genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22757016--22757231	51	4.2	50	78	5	200	27	15	25	31	1.96
22757409--22757438	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
22761615--22762538	304	3.0	304	87	3	1318	48	15	13	21	1.80
22763236--22763304	29	2.3	29	85	5	84	47	15	14	21	1.81
22767049--22767085	17	2.1	18	85	14	51	48	5	16	29	1.68
22773133--22773618	240	2.0	241	95	0	875	34	17	14	33	1.90
22773798--22773955	9	16.6	9	74	13	129	46	21	0	31	1.56
22773815--22773931	39	3.0	39	94	0	207	46	23	0	30	1.53
22773809--22773953	48	3.2	45	79	16	149	45	22	0	31	1.58
22773819--22773955	39	3.5	39	89	2	186	45	22	0	30	1.58
22779428--22779467	21	1.9	21	94	0	71	30	15	52	2	1.55
22788119--22788588	131	3.6	130	77	6	402	35	18	18	28	1.94
22788197--22788589	131	3.0	129	76	6	407	35	17	18	27	1.94
22791364--22791626	133	2.0	132	84	5	350	28	24	18	28	1.98
22797405--22797689	131	2.2	130	86	4	385	26	19	19	34	1.95
22800420--22800444	7	3.6	7	100	0	50	24	44	0	32	1.54
22802768--22802800	16	2.0	17	88	5	50	81	3	0	15	0.80
22808618--22808664	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
22810826--22810884	31	1.9	30	83	10	75	33	11	13	40	1.81
22811040--22811077	19	2.0	19	100	0	76	42	21	5	31	1.75
22813564--22813671	54	2.0	54	89	3	164	12	20	5	62	1.49
22822573--22822601	10	2.9	10	100	0	58	0	10	0	89	0.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22823696--22823789	31	3.0	31	84	0	116	50	4	3	42	1.38
22823998--22824165	88	1.9	87	82	3	212	39	16	7	36	1.77
22824476--22824537	21	3.0	20	76	9	54	33	4	0	61	1.17
22824602--22824788	84	2.2	84	85	4	250	42	4	10	43	1.58
22831790--22831866	24	3.1	24	75	5	73	29	2	1	66	1.13
22846054--22846117	29	2.2	29	83	10	78	40	0	1	57	1.08
22849557--22849692	70	1.9	70	96	0	254	35	22	9	33	1.86
22851147--22851203	24	2.4	23	81	16	64	68	5	5	21	1.29
22855007--22855065	25	2.4	24	80	2	64	33	18	25	22	1.96
22855007--22855077	24	2.9	24	73	10	65	35	18	25	21	1.95
22855162--22855243	26	3.2	24	77	8	65	36	18	21	23	1.95
22858027--22858074	25	1.9	25	86	0	69	70	2	2	25	1.09
22862316--22862366	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
22863817--22863886	29	2.4	29	100	0	140	20	41	21	17	1.90
22872003--22872057	27	2.0	27	100	0	110	45	14	10	29	1.79
22872195--22872259	21	3.3	21	64	24	59	38	26	7	27	1.83
22872200--22872265	18	3.6	18	75	16	73	36	24	10	28	1.89
22872196--22872273	38	2.1	38	100	0	156	37	24	10	28	1.88
22881082--22881106	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
22886641--22886800	39	4.1	39	93	0	275	24	30	23	21	1.99
22899846--22899911	21	3.0	21	91	8	98	50	19	19	10	1.77
22900707--22900735	15	1.9	15	100	0	58	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22900946--22900985	16	2.5	16	91	0	62	62	2	0	35	1.09
22911640--22911945	155	2.0	155	96	0	567	28	19	23	28	1.98
22912560--22912976	207	2.0	206	99	0	816	35	14	19	30	1.91
22916059--22916113	28	2.0	26	86	13	76	29	7	5	58	1.48
22918047--22918087	11	3.7	11	80	0	55	21	14	7	56	1.63
22918311--22918345	12	2.9	12	91	0	52	68	0	0	31	0.90
22920636--22920660	12	2.1	12	100	0	50	28	16	48	8	1.74
22925237--22925277	15	2.7	15	96	0	73	29	24	26	19	1.98
22928503--22928593	47	2.0	46	91	2	146	37	25	12	25	1.90
22930702--22930905	111	1.8	112	89	3	322	31	22	13	32	1.93
22932961--22932990	10	2.8	11	90	10	53	83	0	0	16	0.65
22945214--22945289	36	2.1	36	85	0	98	42	7	15	34	1.76
22947867--22947914	5	9.4	5	78	13	53	41	2	0	56	1.11
22947868--22947922	8	6.2	8	82	17	65	40	3	0	56	1.17
22947868--22947922	26	2.1	27	90	10	87	40	3	0	56	1.17
22947871--22947928	18	3.2	18	81	13	66	43	3	0	53	1.17
22947984--22948020	14	2.5	15	91	4	58	78	0	21	0	0.75
