genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76419088--76419291	40	5.2	40	92	2	324	23	21	26	27	1.99
76427079--76427324	40	6.2	40	90	0	359	23	20	26	29	1.99
76430669--76430702	6	5.7	6	96	0	59	29	32	38	0	1.58
76430669--76430717	18	2.7	18	83	0	62	26	28	40	4	1.74
76430693--76430728	18	2.0	18	88	0	54	27	22	41	8	1.82
76442681--76443140	48	10.0	45	80	9	340	30	26	14	28	1.95
76442681--76442992	84	3.5	87	82	12	341	30	27	14	27	1.95
76442791--76443146	48	7.3	48	83	6	387	31	27	14	27	1.94
76442998--76443144	53	2.9	53	82	9	155	32	25	13	27	1.94
76446967--76447192	40	5.6	40	87	5	312	23	23	27	25	2.00
76446967--76447192	83	2.8	81	90	4	366	23	23	27	25	2.00
76455111--76455335	40	5.6	40	83	7	294	23	22	28	26	1.99
76455111--76455335	83	2.8	80	88	8	348	23	22	28	26	1.99
76458858--76458926	7	9.7	7	75	19	63	81	1	14	2	0.88
76458866--76458926	23	2.7	23	82	9	72	81	1	13	3	0.88
76459774--76460267	44	11.2	44	75	8	371	30	17	24	27	1.97
76459774--76460166	175	2.2	175	89	1	581	30	18	24	27	1.98
76459779--76460252	132	3.6	132	87	2	605	30	17	24	27	1.97
76460214--76460732	206	2.5	206	91	0	806	30	18	21	29	1.97
76461139--76461217	19	4.2	19	87	9	117	36	10	16	36	1.82
76461145--76461217	36	2.0	37	91	5	121	36	10	15	36	1.82
76466589--76467008	27	15.6	27	83	2	418	39	20	9	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76466589--76467008	81	5.2	81	84	2	463	39	20	9	30	1.84
76466947--76467024	27	2.9	27	90	0	93	35	19	17	26	1.94
76468644--76469380	48	15.3	48	95	0	1285	30	26	6	35	1.83
76471547--76471646	28	3.6	27	76	10	85	33	29	17	21	1.95
76471678--76472046	40	9.2	40	93	0	596	28	28	19	23	1.98
76473469--76473917	48	9.3	48	94	0	763	30	26	6	36	1.82
76479954--76480110	43	3.7	43	76	9	135	24	16	26	31	1.96
76485794--76485918	45	2.8	44	85	2	142	39	18	20	22	1.93
76488141--76488178	20	1.9	20	94	0	67	15	28	28	26	1.96
76498579--76498622	20	2.1	21	83	8	54	4	27	15	52	1.63
76504979--76505046	24	2.8	24	88	4	93	33	16	25	25	1.95
76504979--76505071	24	3.8	23	84	8	80	32	17	24	25	1.97
76512155--76512221	23	2.8	24	84	4	82	37	17	25	19	1.94
76519086--76519167	26	3.2	25	89	6	128	34	7	23	35	1.82
76520652--76520704	26	2.0	26	82	7	63	41	20	13	24	1.88
76530021--76530065	18	2.5	19	85	7	58	57	0	28	13	1.36
76533603--76533935	131	2.6	129	87	1	454	28	18	18	34	1.95
76536765--76537008	122	2.0	122	95	0	434	23	15	18	41	1.89
76540238--76540382	9	15.7	9	69	9	51	65	3	2	28	1.20
76540285--76540334	19	2.7	18	87	12	66	60	4	2	34	1.27
76540258--76540341	28	3.2	26	75	18	75	63	3	2	30	1.24
76540276--76540402	47	2.7	46	72	19	120	62	3	0	32	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76540240--76540372	27	4.8	28	70	17	71	64	3	2	29	1.23
76540285--76540402	10	12.6	9	73	16	66	61	4	0	33	1.21
76540691--76540734	16	2.8	15	86	6	52	45	4	4	45	1.44
76545149--76545362	79	2.7	79	80	2	241	20	29	17	31	1.96
76547170--76547232	26	2.4	26	86	7	83	33	22	11	33	1.89
76547337--76547440	27	3.9	28	84	5	126	20	22	21	36	1.95
76555339--76555584	49	5.0	49	81	4	296	28	27	18	25	1.98
76555341--76555584	100	2.5	99	86	2	337	29	27	18	25	1.98
76556020--76556080	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
76558084--76558151	15	4.5	15	77	14	68	55	14	14	14	1.69
76560816--76560989	51	3.5	49	84	3	233	29	25	18	25	1.98
76560803--76560996	49	3.9	49	81	4	228	28	25	19	26	1.98
76560803--76560997	99	2.0	100	91	1	320	28	25	18	26	1.98
76563061--76563123	26	2.4	27	84	10	85	39	26	6	26	1.80
76564558--76564730	46	3.7	46	77	13	201	22	21	27	28	1.99
76564555--76564725	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
