genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74114459--74114526	14	4.7	14	80	10	75	11	19	11	57	1.64
74116908--74117083	46	3.8	46	76	12	189	20	20	29	29	1.98
74116904--74117076	93	1.9	93	92	0	292	20	20	30	28	1.98
74125226--74125338	42	2.7	41	75	5	118	10	26	1	61	1.39
74125286--74125360	6	11.8	6	73	9	60	6	21	1	70	1.17
74128655--74128700	6	8.0	6	76	9	51	78	0	4	17	0.91
74128655--74128695	11	3.6	11	90	9	57	78	0	4	17	0.93
74128653--74128700	17	2.8	17	84	9	62	77	0	4	18	0.93
74130289--74130600	46	6.7	46	77	10	330	29	27	20	22	1.98
74130433--74130603	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
74130289--74130599	139	2.2	139	98	0	595	29	27	20	22	1.98
74137993--74138302	46	6.7	46	75	14	282	30	27	19	23	1.98
74138137--74138307	93	1.8	93	88	2	263	29	27	19	23	1.98
74137993--74138303	139	2.2	139	94	0	559	29	27	19	23	1.98
74143679--74143709	13	2.4	13	100	0	62	19	38	29	12	1.89
74149639--74149839	27	7.4	27	86	3	251	30	27	14	27	1.95
74151839--74151945	46	2.3	46	82	4	117	21	29	20	28	1.98
74153898--74153922	6	4.2	6	100	0	50	36	0	16	48	1.46
74156174--74156243	28	2.5	27	88	9	97	31	27	14	27	1.95
74158842--74159019	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
74158863--74159018	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
74161050--74161086	18	2.1	18	94	0	65	29	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74172089--74172132	21	2.2	20	83	4	52	6	25	6	61	1.46
74174884--74174957	25	2.9	25	84	6	78	36	18	22	21	1.95
74174917--74174964	25	1.9	25	86	0	69	37	18	25	18	1.94
74175012--74175037	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
74187912--74187949	19	1.9	20	89	10	60	42	13	7	36	1.73
74190344--74190414	36	2.0	36	94	0	124	43	19	7	29	1.77
74190731--74190810	31	2.7	29	78	18	76	47	11	0	41	1.39
74190796--74190847	5	10.4	5	100	0	104	40	0	0	59	0.97
74190863--74190923	26	2.2	28	82	5	81	49	13	6	31	1.67
74190863--74190931	28	2.4	29	79	13	81	49	11	5	33	1.63
74192572--74192618	23	2.0	23	100	0	94	36	8	21	34	1.84
74199980--74200030	25	2.0	25	100	0	102	39	0	23	37	1.55
74201355--74201457	43	2.4	43	83	4	129	25	17	26	31	1.97
74203514--74203566	13	4.1	13	87	0	79	32	7	24	35	1.84
74203657--74203684	12	2.3	12	100	0	56	46	7	7	39	1.59
74206589--74206789	40	5.0	40	86	4	246	25	27	21	24	1.99
74279182--74279391	39	5.5	40	87	9	289	23	22	27	25	2.00
74279178--74279390	77	2.8	77	89	7	312	24	22	26	25	2.00
74287192--74287408	40	5.5	40	89	3	298	23	21	28	26	1.99
74290881--74290977	45	2.2	45	96	1	178	56	6	17	19	1.61
74296045--74296243	27	7.4	27	78	1	175	25	19	17	38	1.93
74296065--74296217	81	1.9	81	84	2	209	26	21	15	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74296210--74296392	27	6.8	27	82	2	179	30	10	20	38	1.87
74296196--74296392	54	3.6	54	83	1	198	28	11	21	38	1.88
74296210--74296392	81	2.3	81	81	3	206	30	10	20	38	1.87
74305507--74305660	28	5.5	28	96	0	265	26	11	27	33	1.91
74305482--74305660	56	3.2	56	91	1	270	26	11	27	34	1.91
74313590--74313767	28	6.5	28	94	2	285	26	11	28	33	1.92
74323663--74323719	30	2.0	28	89	6	87	36	22	12	28	1.90
74340538--74340713	50	3.5	50	93	0	280	34	14	24	26	1.94
74340689--74340775	31	2.8	31	87	0	138	27	19	28	24	1.98
74340878--74341063	48	4.0	48	84	6	242	26	14	27	31	1.95
74340970--74341081	42	2.7	41	87	2	143	30	11	26	31	1.92
74340984--74341095	42	2.7	42	85	2	118	30	12	26	30	1.93
74344637--74344817	40	4.6	39	83	10	176	25	27	22	24	2.00
74344665--74344804	75	1.9	76	83	7	187	25	26	21	26	1.99
74352574--74352797	40	5.7	40	89	6	271	26	26	21	25	1.99
74352574--74352797	118	1.9	119	82	9	287	26	26	21	25	1.99
74358333--74358397	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
74358503--74358591	26	3.2	28	84	10	121	19	24	23	32	1.97
