genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2555520--2555835	107	3.0	104	89	6	503	37	18	15	28	1.91
2555923--2555955	13	2.4	14	95	5	59	69	9	9	12	1.36
2555916--2555963	14	3.5	14	85	5	62	62	8	10	18	1.52
2555951--2556115	87	1.9	87	83	7	219	34	18	20	26	1.96
2556034--2556410	73	5.2	73	91	4	606	35	17	17	29	1.93
2556038--2556410	145	2.6	144	92	3	619	34	17	17	30	1.93
2556286--2556528	122	2.0	124	86	3	348	37	18	14	30	1.90
2556410--2557034	72	8.7	72	94	2	1044	34	18	16	31	1.93
2556410--2557031	217	2.9	215	94	2	1063	34	18	16	31	1.93
2556913--2557156	122	2.0	125	87	4	361	36	18	14	30	1.90
2557038--2557591	72	7.7	72	94	2	927	34	18	16	31	1.93
2556038--2558222	628	3.5	629	93	3	3558	34	18	16	30	1.93
2557038--2557591	145	3.8	144	94	2	936	34	18	16	31	1.93
2557468--2557713	123	2.0	126	88	4	374	37	17	14	30	1.90
2557595--2558222	72	8.7	72	91	2	913	34	18	15	31	1.92
2557595--2558226	145	4.4	144	91	2	923	34	18	15	30	1.92
2557595--2558226	218	2.9	217	90	3	943	34	18	15	30	1.92
2558861--2558921	29	2.2	28	82	11	72	72	1	21	4	1.13
2559615--2559663	16	3.0	16	80	16	64	32	14	12	40	1.83
2559691--2559733	8	4.9	9	81	13	54	86	0	0	13	0.58
2559797--2560099	18	17.0	18	73	15	202	29	13	12	44	1.81
2559797--2560099	17	17.0	17	73	14	175	29	13	12	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2559810--2559952	74	1.9	73	82	9	175	30	13	12	43	1.82
2560797--2560849	16	3.3	15	82	12	61	54	1	5	37	1.35
2564177--2564231	16	3.5	15	83	11	74	54	0	5	40	1.23
2566517--2566559	19	2.3	19	91	0	68	37	25	9	27	1.87
2568580--2568675	26	3.8	25	87	6	140	37	22	5	34	1.77
2573195--2573231	18	2.0	19	89	5	58	56	13	5	24	1.58
2573255--2573298	18	2.5	17	82	7	52	45	9	2	43	1.48
2574236--2574278	12	3.7	11	82	17	52	0	20	0	79	0.74
2574233--2574288	26	2.0	29	86	13	82	0	23	0	76	0.78
2574243--2574291	20	2.5	20	86	6	64	0	22	0	77	0.77
2574234--2574289	14	3.7	16	77	18	57	0	21	0	78	0.75
2574902--2575005	31	3.4	30	82	7	120	44	4	22	28	1.73
2576096--2576386	72	4.0	70	81	15	353	32	17	17	32	1.94
2576446--2576986	72	7.7	71	84	13	712	33	18	17	30	1.94
2576446--2576986	71	7.7	70	84	12	695	33	18	17	30	1.94
2577038--2577560	75	7.2	73	85	11	675	35	17	16	31	1.92
2577434--2577687	121	2.0	131	86	8	366	38	16	14	29	1.89
2577564--2578191	72	8.7	73	88	5	868	34	18	16	30	1.93
2576062--2578318	633	3.6	625	82	13	2447	35	18	16	30	1.93
2577564--2578194	145	4.4	145	90	5	908	34	18	16	30	1.93
2578830--2578892	28	2.2	29	80	8	76	73	1	20	4	1.11
2578829--2578892	29	2.2	30	75	13	71	73	1	20	4	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579586--2579634	16	3.0	16	80	16	64	32	14	12	40	1.83
2579662--2579703	9	4.8	9	80	13	52	85	0	0	14	0.59
2579767--2580070	18	17.0	18	74	14	202	29	13	12	44	1.80
2579767--2580070	17	17.0	17	74	13	175	29	13	12	44	1.80
2579767--2580073	109	2.8	106	76	10	300	30	13	12	43	1.80
2579780--2579922	74	1.9	73	82	9	175	30	13	12	43	1.82
2580768--2580820	16	3.3	15	82	12	61	54	1	5	37	1.35
2584151--2584205	16	3.5	15	83	11	74	54	0	5	40	1.23
2586493--2586535	19	2.3	19	91	0	68	37	25	9	27	1.87
2601533--2601578	24	1.9	24	86	0	65	32	0	0	67	0.91
2607143--2607181	19	1.9	19	85	10	51	30	5	5	58	1.41
2617231--2617262	14	2.3	14	94	0	55	25	0	0	75	0.81
2622155--2622179	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2624285--2624309	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2627948--2628021	27	2.7	27	79	6	87	10	1	52	35	1.45
2627949--2628019	9	8.2	9	70	14	51	9	1	53	35	1.43
