genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84124549--84124660	22	5.2	21	69	17	63	20	0	41	38	1.53
84124532--84124660	7	18.1	7	70	12	77	20	0	41	37	1.53
84130476--84130516	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
84136709--84136795	29	3.0	29	96	0	156	33	19	8	39	1.81
84138330--84138362	12	2.8	12	90	4	50	75	12	0	12	1.04
84143433--84143487	26	2.1	26	96	0	101	14	30	23	30	1.94
84150846--84151041	50	3.9	49	83	5	241	28	25	19	26	1.99
84150847--84151042	101	2.0	99	87	4	286	28	25	19	26	1.99
84156970--84157138	43	4.0	43	74	6	155	33	26	11	27	1.92
84162496--84162614	47	2.5	47	90	0	202	36	12	23	26	1.91
84162596--84162792	55	3.6	54	83	4	236	36	18	24	20	1.95
84163382--84163419	19	2.0	19	100	0	76	10	15	21	52	1.72
84164608--84164703	46	2.1	46	90	0	147	31	10	17	40	1.83
84167342--84167723	27	14.1	27	84	1	442	29	21	7	41	1.80
84167342--84167723	81	4.7	81	84	1	496	29	21	7	41	1.80
84167761--84167883	27	4.6	27	82	8	135	43	22	5	28	1.76
84167761--84167939	53	3.3	54	80	6	150	43	20	6	30	1.76
84167813--84167940	27	4.7	27	78	10	118	45	20	4	29	1.71
84167999--84168059	27	2.3	27	79	0	68	39	16	22	21	1.92
84168878--84168947	25	2.8	24	81	10	79	25	24	21	28	1.99
84168878--84168960	24	3.4	25	76	14	75	28	21	21	27	1.99
84169095--84169186	42	2.2	42	96	0	166	29	11	21	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84169210--84169288	31	2.5	31	95	0	140	27	18	25	27	1.98
84169271--84169347	29	2.7	29	97	0	145	36	24	19	19	1.95
84174291--84174461	51	3.4	51	81	2	139	25	16	28	29	1.97
84174338--84174515	51	3.5	51	83	3	153	27	17	27	27	1.98
84176830--84176938	50	2.2	50	89	0	173	23	11	21	43	1.86
84183413--84183583	42	4.0	41	78	4	180	30	14	25	29	1.95
84183413--84183583	85	2.0	84	87	3	245	30	14	25	29	1.95
84184589--84184658	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
84184825--84184882	27	2.1	27	96	0	107	32	25	24	17	1.96
84185517--84185600	27	3.1	27	91	3	125	21	26	21	30	1.98
84185670--84185825	54	2.9	54	83	3	161	32	7	17	42	1.76
84185723--84185845	27	4.6	27	85	6	160	28	5	21	43	1.75
84185877--84185995	27	4.4	27	88	0	166	41	8	22	27	1.83
84185877--84185995	54	2.2	54	89	0	184	41	8	22	27	1.83
84193556--84193654	47	2.1	48	98	1	191	36	13	28	22	1.91
84196977--84197025	11	4.4	11	80	14	55	32	6	2	59	1.34
84205859--84205933	38	2.0	38	89	0	114	22	22	25	29	1.99
84205926--84206050	43	2.9	43	92	0	214	12	24	33	28	1.92
84206355--84206462	45	2.4	45	83	6	123	23	23	26	26	2.00
84211252--84211337	29	3.1	28	81	8	86	60	1	0	38	1.04
84211272--84211329	11	5.8	10	90	10	84	60	0	0	39	0.97
84213983--84214027	11	4.4	10	81	13	56	53	0	2	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84226312--84226352	19	2.2	18	87	12	57	68	4	7	19	1.32
84226312--84226352	20	2.2	18	86	8	55	68	4	7	19	1.32
84232994--84233047	27	2.0	27	96	0	99	20	29	9	40	1.83
84241586--84241761	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
84241583--84241754	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
84249081--84249256	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
84249078--84249249	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
84252777--84253093	39	8.1	39	80	2	323	31	17	30	20	1.96
84260089--84260235	43	3.4	41	77	9	134	29	24	15	29	1.96
84271017--84271043	8	3.4	8	100	0	54	51	22	25	0	1.48
84271549--84271591	8	5.4	8	85	0	59	55	20	20	2	1.54
84271806--84271914	29	3.9	28	83	3	121	27	16	28	27	1.97
84271814--84271923	56	1.9	58	85	3	152	27	16	29	27	1.97
84272788--84272827	18	2.2	18	86	0	53	30	2	5	62	1.29
84273072--84273130	26	2.3	26	91	2	93	16	30	6	45	1.74
84273294--84273354	30	2.1	30	93	3	106	36	21	16	26	1.94
84279979--84280235	40	6.5	39	87	6	324	24	23	28	24	2.00
