genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92919205--92919253	25	2.0	25	91	0	80	38	22	12	26	1.89
92919290--92919337	11	4.6	11	80	12	57	35	12	20	31	1.90
92919385--92919468	25	3.4	25	86	3	107	29	22	21	26	1.99
92919675--92919757	30	2.7	31	87	3	125	30	18	26	25	1.98
92919675--92919752	31	2.6	30	89	2	120	29	19	26	24	1.98
92921248--92921334	38	2.2	39	85	6	113	32	21	14	31	1.94
92921465--92921599	25	5.3	26	88	4	181	28	22	20	28	1.98
92921465--92921599	51	2.7	51	89	6	197	28	22	20	28	1.98
92922403--92922479	27	2.9	26	90	3	118	18	24	23	33	1.96
92922524--92922767	27	9.1	27	75	12	99	33	9	18	39	1.82
92922612--92922741	54	2.4	54	89	3	190	30	9	18	41	1.82
92922530--92922750	54	4.1	54	78	9	186	31	8	19	41	1.81
92922648--92922763	54	2.1	54	80	3	126	33	10	17	38	1.83
92922740--92922874	72	1.9	73	83	13	181	42	9	19	28	1.82
92922740--92922924	26	7.4	25	79	11	152	41	9	20	28	1.84
92922801--92922924	52	2.4	52	86	8	173	40	10	20	28	1.86
92922929--92923010	25	3.3	26	81	11	91	29	9	19	41	1.83
92925231--92925305	31	2.4	31	90	0	123	26	25	17	30	1.97
92925329--92925418	41	2.2	41	88	7	130	35	20	13	31	1.91
92925562--92925683	50	2.4	52	94	5	223	27	23	22	26	2.00
92925562--92925683	25	4.8	26	90	3	187	27	23	22	26	2.00
92926482--92926561	26	3.1	26	90	1	117	20	27	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92926599--92926838	27	8.8	27	77	3	167	31	10	19	38	1.85
92926628--92926838	54	3.9	53	81	5	192	30	9	19	40	1.83
92926819--92927079	25	10.9	24	78	13	111	37	6	21	34	1.80
92926829--92927041	25	8.8	25	79	16	177	38	7	23	31	1.81
92926830--92926994	68	2.3	75	83	12	204	40	6	23	29	1.80
92926830--92927013	25	7.7	25	83	13	198	39	7	23	29	1.81
92926684--92927079	27	15.9	25	76	14	130	34	8	21	35	1.83
92926830--92927013	74	2.6	73	83	12	199	39	7	23	29	1.81
92926997--92927080	24	3.5	25	80	9	95	34	5	16	42	1.73
92927039--92927091	25	2.2	23	83	6	61	37	5	13	43	1.67
92929274--92929379	30	3.6	29	91	8	178	26	27	17	28	1.98
92929403--92929491	40	2.2	41	92	6	146	33	20	13	32	1.91
92929622--92929751	25	5.4	25	80	12	148	26	23	20	28	1.99
92929622--92929751	48	2.7	50	87	11	191	26	23	20	28	1.99
92930542--92930624	25	3.2	25	87	3	103	19	25	20	34	1.96
92930740--92930888	26	5.7	26	84	6	178	29	8	19	42	1.80
92930882--92930927	24	1.9	24	90	0	74	41	6	19	32	1.77
92930881--92931082	26	7.9	26	76	16	158	39	6	22	31	1.79
92930881--92931074	102	1.9	102	82	6	241	39	6	21	31	1.79
92930881--92931082	77	2.6	79	78	10	231	39	6	22	31	1.79
92931088--92931196	26	4.3	26	89	6	152	29	10	20	40	1.85
92931159--92931210	24	2.2	23	83	10	61	28	7	19	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92933244--92933464	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
92933284--92933464	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
92933281--92933464	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
92941135--92941355	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
92941175--92941355	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
92941172--92941355	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
92943168--92943394	46	4.9	46	78	12	227	23	28	18	29	1.98
92943178--92943395	94	2.4	90	85	7	269	23	28	19	28	1.98
92950132--92950355	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
92950132--92950355	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
92957977--92958201	40	5.7	40	86	5	287	24	21	28	25	1.99
92958016--92958234	79	2.8	80	83	8	236	26	20	27	25	1.99
92959706--92959743	20	1.9	20	84	10	51	39	7	2	50	1.46
92960365--92960726	46	7.7	47	74	9	217	23	28	19	28	1.98
92960365--92960729	94	3.9	93	76	12	288	23	28	19	28	1.98
92982412--92982496	32	2.6	32	92	1	134	23	40	24	11	1.88