76566046--76566147	27	3.7	27	88	3	125	20	23	20	35	1.96
76566046--76566154	54	2.0	54	84	7	141	20	22	21	35	1.96
76571129--76571206	33	2.4	33	79	10	88	32	17	25	24	1.97
76571195--76571251	30	1.9	30	85	0	78	26	17	33	22	1.96
76571474--76571522	24	2.0	24	96	0	89	32	20	10	36	1.86
76573792--76573855	27	2.4	27	86	5	85	32	14	26	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76573819--76573937	27	4.4	27	80	2	132	32	16	23	26	1.96
76573819--76573949	54	2.4	53	81	9	156	31	17	22	28	1.97
76582248--76582470	40	5.6	40	89	1	313	22	23	27	25	2.00
76584262--76584300	16	2.5	16	91	4	62	61	0	10	28	1.28
76584612--76584664	19	2.7	20	82	5	72	50	1	9	37	1.46
76589416--76589483	30	2.3	30	94	0	118	16	25	38	20	1.92
76589416--76589462	13	3.0	17	70	23	57	14	23	40	21	1.90
76594142--76594224	26	3.1	27	91	8	134	61	15	3	19	1.48
76596582--76596814	39	5.9	39	91	2	326	19	20	27	32	1.97
76599144--76599170	13	2.1	13	100	0	54	37	0	22	40	1.54
76602705--76602938	39	6.0	39	89	2	328	20	19	26	32	1.97
76603071--76603106	18	2.0	18	94	0	63	30	5	13	50	1.65
76612040--76612079	5	7.6	5	88	5	53	20	0	0	80	0.72
76612753--76612834	32	2.6	32	96	0	146	24	28	36	10	1.89
76612725--76612834	32	3.2	36	86	8	112	23	26	37	12	1.91
76614423--76614458	18	2.0	18	100	0	72	22	5	11	61	1.50
76614620--76614649	14	2.2	14	94	5	53	63	6	0	30	1.20
76616951--76617264	154	2.0	155	93	1	533	43	15	8	33	1.76
76619412--76619507	40	2.4	40	82	6	115	34	25	18	21	1.96
76620203--76620255	21	2.5	22	84	3	63	20	0	35	43	1.52
76620232--76620302	21	3.5	20	74	16	65	19	1	43	35	1.60
76620289--76620343	21	2.6	21	73	2	56	25	0	30	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76620494--76620575	21	3.8	22	71	10	62	28	0	28	43	1.55
76620617--76620664	15	3.3	14	82	5	51	31	0	25	43	1.55
76620615--76620664	14	3.3	15	80	8	57	30	0	26	44	1.55
76625513--76625753	43	5.6	43	78	2	155	27	14	27	29	1.96
76627164--76627197	16	2.1	17	88	5	52	52	29	5	11	1.61
76640954--76641009	26	2.2	25	81	12	60	37	14	7	41	1.73
76651297--76651333	18	2.1	18	89	0	56	67	0	0	32	0.91
76651832--76651867	14	2.6	14	90	0	54	36	13	0	50	1.43
76651875--76651907	15	2.2	15	89	10	50	60	0	3	36	1.12
76656260--76656298	2	19.5	2	100	0	78	0	0	48	51	1.00
76656719--76656764	18	2.4	20	92	7	78	41	0	32	26	1.56
76664560--76664593	16	2.1	17	94	5	61	50	35	5	8	1.58
76666072--76666127	29	1.9	29	88	0	85	21	12	33	32	1.91
76669060--76669279	79	2.8	79	84	7	259	25	22	28	23	1.99
76669060--76669279	40	5.6	40	83	6	261	25	22	28	23	1.99
76673734--76673847	43	2.7	42	78	10	133	28	16	27	28	1.97
76688485--76688658	49	3.5	49	81	1	231	29	27	16	27	1.97
76688485--76688666	99	1.8	99	92	0	310	28	27	17	26	1.97
76696924--76697165	49	4.9	49	76	6	227	29	26	19	24	1.98
76696934--76697059	50	2.6	49	85	1	162	30	29	15	23	1.96
76701004--76701053	20	2.5	20	100	0	100	18	32	34	16	1.92
76701271--76701308	17	2.2	17	100	0	76	26	15	15	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76710599--76711292	27	26.0	27	79	7	657	29	21	8	40	1.83
76711302--76711497	27	7.3	27	82	0	212	36	18	17	26	1.94
76711302--76711481	54	3.3	54	84	3	236	36	19	17	26	1.94
76711696--76711775	27	3.0	26	88	3	97	20	22	21	36	1.95
76711866--76711924	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
76712089--76712157	27	2.6	27	81	4	77	18	23	20	37	1.94
76712280--76712345	6	10.8	6	78	15	73	18	18	15	48	1.81
76712280--76712345	31	2.2	30	91	2	105	18	18	15	48	1.81
76714366--76715048	54	12.9	54	82	7	785	28	22	8	40	1.83
76714363--76715048	27	26.0	27	80	9	650	28	22	8	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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