84282089--84282259	43	4.0	43	77	6	159	32	23	15	28	1.95
84285789--84286004	46	4.6	47	76	10	176	27	18	30	23	1.98
84290398--84290524	27	4.7	27	81	3	123	28	16	18	36	1.93
84290519--84290768	27	9.3	27	81	7	249	40	18	15	25	1.90
84291131--84291222	34	2.8	33	80	11	107	25	21	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84295070--84295361	27	10.9	27	84	2	354	31	21	23	23	1.98
84295526--84295595	27	2.6	27	86	0	95	21	24	18	35	1.95
84295786--84295851	33	2.0	34	87	3	98	28	21	24	25	1.99
84301535--84301682	48	3.1	48	75	3	147	23	27	19	29	1.98
84301558--84301728	46	3.7	46	74	12	143	23	27	20	28	1.99
84301559--84301730	94	1.8	93	83	5	229	23	27	20	28	1.99
84318071--84319015	472	2.0	472	97	0	1782	31	25	17	25	1.97
84319597--84319828	46	4.9	47	78	4	216	23	26	19	30	1.98
84319649--84319828	94	1.9	94	83	2	236	23	28	18	29	1.98
84324036--84324227	40	4.8	40	84	3	228	23	19	27	28	1.99
84331817--84332004	40	4.7	40	84	2	227	27	19	27	26	1.99
84335889--84335979	42	2.2	42	87	0	128	34	20	14	30	1.93
84336112--84336273	26	6.3	26	87	2	224	29	22	20	27	1.99
84336323--84336379	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
84337136--84337532	27	14.7	27	76	7	189	31	9	20	37	1.86
84337372--84337829	27	16.9	26	76	8	147	32	8	21	37	1.84
84337362--84337505	55	2.6	55	77	8	141	31	10	18	39	1.84
84337388--84337573	54	3.4	52	78	10	167	31	9	20	39	1.84
84337553--84337667	27	4.3	27	89	0	176	37	6	23	32	1.82
84337680--84337829	54	2.8	54	79	3	167	30	9	20	40	1.83
84344387--84344514	46	2.8	46	85	0	175	22	21	25	31	1.98
84358611--84358835	40	5.7	40	85	5	278	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84366597--84366820	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
84366597--84366820	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
84366597--84366818	118	1.9	117	84	6	288	24	22	27	25	2.00
84376424--84376557	56	2.4	56	92	0	214	33	23	15	27	1.95
84382982--84383035	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
84383262--84383506	49	4.9	49	82	4	276	25	18	26	28	1.98
84391321--84391479	43	3.7	42	77	2	138	31	25	17	25	1.97
84391376--84391480	44	2.4	43	84	3	131	34	25	15	24	1.95
84398322--84398466	40	3.6	39	81	6	164	24	25	23	26	2.00
84402889--84403009	42	2.8	46	79	15	141	33	19	18	28	1.95
84404700--84404736	17	2.2	17	90	0	56	48	10	18	21	1.78
84406031--84406069	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
84412350--84412389	21	1.9	21	84	0	53	37	25	7	30	1.83
84417667--84417732	32	2.1	32	100	0	132	31	9	15	43	1.77
84417667--84417743	32	2.4	32	93	0	118	33	7	14	44	1.74
84421164--84421256	28	3.3	28	84	0	96	30	33	10	25	1.90
84421768--84421807	21	1.9	21	84	0	53	37	25	7	30	1.83
84423878--84423984	27	4.0	27	87	0	142	25	14	18	41	1.89
84424641--84424674	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
84424662--84424724	6	10.3	6	76	10	65	49	12	19	19	1.79
84424934--84425013	27	3.0	26	81	5	88	41	20	20	18	1.91
84425183--84425404	78	2.8	78	87	0	327	32	27	19	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84425410--84425492	27	3.1	26	87	5	103	37	20	22	19	1.94
84425735--84426131	27	14.7	27	86	4	325	24	20	20	34	1.96
84425717--84426120	54	7.5	54	89	2	562	25	20	20	34	1.97
84425716--84426120	81	5.0	81	87	3	564	24	20	20	34	1.97
84425752--84426181	81	5.3	81	84	4	478	26	19	20	34	1.96
84426028--84426266	27	8.9	27	84	6	186	27	13	21	36	1.92
84449196--84449419	79	2.8	79	83	7	285	25	28	22	24	2.00
84449196--84449419	40	5.7	40	84	7	278	25	28	22	24	2.00
84457086--84457310	40	5.7	40	84	5	278	25	28	21	24	1.99
84457088--84457310	119	1.9	120	85	6	310	25	27	21	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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