genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  76  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23796246--23796743	43	11.5	43	64	6	205	21	22	21	35	1.96
23796822--23796945	64	1.9	64	93	0	212	37	14	17	30	1.90
23810250--23810354	29	3.5	29	64	7	75	31	11	17	40	1.85
23813545--23813602	29	2.0	29	93	0	98	31	6	18	43	1.77
23819959--23820052	48	2.0	48	95	0	170	35	8	9	46	1.67
23823392--23823525	26	5.2	26	75	5	110	21	12	24	41	1.88
23830561--23830617	22	2.6	22	82	0	60	59	14	15	10	1.60
23832418--23832523	42	2.5	42	83	7	119	16	26	18	37	1.93
23836585--23836651	30	2.2	30	91	0	107	19	32	26	20	1.97
23839849--23839881	17	1.9	17	100	0	66	36	12	12	39	1.80
23842316--23842363	24	2.0	24	100	0	96	41	0	25	33	1.55
23848253--23848322	16	4.4	16	87	0	104	32	1	34	31	1.67
23848303--23848395	44	2.1	44	83	2	114	33	6	25	34	1.82
23848553--23848587	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
23848541--23848786	120	2.0	120	95	1	440	52	5	1	41	1.32
23848675--23848709	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
23848582--23848770	61	3.1	60	71	15	190	50	6	1	41	1.37
23850268--23850297	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
23852511--23852551	13	3.1	13	86	13	57	29	2	7	60	1.36
23853339--23853385	23	2.0	23	88	8	69	42	6	0	51	1.27
23855289--23855323	5	6.8	5	87	6	52	80	0	20	0	0.72
23855289--23855329	11	3.7	11	83	9	57	78	0	19	2	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23858115--23858166	14	3.5	14	75	12	50	28	0	3	67	1.08
23859532--23859579	16	3.2	16	72	27	50	27	18	18	35	1.95
23867314--23867645	131	2.6	130	85	7	419	34	18	18	28	1.94
23868192--23868245	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
23868182--23868250	30	2.3	30	89	0	120	26	50	5	17	1.68
23868792--23868862	25	2.8	26	80	6	92	36	7	2	53	1.43
23868876--23868983	22	4.9	22	70	15	71	30	6	5	57	1.47
23868882--23868968	24	3.5	24	77	12	70	31	5	5	57	1.46
23868925--23868983	23	2.8	20	72	16	57	32	6	5	55	1.48
23871755--23871794	16	2.5	16	88	8	55	7	2	10	80	1.00
23879070--23879114	19	2.4	19	100	0	90	37	26	31	4	1.76
23879127--23879224	21	4.7	21	74	0	88	44	17	22	15	1.86
23879106--23879243	42	3.3	42	81	5	136	45	16	21	15	1.85
23887413--23887440	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
23889674--23889731	21	2.7	22	73	21	52	67	5	24	3	1.27
23891766--23891807	14	2.9	15	76	20	52	50	0	0	50	1.00
23891761--23891814	29	1.9	27	92	7	90	50	0	0	50	1.00
23891761--23891804	13	3.2	13	78	15	52	50	0	0	50	1.00
23891761--23891808	16	3.2	16	67	27	50	52	0	0	47	1.00
23892649--23892678	14	2.1	15	93	6	53	56	0	13	30	1.37
23897550--23897590	21	2.0	22	90	9	68	56	17	12	14	1.68
23900898--23900943	22	2.1	22	95	0	83	43	23	0	32	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23902307--23902381	17	4.3	18	73	17	61	41	2	22	33	1.68
23905654--23905688	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
23905942--23906015	22	3.6	21	77	13	64	41	16	6	35	1.74
23905978--23906015	19	2.1	19	95	5	69	36	15	10	36	1.82
23908229--23908354	39	3.2	39	87	0	180	23	19	29	27	1.98
23908229--23908381	39	3.9	39	85	1	119	22	20	30	26	1.98
23908229--23908372	78	1.8	78	80	2	173	22	20	29	27	1.99
23908229--23908392	78	2.1	78	79	5	172	22	20	29	27	1.99
23910811--23911078	45	5.9	45	77	6	256	25	27	16	30	1.96
23910805--23910987	89	2.0	90	89	1	278	25	29	13	31	1.94
23911018--23911208	78	2.4	78	92	3	330	24	24	18	32	1.97
23911176--23911768	220	2.7	220	88	0	857	26	20	18	34	1.96
23921017--23921089	22	3.5	21	78	12	62	42	16	6	34	1.75
23921017--23921074	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
23921053--23921124	19	3.9	19	85	10	114	37	15	11	36	1.83