22958831--22958868	19	2.0	19	89	0	58	10	10	15	63	1.52
22962266--22962315	22	2.3	22	79	6	57	72	8	12	8	1.29
22962982--22963052	31	2.3	31	82	0	79	59	7	8	25	1.52
22963297--22963330	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
22963598--22963627	14	2.1	14	100	0	60	66	13	13	6	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22964051--22964115	25	2.6	25	79	13	73	53	0	0	46	1.00
22969502--22969535	6	5.7	6	89	0	50	17	23	0	58	1.38
22971394--22971464	35	2.0	35	88	0	106	43	21	7	28	1.78
22971600--22971691	42	2.3	41	79	7	109	30	30	19	19	1.97
22979007--22979077	35	2.0	35	86	0	97	43	21	8	26	1.81
22983331--22983383	25	2.1	25	89	0	79	54	1	1	41	1.22
22983416--22983550	60	2.3	58	82	7	164	44	1	2	51	1.26
22994153--22994199	25	1.9	24	83	12	60	74	6	2	17	1.12
22994312--22994377	32	2.1	32	88	2	98	33	7	13	45	1.72
22995261--22995307	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
22995568--22995787	46	5.0	46	82	9	242	21	24	16	37	1.93
22995701--22995776	38	2.0	38	97	0	143	23	26	19	30	1.98
23002755--23002812	21	2.9	21	79	7	75	63	1	1	32	1.14
23002755--23002806	10	5.0	10	77	9	50	65	1	1	30	1.14
23002784--23002836	17	3.1	17	78	8	63	69	0	0	30	0.88
23003359--23003423	9	7.0	9	82	8	60	32	0	1	66	1.01
23003369--23003438	18	3.8	18	78	10	61	28	1	2	67	1.14
23003373--23003437	21	3.4	19	78	17	64	26	1	3	69	1.12
23005488--23005527	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
23007800--23007926	45	2.8	45	83	3	150	29	21	16	32	1.95
23008012--23008096	44	1.9	44	82	2	107	31	21	16	30	1.95
23007749--23008165	190	2.2	190	85	1	568	29	19	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23016572--23016609	19	2.0	19	100	0	76	31	10	31	26	1.90
23020313--23020361	3	15.7	3	91	8	80	63	0	4	32	1.13
23027370--23027448	39	2.0	39	90	4	124	21	21	30	26	1.98
23033860--23033907	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
23034335--23034671	72	4.7	72	84	2	419	25	5	14	54	1.63
23034346--23034617	145	1.9	144	87	2	402	23	5	15	55	1.62
23048041--23048081	16	2.6	16	85	11	50	24	29	7	39	1.82
23056079--23056116	20	1.9	20	88	0	58	34	18	10	36	1.85
23056108--23056195	40	2.2	40	83	4	106	39	17	4	38	1.70
23056108--23056206	20	4.9	20	80	2	74	39	18	4	38	1.69
23056370--23056483	22	5.0	22	71	16	72	34	17	20	28	1.95
23058424--23058448	13	1.9	13	100	0	50	0	36	40	24	1.55
23071801--23071894	44	2.1	44	100	0	188	26	12	19	41	1.87
23076350--23077696	696	1.9	695	93	1	2297	31	12	18	36	1.88
23088087--23088111	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
23109882--23109906	13	1.9	13	100	0	50	32	24	8	36	1.84
23131275--23131539	40	6.7	40	93	1	462	21	28	20	29	1.98
23134586--23134654	34	2.0	34	94	0	120	30	15	17	36	1.91
23137369--23137497	55	2.3	55	81	2	143	30	27	24	17	1.97
23139139--23139187	25	2.0	25	87	0	71	16	6	0	77	0.96
23157377--23157476	44	2.3	43	77	6	112	32	30	14	24	1.94
23157477--23157599	43	2.9	43	80	0	147	31	30	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23157534--23157624	43	2.1	43	83	4	112	32	26	16	24	1.96
23163262--23163307	23	2.0	23	100	0	92	21	4	34	39	1.73
23164598--23164681	6	14.0	6	83	5	89	75	1	5	17	1.07
23184484--23184520	18	2.1	18	94	0	65	37	45	2	13	1.58
23184547--23184585	20	2.0	20	84	0	51	74	5	0	20	1.01
23184605--23184672	9	7.6	9	83	0	82	27	7	19	45	1.76
23194188--23194240	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
23204984--23205012	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
23209582--23209622	20	2.0	20	95	0	73	41	19	4	34	1.73
23209757--23209810	23	2.3	24	83	3	65	44	18	16	20	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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