genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.268.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  268  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88001964--88002068	41	2.5	42	86	4	142	16	21	29	32	1.95
88002936--88003001	20	3.3	20	70	20	57	57	3	1	37	1.23
88008378--88008491	40	2.8	40	79	10	115	29	27	14	28	1.95
88010282--88010324	16	2.6	16	85	3	50	53	2	0	44	1.13
88012580--88012616	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
88013622--88013765	41	3.5	41	88	0	198	15	21	29	32	1.95
88026128--88026199	32	2.2	32	97	2	135	37	12	8	41	1.73
88029597--88029632	18	2.1	18	94	5	65	27	44	16	11	1.82
88031327--88031498	93	1.8	93	92	0	290	27	28	21	22	1.99
88031320--88031495	46	3.8	46	74	12	180	28	28	21	21	1.98
88031421--88031514	46	2.0	45	84	8	118	29	28	20	21	1.98
88034004--88034032	8	3.6	8	100	0	58	37	0	0	62	0.96
88035341--88035397	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
88035769--88035834	23	3.0	23	80	6	91	15	19	24	40	1.90
88041363--88041543	86	2.1	86	100	0	362	43	9	9	37	1.71
88045551--88045822	122	2.2	123	85	6	356	33	0	37	28	1.63
88047737--88047874	57	2.4	59	80	10	153	27	14	21	36	1.92
88047795--88047989	57	3.4	57	77	6	148	31	15	21	32	1.94
88047854--88047988	56	2.4	56	81	7	157	33	17	21	28	1.95
88050611--88050865	55	4.8	53	77	9	227	35	16	25	22	1.95
88050621--88050818	108	1.8	110	86	4	294	34	15	25	23	1.95
88051057--88051087	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88084621--88084805	40	4.7	40	82	8	218	25	28	22	24	1.99
88092523--88092707	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
88092504--88092707	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
88094647--88094747	43	2.3	44	83	6	127	24	18	20	35	1.95
88107662--88107795	43	3.1	43	86	0	187	28	26	20	25	1.99
88114524--88114556	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
88118869--88120273	719	2.0	719	80	6	1589	35	12	17	34	1.88
88123972--88124053	43	1.9	43	89	0	128	21	17	30	30	1.96
88127563--88127606	15	2.9	15	86	0	52	15	4	20	59	1.54
88130642--88130776	43	2.9	44	85	8	164	22	18	31	28	1.97
88130687--88130786	51	2.0	51	89	0	155	23	18	28	31	1.97
88138411--88138564	27	5.7	27	86	0	218	40	22	7	29	1.80
88138411--88138570	54	3.0	54	90	0	248	40	21	8	30	1.82
88138411--88138686	54	5.1	54	80	0	205	39	21	9	30	1.84
88138573--88138659	27	3.2	27	91	0	129	40	18	9	32	1.82
88138666--88138822	27	5.8	27	89	0	215	29	22	7	40	1.81
88138643--88138822	54	3.3	54	84	0	225	31	22	7	38	1.82
88138653--88138822	81	2.1	81	86	0	241	32	22	7	38	1.81
88138817--88138993	27	6.6	27	87	5	232	35	19	22	23	1.96
88139661--88139733	27	2.7	27	82	2	85	19	23	19	38	1.93
88139871--88139990	6	19.3	6	68	19	68	20	17	14	48	1.81
88139871--88139981	31	3.5	31	90	1	159	19	18	13	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88142166--88142218	18	2.9	18	82	0	70	45	9	7	37	1.65
88142229--88142269	18	2.3	18	91	0	64	31	19	19	29	1.96
88142403--88142524	54	2.3	53	86	2	163	42	18	21	18	1.89
88143553--88143586	17	2.1	15	89	10	50	0	35	0	64	0.94
88143558--88143606	25	2.0	25	84	8	64	0	30	2	67	1.02
88145179--88145217	19	2.1	19	85	9	53	33	12	12	41	1.82
88145352--88146054	351	2.0	351	97	0	1334	30	25	18	25	1.98
88147955--88148642	47	14.6	47	94	1	1189	29	29	8	32	1.86
88147955--88148642	284	2.4	284	94	1	1206	29	29	8	32	1.86
88152076--88152507	40	10.8	40	90	0	648	26	26	21	25	2.00
88153932--88154483	47	11.6	47	90	6	812	29	29	8	32	1.87
88153932--88154483	190	2.9	191	91	5	863	29	29	8	32	1.87
88164245--88164284	21	1.9	21	89	0	62	42	17	27	12	1.85
88166572--88166643	35	2.1	35	91	0	117	36	12	25	26	1.91
88171709--88171780	35	2.1	35	91	0	117	36	12	25	26	1.91
88173130--88173193	30	2.2	29	85	2	83	48	20	9	21	1.77
