genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89814088--89814352	78	3.4	75	81	5	253	41	27	16	15	1.88
89814958--89814995	16	2.3	17	82	17	53	31	15	2	50	1.58
89816813--89816857	19	2.4	18	78	10	54	57	0	0	42	0.98
89816817--89816856	20	2.0	20	90	0	62	55	0	0	45	0.99
89821170--89821218	21	2.4	20	80	10	55	8	20	24	46	1.77
89824840--89824972	67	2.0	67	93	0	230	24	16	29	29	1.97
89825785--89825846	32	1.9	32	100	0	124	25	3	20	50	1.64
89828901--89828971	34	2.1	34	100	0	142	26	2	15	54	1.55
89828910--89828986	34	2.3	33	84	8	111	27	2	15	54	1.54
89847839--89848154	163	1.9	163	88	1	479	38	10	7	43	1.67
89848403--89848459	29	1.9	30	89	3	89	54	7	3	35	1.45
89849858--89849919	27	2.2	28	80	16	74	32	1	11	54	1.45
89850203--89850303	34	3.0	33	83	9	132	43	1	13	40	1.56
89850424--89850921	126	4.0	126	87	0	647	39	16	15	27	1.90
89850424--89850921	253	2.0	251	85	1	665	39	16	15	27	1.90
89855007--89855247	47	5.1	47	92	0	383	33	11	29	26	1.91
89855054--89855132	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
89855036--89855154	22	5.1	22	63	25	66	33	13	28	24	1.93
89855128--89855203	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
89855217--89855403	48	3.8	48	88	8	295	35	6	26	31	1.83
89855218--89855403	100	1.9	96	91	6	302	36	6	26	30	1.83
89855549--89855657	37	2.9	37	95	0	191	22	19	32	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89865740--89865796	14	3.7	15	77	9	53	80	1	7	10	0.96
89866905--89867104	66	3.0	66	84	3	278	32	17	12	37	1.87
89868036--89868288	131	1.9	130	88	4	375	32	16	24	27	1.96
89870138--89870185	24	2.0	24	84	15	64	27	2	6	64	1.28
89875523--89875551	6	4.8	6	100	0	58	34	13	0	51	1.42
89880123--89880273	28	5.4	28	92	1	223	34	27	11	25	1.91
89882253--89882290	20	1.9	20	88	0	58	44	13	15	26	1.83
89885485--89885525	20	2.0	21	86	9	59	56	2	0	41	1.13
89886019--89886737	35	19.7	37	73	11	427	39	14	20	26	1.90
89886077--89886694	108	5.6	109	73	12	360	39	13	19	27	1.89
89886086--89886467	149	2.6	149	81	7	368	39	13	18	28	1.88
89886028--89886737	73	9.7	71	72	12	351	39	13	20	26	1.90
89886528--89886697	71	2.4	70	78	8	182	39	15	21	24	1.91
89888209--89888240	16	2.0	16	100	0	64	37	18	12	31	1.88
89889207--89889800	323	1.8	323	96	0	1109	38	20	12	28	1.88
89891167--89891234	31	2.2	31	81	5	84	42	7	7	42	1.60
89892241--89892997	266	2.8	265	84	4	927	32	23	17	26	1.96
89892595--89892999	127	3.1	126	77	11	436	32	24	16	27	1.96
89892722--89893019	140	2.1	141	85	3	395	31	24	16	27	1.96
89894356--89894415	25	2.5	25	81	5	70	33	0	1	65	1.03
89894349--89894423	24	3.1	24	77	7	80	29	0	1	69	0.97
89894352--89894503	66	2.5	59	80	15	150	28	0	3	66	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89894397--89894430	10	3.5	10	84	8	52	35	0	0	64	0.94
89894381--89894502	33	3.7	32	69	22	90	31	0	4	63	1.18
89894391--89894514	66	1.9	66	91	0	203	29	1	4	64	1.23
89895532--89895570	20	2.0	20	85	10	53	79	0	2	17	0.84
89900510--89900539	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
89903945--89904050	56	1.9	56	100	0	212	47	16	5	30	1.70
89904859--89905270	176	2.3	177	86	3	548	27	24	16	30	1.97
89905548--89905855	64	4.8	64	90	0	465	39	14	17	28	1.89
89905541--89905855	127	2.5	127	90	2	479	38	14	17	28	1.90
89905548--89905891	127	2.7	123	84	7	354	40	13	18	28	1.88
89908361--89908422	26	2.3	27	81	10	74	37	24	8	30	1.84
89908527--89908613	27	3.2	27	88	3	122	18	24	20	36	1.95
89909809--89909856	14	3.6	14	81	13	57	12	4	0	83	0.79
89909814--89909856	12	3.5	12	87	9	52	11	4	0	83	0.78
89910402--89910445	11	4.0	11	78	0	52	4	13	2	79	0.98
89915275--89915332	22	2.6	22	76	13	57	72	5	12	10	1.26