74358503--74358616	26	4.1	28	82	7	119	18	24	21	35	1.96
74359055--74359093	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
74359672--74359705	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
74366180--74366239	28	2.1	28	93	0	102	33	26	8	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74366345--74366435	28	3.2	28	90	4	139	20	24	23	31	1.98
74366898--74366936	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
74368692--74368723	14	2.3	14	100	0	64	28	21	15	34	1.94
74371371--74371856	42	11.5	42	82	3	582	30	23	21	25	1.99
74371317--74371898	297	2.0	297	91	0	939	29	24	21	25	1.99
74372904--74373185	42	6.6	42	80	9	304	30	25	20	24	1.98
74372904--74373185	128	2.2	126	81	9	306	30	25	20	24	1.98
74376544--74376571	13	2.2	13	100	0	56	50	7	21	21	1.72
74399655--74400045	47	8.3	47	95	2	671	32	8	29	30	1.86
74399655--74400045	92	4.2	93	94	2	642	32	8	29	30	1.86
74399655--74400045	139	2.8	139	94	2	667	32	8	29	30	1.86
74400024--74400061	16	2.4	16	100	0	76	36	0	26	36	1.57
74399931--74400160	110	2.1	108	86	2	316	33	8	29	28	1.86
74399977--74400108	63	2.1	63	97	0	246	34	6	27	31	1.81
74400040--74400155	47	2.5	47	86	0	151	31	9	31	26	1.88
74400278--74400356	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
74406472--74406498	13	2.1	13	100	0	54	62	14	0	22	1.31
74408590--74408644	28	2.0	28	100	0	110	50	0	14	34	1.43
74408618--74408725	46	2.3	46	96	0	207	47	0	19	33	1.50
74413736--74413907	43	4.0	45	77	13	175	30	26	18	25	1.98
74413731--74413899	85	2.0	85	82	6	209	30	26	18	24	1.98
74417839--74418144	158	1.9	158	93	0	522	30	23	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74434466--74434720	55	4.8	54	77	10	233	37	16	24	21	1.93
74434473--74434673	108	1.8	110	85	6	284	35	17	24	22	1.95
74434789--74434833	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
74438144--74438200	6	9.3	6	75	17	55	49	15	17	17	1.81
74438606--74438959	27	13.2	27	86	1	442	40	7	21	31	1.80
74438607--74438943	107	3.1	106	87	3	478	40	7	20	30	1.80
74438606--74438986	80	4.7	78	79	7	304	39	7	20	31	1.81
74438937--74439113	54	3.3	54	79	5	189	29	8	20	40	1.82
74438981--74439105	27	4.7	27	82	4	137	28	8	22	40	1.82
74438936--74439111	81	2.2	80	78	3	183	30	8	21	40	1.83
74438966--74439105	27	5.2	26	78	9	120	30	8	20	40	1.82
74451756--74451987	47	4.9	47	93	0	383	32	8	30	28	1.87
74452106--74452184	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
74453279--74453683	46	8.6	48	73	15	239	25	28	18	27	1.98
74456795--74456913	49	2.4	49	83	2	150	21	29	21	26	1.99
74457671--74457719	20	2.5	19	83	9	55	36	20	0	42	1.52
74460862--74461029	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
74460885--74461029	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
74462216--74462291	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
74465583--74465755	63	2.7	63	81	7	170	30	16	30	22	1.96
74465607--74465787	63	2.9	63	80	10	208	28	17	30	23	1.97
74476307--74476424	39	3.0	38	75	9	121	32	24	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74483440--74483517	25	3.2	25	63	23	67	29	10	30	29	1.90
74483439--74483727	47	6.1	47	89	3	407	32	12	28	26	1.92
74483439--74483720	98	3.0	94	87	4	402	32	12	28	26	1.92
74483439--74483727	145	2.0	141	90	2	452	32	12	28	26	1.92
74483701--74483837	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
74483983--74484054	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
74491398--74491515	39	3.0	38	77	9	130	31	24	21	22	1.98
74493453--74493496	23	1.9	23	85	0	61	22	25	20	31	1.98
74495808--74496032	49	4.5	49	86	2	288	24	17	28	29	1.97
74495801--74496032	99	2.3	100	85	2	297	24	17	29	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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