genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24148399--24148692	88	3.4	84	79	10	276	35	19	16	29	1.94
24148437--24148706	88	3.0	89	86	4	368	37	17	16	28	1.91
24148697--24148735	14	2.7	15	80	8	53	61	7	15	15	1.55
24148621--24148810	102	1.8	103	90	2	310	37	17	17	27	1.93
24148726--24148864	75	1.9	75	90	0	224	29	20	17	32	1.96
24152035--24152060	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
24160749--24160796	25	2.0	24	88	12	71	50	2	2	45	1.25
24165568--24165633	10	6.8	10	72	6	55	39	16	7	36	1.77
24165569--24165615	18	2.5	20	86	6	62	40	17	2	40	1.61
24165576--24165678	48	2.1	48	87	0	143	36	16	8	37	1.80
24165768--24165866	47	2.1	47	81	7	121	35	24	17	23	1.95
24166214--24166268	24	2.3	23	76	17	58	49	20	0	30	1.49
24170312--24170371	24	2.5	24	97	2	111	20	28	13	38	1.90
24172807--24172857	11	4.5	11	82	4	66	82	3	11	1	0.89
24172807--24172866	23	2.6	23	81	10	68	80	5	10	5	1.02
24173424--24173473	8	6.4	8	75	11	50	84	0	4	12	0.76
24173424--24173470	24	1.9	25	86	4	69	82	0	4	12	0.80
24173431--24173480	15	3.2	15	83	16	66	84	0	6	10	0.79
24173437--24173476	14	2.9	13	82	10	53	87	0	5	7	0.66
24174503--24174527	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
24174558--24174749	64	3.0	64	92	0	321	31	17	12	38	1.87
24174837--24175607	177	4.4	177	84	2	951	29	17	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24175749--24175794	19	2.3	20	85	3	58	82	8	2	6	0.91
24179022--24179062	12	3.5	11	90	6	55	26	17	0	56	1.41
24179457--24179550	4	22.8	4	73	14	59	1	23	4	71	1.10
24179457--24179550	29	3.4	28	79	7	86	1	23	4	71	1.10
24179944--24180056	5	22.4	5	90	5	174	57	0	0	42	0.98
24181609--24181658	10	5.0	10	83	9	66	70	0	6	24	1.10
24187368--24187409	3	14.0	3	100	0	84	0	0	66	33	0.92
24187408--24187437	3	10.0	3	100	0	60	33	0	66	0	0.92
24187541--24187589	3	16.3	3	82	0	62	2	0	73	24	0.94
24197664--24198061	131	3.0	130	81	1	490	39	12	13	34	1.82
24203818--24203869	25	2.1	25	85	0	68	21	23	32	23	1.98
24203997--24204033	18	2.1	18	100	0	74	32	10	5	51	1.60
24205705--24205773	31	2.2	32	79	7	79	31	4	2	60	1.31
24212321--24212387	29	2.2	31	86	5	93	50	10	13	25	1.73
24213298--24213368	35	2.0	35	100	0	142	22	19	15	42	1.89
24213504--24213559	28	2.0	28	100	0	112	39	10	17	32	1.84
24228433--24228580	51	2.8	52	72	11	149	41	14	10	33	1.79
24266320--24266369	26	2.0	26	92	7	86	32	0	4	64	1.12
24269954--24270009	10	5.6	10	74	16	53	66	7	0	26	1.18
24269956--24270015	9	6.2	9	76	14	57	65	6	0	28	1.18
24269954--24270015	19	3.2	19	86	8	97	64	6	0	29	1.18
24272141--24272179	20	1.9	21	89	5	62	17	2	0	79	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24277003--24277052	10	5.0	10	80	9	57	66	4	8	22	1.35
24283353--24283494	71	2.0	71	94	0	248	58	15	7	19	1.59
24289633--24289680	6	8.3	6	90	4	73	81	2	0	16	0.79
24293375--24293505	6	21.3	6	71	16	90	48	13	18	19	1.80
24293396--24293505	31	3.4	31	78	14	112	48	13	19	19	1.81
24293384--24293484	37	2.7	37	89	0	148	47	13	20	17	1.82
24293359--24293505	37	4.2	36	72	15	110	49	13	17	19	1.79
24293623--24293680	27	2.2	26	87	3	80	34	20	25	18	1.96
24294010--24294608	27	22.2	27	84	2	702	41	6	20	31	1.78
24294010--24294635	54	11.6	54	87	0	777	40	6	20	31	1.79
24296216--24296280	29	2.2	29	86	5	87	27	26	16	29	1.97
24296464--24296589	53	2.4	53	85	2	173	24	21	14	39	1.90
24315224--24315263	16	2.4	17	83	12	55	47	0	0	52	1.00
24315270--24315305	3	12.3	3	94	5	65	66	0	0	33	0.92
24323766--24323803	16	2.4	16	86	8	51	23	0	2	73	0.95
24326277--24326319	12	3.3	12	79	17	50	16	13	4	65	1.43
24326216--24326484	100	2.7	101	87	1	382	25	18	18	37	1.93
