genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39150455--39150526	11	6.1	12	70	25	55	34	2	1	61	1.19
39150315--39150618	14	20.6	15	67	21	105	34	4	0	59	1.24
39150551--39150618	26	2.5	28	78	7	77	33	1	1	63	1.13
39150864--39150910	18	2.5	19	75	3	51	31	2	0	65	1.04
39153475--39153642	46	3.6	46	74	12	164	23	27	20	28	1.99
39153429--39153645	94	2.3	92	82	9	246	24	28	19	27	1.98
39157135--39157232	49	2.0	49	100	0	196	36	6	22	34	1.79
39162459--39162512	16	3.4	16	86	0	81	31	1	35	31	1.69
39162491--39162581	45	2.0	44	85	2	119	30	5	28	35	1.80
39162724--39162761	16	2.4	17	82	13	53	52	2	0	44	1.14
39162707--39162992	22	14.0	21	64	22	74	53	3	1	41	1.25
39162835--39162869	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
39162957--39162991	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
39162864--39163052	61	3.1	60	71	15	190	50	6	1	41	1.37
39162762--39163068	120	2.6	119	93	2	517	52	4	1	40	1.32
39164553--39164582	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
39166667--39166842	46	3.8	46	80	7	178	27	21	29	22	1.99
39177128--39177222	25	3.8	25	91	0	145	26	22	25	26	2.00
39177103--39177223	50	2.4	49	79	6	136	26	22	23	27	2.00
39177425--39177666	27	9.0	27	83	1	270	25	19	19	35	1.95
39177659--39177864	27	7.7	27	76	5	159	30	7	19	42	1.80
39177659--39177863	81	2.5	81	81	5	211	30	7	20	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39177750--39177878	27	4.8	26	76	7	87	31	6	19	41	1.78
39177857--39178051	27	7.2	27	86	0	246	40	8	20	30	1.82
39177829--39178136	54	5.5	54	79	9	276	40	7	20	31	1.80
39177828--39178051	81	2.8	81	80	0	250	39	8	20	32	1.82
39178012--39178090	39	2.0	39	100	0	158	43	5	20	31	1.73
39177958--39178144	93	2.0	93	90	0	293	41	6	21	29	1.79
39177993--39178117	66	1.9	66	93	0	214	40	6	21	31	1.78
39178058--39178158	27	3.7	27	87	0	139	38	6	23	30	1.81
39177938--39178158	120	1.8	120	87	0	325	40	7	22	29	1.80
39178052--39178178	54	2.4	54	82	0	146	40	7	21	31	1.80
39180342--39180517	46	3.8	44	78	15	162	26	21	30	21	1.98
39180532--39180658	50	2.6	49	86	6	159	29	19	28	22	1.98
39191259--39191424	47	3.6	47	76	11	196	24	19	27	29	1.98
39191209--39191470	93	2.8	90	85	5	337	24	19	25	30	1.98
39194416--39194475	15	4.0	15	72	8	59	13	11	15	60	1.60
39197196--39197354	46	3.4	46	72	6	151	22	18	28	30	1.98
39197191--39197447	93	2.8	93	87	1	354	23	19	26	29	1.98
39197198--39197462	46	5.7	46	68	9	144	23	19	26	30	1.98
39199458--39199520	3	21.0	3	74	6	56	61	6	4	26	1.40
39199458--39199518	21	2.9	21	80	4	70	62	6	4	26	1.40
39200940--39200978	19	2.1	19	85	9	53	7	0	15	76	0.99
39201913--39201989	23	3.4	22	80	8	75	28	22	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39201924--39201992	22	3.1	22	79	10	68	27	21	18	31	1.97
39205958--39205992	18	1.9	18	88	0	52	37	8	8	45	1.65
39206931--39206968	19	2.0	19	100	0	76	31	10	26	31	1.90
39208125--39208169	8	5.5	8	82	15	56	8	6	0	84	0.78
39208460--39209519	44	24.6	44	86	3	1401	22	31	16	29	1.96
39208481--39209507	516	2.0	513	91	0	1667	22	31	16	29	1.96
39222440--39222479	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
39222723--39222767	8	5.5	8	82	15	56	8	6	0	84	0.78
39227940--39228142	43	4.7	43	92	1	309	34	26	15	23	1.94
39229613--39229654	21	2.0	21	81	9	50	42	11	0	45	1.41
39230344--39230392	21	2.3	21	89	0	71	32	12	4	51	1.58
39231072--39231105	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
39232409--39232694	40	7.2	40	91	2	459	23	22	26	26	2.00
39234913--39235053	57	2.4	58	81	3	160	31	22	15	29	1.95
39236749--39236905	37	4.3	37	82	4	174	42	13	14	29	1.84
39239506--39239557	27	1.9	27	88	0	77	34	19	21	25	1.96
39239672--39240078	201	2.0	201	87	4	590	27	23	13	35	1.92
