genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28820153--28820297	70	2.1	70	97	0	272	25	26	16	31	1.96
28820223--28820453	47	4.9	47	74	10	177	22	27	18	31	1.97
28820106--28820321	117	1.8	117	88	0	333	25	27	17	29	1.97
28823466--28823510	20	2.0	24	84	16	62	44	20	11	24	1.83
28824133--28824348	47	4.7	48	78	10	175	23	29	19	27	1.98
28824086--28824396	94	3.3	93	77	7	272	22	29	19	28	1.98
28826377--28826421	22	2.0	22	83	8	56	33	17	22	26	1.96
28829024--28829060	12	3.2	12	85	14	51	37	0	8	54	1.30
28832169--28832212	24	1.9	24	86	9	65	0	11	18	70	1.16
28832736--28832792	22	2.7	21	77	2	60	15	26	36	21	1.93
28834880--28834939	22	2.7	22	80	14	79	38	20	28	13	1.90
28834880--28834967	44	2.0	44	82	4	106	40	18	25	15	1.90
28836067--28836107	21	1.9	22	90	5	66	56	4	4	34	1.42
28836275--28836333	31	1.9	31	89	0	82	47	8	11	32	1.70
28839988--28840207	7	30.7	7	69	18	109	35	3	1	60	1.21
28840119--28840207	23	4.2	21	67	21	62	35	2	0	61	1.08
28840014--28840205	99	1.9	103	81	12	238	34	3	0	61	1.17
28840137--28840262	23	5.8	22	70	23	81	32	5	0	61	1.25
28840118--28840255	21	6.7	20	70	19	79	33	4	0	61	1.21
28840508--28840574	15	4.2	16	67	14	50	34	2	0	62	1.10
28840506--28840555	14	3.4	14	77	20	57	34	2	0	64	1.05
28840539--28840588	26	1.9	26	87	0	73	36	6	0	58	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28845996--28846238	87	2.8	87	80	0	261	37	17	22	23	1.94
28849315--28849443	47	2.8	44	76	12	134	28	19	27	24	1.99
28851836--28851879	17	2.8	16	86	10	63	61	9	0	29	1.27
28851904--28851934	16	1.9	16	93	0	53	67	0	0	32	0.91
28852920--28852960	21	1.9	23	85	14	61	60	0	9	29	1.28
28864568--28864684	41	2.8	40	73	11	110	22	13	28	35	1.92
28867154--28867360	27	7.7	27	81	2	211	39	21	9	29	1.84
28867154--28867334	54	3.4	54	87	2	267	40	20	7	30	1.81
28867316--28867691	27	14.3	27	85	5	466	33	19	20	25	1.97
28869432--28869643	40	5.3	39	83	5	264	27	28	20	23	1.99
28869432--28869643	80	2.7	80	91	0	345	27	28	20	23	1.99
28871398--28871458	21	2.9	21	83	11	79	18	19	24	37	1.94
28871627--28871748	27	4.5	27	89	4	165	20	22	20	36	1.96
28871885--28872026	31	4.5	31	88	0	194	19	14	14	52	1.74
28871920--28871984	19	3.8	19	66	26	54	18	13	16	50	1.78
28871917--28872035	6	19.3	6	73	20	77	18	13	15	52	1.75
28873764--28873788	10	2.5	10	100	0	50	24	24	52	0	1.48
28873991--28874172	27	6.7	27	79	2	213	40	22	7	29	1.82
28874154--28874502	27	13.3	27	84	6	439	32	20	22	24	1.97
28873991--28874172	54	3.4	54	89	0	274	40	22	7	29	1.82
28874219--28874260	19	2.2	19	95	0	75	26	26	21	26	1.99
28874929--28874993	22	3.0	22	77	8	69	21	23	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28875152--28875280	27	4.8	27	84	3	152	21	23	20	34	1.96
28875470--28875556	6	14.2	6	73	13	70	19	19	14	45	1.85
28875417--28875556	31	4.5	31	84	4	167	20	17	12	49	1.79
28881133--28881194	31	2.0	31	96	0	115	40	14	6	38	1.72
28881139--28881202	31	2.1	31	85	5	87	42	17	4	35	1.70
28881989--28882072	39	2.1	40	84	6	109	46	14	13	26	1.81
28882865--28882957	46	2.0	46	82	0	114	30	12	20	36	1.90
28894068--28894197	47	2.8	47	86	2	181	22	16	28	32	1.96
28896498--28896588	41	2.2	41	100	0	182	28	20	23	27	1.99
28898664--28898711	23	2.1	23	100	0	96	22	16	22	37	1.94
28909047--28909078	13	2.4	14	85	15	50	15	12	0	71	1.14
28916745--28916881	46	3.0	46	86	0	193	25	30	8	35	1.86
28916855--28917143	47	6.1	47	84	4	355	25	28	13	32	1.93
28916881--28917143	145	1.8	145	94	0	472	25	28	13	33	1.93
28916855--28917143	98	3.0	94	84	5	357	25	28	13	32	1.93
28920334--28920605	40	6.8	40	95	0	472	24	28	22	24	1.99
28922092--28922228	46	3.0	46	86	0	193	25	30	8	35	1.86
