genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.218.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71868511--71868713	40	5.1	40	82	8	229	25	27	22	25	2.00
71873066--71873114	24	2.0	24	100	0	98	40	34	12	12	1.80
71879172--71879354	78	2.3	81	83	8	225	25	27	21	24	1.99
71879172--71879354	40	4.6	39	83	7	219	25	27	21	24	1.99
71886898--71887081	78	2.3	82	82	9	229	25	27	22	24	2.00
71886879--71887081	40	5.1	40	82	8	229	25	27	22	25	2.00
71889449--71889485	19	1.9	19	88	0	56	45	0	16	37	1.47
71890068--71890095	12	2.3	12	100	0	56	39	0	0	60	0.97
71890136--71890164	14	2.0	15	93	6	51	68	6	20	3	1.27
71890944--71891130	78	2.3	80	74	13	175	44	1	18	36	1.57
71891508--71891573	21	3.0	23	80	12	86	12	22	27	37	1.90
71896700--71896732	13	2.5	13	95	5	57	15	33	0	51	1.43
71906504--71906547	15	2.9	15	76	10	54	2	11	4	81	0.92
71908642--71908673	12	2.7	12	95	0	55	9	6	9	75	1.20
71909046--71909089	14	3.2	14	83	3	54	45	6	31	15	1.73
71913795--71913941	24	6.4	24	67	17	87	21	5	48	23	1.70
71913836--71913942	45	2.4	45	96	0	196	23	5	48	22	1.71
71913792--71913927	69	2.0	69	79	2	148	21	5	47	25	1.72
71914989--71915028	17	2.3	17	86	4	53	57	0	2	40	1.12
71914997--71915030	18	1.9	18	94	5	61	55	0	2	41	1.15
71915453--71915509	26	2.3	25	85	11	82	50	3	10	35	1.54
71915463--71915516	26	2.2	25	90	6	83	51	5	9	33	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71916799--71916875	26	2.9	27	80	3	77	16	32	18	32	1.93
71923694--71923749	20	2.8	20	91	0	94	32	16	28	23	1.96
71930735--71930831	48	2.0	48	97	0	185	21	17	20	40	1.92
71936557--71936630	37	2.0	37	100	0	148	32	27	5	35	1.79
71945330--71945554	40	5.7	40	88	5	289	25	21	26	26	2.00
71945330--71945587	119	2.2	119	81	6	292	26	21	26	25	1.99
71947882--71947937	25	2.3	24	82	11	62	75	1	19	3	1.05
71949181--71949364	40	4.6	41	82	8	229	23	22	28	26	1.99
71949181--71949362	79	2.3	80	83	6	228	23	22	28	25	1.99
71949182--71949387	79	2.6	79	78	11	226	24	21	27	25	1.99
71961302--71961465	80	2.1	79	86	5	224	26	19	27	26	1.99
71961247--71961432	40	4.7	40	87	5	234	24	21	27	26	1.99
71970088--71970151	5	12.6	5	90	9	103	20	0	0	79	0.73
71974591--71974836	49	4.9	50	81	2	271	26	19	26	28	1.98
71974594--71974782	100	1.9	100	87	1	279	24	19	26	29	1.99
71978991--71979020	4	7.5	4	100	0	60	26	0	23	50	1.50
71986852--71986937	28	3.0	28	83	3	100	30	27	15	26	1.96
71989874--71990103	40	5.7	40	94	1	397	25	27	22	24	2.00
71989874--71990099	81	2.8	80	93	1	389	25	28	23	23	2.00
71989877--71990103	121	1.9	121	94	1	402	24	27	22	24	2.00
71998730--71998941	40	5.3	40	90	3	304	25	26	21	26	1.99
71998730--71998994	80	3.3	80	86	4	322	25	25	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72001167--72001355	40	4.7	40	92	0	324	25	27	22	24	2.00
72008127--72008189	33	1.9	33	84	15	87	28	26	20	23	1.99
72022879--72022917	18	2.2	18	86	9	53	48	0	5	46	1.24
72025782--72025899	43	2.7	43	97	0	218	30	14	27	27	1.95
72025783--72025948	43	3.9	42	87	7	119	30	15	27	27	1.96
72025782--72025951	86	2.0	86	81	6	202	30	14	26	28	1.95
72027866--72027903	20	1.9	20	84	10	51	31	5	7	55	1.51
72030781--72031192	27	15.2	27	87	1	518	29	21	7	41	1.81
72030781--72031192	54	7.6	53	90	2	590	29	21	7	41	1.81
72031428--72031479	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
72031738--72031801	25	2.6	25	89	0	92	18	20	14	46	1.83
72031735--72031822	6	14.3	6	71	17	65	19	18	13	48	1.80
72035217--72035463	40	6.2	40	85	3	293	29	27	19	23	1.98
72037460--72037489	15	2.0	15	93	0	51	16	20	26	36	1.93
72037624--72037898	27	10.2	27	90	0	390	28	24	8	39	1.83
72038221--72038280	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
72038399--72038508	31	3.5	31	79	7	118	19	17	13	50	1.79
72038399--72038529	6	21.3	6	69	16	72	19	16	13	50	1.78
72038421--72038520	37	2.7	37	85	0	137	19	18	13	50	1.78