24326214--24326573	100	3.7	97	81	10	348	26	17	18	37	1.93
24326490--24327071	148	3.9	148	86	4	719	31	15	19	32	1.94
24326490--24327071	73	7.9	75	84	5	736	31	15	19	32	1.94
24326510--24327071	221	2.5	221	91	2	878	31	16	20	31	1.94
24327172--24327204	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24327092--24327555	91	5.0	91	73	12	295	27	16	16	39	1.90
24327028--24327360	182	1.8	178	82	6	420	28	17	18	35	1.93
24327273--24327463	103	1.8	104	88	3	296	28	14	16	40	1.87
24327401--24327628	87	2.6	87	81	4	237	31	15	18	34	1.93
24327676--24327720	21	2.1	21	87	0	63	31	8	31	28	1.88
24328252--24328305	18	3.3	18	66	28	57	22	50	7	20	1.73
24328242--24328340	30	3.3	30	92	0	153	25	48	6	20	1.72
24328798--24328927	25	5.5	23	71	14	79	35	5	3	56	1.38
24328863--24329023	25	6.4	25	72	12	87	31	6	4	57	1.45
24328944--24328983	21	1.9	21	89	0	62	30	2	7	60	1.38
24328875--24329048	77	2.3	78	81	8	196	33	5	4	56	1.41
24329068--24329123	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
24328980--24329502	261	2.0	258	97	2	994	32	11	5	50	1.61
24341493--24341532	18	2.2	18	95	0	71	50	10	7	32	1.64
24350652--24350799	43	3.5	42	80	3	161	32	22	16	28	1.96
24353103--24353227	23	5.8	23	79	8	95	19	20	21	38	1.94
24353151--24353218	21	3.3	21	85	2	84	19	25	25	30	1.98
24366262--24366292	14	2.2	14	100	0	62	70	6	0	22	1.09
24366565--24366596	12	2.6	13	85	14	50	21	0	0	78	0.76
24373072--24373140	26	2.6	27	73	11	72	76	7	2	13	1.10
24374271--24374526	64	4.0	64	91	0	413	29	17	15	37	1.91
24374272--24374526	128	2.0	128	96	0	474	29	17	15	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24374592--24374708	45	2.6	45	80	10	123	29	15	23	31	1.95
24375089--24375769	177	3.8	177	85	2	848	28	16	25	28	1.97
24375599--24375701	44	2.3	45	81	5	111	33	18	21	27	1.96
24376257--24376288	12	2.6	13	85	14	50	21	0	0	78	0.76
24385278--24385640	46	7.9	46	90	0	476	22	23	13	40	1.90
24387454--24387498	11	3.9	11	80	11	54	62	2	0	35	1.08
24387469--24387539	31	2.3	31	73	9	74	53	5	2	38	1.39
24388626--24388677	24	2.2	24	82	6	61	38	23	5	32	1.78
24400212--24400399	49	3.8	49	81	5	243	26	17	26	29	1.97
24400207--24400394	100	1.9	100	92	0	313	25	18	26	29	1.98
24407567--24407647	37	2.2	37	88	6	128	23	17	2	56	1.52
24408431--24408497	20	3.4	19	89	4	89	37	10	20	31	1.87
24408547--24408668	26	4.8	26	91	3	178	27	22	24	26	2.00
24410191--24410374	64	2.8	64	80	7	201	23	30	16	29	1.96
24412364--24412398	17	2.1	17	100	0	70	22	17	22	37	1.94
24415363--24415395	17	1.9	17	100	0	66	30	12	36	21	1.90
24426019--24426059	22	1.9	21	85	5	55	43	21	0	34	1.53
24444373--24444402	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
24458722--24458853	6	21.8	6	73	16	112	49	13	15	21	1.79
24458722--24458853	30	4.4	30	88	4	194	49	13	15	21	1.79
24458971--24459036	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
24458971--24459044	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24458995--24459052	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
24459355--24459437	27	3.1	26	81	5	94	38	22	20	18	1.93
24459640--24459742	54	1.9	53	88	2	152	24	21	18	35	1.95
24459636--24459742	27	4.0	27	83	0	133	24	20	19	35	1.96
24459755--24460136	27	14.2	27	82	6	463	40	9	22	27	1.85
24474964--24475036	23	3.2	23	76	7	76	39	16	16	27	1.90
24475056--24475106	23	2.2	23	78	0	57	47	15	11	25	1.80
24478352--24479386	515	2.0	516	95	0	1874	35	18	11	34	1.86
24484544--24484601	14	4.1	14	76	19	59	0	29	3	67	1.07
24484547--24484631	27	3.2	26	77	14	93	2	23	3	70	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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