89920524--89920564	18	2.3	19	83	8	50	75	12	4	7	1.16
89921947--89921997	27	1.9	26	84	4	66	27	7	31	33	1.85
89927484--89927554	35	2.0	35	88	0	106	26	25	9	38	1.87
89932617--89932687	35	2.0	35	89	5	108	26	25	11	36	1.90
89934027--89934055	13	2.1	14	93	6	51	48	13	0	37	1.43
89936673--89936720	6	8.0	6	82	17	64	81	2	2	14	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89936621--89936709	26	3.5	25	76	15	76	69	4	7	17	1.30
89942111--89942157	22	2.1	22	100	0	94	65	0	8	25	1.20
89952552--89952655	48	2.2	48	84	3	129	14	25	17	43	1.86
89952577--89952714	72	1.9	73	86	4	199	14	24	17	43	1.86
89957386--89957444	18	3.3	18	67	21	52	27	11	23	37	1.90
89957379--89957449	35	2.0	35	97	0	133	25	12	25	36	1.91
89960831--89960877	25	1.9	24	86	4	67	55	2	0	42	1.12
89960959--89961010	27	1.9	27	88	0	77	46	1	1	50	1.23
89963343--89963394	23	2.3	23	76	6	61	40	0	3	55	1.18
89963373--89963411	20	2.0	20	85	5	53	48	2	0	48	1.15
89970384--89970554	84	2.0	84	95	2	308	45	12	11	30	1.77
89973213--89973260	23	2.1	23	88	7	71	47	8	6	37	1.59
89973588--89973629	22	2.0	22	85	4	59	40	14	7	38	1.73
89976170--89976204	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
89976500--89976558	27	2.2	27	100	0	118	33	28	3	33	1.74
89976845--89976878	17	1.9	18	94	5	61	55	5	11	26	1.58
89977607--89977656	10	5.0	10	85	9	66	66	2	8	24	1.29
89980918--89981021	37	2.8	37	79	0	127	20	19	22	38	1.94
89981199--89981335	26	5.2	26	77	2	112	32	17	21	29	1.96
89988641--89988675	3	11.7	3	93	0	61	31	37	0	31	1.58
89996990--89997028	11	3.7	11	83	13	55	41	7	10	41	1.68
89996990--89997028	20	2.0	20	94	0	69	41	7	10	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90003768--90003806	18	2.3	18	86	8	55	43	10	5	41	1.61
90003963--90003993	15	2.1	15	100	0	62	22	32	6	38	1.80
90007351--90007380	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
90008122--90008160	18	2.3	18	86	8	55	43	12	5	38	1.65
90014944--90015010	30	2.1	32	78	13	77	40	0	7	52	1.30
90014945--90015010	31	2.1	31	83	10	82	40	0	7	51	1.30
90017857--90017929	27	2.7	26	79	10	83	73	6	17	1	1.11
90034686--90034763	41	1.9	40	84	7	104	23	33	20	23	1.97
90036594--90036714	60	2.1	59	87	3	172	37	16	9	36	1.82
90039798--90039867	31	2.3	30	78	4	77	42	12	11	32	1.79
90044312--90044479	74	2.3	74	83	4	196	35	12	14	37	1.84
90044858--90044977	59	2.0	59	100	0	240	48	10	16	25	1.77
90045979--90046011	17	2.0	17	88	5	50	45	0	15	39	1.46
90048326--90048643	48	6.6	48	87	2	433	27	27	16	27	1.97
90051291--90051449	81	2.0	81	94	0	282	40	22	11	25	1.88
90052867--90052974	26	4.2	26	89	0	171	32	8	23	36	1.84
90054758--90055044	137	2.1	137	96	0	520	24	19	25	31	1.98
90057416--90057593	40	4.5	40	89	3	227	24	21	28	24	1.99
90063188--90063420	55	4.2	55	89	0	313	23	6	18	51	1.70
90068118--90068151	17	2.0	17	88	0	50	23	11	0	64	1.26
90071401--90071472	33	2.2	33	89	0	108	45	9	22	22	1.81
90072940--90073001	29	2.2	28	86	11	83	62	4	4	27	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90072937--90072995	26	2.3	26	82	5	75	62	5	5	27	1.37
90074439--90074489	21	2.4	21	81	12	59	19	29	1	49	1.60
90087618--90087669	2	26.0	2	100	0	104	0	50	0	50	1.00
90095633--90095665	17	1.9	18	88	11	52	45	0	12	42	1.41
90096773--90096829	30	1.9	30	85	0	78	42	12	22	22	1.87
90097089--90097150	21	3.0	20	79	9	72	43	17	24	14	1.86
90098607--90098653	20	2.3	20	100	0	94	8	31	40	19	1.81
90104114--90104371	41	6.3	41	87	0	372	33	24	21	20	1.97
90104537--90104588	14	3.7	14	81	0	59	26	0	25	48	1.52
90104621--90104663	14	3.0	14	89	3	59	18	0	39	41	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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