72039904--72040066	42	3.9	42	79	4	175	31	17	23	27	1.97
72041589--72041650	31	2.0	32	87	3	90	35	19	24	20	1.96
72041596--72041736	67	2.0	67	87	5	201	30	21	29	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72041666--72041717	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
72044285--72044508	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	1.99
72044285--72044508	79	2.8	80	83	8	287	25	28	22	24	1.99
72052029--72052250	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
72052027--72052250	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
72053990--72054206	79	2.7	79	81	7	244	24	21	27	26	1.99
72053989--72054192	40	5.1	40	82	7	245	24	21	27	26	1.99
72061167--72061363	40	4.9	40	79	7	206	24	21	27	26	1.99
72061220--72061384	79	2.1	79	84	4	208	25	20	27	27	1.99
72069574--72069625	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
72073477--72073506	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
72076857--72076936	41	1.9	42	84	2	108	25	17	28	28	1.97
72078853--72078890	20	1.9	20	84	10	51	31	5	7	55	1.51
72081553--72081716	42	3.9	41	79	6	168	29	15	24	30	1.96
72085504--72085666	42	3.9	42	78	9	172	30	15	25	29	1.96
72096574--72096845	46	5.7	48	75	11	179	29	20	27	22	1.98
72102799--72102888	27	3.3	28	89	7	141	35	25	7	31	1.84
72102994--72103083	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
72103004--72103094	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
72102994--72103108	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
72103547--72103585	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
72104169--72104202	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72110691--72110783	28	3.3	28	93	3	152	34	26	7	31	1.84
72110889--72110978	28	3.2	27	81	7	101	20	23	24	32	1.98
72110899--72110978	27	2.9	28	81	5	99	21	23	22	32	1.98
72110899--72111003	55	1.9	56	82	5	133	20	23	20	35	1.96
72111442--72111480	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
72115380--72115432	27	2.0	27	96	0	97	39	20	16	22	1.92
72123402--72123449	20	2.4	20	67	0	51	35	16	25	22	1.95
72124315--72124367	22	2.4	22	96	0	97	15	35	28	20	1.93
72126118--72126156	15	2.6	15	88	8	53	10	10	20	58	1.59
72136957--72136988	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
72137829--72137873	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
72138031--72138166	40	3.4	40	88	1	200	22	20	22	34	1.97
72139707--72139801	23	4.1	23	93	5	165	28	20	21	30	1.98
72140016--72140079	31	2.1	31	87	0	92	39	14	23	23	1.91
72142134--72142356	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
72142214--72142391	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
72148371--72148439	27	2.6	27	85	0	93	39	20	13	27	1.89
72148422--72148792	27	13.7	27	77	7	218	40	18	8	32	1.82
72148925--72148969	20	2.2	20	84	7	56	22	6	31	40	1.80
72149054--72149219	41	4.0	41	85	6	228	22	21	28	27	1.99
72149060--72149220	82	2.0	82	93	0	277	21	22	29	26	1.99
72149359--72149422	22	3.0	21	80	11	67	23	26	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72151194--72151244	23	2.4	22	81	12	61	17	5	25	50	1.68
72153539--72153741	40	5.1	40	87	3	268	25	28	22	23	1.99
72155750--72155827	27	2.9	27	82	0	102	35	16	19	28	1.93
72155819--72156185	27	13.6	27	78	2	209	40	19	10	30	1.84
72155812--72155885	26	2.8	27	85	4	96	37	20	10	31	1.87
72157850--72157888	13	3.2	12	86	10	53	71	0	10	17	1.12
72158618--72158776	35	4.5	35	76	3	167	30	8	17	43	1.79
72160186--72160217	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
72173067--72173170	27	4.0	27	81	3	106	24	12	19	44	1.85
72173087--72173170	27	3.1	27	82	1	107	25	11	21	41	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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