genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71164090--71164209	6	19.3	6	71	19	86	19	15	15	50	1.79
71164090--71164201	31	3.6	31	88	1	143	19	16	14	50	1.79
71164114--71164197	25	3.4	24	79	15	91	19	16	16	47	1.83
71169035--71169188	42	3.7	40	78	11	139	31	22	13	33	1.93
71172050--71172093	22	2.0	22	90	0	70	45	0	0	54	0.99
71186313--71186558	50	5.0	49	84	6	293	26	18	29	25	1.98
71189854--71189886	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
71192657--71192889	49	4.7	50	82	6	294	25	18	27	28	1.98
71196683--71196795	6	18.3	6	69	18	72	46	15	18	19	1.83
71196697--71196792	25	3.8	25	82	6	106	45	15	19	18	1.85
71196692--71196795	31	3.6	29	81	15	108	47	14	19	19	1.83
71197197--71197369	27	6.4	27	85	2	231	23	22	19	34	1.96
71197197--71197369	54	3.2	54	90	1	258	23	22	19	34	1.96
71197348--71197399	27	1.9	27	88	0	77	34	7	23	34	1.83
71197215--71197392	81	2.2	81	86	4	243	23	19	21	35	1.96
71197197--71197392	54	3.6	54	84	2	227	24	19	20	34	1.96
71197378--71197475	27	3.6	27	80	0	115	28	6	18	46	1.72
71197351--71197474	54	2.3	54	80	5	135	30	7	19	42	1.78
71197385--71197507	54	2.3	54	82	2	140	31	5	18	43	1.73
71197483--71197663	27	6.7	27	87	1	274	39	8	24	27	1.85
71197483--71197665	54	3.4	54	94	1	314	39	8	24	27	1.84
71197483--71197663	80	2.2	81	89	2	276	39	8	24	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71201999--71202127	29	4.5	29	79	2	127	41	22	11	24	1.87
71204722--71204758	2	18.5	2	88	0	56	0	56	0	43	0.99
71214940--71215013	32	2.3	33	90	4	116	50	8	18	22	1.74
71217210--71217254	20	2.3	19	88	3	63	71	0	2	26	0.98
71217237--71217267	14	2.2	14	100	0	62	77	0	6	16	0.97
71218937--71218975	19	2.1	19	95	0	69	33	5	7	53	1.51
71219642--71219673	16	1.9	17	93	6	57	34	0	6	59	1.23
71219840--71219869	15	2.0	15	100	0	60	73	0	13	13	1.10
71222512--71222539	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
71227911--71228005	40	2.4	40	92	0	154	21	17	29	31	1.96
71234680--71234758	6	12.8	6	77	15	81	77	2	15	5	1.05
71234728--71234773	20	2.3	20	92	0	74	69	2	21	6	1.22
71234682--71234765	42	2.0	42	81	9	100	76	2	15	5	1.09
71240642--71240732	43	2.1	43	85	0	119	27	35	18	18	1.95
71240652--71240743	43	2.1	43	91	0	148	22	32	22	21	1.98
71246074--71246107	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
71253112--71253178	16	3.8	16	73	21	62	50	0	2	46	1.16
71253110--71253194	38	2.2	38	100	0	170	50	0	2	47	1.14
71253142--71253184	16	2.8	16	80	16	54	51	0	2	46	1.13
71253110--71253194	7	11.2	8	72	18	67	50	0	2	47	1.14
71253245--71253302	30	2.0	30	86	3	82	44	12	8	34	1.72
71262206--71262274	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71262197--71262284	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
71267817--71268369	47	11.6	47	93	1	890	33	8	29	28	1.86
71267817--71268369	143	3.9	142	94	1	912	33	8	29	28	1.86
71276131--71276313	40	4.6	40	83	6	237	23	22	26	27	2.00
71286245--71286373	48	2.7	48	87	1	197	29	14	21	34	1.93
71286342--71286418	38	2.0	38	89	0	118	28	15	27	28	1.96
71293833--71293963	48	2.8	48	83	1	174	32	16	21	30	1.95
71293927--71294003	38	2.0	38	92	0	127	29	15	25	28	1.96
71298914--71298979	27	2.5	26	80	11	64	18	4	1	75	1.04
71304398--71304446	25	1.9	26	91	4	82	18	16	0	65	1.28
71305068--71305126	22	2.7	21	77	12	57	16	37	25	20	1.93
71305088--71305136	22	2.2	22	85	7	64	14	40	20	24	1.89
71308913--71308989	28	2.8	28	89	0	109	38	23	20	16	1.92
71313261--71313289	8	3.6	8	100	0	58	24	10	24	41	1.86
71315477--71315535	27	2.2	27	87	0	82	40	5	16	37	1.71
71325358--71326172	49	16.6	49	87	8	1038	28	29	8	33	1.86
71325358--71326172	145	5.5	144	91	6	1244	28	29	8	33	1.86
