genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.292.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95981765--95981792	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
95984782--95985091	46	6.8	45	84	3	377	42	13	23	20	1.87
95984772--95985076	138	2.2	138	88	2	452	42	12	24	20	1.86
95986850--95987024	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
95988720--95988777	21	2.8	21	100	0	116	18	36	31	13	1.90
95990650--95990699	24	2.1	24	81	7	57	74	10	0	16	1.08
95992999--95993174	75	2.4	73	87	4	255	31	25	22	21	1.98
95992926--95993222	35	8.3	35	69	9	150	31	23	22	21	1.98
95993290--95993360	37	1.9	37	97	0	133	36	22	0	40	1.54
95993301--95993357	17	3.2	17	70	29	55	35	21	0	43	1.52
95993789--95993865	37	2.1	37	95	0	136	38	14	14	32	1.86
95993863--95993890	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
95994955--95995003	11	4.2	12	82	17	59	0	24	0	75	0.80
95994955--95995003	25	2.1	24	88	11	75	0	24	0	75	0.80
96003894--96003929	17	2.1	17	90	10	56	80	11	2	5	0.98
96006625--96006812	76	2.5	75	83	7	240	42	2	8	46	1.48
96010598--96010649	24	2.2	24	89	0	77	34	3	7	53	1.48
96010749--96010778	14	2.1	14	93	0	51	13	0	30	56	1.37
96012478--96012503	7	3.7	7	100	0	52	15	38	0	46	1.46
96028739--96028818	39	2.1	39	97	0	151	32	20	15	32	1.93
96029443--96029471	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
96031316--96031371	15	3.9	14	75	9	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96031303--96031372	30	2.4	30	86	9	92	51	1	0	47	1.09
96033382--96033415	16	2.1	16	88	0	50	44	8	5	41	1.60
96043683--96043780	19	5.2	19	80	7	101	39	10	15	34	1.81
96043690--96043780	36	2.4	37	80	7	103	39	10	14	35	1.81
96045512--96045576	32	2.0	32	96	0	121	32	6	24	36	1.80
96048680--96048710	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
96053535--96053595	32	1.9	32	100	0	122	31	4	24	39	1.77
96157947--96157971	7	3.6	7	100	0	50	24	16	0	60	1.36
96163604--96163641	19	2.0	19	100	0	76	57	0	5	36	1.21
96163917--96163987	25	2.8	25	87	8	92	12	0	33	53	1.39
96163939--96163985	8	5.9	8	81	18	62	10	0	38	51	1.37
96163898--96163984	17	5.8	16	75	21	73	12	0	33	54	1.39
96163939--96163984	16	2.9	15	87	12	74	10	0	39	50	1.38
96164064--96164121	17	3.6	17	81	13	61	15	1	31	51	1.53
96163958--96164227	137	2.0	137	90	5	431	37	2	20	40	1.66
96164202--96164258	24	2.4	23	83	16	73	17	0	29	52	1.45
96164249--96164283	17	2.1	17	94	5	63	11	0	34	54	1.37
96164326--96164777	126	3.6	126	88	3	667	36	15	17	30	1.91
96170536--96170580	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
96171314--96171355	18	2.3	18	87	0	57	45	7	28	19	1.76
96173139--96173187	22	2.3	22	79	10	57	46	8	16	28	1.75
96179735--96179787	21	2.5	22	78	12	56	28	3	5	62	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96181746--96181784	17	2.3	17	90	0	60	23	5	2	69	1.21
96181756--96181799	22	1.9	22	90	9	70	22	6	0	70	1.11
96183777--96184070	3	98.7	3	68	15	128	27	6	4	62	1.38
96190247--96190307	32	1.9	32	100	0	122	39	22	4	32	1.76
96190247--96190328	32	2.6	32	86	3	94	40	21	4	32	1.75
96195830--96196599	44	16.6	44	73	11	479	31	19	21	28	1.97
96195965--96196466	140	3.6	140	89	2	724	31	18	22	27	1.97
96198125--96198418	3	98.7	3	69	15	137	27	6	4	62	1.37
96198239--96198394	26	6.1	25	73	14	113	27	4	3	64	1.28
96203272--96203327	23	2.5	21	80	11	58	35	3	1	58	1.26
96203288--96203400	37	3.1	35	76	12	104	32	5	0	61	1.25
96203339--96203416	34	2.3	34	82	6	86	32	3	1	62	1.21
96203696--96203759	18	3.5	19	70	18	55	29	1	6	62	1.29
96204054--96204122	33	2.1	33	97	0	129	24	10	5	59	1.52
96206779--96206810	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
96214659--96214715	26	2.3	24	81	6	60	42	12	1	43	1.52
