80264540--80264585	20	2.3	20	96	0	83	36	26	26	10	1.89
80268728--80268800	21	3.5	21	96	0	128	15	41	34	9	1.79
80272957--80273151	97	2.0	97	100	0	390	27	13	14	44	1.83
80274800--80274913	28	4.0	28	81	2	138	29	30	13	26	1.94
80279209--80279288	36	2.2	38	86	4	110	27	31	16	25	1.96
80286190--80286298	42	2.6	42	75	10	114	28	14	24	32	1.95
80296441--80296473	15	2.2	15	94	0	57	42	6	21	30	1.77
80302794--80302881	27	3.3	27	91	0	140	27	23	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80302769--80302881	54	2.1	54	81	3	129	29	24	9	36	1.88
80302917--80303041	27	4.6	27	92	1	205	41	21	8	28	1.81
80302889--80303040	54	2.8	54	87	3	180	41	20	9	28	1.84
80302917--80303067	54	2.8	53	84	8	189	42	20	7	29	1.80
80302997--80303127	27	4.7	26	77	11	93	42	19	7	30	1.79
80302917--80303082	55	3.0	54	78	11	169	42	19	7	30	1.80
80303034--80303096	29	2.3	27	86	5	81	46	19	6	28	1.74
80304031--80304100	25	2.8	25	91	0	104	27	24	22	25	2.00
80304031--80304113	25	3.4	25	82	11	84	30	21	22	25	1.99
80305913--80306020	47	2.3	47	82	4	128	31	10	22	36	1.87
80306787--80306823	10	3.6	10	89	7	56	37	0	2	59	1.12
80311181--80311234	27	2.0	27	100	0	108	40	22	18	18	1.91
80313275--80313492	40	5.5	40	88	2	298	25	27	23	23	2.00
80317798--80317844	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
80317800--80317841	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
80320900--80321087	100	1.9	100	92	2	315	28	26	18	26	1.98
80320894--80321089	49	4.0	49	77	6	207	28	26	17	27	1.98
80323565--80323771	53	3.8	53	78	4	191	22	23	16	38	1.93
80324806--80324866	26	2.4	27	78	15	67	32	4	1	60	1.28
80327956--80328189	47	4.9	47	85	4	297	33	10	29	26	1.90
80328171--80328306	46	3.0	46	86	2	184	35	8	29	27	1.85
80329746--80329916	40	4.3	40	95	0	297	26	19	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80329767--80329942	80	2.2	80	91	3	284	27	19	26	26	1.99
80329948--80330082	57	2.4	57	79	9	150	22	19	31	27	1.98
80333592--80333889	47	6.3	47	87	3	357	32	9	30	27	1.89
80333854--80333990	46	3.0	45	77	4	148	32	10	29	27	1.89
80337576--80337790	40	5.5	40	87	4	289	25	23	27	23	2.00
80345718--80345933	40	5.5	40	86	4	262	25	23	26	24	2.00
80345714--80345933	79	2.8	79	84	6	261	26	22	26	24	2.00
80357693--80357731	17	2.3	17	90	0	60	23	7	12	56	1.62
80360335--80360372	10	3.7	10	86	6	58	78	0	21	0	0.74
80361628--80361725	40	2.5	40	83	8	121	24	24	28	22	1.99
80377540--80377622	40	2.1	40	84	8	107	24	24	28	22	1.99
80392515--80392660	35	4.2	35	83	1	177	26	26	19	27	1.99
80403465--80403522	30	1.9	30	89	0	89	29	3	12	55	1.53
80409278--80409325	12	3.8	12	79	15	60	22	0	14	62	1.32
80409274--80409330	27	2.1	27	100	0	114	28	0	14	57	1.37
80412015--80412074	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
80418542--80418729	39	4.8	39	83	5	168	27	21	25	26	1.99
80418559--80418729	79	2.2	79	83	6	204	26	21	26	25	1.99
80418509--80418729	40	5.6	40	82	6	220	26	21	26	25	1.99
80418598--80418762	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	25	1.99
80426578--80426801	40	5.7	40	84	6	226	26	22	26	24	2.00
80426631--80426801	39	4.3	39	86	8	204	26	21	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80426631--80426834	79	2.6	77	81	9	225	27	21	26	24	1.99
80432252--80432294	3	14.3	3	95	0	77	0	30	0	69	0.88
80436195--80436333	42	3.3	42	72	16	117	25	14	25	34	1.94
80439551--80439588	17	2.3	16	90	4	58	71	2	7	18	1.23
80450863--80450887	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
80455348--80455573	48	4.6	49	76	10	205	24	27	18	28	1.98
80455348--80455573	98	2.3	98	82	8	248	24	27	18	28	1.98
80457709--80457917	48	4.3	47	73	8	150	25	27	18	28	1.98
80459156--80459274	29	4.2	29	75	6	100	26	28	13	31	1.94
80459158--80459270	58	2.0	57	85	1	154	25	29	14	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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