71325765--71325801	16	2.3	16	95	0	65	24	35	10	29	1.89
71325718--71325850	65	2.1	64	95	2	241	27	30	9	33	1.87
71325669--71325896	112	2.0	112	100	0	456	27	30	8	33	1.87
71335929--71336082	51	3.0	50	74	16	163	34	2	1	61	1.21
71337589--71337648	28	2.1	28	81	12	68	65	0	1	33	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71338302--71338332	14	2.3	13	94	5	53	16	6	6	70	1.29
71340163--71340211	21	2.5	20	80	9	57	22	22	2	53	1.57
71341137--71341218	33	2.5	32	86	2	101	39	2	3	54	1.31
71342614--71343030	78	5.3	77	83	6	475	34	14	13	37	1.85
71342707--71343156	236	1.9	233	79	8	509	32	14	13	40	1.84
71343081--71343325	85	2.9	84	86	1	321	34	11	8	45	1.71
71343081--71343393	84	3.7	85	79	5	309	33	11	9	45	1.72
71349079--71349254	46	3.8	46	76	15	191	21	21	28	27	1.99
71349076--71349247	93	1.8	93	93	0	299	22	22	29	26	1.99
71353797--71353837	20	2.0	20	90	0	64	29	26	12	31	1.92
71364172--71364682	47	10.7	47	94	2	862	29	29	8	32	1.86
71364172--71364682	96	5.4	94	94	3	862	29	29	8	32	1.86
71368405--71368436	13	2.3	15	89	10	50	68	0	9	21	1.17
71377959--71377993	17	2.1	17	100	0	70	31	11	17	40	1.85
71388875--71388917	20	2.2	20	95	0	77	39	6	16	37	1.75
71393064--71393288	40	5.7	40	82	6	233	25	28	21	25	1.99
71393220--71393297	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
71400997--71401220	40	5.7	40	82	7	233	25	28	20	25	1.99
71400997--71401221	79	2.8	78	80	6	247	25	28	20	25	1.99
71401152--71401229	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
71408754--71409010	129	2.0	128	91	2	417	44	10	10	34	1.73
71409260--71409321	32	1.9	32	90	0	97	43	6	24	25	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71412888--71412975	44	2.0	44	95	0	158	34	13	11	40	1.81
71418711--71418889	95	1.9	95	97	0	340	33	17	12	35	1.88
71434545--71434614	28	2.5	28	81	9	90	42	22	18	15	1.88
71434738--71434782	21	2.1	21	100	0	90	24	8	31	35	1.86
71437705--71437757	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
71438292--71438340	17	2.9	17	81	6	64	22	16	20	40	1.91
71439115--71439202	43	2.0	43	95	4	160	34	17	12	36	1.87
71439477--71439533	28	2.0	27	83	12	71	15	40	21	22	1.91
71448083--71448216	55	2.4	55	74	0	142	30	29	27	12	1.93
71451234--71451310	29	2.7	29	81	4	93	27	29	14	28	1.95
71453449--71453622	94	1.9	94	85	7	246	31	18	27	22	1.98
71453599--71453755	44	3.4	45	76	10	122	29	20	28	21	1.98
71453546--71453755	47	4.5	47	73	14	150	30	19	28	22	1.98
71458743--71458861	40	3.0	40	90	2	177	26	29	20	23	1.99
71464445--71464757	93	3.4	94	76	12	306	30	20	27	21	1.98
71464445--71464750	47	6.5	47	71	16	174	30	20	27	21	1.98
71464445--71464750	140	2.2	140	79	9	322	30	20	27	21	1.98
71470111--71470335	40	5.6	40	82	5	240	26	24	25	23	2.00
71470111--71470371	80	3.3	79	81	4	276	26	23	25	24	2.00
71470111--71470371	120	2.2	120	80	6	289	26	23	25	24	2.00
71471562--71472010	225	2.0	222	96	3	830	27	18	21	32	1.97
71476382--71476653	47	5.8	46	74	13	182	23	29	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71484275--71484450	46	3.8	45	78	10	185	21	19	28	29	1.98
71484271--71484442	93	1.8	93	91	0	281	21	20	29	28	1.98
71488645--71488848	40	5.2	40	86	7	258	25	26	21	25	2.00
71490667--71490752	43	2.0	43	100	0	172	44	13	18	23	1.86
71492726--71492772	17	2.8	17	77	6	51	25	17	14	42	1.87
71494682--71494815	26	5.3	26	91	4	190	29	22	19	29	1.98
71494866--71494921	20	2.9	20	87	10	73	32	19	8	39	1.83
71506544--71506857	47	6.6	47	91	2	461	28	29	8	34	1.87
71512554--71512662	51	2.2	48	90	6	164	28	22	19	29	1.98
71512554--71512662	25	4.4	25	90	5	168	28	22	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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