genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.351.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112481750--112481820	25	3.0	25	79	6	85	25	22	43	8	1.81
112481818--112482145	112	2.9	115	90	5	560	40	4	39	14	1.67
112484608--112484797	96	2.0	96	91	0	308	35	18	33	12	1.89
112488305--112488392	19	4.6	18	72	14	61	46	5	0	47	1.26
112491886--112491929	9	4.9	9	86	10	63	34	2	0	63	1.07
112491884--112491929	18	2.6	18	86	13	76	34	4	0	60	1.16
112492222--112492253	14	2.3	14	100	0	64	46	6	0	46	1.27
112492999--112493075	23	3.4	22	74	15	68	38	1	2	57	1.21
112493071--112493127	20	2.8	20	79	15	62	40	1	3	54	1.28
112505718--112505835	42	2.7	43	80	10	132	35	10	8	45	1.68
112507986--112508029	23	1.9	23	85	0	61	47	2	9	40	1.48
112510697--112510754	18	3.2	18	85	9	91	53	15	1	29	1.52
112516569--112516719	74	2.1	72	93	2	257	52	12	10	24	1.71
112520142--112520185	18	2.4	18	78	14	54	40	15	13	29	1.86
112521865--112522413	292	1.9	292	98	0	1062	32	16	24	27	1.96
112526277--112526350	29	2.6	29	77	12	82	41	1	0	56	1.07
112526785--112526829	22	2.1	22	83	4	56	48	0	4	46	1.22
112535076--112535109	18	1.9	18	88	5	52	26	2	14	55	1.53
112536272--112536337	31	2.1	31	86	5	89	36	6	16	40	1.73
112537400--112537455	26	2.3	24	82	14	62	46	7	3	42	1.48
112537844--112537909	14	4.9	14	69	14	57	50	1	3	45	1.26
112539216--112539248	14	2.4	14	90	10	50	66	6	3	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112541514--112541590	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
112541530--112541569	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
112541518--112541584	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
112543759--112543790	14	2.3	14	100	0	64	28	37	18	15	1.92
112544231--112544290	30	2.0	30	86	0	84	28	25	6	40	1.80
112548016--112548165	73	2.1	73	98	0	291	28	13	15	43	1.84
112548138--112548174	18	2.1	18	94	0	65	27	18	2	51	1.60
112553974--112554499	200	2.6	198	86	2	694	36	22	12	27	1.91
112573798--112573878	20	4.0	19	73	22	67	35	1	1	61	1.12
112592896--112592925	14	2.1	14	100	0	60	26	13	20	40	1.89
112600655--112600699	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
112605375--112605423	21	2.3	21	86	10	73	59	8	18	14	1.59
112609903--112609964	28	2.3	26	83	13	72	58	8	0	33	1.28
112614262--112614291	11	2.6	12	89	10	53	26	0	0	73	0.84
112616620--112617052	167	2.6	166	86	3	598	42	18	15	24	1.88
112618376--112618400	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
112620854--112620902	24	2.0	26	84	8	66	53	4	2	40	1.32
112621405--112621483	39	2.0	39	97	0	149	24	26	5	44	1.74
112624207--112624366	52	3.1	52	80	4	187	25	18	26	28	1.98
112624277--112624407	46	2.7	46	78	8	109	22	16	32	29	1.95
112630005--112630153	52	2.8	53	77	5	167	29	25	19	25	1.98
112632892--112632966	39	1.9	39	97	0	141	46	5	24	24	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112633454--112633519	24	2.7	24	75	11	62	39	6	4	50	1.48
112635589--112636058	44	10.8	44	89	0	642	22	29	17	30	1.97
112640881--112640919	18	2.0	20	85	9	55	58	7	2	30	1.39
112641079--112641127	24	2.0	26	84	8	66	53	4	2	40	1.32
112641627--112641708	39	2.1	39	93	0	137	24	25	6	43	1.77
112654175--112654213	17	2.3	17	81	0	51	56	2	0	41	1.13
112655471--112655611	67	2.0	68	93	5	239	30	14	17	38	1.89
112658049--112658125	39	2.0	39	94	0	136	35	27	16	20	1.95
112664289--112664335	24	2.0	24	83	4	60	14	21	12	51	1.76
112667478--112668168	191	3.6	190	81	4	773	31	16	18	33	1.93
112668010--112668317	165	1.9	165	80	6	372	32	14	17	35	1.90
112670958--112671006	24	2.1	23	82	14	57	51	2	8	38	1.43
112671040--112671095	3	18.7	3	81	7	69	62	1	5	30	1.28
112672503--112672961	87	5.3	85	70	8	370	27	23	20	28	1.99
112672504--112673043	43	12.5	42	72	10	236	27	23	20	29	1.98
112672479--112673108	174	3.7	174	92	2	958	26	23	19	30	1.98
