genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.119.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38145811--38145853	7	5.6	7	80	20	50	30	0	2	67	1.03
38145876--38145924	25	2.1	25	81	11	59	30	4	2	63	1.24
38146891--38146963	29	2.5	28	80	8	83	32	10	12	43	1.77
38152662--38152780	35	3.2	38	76	22	121	29	21	13	35	1.92
38152688--38152817	35	3.7	35	85	1	170	31	21	13	33	1.93
38159838--38159896	30	2.0	30	82	0	73	40	5	18	35	1.73
38160241--38160482	48	5.1	48	71	16	180	28	19	22	28	1.98
38165182--38165522	48	7.4	48	70	20	212	26	20	24	28	1.99
38165174--38165545	141	2.7	139	87	4	533	26	20	24	28	1.99
38167445--38167505	28	2.2	27	80	11	70	34	9	22	32	1.87
38167810--38167863	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
38168097--38168334	49	4.8	50	79	5	268	26	18	26	28	1.98
38172757--38172790	16	2.1	16	100	0	68	64	0	17	17	1.29
38173581--38173634	27	2.0	27	85	0	72	40	7	12	38	1.72
38173917--38174052	50	2.7	51	87	1	193	27	19	24	28	1.98
38176937--38176994	25	2.3	25	81	0	71	22	24	22	31	1.99
38177473--38177513	17	2.4	17	87	0	55	31	14	26	26	1.95
38178091--38178126	14	2.5	15	90	4	56	36	30	25	8	1.85
38178173--38178323	42	3.6	42	91	0	221	23	22	32	21	1.98
38186838--38187001	38	4.3	38	80	3	184	23	20	26	30	1.98
38186994--38187075	43	1.9	43	87	0	119	13	24	32	29	1.93
38187392--38187499	45	2.4	45	82	8	116	25	23	25	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38189028--38189079	25	2.1	24	85	3	68	32	19	19	28	1.96
38191826--38192023	46	4.3	44	71	10	137	27	17	28	26	1.98
38193000--38193064	28	2.3	28	97	0	121	20	23	38	18	1.93
38209114--38209159	14	3.1	15	78	18	51	47	0	2	50	1.13
38209321--38209361	22	1.9	22	85	5	57	68	9	19	2	1.29
38210580--38210621	17	2.4	18	84	4	59	26	9	19	45	1.80
38214547--38214580	8	4.4	8	92	7	61	11	8	0	79	0.94
38214551--38214582	15	2.1	15	100	0	64	12	6	0	81	0.87
38216673--38216735	22	2.9	21	83	6	81	41	28	14	15	1.87
38216703--38216744	21	2.0	21	85	0	57	45	28	7	19	1.76
38216716--38216812	38	2.6	38	78	1	115	32	29	17	19	1.95
38225427--38225656	49	4.8	46	76	11	162	25	19	30	24	1.98
38226402--38226507	55	1.9	55	88	0	158	20	22	31	25	1.98
38229412--38229460	21	2.3	21	100	0	98	48	4	10	36	1.56
38236466--38236563	42	2.3	42	80	5	108	30	21	17	30	1.96
38236449--38236601	43	3.6	43	73	8	116	29	24	18	27	1.98
38243992--38244170	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
38245433--38245774	47	7.1	47	84	6	414	31	11	29	27	1.92
38245610--38245684	24	3.3	22	65	23	55	29	12	30	28	1.92
38245433--38245823	141	2.7	139	82	8	311	31	11	29	27	1.92
38245983--38246128	37	3.9	37	94	0	247	23	19	30	26	1.98
38247383--38247654	40	6.8	40	89	0	409	23	22	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38247866--38247973	58	1.9	56	84	3	144	25	19	26	28	1.99
38247866--38247999	57	2.4	59	77	9	145	26	17	27	28	1.98
38249417--38249594	84	2.1	85	96	1	331	37	8	27	26	1.85
38250854--38251209	47	7.4	47	87	5	507	31	12	30	26	1.92
38250854--38251206	98	3.7	98	91	2	563	31	12	30	26	1.93
38250854--38251206	145	2.5	142	86	6	512	31	12	30	26	1.93
38251050--38251124	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
38250854--38251295	145	3.1	139	83	7	428	32	11	29	26	1.91
38251447--38251590	37	4.0	36	92	4	236	23	19	30	26	1.98
38251446--38251590	72	2.0	72	94	0	254	23	19	30	26	1.98
38277340--38277399	30	2.0	30	93	0	102	40	15	11	33	1.83
38278875--38278979	2	53.0	2	81	1	113	43	0	56	0	0.99
38279915--38279981	27	2.4	27	95	5	116	11	20	22	44	1.84
38282413--38282447	18	1.9	18	88	0	52	62	2	0	34	1.10
38282551--38282590	21	1.9	21	85	10	55	60	2	2	35	1.24
38282679--38282723	21	2.1	21	84	8	56	57	2	2	37	1.23
38282787--38282826	20	2.0	21	90	5	64	57	2	5	35	1.34