2635392--2635430	19	2.1	18	86	13	53	58	0	2	38	1.12
2638333--2638384	15	3.2	15	73	19	50	46	0	0	53	1.00
2638346--2638382	19	1.9	19	88	0	56	51	0	0	48	1.00
2646298--2646542	44	5.6	44	78	10	241	35	21	19	23	1.96
2646297--2646592	88	3.4	88	79	8	318	35	21	20	21	1.96
2646481--2646698	87	2.5	84	80	5	240	33	22	21	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2651078--2651249	46	3.7	45	79	10	195	20	20	30	28	1.98
2651070--2651242	93	1.9	93	93	0	301	21	21	30	27	1.98
2660348--2660494	73	2.0	73	100	0	294	25	17	9	47	1.78
2663565--2663613	16	3.1	16	85	8	57	59	2	0	38	1.09
2663579--2663613	15	2.2	16	90	5	54	65	0	0	34	0.93
2667462--2667756	154	1.9	156	81	7	359	47	6	4	41	1.49
2669562--2669589	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2670041--2670104	21	3.0	23	67	17	57	43	3	0	53	1.16
2670542--2670582	17	2.4	17	79	0	55	39	0	2	58	1.11
2670592--2670630	17	2.3	17	90	0	60	48	0	5	46	1.24
2673389--2673418	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
2674375--2674418	17	2.5	18	88	7	72	38	13	11	36	1.81
2674403--2674467	18	3.6	17	72	15	51	30	13	15	40	1.86
2674463--2674509	18	2.6	18	86	6	60	36	17	17	29	1.92
2680958--2680995	16	2.4	16	86	0	58	26	2	7	63	1.35
2686680--2686728	14	3.4	14	74	20	55	63	2	6	28	1.30
2687478--2687507	8	3.9	8	95	4	53	26	0	0	73	0.84
2687478--2687517	17	2.5	15	84	11	53	32	0	0	67	0.91
2687478--2687519	8	5.2	8	86	8	50	33	0	0	66	0.92
2698059--2698106	19	2.5	20	76	13	55	62	2	0	35	1.07
2698077--2698119	15	2.8	15	89	3	59	65	2	0	32	1.06
2698071--2698143	34	2.1	34	85	9	96	67	1	0	31	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2698071--2698127	19	3.2	18	76	19	57	64	1	0	33	1.04
2698090--2698153	25	2.6	25	78	9	71	67	0	1	31	1.00
2707375--2707674	63	4.9	62	77	8	299	18	18	33	30	1.94
2713501--2713749	60	4.1	60	69	19	190	20	17	32	29	1.95
2713496--2713750	125	2.0	128	90	6	403	19	17	33	29	1.95
2722503--2722594	39	2.3	39	76	9	89	32	3	3	60	1.29
2723148--2723183	17	2.1	18	89	5	56	69	0	0	30	0.89
2723330--2723390	30	2.0	30	83	0	77	39	3	8	49	1.49
2728231--2728276	17	2.6	18	89	6	67	67	0	0	32	0.91
2729329--2729435	53	2.0	53	100	0	214	42	17	7	31	1.77
2735106--2735160	14	3.9	14	78	0	56	36	7	20	36	1.80
2738505--2738790	152	1.9	152	86	0	410	48	15	9	26	1.75
2742137--2742182	23	2.0	23	95	0	83	34	6	4	54	1.46
2743878--2743921	20	2.3	19	84	11	54	31	0	0	68	0.90
2743894--2743918	9	2.8	9	100	0	50	28	0	0	72	0.86
2746292--2746758	231	2.0	231	97	0	891	20	17	19	43	1.88
2752552--2752618	31	2.2	31	97	0	125	40	16	8	34	1.80
2755614--2755657	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
2756670--2756707	20	1.9	20	88	0	58	34	28	5	31	1.80
2762525--2762571	18	2.6	19	73	10	53	42	0	0	57	0.98
2762561--2762605	22	2.1	22	84	12	58	20	0	6	73	1.05
2762579--2762603	10	2.5	10	100	0	50	16	0	8	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2765152--2765195	18	2.4	18	76	0	52	34	13	38	13	1.84
2774443--2774484	16	2.6	16	85	10	59	85	0	14	0	0.59
2778601--2778754	33	4.7	33	88	0	218	11	24	43	20	1.84
2779179--2779211	16	2.1	16	94	0	57	21	0	45	33	1.52
2779306--2779422	39	3.0	39	68	20	109	23	5	49	21	1.69
2779305--2779468	78	2.1	79	85	6	217	25	5	47	21	1.72
2779952--2780125	83	2.0	87	92	5	293	33	5	40	19	1.75
2779959--2780175	83	2.5	86	85	5	246	30	5	42	21	1.74
2780138--2780409	45	6.1	45	69	12	157	30	5	45	18	1.73
2784361--2784510	32	4.7	32	86	2	194	11	23	44	21	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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