112672543--112673001	43	10.5	44	74	10	295	26	23	20	29	1.99
112674460--112674489	1	30.0	1	100	0	60	0	0	0	100	0.00
112684166--112684214	24	2.1	23	82	14	57	51	2	8	38	1.43
112684248--112684300	3	17.7	3	84	7	72	64	1	3	30	1.22
112696825--112696873	21	2.3	22	75	10	57	69	8	4	18	1.30
112699381--112699483	29	3.4	30	78	6	111	50	0	7	40	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112711662--112711741	23	3.2	23	66	27	63	42	8	1	47	1.42
112711635--112711741	53	2.0	53	100	0	214	42	9	1	46	1.47
112711760--112711809	24	2.1	24	84	0	64	26	16	16	42	1.88
112716363--112716422	20	3.0	20	80	0	66	73	1	20	5	1.11
112731775--112731834	29	2.0	31	83	6	79	66	3	11	18	1.36
112732289--112732351	29	2.2	29	85	5	83	44	12	1	41	1.52
112733252--112733284	17	1.9	17	93	0	57	45	6	33	15	1.70
112734211--112734245	14	2.5	14	85	0	52	42	5	11	40	1.65
112737253--112737343	4	22.2	4	77	4	83	65	2	25	6	1.28
112738112--112738214	47	2.2	46	82	6	136	25	14	22	37	1.92
112744800--112744830	4	7.8	4	100	0	62	77	0	22	0	0.77
112745593--112745703	47	2.4	47	81	6	136	26	15	22	36	1.94
112749512--112749558	17	2.8	16	78	15	51	55	6	0	38	1.26
112749839--112749894	12	4.9	11	77	14	51	67	0	0	32	0.91
112752589--112752614	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
112754922--112754981	29	2.1	29	84	3	77	23	11	5	60	1.51
112756904--112757391	219	2.2	219	92	1	827	22	18	19	38	1.93
112756908--112757522	219	2.8	216	84	7	812	22	17	19	40	1.91
112763977--112764073	48	2.0	48	100	0	194	19	10	20	49	1.77
112769196--112769237	18	2.2	20	87	8	61	26	16	0	57	1.40
112774963--112775008	22	2.1	22	84	8	58	56	15	6	21	1.61
112774964--112775118	82	1.9	81	80	7	183	47	17	9	25	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112775653--112775713	4	15.2	4	89	0	77	42	26	6	24	1.79
112777236--112777300	29	2.2	29	97	0	121	12	13	16	56	1.66
112777551--112778236	232	2.9	232	92	3	1066	23	16	22	37	1.94
112781265--112781297	16	2.1	16	94	0	57	84	0	12	3	0.72
112784906--112784985	31	2.6	31	78	4	90	41	18	16	23	1.90
112795787--112795841	27	2.0	27	100	0	110	41	10	10	36	1.75
112796242--112796306	17	3.5	19	68	18	55	46	0	0	53	1.00
112802243--112802872	233	2.7	231	79	6	685	26	13	17	43	1.85
112806713--112806750	19	2.0	19	94	0	67	23	0	0	76	0.79
112823727--112823773	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
112828049--112828094	20	2.2	20	84	7	56	50	2	0	47	1.13
112829150--112829187	20	2.0	20	84	5	51	57	5	2	34	1.35
112838261--112838316	23	2.5	22	75	16	60	37	1	3	57	1.27
112838263--112838309	22	2.1	22	84	7	60	36	2	2	59	1.21
112838460--112838528	31	2.2	31	92	0	111	53	4	13	28	1.58
112840770--112841252	183	2.6	182	88	2	718	34	14	18	32	1.91
112841068--112841598	207	2.6	204	85	4	678	32	13	20	32	1.91
112842971--112843014	20	2.1	21	95	4	81	75	0	0	25	0.81
112845407--112845744	86	4.0	86	83	5	400	31	9	16	41	1.81
112845451--112845701	80	3.1	80	84	6	331	33	9	16	40	1.81
112845703--112845835	40	3.3	39	78	8	108	28	6	13	51	1.66
112849570--112849632	30	2.1	29	82	8	74	55	9	1	33	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112849647--112849697	17	3.1	17	80	2	50	62	0	0	37	0.95
112849657--112849699	16	2.6	16	81	3	50	60	0	0	39	0.97
112859500--112859565	31	2.1	31	86	5	89	31	18	19	30	1.96
112869207--112869252	24	1.9	24	82	8	58	45	2	6	45	1.41
112870101--112870153	14	4.0	13	85	4	63	3	20	0	75	0.96
112870119--112870163	17	2.6	18	82	7	65	4	20	0	75	0.97
112872144--112872208	31	2.1	31	82	2	78	43	9	6	41	1.61
112891460--112891487	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
112896769--112896815	19	2.3	21	79	13	55	44	4	12	38	1.62
112897124--112897184	5	11.6	5	83	10	77	39	0	3	57	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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