96216681--96216708	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
96221918--96221968	27	1.9	26	88	11	77	43	5	3	47	1.46
96222322--96222432	15	7.5	15	67	17	70	46	0	2	49	1.22
96222358--96222432	27	2.7	27	81	2	87	46	0	2	50	1.15
96222356--96222435	14	5.8	13	71	10	61	46	0	2	51	1.14
96232691--96232798	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96250940--96250999	25	2.4	25	80	5	68	30	16	20	33	1.94
96251379--96251420	18	2.5	17	80	7	50	47	4	7	40	1.52
96252396--96252460	25	2.6	25	82	2	67	18	27	23	30	1.97
96255056--96255332	142	2.0	142	91	1	457	32	14	16	35	1.90
96270296--96270384	43	2.1	43	100	0	178	38	25	22	13	1.91
96271838--96271866	13	2.1	14	93	6	51	13	10	0	75	1.04
96285079--96285103	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
96286045--96286118	36	2.1	36	97	0	139	21	25	8	44	1.79
96295431--96295532	30	3.3	29	67	11	87	39	11	13	35	1.82
96295408--96295532	62	2.0	62	100	0	250	38	9	15	36	1.80
96300134--96300289	78	2.0	78	94	0	276	37	7	25	30	1.82
96303977--96304048	38	1.9	37	88	2	108	48	0	4	47	1.21
96304277--96304330	16	3.4	16	87	5	74	31	25	5	37	1.79
96308038--96308120	41	2.0	41	97	0	157	44	25	0	30	1.54
96312351--96312479	64	2.0	64	100	0	258	45	18	9	26	1.79
96313744--96313793	22	2.3	22	86	6	66	64	8	6	22	1.43
96316095--96316180	31	2.7	31	83	3	91	59	20	5	13	1.55
96316409--96316479	21	3.4	21	80	0	79	2	43	18	35	1.65
96319586--96319618	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
96319586--96319619	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
96321069--96321120	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
96321037--96321399	104	3.6	104	93	4	600	30	30	20	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96321723--96321786	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
96321730--96321786	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
96328640--96328689	25	2.0	25	96	0	91	30	32	24	14	1.94
96328740--96328788	25	2.0	25	95	0	89	30	32	24	12	1.92
96328842--96328890	25	2.0	25	95	0	89	30	32	24	12	1.92
96328608--96328967	99	3.6	103	93	4	608	31	29	19	19	1.96
96329296--96329359	30	2.2	30	85	2	85	31	26	6	35	1.81
96330222--96330303	22	4.0	21	79	13	66	41	14	7	36	1.74
96330251--96330348	35	2.7	37	84	12	141	35	15	10	38	1.81
96330258--96330348	19	4.9	19	89	8	152	36	14	10	38	1.81
96330662--96330695	14	2.4	14	90	5	50	38	11	0	50	1.39
96332272--96332380	37	2.9	36	82	2	119	25	12	46	14	1.80
96333264--96333346	7	11.9	7	71	5	69	48	34	2	14	1.57
96333802--96333859	15	4.0	15	73	6	57	55	32	0	12	1.37
96333966--96334085	39	3.0	39	79	7	100	30	20	15	34	1.93
96334603--96334627	11	2.3	11	100	0	50	44	32	16	8	1.76
96336248--96336273	9	2.9	9	100	0	52	34	11	19	34	1.88
96336688--96336847	69	2.3	68	85	4	198	37	15	5	41	1.69
96339035--96339064	16	1.9	15	93	6	51	53	3	13	30	1.56
96344335--96344416	41	2.0	41	100	0	164	39	7	7	46	1.60
96348130--96348308	27	6.7	26	83	9	207	39	21	8	30	1.84
96348120--96348280	54	3.0	54	88	0	232	39	21	7	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96348293--96348433	27	5.2	27	91	3	221	34	20	20	24	1.97
96348239--96348432	81	2.4	82	81	5	200	35	20	18	26	1.95
96348787--96348814	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
96350349--96350393	23	2.0	23	87	8	67	11	4	42	42	1.60
96351615--96351668	22	2.5	22	73	11	56	22	22	20	35	1.96
96351838--96351939	54	1.9	53	81	2	123	18	22	21	37	1.94
96351845--96351939	27	3.5	26	82	5	91	20	23	20	36	1.95
96352099--96352193	6	15.8	6	74	12	79	20	17	15	46	1.84
96352089--96352209	31	4.0	31	81	7	142	19	17	14	47	1.82
96352097--96352182	29	2.9	29	89	3	109	20	18	15	45	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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