88175880--88175938	31	2.0	31	83	6	77	25	20	11	42	1.86
88180002--88180052	23	2.2	23	82	6	59	41	13	9	35	1.78
88180362--88180397	16	2.2	17	90	5	56	30	13	19	36	1.91
88185736--88185799	32	2.0	32	100	0	128	40	12	9	37	1.75
88190865--88190915	24	2.1	24	100	0	102	37	11	25	25	1.90
88207616--88207675	26	2.3	25	81	16	68	1	40	0	58	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88213132--88213302	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
88213127--88213299	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
88220426--88220464	20	1.9	21	85	15	55	38	23	0	38	1.55
88220730--88220866	47	2.9	50	74	15	137	31	26	18	24	1.97
88223711--88223784	30	2.4	29	82	8	85	62	9	12	16	1.54
88241632--88241664	1	33.0	1	100	0	66	100	0	0	0	0.00
88243022--88243335	83	3.7	83	77	13	320	32	19	22	25	1.97
88243029--88243167	44	3.3	44	76	10	171	34	17	21	25	1.96
88243083--88243759	44	15.6	44	70	12	303	30	20	23	26	1.98
88243085--88243759	177	3.9	171	89	3	667	30	20	23	26	1.98
88243168--88243720	87	6.3	87	74	9	432	29	20	23	25	1.99
88243257--88243792	130	4.1	128	70	10	314	29	20	23	26	1.99
88243211--88243759	177	3.1	177	89	2	759	29	20	23	26	1.99
88243472--88243760	87	3.3	87	76	6	348	29	21	23	25	1.99
88248431--88248489	31	1.9	31	85	0	82	44	10	6	38	1.65
88248808--88248859	24	2.2	24	85	0	68	53	5	3	36	1.43
88254138--88254162	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
88270008--88270121	56	2.1	53	91	4	183	44	8	24	21	1.80
88271253--88271477	40	5.7	40	86	5	287	24	22	27	25	2.00
88271253--88271510	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	25	2.00
88275056--88275123	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
88275228--88275306	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88279510--88279604	40	2.4	40	83	3	111	27	14	28	29	1.95
88285737--88285818	25	3.3	25	98	0	155	24	18	21	35	1.96
88289980--88290202	119	1.9	120	82	6	283	25	28	21	25	1.99
88289959--88290202	40	6.1	39	83	5	260	25	28	20	25	1.99
88291293--88291412	56	2.1	56	100	0	240	22	24	9	44	1.82
88293685--88293857	46	3.8	45	79	13	190	21	20	28	29	1.98
88293682--88293852	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	28	1.98
88303160--88303202	19	2.2	20	95	4	79	69	9	9	11	1.36
88303997--88304074	38	2.1	38	97	0	147	35	6	15	42	1.73
88304917--88304946	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
88305355--88305399	18	2.5	18	100	0	90	42	4	13	40	1.64
88309449--88309473	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
88325243--88325283	18	2.2	19	86	4	57	65	0	2	31	1.05
88326705--88326755	24	2.1	25	88	3	77	56	9	0	33	1.32
88326828--88326867	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
88326915--88326956	20	2.0	21	86	4	59	57	9	0	33	1.31
88328887--88329125	89	2.7	87	86	4	327	35	20	15	28	1.93
88329049--88329198	74	2.0	73	92	1	246	32	24	16	26	1.96
88328955--88329513	162	3.4	163	87	4	774	31	21	17	28	1.96
88329208--88329349	75	1.9	77	91	2	234	27	22	18	31	1.97
88329372--88329512	74	1.9	74	89	2	221	27	21	19	31	1.97
88341557--88341607	24	2.1	25	85	3	68	58	7	0	33	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88341680--88341719	21	1.9	21	89	0	62	57	2	2	37	1.26
88341769--88341810	20	2.0	21	86	4	59	57	9	0	33	1.31
88345087--88345505	158	2.6	160	81	3	479	34	12	15	36	1.86
88347303--88347412	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
88349031--88349171	27	5.2	27	87	2	176	17	23	22	36	1.95
88349031--88349171	54	2.6	55	88	2	196	17	23	22	36	1.95
88354711--88354770	30	2.0	30	100	0	120	43	30	13	13	1.82
88356232--88356270	17	2.3	17	86	0	60	35	0	2	61	1.10
88356232--88356276	17	2.6	17	82	10	56	33	2	2	62	1.20
88359253--88359283	9	3.4	9	100	0	62	29	0	25	45	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352