38283013--38283109	13	7.8	13	73	18	57	35	4	1	59	1.23
38283006--38283109	17	5.8	18	73	16	74	34	3	1	59	1.27
38286494--38286532	9	4.3	9	80	0	51	2	17	0	79	0.84
38286495--38286555	29	2.2	26	81	16	70	4	19	0	75	0.98
38286512--38286546	13	2.8	12	83	8	52	8	20	0	71	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38290946--38290998	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
38297554--38297751	27	7.3	27	83	2	236	28	24	8	38	1.84
38297554--38297751	81	2.4	81	88	1	290	28	24	8	38	1.84
38297755--38297901	27	5.4	27	79	3	82	42	19	9	29	1.82
38297786--38297934	54	2.8	54	81	8	171	41	20	8	28	1.82
38297783--38297923	27	5.2	27	77	13	112	41	19	8	29	1.81
38297783--38297932	81	1.9	81	83	8	198	42	20	8	28	1.81
38297911--38297996	27	3.1	27	75	11	84	38	13	11	36	1.82
38298923--38298989	25	2.7	24	90	4	98	25	28	23	22	1.99
38299140--38299231	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
38299260--38299338	31	2.6	31	87	2	106	31	18	20	29	1.97
38301587--38301784	27	7.3	27	85	2	236	29	23	8	38	1.83
38301587--38301784	81	2.4	81	89	1	290	29	23	8	38	1.83
38301816--38301939	27	4.6	27	82	6	153	45	22	5	26	1.75
38301816--38301940	54	2.3	55	87	2	173	44	22	5	27	1.75
38301917--38302002	27	3.1	27	79	11	102	39	16	9	34	1.80
38302930--38302999	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
38302929--38303012	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
38303147--38303280	42	3.2	42	91	0	214	32	13	17	35	1.89
38303309--38303418	31	3.6	31	92	1	150	27	15	24	32	1.95
38329447--38329506	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
38329461--38329532	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38332201--38332261	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
38351671--38351782	27	4.2	26	83	7	134	16	25	23	35	1.94
38351671--38351782	54	2.1	54	88	3	163	16	25	23	35	1.94
38354461--38354497	17	2.2	17	90	9	58	45	18	0	35	1.50
38364660--38364839	27	6.7	28	80	8	169	39	22	7	30	1.81
38364686--38364839	53	2.9	53	78	9	161	38	22	7	30	1.83
38364672--38364820	80	1.9	80	84	0	199	36	21	8	32	1.84
38364824--38364919	27	3.6	27	84	0	129	40	17	15	26	1.89
38373971--38374148	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
38373972--38374127	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
38373968--38374148	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
38398042--38398078	17	2.2	17	90	9	58	45	18	0	35	1.50
38399522--38399660	56	2.5	56	92	0	233	30	25	15	28	1.95
38414215--38414347	41	3.2	40	85	6	142	30	15	28	25	1.95
38415196--38415223	12	2.3	12	100	0	56	32	10	7	50	1.64
38418321--38418564	50	4.9	49	77	6	213	31	24	17	27	1.97
38418328--38418610	50	5.6	50	73	11	159	32	24	16	26	1.96
38422561--38422688	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
38422560--38422688	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
38428387--38428531	40	3.6	40	83	4	175	24	26	23	25	2.00
38433858--38433985	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
38433857--38433985	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38436152--38436211	15	4.0	15	84	0	75	55	13	18	13	1.70
38439924--38440162	101	2.4	100	80	3	282	30	27	16	25	1.97
38439924--38440166	50	4.8	50	82	3	263	30	26	17	25	1.97
38440453--38440479	11	2.5	11	100	0	54	25	18	25	29	1.98
38454521--38454665	40	3.6	40	87	1	184	26	22	26	24	2.00
38454521--38454672	80	1.9	80	84	2	207	25	21	26	25	2.00
38454521--38454692	80	2.2	80	82	3	204	25	20	26	27	1.99
38468744--38468836	41	2.3	40	87	3	134	36	12	3	47	1.58
38473347--38473382	18	2.0	18	100	0	72	22	5	22	50	1.70
38475757--38476011	39	6.5	39	87	0	348	20	31	17	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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