23921054--23921124	35	1.9	37	91	8	119	38	15	11	35	1.83
23930893--23930979	26	3.3	26	80	0	102	35	31	12	20	1.90
23931010--23931049	17	2.4	17	82	0	53	20	35	17	27	1.95
23941145--23941180	18	2.1	18	89	5	56	63	0	2	33	1.08
23946651--23946675	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
23947195--23947223	5	5.8	5	100	0	58	0	41	0	58	0.98
23947788--23947834	7	6.7	7	100	0	94	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23954632--23954678	22	2.1	23	84	7	62	34	12	0	53	1.39
23961994--23962160	84	2.0	84	100	0	334	14	23	10	50	1.75
23969368--23969740	130	2.9	130	85	1	498	33	17	18	30	1.94
23972478--23972827	132	2.7	132	90	0	558	29	24	18	28	1.98
23984393--23984866	130	3.6	130	80	3	470	33	17	19	29	1.95
23987259--23987298	2	20.0	2	89	0	62	47	2	2	47	1.29
23987521--23987578	29	2.0	29	100	0	116	65	0	17	17	1.27
23993492--23993521	6	5.0	6	91	0	51	80	0	3	16	0.85
23993492--23993533	18	2.4	17	92	4	66	76	0	4	19	0.96
23995061--23995095	18	1.9	18	88	0	52	80	5	0	14	0.89
24008026--24008154	68	1.9	68	95	0	231	34	18	15	31	1.92
24010046--24010070	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
24011624--24011685	32	1.9	32	90	6	99	67	3	17	11	1.34
24014538--24014576	19	2.1	19	100	0	78	35	10	0	53	1.35
24014960--24015017	30	1.9	30	85	3	80	37	5	8	48	1.56
24021260--24021313	28	1.9	28	100	0	108	35	9	25	29	1.87
24022047--24022076	15	2.0	15	100	0	60	33	6	13	46	1.69
24025025--24025160	55	2.5	55	98	0	263	23	19	24	33	1.97
24030951--24031355	46	8.8	46	92	0	560	39	14	23	21	1.90
24034025--24034138	46	2.6	43	83	8	140	26	28	22	21	1.99
24034131--24034329	38	5.2	38	93	0	317	31	26	21	20	1.98
24035115--24035199	43	2.0	43	100	0	170	42	16	4	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24041251--24041315	33	2.0	33	90	0	103	58	0	3	38	1.14
24041296--24041419	61	2.1	61	77	16	138	46	0	1	51	1.10
24041605--24041646	16	2.7	15	88	7	57	28	28	2	40	1.69
24046865--24046927	29	2.2	29	86	5	85	60	7	4	26	1.45
24050208--24050256	15	3.3	15	82	5	55	38	0	2	59	1.09
24050375--24050447	31	2.4	31	83	0	83	23	16	9	50	1.74
24050928--24051024	48	2.0	48	93	0	167	31	12	5	50	1.62
24053303--24053347	23	2.0	23	82	8	56	33	2	0	64	1.06
24060982--24061177	39	5.0	39	88	3	279	23	14	34	28	1.94
24068087--24068124	14	2.7	14	88	8	51	55	0	2	42	1.14
24072204--24072253	10	5.0	10	79	13	50	66	2	10	22	1.32
24073372--24073417	20	2.2	21	88	3	67	36	2	2	58	1.22
24081102--24081165	31	2.1	31	96	0	119	23	18	14	43	1.86
24082294--24082409	51	2.3	51	83	4	148	7	20	6	64	1.43
24082319--24082415	51	1.9	51	91	0	158	7	18	6	68	1.35
24082918--24083014	44	2.2	43	76	5	104	61	5	26	6	1.41
24092880--24092909	8	3.9	8	91	8	53	73	0	0	26	0.84
24092880--24092910	15	2.1	15	100	0	62	70	0	0	29	0.87
24100682--24100751	26	2.7	27	76	14	76	32	4	10	52	1.54
24103073--24103106	16	2.1	16	88	0	50	41	2	20	35	1.68
24103975--24104151	86	2.0	87	96	2	329	24	7	23	45	1.78
24104456--24104556	42	2.4	42	83	0	148	22	22	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24110205--24110353	74	2.0	74	100	0	298	33	13	21	31	1.92
24122934--24123004	24	2.8	25	77	12	65	15	2	28	53	1.56
24124080--24124113	16	2.1	16	88	0	50	32	11	17	38	1.86
24125871--24126028	85	1.9	85	82	0	199	29	11	17	41	1.84
24128506--24128580	33	2.3	31	84	6	87	62	1	9	26	1.33
24133454--24133746	88	3.4	84	81	9	283	34	19	16	29	1.94
24133492--24133760	88	3.0	89	85	5	359	37	17	16	28	1.92
24133751--24133789	14	2.7	15	80	8	53	61	7	15	15	1.55
24133675--24133864	102	1.8	103	88	2	292	37	17	17	27	1.93
24133780--24133918	75	1.9	75	90	0	224	29	20	17	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352