genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57883499--57883569	22	3.4	22	78	18	80	78	0	4	16	0.90
57888662--57888686	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
57897267--57897316	10	5.1	10	79	11	50	16	2	2	80	0.91
57897265--57897302	14	2.9	13	88	7	51	13	0	2	84	0.73
57902326--57902396	24	3.0	24	91	0	115	33	1	39	25	1.65
57902462--57902576	27	4.0	27	80	12	149	26	13	29	30	1.94
57903496--57903607	27	4.2	26	83	7	134	16	23	23	37	1.93
57903496--57903607	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
57909025--57909054	14	2.1	14	93	0	51	73	6	0	20	1.05
57929012--57929060	23	2.1	23	100	0	98	40	8	6	44	1.59
57974632--57975108	48	9.9	48	77	6	430	28	25	16	28	1.97
57974652--57975108	96	4.8	96	89	1	664	28	26	16	29	1.97
57980195--57980310	27	4.3	27	78	12	121	41	16	14	27	1.87
57980712--57980804	34	2.8	33	75	14	82	24	23	22	29	1.99
57992527--57992727	55	3.7	53	81	5	215	23	24	15	36	1.94
57992538--57992727	54	3.5	54	84	5	240	24	24	15	35	1.94
57992914--57992997	44	1.9	44	82	4	107	26	23	11	38	1.90
57996130--57996203	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
58004240--58004278	19	2.1	19	100	0	78	28	15	25	30	1.96
58004244--58004285	19	2.3	18	88	8	59	26	16	28	28	1.97
58004301--58004374	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
58006062--58006420	185	1.9	184	95	0	646	38	13	20	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58007176--58007451	48	5.8	47	78	5	243	26	19	30	24	1.98
58007166--58007442	96	2.9	95	82	4	315	26	18	29	25	1.98
58007180--58007451	144	1.9	143	83	4	350	26	19	30	24	1.98
58030394--58030590	105	1.9	101	88	4	295	29	12	21	36	1.90
58033029--58033204	46	3.8	46	76	12	189	21	19	27	31	1.97
58033025--58033197	93	1.9	93	92	0	292	21	20	28	30	1.98
58047770--58047825	28	2.0	28	89	10	87	17	44	21	16	1.86
58048832--58048950	46	2.6	45	87	7	161	23	31	19	25	1.98
58052232--58052459	48	4.8	48	76	9	214	28	20	28	22	1.98
58052372--58052485	48	2.4	48	82	2	140	32	21	26	20	1.97
58052234--58052500	144	1.9	144	81	9	330	29	20	27	22	1.98
58059540--58059592	27	2.0	27	85	7	72	5	50	0	43	1.25
58063395--58063420	13	2.0	13	100	0	52	15	38	38	7	1.76
58070326--58070358	7	4.7	7	96	0	57	12	24	0	63	1.28
58071860--58071884	10	2.5	10	100	0	50	52	12	8	28	1.66
58075970--58076094	28	4.3	29	80	4	146	24	13	29	32	1.93
58078031--58078055	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
58078935--58078977	15	2.8	16	82	13	54	53	9	16	20	1.70
58080220--58080252	15	2.1	16	88	5	50	27	3	6	63	1.32
58080553--58080672	43	2.8	43	80	12	147	25	18	27	29	1.98
58081679--58081746	22	3.3	22	69	23	74	25	2	29	42	1.69
58081678--58081760	40	2.1	40	100	0	166	22	2	28	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58081701--58081760	18	3.1	18	66	25	50	20	1	30	48	1.59
58087043--58087150	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
58091952--58092038	28	3.1	28	93	0	138	33	10	27	28	1.90
58091952--58092058	28	3.8	28	88	0	133	32	11	25	30	1.91
58101073--58101135	31	2.0	31	87	0	90	25	25	14	34	1.94
58101329--58101471	25	5.9	24	85	4	164	30	21	20	27	1.98
58101366--58101471	49	2.2	49	89	3	160	28	22	20	28	1.99
58101523--58101569	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
58123720--58123746	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
58126434--58126489	27	2.1	27	100	0	112	17	14	7	60	1.55
58147451--58147499	24	2.0	24	96	0	89	30	4	16	48	1.64
58151533--58151575	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
58157222--58157275	26	2.0	26	89	10	83	53	12	11	22	1.70
58162013--58162200	38	4.9	38	84	1	196	33	27	19	19	1.96
58162028--58162230	76	2.6	76	82	6	230	31	27	20	21	1.98
58162059--58162230	38	4.5	38	80	11	181	30	26	20	22	1.98
