genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83151903--83151927	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
83152150--83152391	26	9.3	26	82	3	229	35	27	16	20	1.93
83152144--83152393	78	3.2	77	78	4	259	34	28	16	20	1.94
83156854--83157050	97	2.0	97	96	2	360	37	11	14	37	1.81
83159192--83159220	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
83163289--83163464	46	3.8	44	77	10	165	21	21	27	30	1.98
83163285--83163457	93	1.9	93	90	0	274	21	21	28	28	1.98
83166387--83166465	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
83166378--83166464	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
83168846--83168970	46	2.7	46	93	0	205	20	19	30	30	1.97
83172095--83172134	20	2.0	21	90	5	64	50	0	30	20	1.49
83182203--83182229	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
83184882--83184934	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
83194140--83194394	55	4.8	54	79	9	260	36	17	24	21	1.94
83194147--83194347	108	1.8	110	89	4	318	34	17	24	22	1.96
83201808--83201912	34	3.2	34	65	24	89	21	16	14	47	1.82
83201786--83201912	64	2.0	64	95	0	227	22	15	14	47	1.82
83201850--83201962	48	2.4	48	89	0	163	23	12	15	47	1.80
83201894--83202155	62	4.2	62	91	2	409	26	11	13	47	1.78
83201790--83202148	124	3.1	110	84	6	394	26	13	13	46	1.80
83204133--83204303	43	4.1	43	87	3	233	26	7	20	45	1.78
83204966--83205015	21	2.4	21	89	0	73	38	32	22	8	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83205443--83205554	56	2.0	56	89	3	172	30	18	10	40	1.85
83205611--83205669	30	2.0	30	83	6	77	49	20	5	25	1.69
83206113--83206160	3	16.3	3	79	12	55	0	35	2	62	1.07
83206122--83206156	11	3.1	11	84	8	52	0	34	2	62	1.10
83206740--83206822	19	4.4	18	77	17	80	60	1	3	34	1.22
83206768--83206817	27	1.9	25	84	8	64	66	2	2	30	1.14
83212769--83213052	141	2.0	141	86	2	401	52	7	9	30	1.61
83212795--83213153	141	2.5	137	81	4	360	52	9	8	28	1.64
83218752--83218776	11	2.3	11	100	0	50	16	8	24	52	1.70
83219151--83219232	28	2.9	28	87	0	110	29	25	10	34	1.90
83225951--83226120	93	1.8	93	94	0	304	21	21	28	27	1.99
83225955--83226126	46	3.7	46	77	13	190	22	21	27	28	1.99
83229261--83229334	31	2.5	30	80	8	80	41	6	12	39	1.69
83238096--83238186	19	4.9	19	86	8	134	40	10	12	36	1.78
83238478--83238511	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
83247915--83247983	33	2.1	33	86	7	97	27	13	28	30	1.94
83250344--83250638	78	3.8	78	89	1	448	32	18	24	25	1.97
83250578--83250838	45	5.8	45	75	7	233	30	15	27	26	1.96
83251201--83251273	19	3.9	19	92	7	132	38	10	15	35	1.82
83251265--83251309	23	2.0	23	83	8	58	33	4	17	44	1.69
83252491--83252531	16	2.5	16	92	4	64	34	0	0	65	0.93
83262650--83262689	21	1.9	21	100	0	80	57	0	5	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83269551--83269585	7	5.0	7	96	0	61	45	0	40	14	1.45
83270420--83270478	28	2.1	28	83	3	73	33	6	3	55	1.43
83271355--83271382	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
83275536--83275643	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
83283220--83283273	21	2.6	21	84	0	63	12	22	37	27	1.91
83288735--83288774	17	2.2	17	86	8	53	77	0	0	22	0.77
83297152--83297361	3	69.7	3	72	13	121	31	4	2	60	1.30
83297230--83297263	16	2.1	17	88	5	52	26	5	0	67	1.13
83297481--83297515	15	2.3	15	90	0	52	37	11	0	51	1.38
83302330--83302375	21	2.2	22	77	18	53	45	4	2	47	1.34
83302336--83302378	21	2.0	21	86	8	61	44	4	2	48	1.36
83304685--83304726	22	1.9	22	90	0	66	38	21	7	33	1.81
83306629--83306669	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
83307925--83308032	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
83316123--83316163	12	3.4	12	89	0	55	34	2	0	63	1.08