39245239--39245370	47	2.8	48	89	1	194	34	26	15	23	1.95
39261773--39261819	21	2.2	21	85	7	60	51	2	0	46	1.13
39273613--39273670	27	2.1	28	87	9	84	43	3	10	43	1.55
39278035--39278352	48	6.7	46	78	12	277	29	19	27	23	1.98
39278035--39278299	95	2.8	95	92	2	428	28	20	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39278035--39278351	95	3.3	94	88	5	374	29	19	26	23	1.98
39286885--39287102	48	4.5	48	72	14	164	29	18	26	25	1.98
39286885--39287058	49	3.6	49	80	8	187	28	20	27	23	1.99
39292865--39292904	13	3.1	13	92	0	62	72	0	27	0	0.85
39297076--39297143	30	2.3	30	89	0	100	25	22	29	23	1.99
39298249--39298295	24	2.0	24	100	0	94	21	8	40	29	1.83
39305281--39305453	45	3.9	46	85	7	207	24	28	23	23	1.99
39305446--39305720	38	7.2	38	89	1	381	31	25	22	20	1.98
39305990--39306124	43	3.1	44	82	6	175	28	28	17	25	1.98
39310655--39310878	39	5.7	39	92	0	358	21	20	26	30	1.98
39316063--39316140	40	2.0	40	84	5	104	20	15	33	30	1.94
39324174--39324261	42	2.1	42	95	0	158	34	12	21	31	1.91
39329349--39329398	11	4.7	11	82	9	68	30	32	0	38	1.58
39329341--39329398	20	2.7	21	84	10	73	31	29	0	39	1.57
39330563--39330589	7	3.9	7	100	0	54	25	0	14	59	1.36
39331206--39331248	18	2.4	18	88	7	61	16	25	11	46	1.80
39331633--39332246	116	5.3	116	94	1	1052	40	3	8	47	1.51
39331633--39332246	230	2.6	231	94	1	1059	40	3	8	47	1.51
39335281--39335813	126	4.2	126	89	2	795	26	20	18	33	1.96
39335268--39335813	251	2.2	252	88	1	817	27	20	18	33	1.96
39336083--39336126	15	2.8	15	79	6	52	54	22	0	22	1.45
39336085--39336126	16	2.6	17	77	11	52	57	23	0	19	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39342138--39342185	23	2.1	23	84	7	62	45	18	8	27	1.78
39344348--39344516	48	3.6	48	78	3	146	29	21	26	23	1.99
39344351--39344619	49	5.6	48	75	7	176	30	21	26	21	1.98
39352170--39352336	48	3.5	46	77	9	176	30	16	29	23	1.96
39353435--39353509	21	3.5	21	75	3	69	38	25	20	16	1.92
39353435--39353521	23	4.0	23	72	17	67	37	24	20	17	1.93
39355446--39355622	49	3.6	49	80	6	164	27	18	27	25	1.98
39356856--39357196	169	2.0	169	97	0	646	28	13	19	39	1.89
39362858--39362941	26	3.3	26	70	9	75	33	7	29	29	1.84
39364164--39364224	29	2.2	27	80	8	70	70	3	1	24	1.11
39364327--39364356	16	1.9	16	93	6	53	30	6	10	53	1.60
39365391--39365465	3	25.0	3	100	0	150	66	0	33	0	0.92
39365775--39365802	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
39368776--39368823	23	2.1	23	100	0	96	54	25	0	20	1.45
39370327--39370417	24	3.8	24	86	0	119	35	28	13	23	1.92
39370763--39370789	11	2.5	11	100	0	54	7	0	0	92	0.38
39370876--39370902	10	2.7	10	100	0	54	40	0	7	51	1.30
39371968--39372027	30	2.0	30	100	0	120	30	23	10	36	1.87
39372229--39372253	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
39386738--39386892	28	5.5	28	98	0	292	25	11	29	34	1.91
39389943--39390128	50	3.8	48	81	11	191	28	27	17	25	1.98
39389943--39390127	101	1.9	97	86	4	262	28	28	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39404267--39404313	23	2.0	22	84	12	58	48	23	8	19	1.75
39405450--39405501	26	2.0	26	96	0	95	26	13	7	51	1.67
39410076--39410236	71	2.3	70	79	3	178	17	19	38	24	1.93
39413712--39413751	19	2.0	21	85	9	57	15	35	25	25	1.94
39421128--39421179	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
39424887--39424983	43	2.3	43	98	0	185	24	13	34	27	1.93
39424971--39425044	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
39425434--39425537	40	2.6	40	89	0	154	27	23	25	23	2.00
39428920--39429455	47	11.4	47	94	1	896	32	8	29	29	1.87
39428920--39429455	190	2.9	188	94	1	923	32	8	29	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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