genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.165.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54065307--54065405	43	2.3	43	91	0	153	30	25	18	26	1.98
54070866--54071038	46	3.8	45	73	13	154	30	27	19	22	1.98
54077966--54078136	93	1.8	93	88	2	263	29	27	20	22	1.99
54077961--54078130	46	3.7	45	74	14	159	30	27	19	23	1.98
54085713--54085817	51	2.1	51	98	0	201	33	4	7	54	1.50
54087978--54088017	21	1.9	21	84	0	53	52	10	17	20	1.72
54090757--54090781	13	1.9	13	100	0	50	72	20	0	8	1.10
54093459--54093493	6	5.8	6	100	0	70	31	17	17	34	1.93
54097160--54097254	32	2.9	32	81	3	109	29	7	25	37	1.83
54104723--54104810	33	2.7	33	75	8	90	34	12	20	32	1.90
54110669--54110895	47	4.8	48	75	13	179	22	28	20	28	1.98
54110722--54110895	94	1.9	94	87	2	260	21	29	20	28	1.98
54119936--54120198	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
54119975--54120233	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
54127873--54128135	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
54127912--54128170	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
54130595--54130816	46	4.7	46	76	8	180	22	27	19	29	1.98
54133001--54133036	15	2.3	15	90	4	54	25	13	16	44	1.85
54134578--54134690	43	2.7	42	80	2	127	30	24	15	29	1.95
54152065--54152178	43	2.7	44	81	8	128	33	25	15	25	1.95
54164346--54164371	13	2.0	13	100	0	52	38	30	7	23	1.83
54167883--54167989	40	2.7	40	84	5	119	25	27	21	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54167926--54168069	40	3.6	40	80	10	143	28	27	20	24	1.99
54175727--54175873	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
54175773--54175953	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
54175770--54175953	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
54182536--54182569	11	3.1	11	86	0	50	0	11	2	85	0.71
54183839--54183876	3	12.7	3	100	0	76	0	34	0	65	0.93
54187152--54187564	27	15.7	27	75	7	233	38	21	7	31	1.82
54187356--54187566	54	3.9	54	85	1	282	39	20	8	30	1.83
54187548--54187877	27	12.3	27	87	1	439	35	20	19	24	1.96
54188304--54188368	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
54188527--54188628	27	3.8	27	85	5	116	18	22	21	37	1.94
54188765--54188845	31	2.6	31	86	2	108	18	16	14	50	1.78
54190805--54191193	27	14.7	27	72	14	131	39	20	8	31	1.83
54190805--54191193	54	7.3	53	76	8	249	39	20	8	31	1.83
54190917--54191192	81	3.4	81	81	2	266	39	21	8	31	1.83
54190917--54191181	109	2.4	109	83	3	293	39	20	8	31	1.82
54191177--54191622	27	16.6	27	90	1	644	33	20	21	24	1.97
54192040--54192104	22	3.0	22	75	8	60	21	21	21	35	1.96
54192263--54192364	27	3.8	27	85	5	116	19	23	20	36	1.95
54192255--54192364	54	2.1	52	82	3	130	19	22	20	38	1.94
54192501--54192578	6	12.5	6	69	17	52	19	14	16	50	1.79
54192531--54192581	12	4.2	12	76	14	59	17	11	17	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54192501--54192587	31	2.8	31	91	1	129	18	16	16	49	1.80
54197062--54197131	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
54197062--54197159	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
54205955--54206010	27	2.1	27	96	0	103	44	3	1	50	1.29
54213867--54213905	19	2.1	19	95	4	71	28	10	0	61	1.28
54216335--54216397	28	2.3	28	88	2	92	30	28	20	20	1.98
54222713--54222771	27	2.2	27	84	6	75	32	18	27	22	1.97
54237734--54237847	31	3.5	31	75	22	92	55	4	1	38	1.30
54237732--54237847	33	3.5	33	79	12	132	55	4	1	38	1.30
54237784--54237837	23	2.2	24	84	15	67	55	3	1	38	1.28
54242854--54242904	19	2.6	19	75	9	50	37	7	9	45	1.67
54242937--54242968	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
54242941--54242983	15	2.9	15	82	3	52	58	2	2	37	1.24
54243994--54244087	41	2.2	43	84	5	120	26	14	23	35	1.94
54248804--54248916	43	2.7	43	81	4	131	30	24	19	25	1.98