58164943--58165121	40	4.5	40	84	9	183	24	21	27	26	1.99
58164943--58165121	78	2.3	80	81	11	192	24	21	27	26	1.99
58165022--58165171	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
58172778--58172961	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
58172778--58172958	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
58172859--58173008	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58175869--58176050	40	4.6	39	80	10	160	25	23	26	25	2.00
58175922--58176073	77	2.0	78	79	11	170	26	21	25	25	2.00
58179427--58179535	45	2.4	45	83	4	132	22	12	28	35	1.91
58179510--58179636	52	2.6	48	84	9	154	19	16	29	33	1.94
58190581--58190841	137	1.9	136	80	6	303	44	3	9	42	1.54
58190903--58190945	23	1.9	23	85	4	61	46	6	11	34	1.67
58192327--58192436	18	6.1	18	81	4	123	32	15	16	35	1.90
58196610--58196726	47	2.4	51	87	11	197	35	5	27	31	1.81
58196626--58196781	47	3.3	47	89	0	231	32	8	30	28	1.86
58198579--58198609	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
58198640--58198701	30	2.1	30	93	0	106	27	0	12	59	1.34
58201169--58201194	13	2.0	13	100	0	52	23	7	7	61	1.49
58205913--58205995	41	2.0	41	95	0	148	33	15	21	28	1.94
58212235--58212264	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
58217860--58218009	76	2.0	76	94	0	264	38	3	19	39	1.68
58219421--58219470	18	2.8	18	81	0	64	28	8	20	44	1.79
58230681--58230837	43	3.7	43	78	6	151	26	20	25	27	1.99
58230681--58230837	85	1.8	85	83	5	210	26	20	25	27	1.99
58236249--58236374	25	5.0	25	74	3	119	36	22	12	28	1.91
58236249--58236374	50	2.5	50	89	0	180	36	22	12	28	1.91
58244444--58244628	40	4.7	40	78	7	182	23	21	28	26	1.99
58244497--58244653	79	2.0	79	81	7	185	25	19	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58261512--58262815	47	27.9	47	83	11	1597	32	8	29	29	1.87
58261512--58262815	92	13.9	94	86	10	1785	32	8	29	29	1.87
58262319--58262415	22	4.5	21	70	11	63	29	10	31	27	1.90
58262334--58262376	21	2.0	21	100	0	86	25	9	37	27	1.87
58262285--58262420	65	2.0	68	91	7	224	30	8	31	28	1.87
58262240--58262466	114	2.0	112	93	5	386	31	8	30	29	1.87
58262149--58262748	206	3.0	206	90	9	905	32	8	29	29	1.87
58262932--58263008	37	2.1	37	88	4	113	24	18	31	25	1.97
58264220--58264563	40	8.6	40	91	1	532	22	21	29	26	1.99
58267969--58268673	47	14.9	47	96	1	1252	32	8	30	29	1.87
58268792--58268870	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
58280208--58280405	57	3.5	57	81	5	222	30	18	18	32	1.95
58281579--58281622	22	2.0	22	95	4	81	13	34	31	20	1.92
58284136--58284167	17	1.9	16	93	6	55	34	12	15	37	1.85
58288655--58288878	46	4.8	44	77	12	191	26	17	32	23	1.97
58288705--58288875	93	1.8	95	83	9	235	27	18	30	22	1.97
58307803--58307857	29	1.9	29	85	3	76	23	23	30	21	1.99
58323352--58323655	46	6.4	49	71	10	170	28	17	27	25	1.98
58340626--58340777	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
58340626--58340777	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
58348756--58348981	40	5.7	40	85	5	280	24	21	27	26	1.99
58348756--58348981	79	2.8	80	84	6	280	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58348795--58349004	80	2.6	79	83	8	214	26	20	27	25	1.99
58350899--58350950	24	2.3	23	83	9	70	36	21	23	19	1.95
58350904--58350949	24	1.9	24	90	0	74	36	21	21	19	1.95
58355442--58355537	50	1.9	50	91	4	158	47	6	12	33	1.66
58356526--58356551	11	2.4	11	100	0	52	23	19	11	46	1.82
58357205--58357254	19	2.5	20	80	6	57	30	2	2	66	1.14
58358721--58358759	20	2.0	20	85	5	53	46	2	2	48	1.29
58360284--58360504	46	4.8	45	76	13	150	23	30	20	25	1.98
58360384--58360551	46	3.6	46	79	6	160	24	29	18	27	1.98
58367524--58367679	38	4.1	38	91	0	249	21	22	25	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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