83323373--83323548	46	3.8	46	71	12	153	22	21	27	28	1.99
83323370--83323541	93	1.8	93	88	0	263	23	21	27	27	1.99
83331966--83332003	19	2.0	19	90	10	60	34	7	5	52	1.53
83333060--83333102	18	2.4	18	81	18	54	23	4	0	72	1.04
83342900--83342924	13	1.9	13	100	0	50	52	16	8	24	1.70
83348276--83348342	29	2.3	29	82	5	73	26	22	2	47	1.65
83350019--83350091	36	2.0	36	94	0	128	26	26	17	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83358778--83358856	33	2.3	35	82	6	90	45	1	2	50	1.23
83362501--83362615	44	2.6	44	83	2	140	34	13	23	27	1.93
83362501--83362634	46	3.0	45	80	4	144	34	14	24	26	1.94
83365139--83365185	19	2.5	19	80	13	60	44	2	6	46	1.40
83366588--83366842	127	2.0	125	95	1	456	43	11	22	22	1.85
83375936--83376092	57	2.8	57	84	1	199	35	21	14	29	1.92
83380686--83380736	26	2.0	26	84	0	66	35	9	5	49	1.60
83385092--83385276	40	4.6	39	83	5	203	24	21	27	26	1.99
83385092--83385276	79	2.3	81	82	7	218	24	21	27	26	1.99
83385145--83385309	79	2.1	79	80	6	183	25	20	28	25	1.99
83388696--83388729	5	6.6	5	93	6	59	82	0	0	17	0.67
83389243--83389415	54	2.9	59	68	25	155	38	6	3	51	1.44
83389243--83389425	59	3.1	58	69	25	157	38	6	3	52	1.42
83389372--83389433	31	2.0	30	87	3	88	38	6	1	53	1.37
83389243--83389525	119	2.4	118	86	6	376	39	5	3	51	1.42
83398621--83398873	133	1.9	133	89	1	391	28	17	20	34	1.95
83404635--83404827	47	4.0	48	81	8	196	23	17	29	30	1.97
83404639--83404846	93	2.1	97	80	8	228	25	16	28	28	1.97
83405170--83405213	24	1.9	22	81	9	52	45	6	22	25	1.77
83408769--83408799	16	1.9	16	100	0	62	38	6	0	54	1.26
83411838--83411882	21	2.1	21	84	8	56	42	2	0	55	1.12
83420246--83420270	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83421250--83421275	10	2.6	10	100	0	52	34	0	19	46	1.50
83424828--83424960	46	2.9	46	96	0	239	39	14	21	24	1.91
83424893--83425023	62	2.1	62	97	0	244	38	14	22	24	1.91
83424939--83424977	16	2.4	16	100	0	78	35	15	25	23	1.94
83424955--83425260	46	6.7	46	90	2	409	40	14	23	21	1.90
83424847--83425069	108	2.1	108	93	0	383	39	14	21	24	1.91
83425541--83425573	17	2.0	17	88	5	50	51	0	12	36	1.39
83428477--83428647	93	1.8	93	87	5	256	31	28	18	22	1.97
83428472--83428644	46	3.7	47	75	13	169	32	27	17	22	1.97
83431044--83431091	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
83455203--83455271	22	3.0	23	75	12	61	37	2	0	59	1.12
83455765--83455877	58	1.9	59	92	3	192	34	0	13	51	1.47
83456071--83456459	102	3.8	105	87	7	550	29	0	15	53	1.47
83456447--83456483	15	2.4	16	86	4	58	35	0	5	59	1.20
83458516--83458580	33	2.0	33	90	0	103	13	50	13	21	1.76
83458775--83459001	75	3.0	75	89	3	312	27	8	9	54	1.61
83462992--83463065	37	2.0	37	100	0	148	32	16	10	40	1.83
83476750--83476812	31	2.0	31	100	0	126	28	12	19	39	1.88
83480074--83480283	40	5.4	40	72	8	164	24	18	15	41	1.88
83480075--83480392	77	4.1	77	84	1	316	27	17	13	41	1.87
83480228--83480577	185	1.9	185	83	1	459	27	17	14	40	1.89
83480413--83480838	77	5.6	77	81	4	407	26	19	13	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83480159--83480653	262	1.9	262	82	0	623	26	18	14	40	1.90
83480413--83480791	154	2.5	153	83	1	463	26	18	14	40	1.89
83480721--83480838	35	3.1	39	75	15	120	27	19	14	38	1.90
83481386--83481419	18	1.9	18	94	5	61	61	5	5	26	1.42
83482135--83482177	10	4.3	10	82	11	61	69	0	6	23	1.12
83482198--83482235	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
83482830--83483013	96	1.9	97	85	3	255	30	25	14	29	1.95
83485549--83485638	4	21.8	4	70	18	51	71	0	1	27	0.94
83485550--83485625	28	2.7	29	79	18	88	68	0	1	30	0.98
83485569--83485650	21	4.0	21	91	1	130	73	0	0	26	0.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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