92982907--92982948	20	2.0	20	86	4	57	52	0	0	47	1.00
92985176--92985296	43	2.9	40	77	10	125	29	23	16	29	1.96
92989738--92989882	42	3.4	42	81	7	123	26	15	22	36	1.93
92989759--92989904	43	3.4	42	82	7	161	23	13	25	37	1.91
92991773--92991829	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
92998343--92998493	27	5.6	27	80	3	151	40	21	7	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92998343--92998485	54	2.6	54	84	1	187	39	21	6	31	1.80
92998525--92998576	27	1.9	27	88	7	79	44	21	5	28	1.75
92999392--92999451	20	3.0	21	83	11	74	38	10	18	33	1.84
92999422--92999469	20	2.3	20	85	3	60	43	12	14	29	1.82
92999519--92999616	26	3.8	26	90	1	144	29	22	20	27	1.98
92999762--92999845	42	2.0	42	88	0	123	29	14	19	36	1.91
93001423--93001607	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
93001424--93001607	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
93001424--93001640	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
93009311--93009497	39	4.7	39	86	7	168	25	22	27	24	2.00
93009311--93009534	79	2.8	79	82	11	253	25	22	27	25	2.00
93009311--93009534	40	5.7	40	86	6	271	25	22	27	25	2.00
93009318--93009567	79	3.2	77	79	12	240	27	21	26	24	1.99
93014869--93014911	18	2.4	18	88	0	59	51	13	16	18	1.77
93014878--93014952	18	4.1	18	75	10	53	48	12	18	21	1.80
93014926--93015036	6	18.0	6	70	15	66	49	17	15	18	1.80
93014907--93015036	31	4.2	30	88	2	161	48	16	16	19	1.81
93014869--93015036	12	13.7	12	67	15	85	48	15	16	19	1.81
93014920--93015036	62	1.9	62	90	0	189	48	16	17	17	1.81
93015168--93015241	26	2.8	27	85	2	96	39	20	22	17	1.92
93015552--93015694	27	5.3	27	92	0	232	23	22	20	32	1.98
93015744--93015802	27	2.2	27	84	0	73	32	10	18	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93015786--93015959	27	6.6	26	78	8	156	32	10	20	36	1.87
93019186--93019265	38	2.1	38	97	0	151	22	21	25	31	1.98
93021365--93021422	22	2.5	22	81	10	55	22	5	3	68	1.24
93047525--93047682	43	3.7	42	81	5	131	25	17	24	32	1.96
93047526--93047664	43	3.2	42	80	10	140	27	16	22	33	1.95
93057424--93057587	49	3.3	49	83	3	220	31	26	17	25	1.97
93057400--93057587	49	3.8	49	80	3	207	30	26	17	25	1.97
93057396--93057592	100	2.0	99	89	1	304	30	25	18	24	1.98
93058242--93058298	30	1.9	30	88	0	87	29	19	8	42	1.81
93063203--93063387	56	3.3	56	89	0	280	28	14	20	36	1.92
93063215--93063434	112	2.0	111	81	5	264	26	13	22	36	1.92
93069480--93069687	28	7.5	28	93	0	337	32	28	13	25	1.93
93076378--93076479	28	3.7	26	76	19	100	26	14	30	28	1.95
93076378--93076501	56	2.2	56	92	0	203	24	14	33	28	1.94
93076406--93076501	28	3.4	28	74	16	108	22	15	34	27	1.95
93083984--93084085	28	3.6	28	75	10	109	30	13	28	27	1.94
93083984--93084107	56	2.2	56	86	2	169	28	13	30	27	1.94
93086996--93087029	17	2.0	17	100	0	68	52	11	11	23	1.70
93089464--93089527	30	2.2	28	79	15	76	37	18	3	40	1.67
93089485--93089535	17	3.2	17	68	21	56	33	19	3	43	1.70
93089478--93089537	30	2.0	30	100	0	120	33	20	3	43	1.68
93089481--93089547	30	2.2	30	92	5	109	34	20	2	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93107972--93108010	14	3.0	13	89	10	62	15	12	10	61	1.56
93108938--93109019	25	3.4	24	79	12	71	24	21	24	29	1.99
93108954--93109020	25	2.7	25	92	0	107	22	22	26	28	1.99
93109223--93109465	27	9.0	27	86	0	333	24	20	19	35	1.96
93109483--93109606	27	4.6	27	84	4	160	29	8	20	41	1.81
93109508--93109674	54	3.1	54	81	1	174	27	7	23	40	1.82
93109508--93109674	27	6.2	27	82	0	136	27	7	23	40	1.82
93109653--93109890	27	8.8	27	86	0	298	40	7	21	30	1.81
93112219--93112300	25	3.4	25	89	3	114	24	20	21	32	1.98
93112503--93112746	27	9.0	27	86	0	326	24	22	19	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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