28922202--28922490	47	6.1	47	86	3	398	24	28	13	33	1.93
28922202--28922490	145	2.0	141	92	2	479	24	28	13	33	1.93
28922202--28922490	98	3.0	95	86	5	377	24	28	13	33	1.93
28927043--28927126	31	2.7	31	86	0	123	19	25	40	15	1.90
28927180--28927241	31	2.0	31	87	0	88	22	32	35	9	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28931602--28931630	6	4.8	6	100	0	58	17	17	17	48	1.82
28931608--28931712	45	2.3	45	88	3	149	22	18	16	42	1.88
28931816--28932101	72	3.8	73	74	14	210	37	11	14	36	1.83
28931816--28932098	18	15.3	18	73	10	167	36	12	14	36	1.84
28937115--28937162	19	2.6	19	90	6	73	70	0	2	27	0.98
28937580--28937630	17	2.9	17	73	2	57	25	1	3	68	1.17
28996385--28996589	106	1.9	109	85	8	283	27	1	13	57	1.45
28996382--28996623	106	2.3	103	81	11	267	25	1	13	59	1.42
28997537--28997580	22	2.0	22	82	4	54	56	2	13	27	1.49
29002573--29002609	15	2.4	16	86	13	51	70	0	2	27	1.01
29007102--29007323	103	2.2	103	92	3	367	18	19	31	31	1.95
29007243--29007393	71	2.1	71	91	2	241	23	17	29	30	1.97
29014239--29014297	29	2.0	29	87	6	84	37	6	23	32	1.81
29014699--29014749	25	2.0	26	92	3	86	13	23	33	29	1.93
29014635--29014842	101	2.0	103	92	3	350	18	19	29	31	1.96
29014762--29014911	70	2.1	71	92	1	248	23	17	28	30	1.97
29014870--29014921	27	1.9	27	92	0	86	15	23	32	28	1.95
29018812--29018921	42	2.6	42	83	1	130	30	22	19	28	1.98
29018812--29018924	43	2.6	44	83	5	133	30	23	18	28	1.98
29026066--29026222	43	3.7	41	84	7	163	35	26	14	24	1.93
29026066--29026222	86	1.8	85	83	4	208	35	26	14	24	1.93
29038600--29038758	73	2.2	73	91	0	255	24	28	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29048778--29048909	47	2.8	45	76	18	153	40	19	15	24	1.90
29056143--29056473	38	8.5	39	92	2	510	29	29	21	19	1.97
29056143--29056473	115	2.8	115	91	2	520	29	29	21	19	1.97
29063542--29063571	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
29064371--29064427	30	1.9	29	89	3	87	43	0	21	35	1.52
29067754--29067800	17	2.8	18	84	9	55	42	6	0	51	1.27
29073495--29073669	50	3.6	49	84	6	221	26	16	31	25	1.96
29083058--29083082	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
29083956--29083993	19	2.0	19	85	10	51	15	23	42	18	1.89
29095453--29095532	33	2.4	33	82	0	88	28	26	13	31	1.94
29096688--29096772	42	2.0	42	100	0	170	44	4	14	36	1.66
29110041--29110261	40	5.6	40	89	3	290	24	20	28	26	1.99
29110041--29110295	80	3.3	79	81	6	216	25	20	28	25	1.99
29113755--29113872	54	2.1	56	96	3	222	44	9	23	22	1.82
29115011--29115141	34	3.6	36	85	8	160	26	17	29	26	1.98
29115010--29115170	39	4.3	39	84	10	203	26	19	27	26	1.99
29119763--29119829	27	2.5	26	80	9	64	26	5	20	46	1.74
29119829--29119889	28	2.2	28	84	0	77	26	13	19	40	1.88
29119882--29119928	24	1.9	25	86	4	69	38	6	19	36	1.77
29119922--29119989	26	2.6	27	84	11	88	26	8	26	38	1.85
29119970--29120046	29	2.9	27	80	12	79	28	16	16	37	1.91
29127361--29127399	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29136412--29136550	40	3.5	39	88	3	188	25	26	20	27	1.99
29137694--29137808	53	2.1	54	90	7	182	23	24	8	43	1.82
29143577--29143706	40	3.3	40	87	6	169	26	27	21	24	1.99
29143577--29143755	77	2.3	79	80	10	197	25	27	21	25	2.00
29144887--29145006	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
29146332--29146482	43	3.5	43	80	2	169	32	23	15	29	1.95
29161052--29161087	10	3.5	10	88	7	54	88	8	2	0	0.59
29161050--29161087	13	2.8	13	88	4	58	89	7	2	0	0.57
29162924--29163117	64	3.0	64	90	0	298	32	15	11	39	1.84
29163297--29163396	45	2.2	44	84	10	123	25	17	25	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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