54254463--54254585	58	2.1	58	84	3	158	34	12	19	33	1.89
54254654--54255102	70	6.4	70	75	8	342	21	16	21	40	1.91
54254625--54255102	140	3.4	140	79	4	462	21	16	22	39	1.92
54254654--54255102	210	2.1	209	78	7	455	21	16	21	40	1.91
54255455--54255500	24	1.9	24	90	0	74	19	30	17	32	1.95
54261279--54261447	41	4.1	40	80	8	187	37	20	22	19	1.95
54261605--54261699	14	6.9	14	70	13	63	29	2	24	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54263272--54263337	7	9.7	7	77	12	66	16	1	39	42	1.58
54264211--54264305	43	2.2	44	84	3	122	22	37	1	38	1.61
54267938--54267987	23	2.2	23	96	0	91	36	16	16	32	1.90
54268110--54268596	241	2.0	241	97	0	911	34	17	14	33	1.91
54269035--54269162	9	13.6	9	75	9	112	47	20	1	30	1.59
54269048--54269160	57	2.0	57	85	0	154	46	22	1	29	1.62
54275003--54275102	42	2.4	42	81	5	112	25	17	22	36	1.95
54275980--54276406	234	1.8	234	92	0	728	22	19	26	31	1.98
54277954--54278016	26	2.4	26	89	0	99	7	23	36	31	1.84
54283792--54283849	30	1.9	30	89	0	89	32	10	25	31	1.89
54284190--54284360	47	3.7	46	77	9	170	28	19	28	24	1.98
54290445--54290501	30	1.9	30	88	0	87	33	8	26	31	1.87
54290839--54291109	48	5.8	46	73	14	200	29	16	30	23	1.97
54293028--54293090	31	2.0	31	96	0	117	33	19	11	36	1.87
54295097--54295187	42	2.1	44	82	8	107	35	23	15	26	1.94
54295086--54295187	43	2.4	44	79	9	113	32	22	16	28	1.96
54300899--54300949	25	2.0	25	88	0	75	37	7	13	41	1.74
54304907--54304997	31	2.9	31	83	3	112	46	12	10	30	1.76
54310196--54310633	49	9.1	49	90	3	683	31	9	30	28	1.88
54310196--54310633	96	4.5	98	94	2	683	31	9	30	28	1.88
54316442--54316690	46	5.4	45	88	3	363	19	22	13	44	1.85
54316442--54316690	138	1.8	138	91	1	410	19	22	13	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54316662--54316788	45	2.8	45	79	0	155	21	24	16	37	1.93
54316812--54316952	33	4.3	33	69	13	92	22	24	21	31	1.98
54318516--54318540	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
54319968--54320013	23	2.0	23	95	0	83	45	17	15	21	1.85
54323749--54323810	28	2.2	28	100	0	124	32	6	24	37	1.81
54326164--54326226	12	5.4	12	71	22	55	47	0	3	49	1.17
54326164--54326226	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
54326187--54326275	29	3.1	28	73	19	85	44	0	6	48	1.29
54326156--54326233	34	2.3	33	79	14	88	44	0	2	52	1.14
54326290--54326340	26	2.0	26	88	3	77	50	7	0	41	1.31
54326410--54326501	44	2.0	46	83	4	116	33	22	6	36	1.80
54326487--54326541	16	3.4	16	84	0	74	30	29	3	36	1.75
54328870--54328987	59	2.0	60	83	9	152	61	1	6	30	1.32
54329076--54329133	29	1.9	29	83	13	73	60	0	6	32	1.23
54328910--54329204	162	1.8	162	88	7	456	59	3	7	30	1.40
54329359--54329502	10	15.5	10	71	17	73	33	1	1	63	1.11
54329395--54329502	18	5.9	18	70	20	66	32	0	0	65	1.05
54329395--54329502	27	3.9	27	75	18	98	32	0	0	65	1.05
54329650--54330145	86	5.5	87	76	11	378	37	10	16	35	1.83
54329690--54330136	186	2.5	176	84	10	548	38	10	16	35	1.82
54334285--54334329	20	2.2	21	80	15	58	35	22	4	37	1.74
54338012--54338038	14	1.9	14	100	0	54	85	0	0	14	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54339295--54339326	16	2.0	17	88	11	50	53	9	12	25	1.68
54341833--54341914	26	3.2	26	100	0	164	30	7	26	35	1.84
54342765--54342872	26	4.2	26	96	0	189	31	5	25	37	1.79
54344287--54344395	54	2.0	53	91	1	173	22	24	19	33	1.97
54344290--54344421	27	4.9	26	80	10	124	23	24	18	33	1.97
54344287--54344421	54	2.5	53	83	8	148	22	24	19	33	1.97
54349677--54349781	25	4.2	26	93	6	189	31	6	25	36	1.82
54351372--54351511	27	5.2	27	83	13	182	17	24	23	34	1.96
54351369--54351529	53	3.0	53	91	4	245	18	24	22	34	1.96
54351372--54351529	27	5.9	27	77	19	154	18	24	22	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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