Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  175  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57091689--57091750
3
20.7
3
73
6
54
62
3
4
29
1.31
57091781--57091814
16
2.1
16
94
0
59
67
0
0
32
0.91
57091969--57092020
3
17.3
3
100
0
104
65
0
0
34
0.93
57093494--57094305
44
18.1
44
73
5
525
30
21
16
32
1.95
57093676--57094303
133
4.7
133
87
2
765
29
21
16
32
1.95
57096770--57096867
34
2.9
34
95
0
178
15
30
18
35
1.92
57097180--57097235
22
2.5
22
100
0
112
19
33
35
10
1.87
57106361--57106391
12
2.6
12
89
0
53
58
9
0
32
1.31
57106423--57106457
16
2.2
16
94
0
61
68
0
0
31
0.90
57107435--57107478
16
2.6
16
82
7
52
47
0
27
25
1.52
57107869--57107907
18
2.1
19
90
4
62
38
15
15
30
1.88
57119788--57119900
21
5.4
21
84
0
136
46
15
21
16
1.83
57120997--57121039
16
2.8
16
82
3
52
16
13
6
62
1.51
57132220--57132264
22
2.0
22
95
0
81
46
11
4
37
1.60
57133493--57133525
13
2.5
13
100
0
66
24
30
21
24
1.99
57142074--57142152
25
3.2
25
76
7
88
32
16
11
39
1.84
57144149--57144192
21
2.0
21
86
8
61
68
2
22
6
1.25
57151861--57151896
17
2.1
17
94
0
63
47
5
27
19
1.72
57152357--57152389
15
2.2
15
94
0
57
12
18
36
33
1.88
57152485--57152538
19
2.9
19
72
22
51
27
3
0
68
1.06
57153666--57153692
10
2.7
10
100
0
54
40
11
18
29
1.85
57153746--57153797
23
2.2
23
86
6
68
51
13
1
32
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57155349--57155526
27
6.6
27
84
3
178
28
29
15
26
1.96
57155349--57155526
54
3.3
54
85
3
223
28
29
15
26
1.96
57163432--57163609
27
6.6
27
84
3
178
28
29
15
26
1.96
57163432--57163609
54
3.3
54
85
3
223
28
29
15
26
1.96
57170097--57170254
79
2.0
79
100
0
316
22
17
13
45
1.84
57172374--57172454
40
2.0
40
100
0
162
40
19
9
29
1.84
57176381--57176464
28
3.0
28
89
1
123
46
28
3
21
1.68
57180222--57180299
33
2.4
33
83
10
90
24
24
16
34
1.95
57180205--57180433
103
2.3
100
80
3
244
24
24
17
33
1.96
57186585--57186614
13
2.3
13
100
0
60
26
26
26
20
1.99
57187229--57187272
17
2.6
17
89
3
63
18
0
9
72
1.10
57190400--57190461
24
2.4
28
78
13
78
48
3
3
45
1.34
57190403--57190460
26
2.4
24
80
13
66
50
3
3
43
1.36
57190402--57190462
27
2.4
24
76
20
61
49
3
3
44
1.35
57190476--57190517
16
2.7
16
81
3
50
52
2
0
45
1.13
57192034--57192084
24
2.1
25
96
3
95
49
7
7
35
1.61
57194921--57194973
16
3.4
16
75
12
56
50
26
0
22
1.49
57199439--57199500
27
2.3
27
88
0
88
19
19
32
29
1.96
57199964--57200078
45
2.6
45
94
0
203
37
23
13
25
1.92
57201260--57201521
47
5.6
47
94
0
443
28
30
8
33
1.86
57201310--57201388
25
3.3
25
66
16
76
31
29
5
34
1.79
57214755--57214886
45
2.9
45
95
0
228
34
26
14
24
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57220408--57220574
49
3.5
47
79
9
178
29
19
26
23
1.98
57246367--57246455
44
2.0
44
100
0
178
47
4
17
30
1.68
57248544--57248588
16
2.9
16
93
6
76
37
0
17
44
1.49
57249905--57249978
36
2.1
36
97
0
139
22
20
21
35
1.96
57251383--57251490
26
4.2
26
97
0
207
30
6
26
36
1.82
57254130--57254347
40
5.5
40
87
2
289
25
27
23
22
2.00
57255606--57255642
6
6.5
6
81
12
51
0
16
0
83
0.64
57255606--57255642
17
2.2
17
90
0
56
0
16
0
83
0.64
57262203--57262424
40
5.6
40
86
3
288
26
27
22
23
2.00
57263673--57263710
6
6.5
6
81
6
51
0
15
0
84
0.63
57264427--57264585
27
5.9
27
79
10
148
20
22
20
36
1.95
57264424--57264585
54
3.0
54
87
2
211
19
22
20
36
1.95
57268603--57268697
48
2.0
48
87
4
138
18
20
27
33
1.96
57275916--57275940
2
12.5
2
100
0
50
0
0
48
52
1.00
57277761--57278051
33
8.7
32
67
10
98
31
15
25
27
1.96
57277761--57277903
33
4.3
33
74
7
108
33
16
22
27
1.96
57277760--57278008
103
2.5
100
87
8
353
32
15
24
27
1.95
57279562--57279588
14
1.9
14
100
0
54
55
7
0
37
1.28
57285642--57285699
27
2.1
27
87
0
80
53
0
1
44
1.10
57285659--57285716
27
2.1
27
87
0
80
43
1
1
53
1.21
57286646--57286698
13
4.1
13
78
9
63
30
5
26
37
1.79
57286892--57286937
24
1.9
24
86
0
65
52
2
0
45
1.13
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57289223--57289436
94
2.3
93
81
4
232
29
18
27
24
1.98
57297193--57297430
119
2.0
119
100
0
476
24
16
14
44
1.85
57302173--57302664
110
4.5
110
85
5
586
25
3
15
55
1.55
57302242--57302664
110
3.8
109
89
4
591
25
3
15
56
1.54
57309025--57309138
53
2.3
49
84
11
144
28
24
18
28
1.98
57309050--57309152
53
2.0
52
90
5
163
30
25
16
28
1.97
57330130--57330205
27
2.8
27
85
0
98
23
17
30
28
1.97
57333067--57333164
39
2.5
39
93
0
160
23
28
22
25
1.99
57335224--57335256
5
6.6
5
100
0
66
0
18
0
81
0.68
57338735--57338860
23
5.4
23
78
8
130
30
19
23
26
1.98
57338755--57338861
45
2.4
45
87
4
144
31
18
22
27
1.97
57340834--57340866
17
1.9
17
93
0
57
69
0
0
30
0.88
57351408--57351465
20
2.9
20
89
0
80
32
24
8
34
1.86
57353165--57353244
19
4.4
18
72
23
62
38
3
3
53
1.37
57353170--57353233
15
3.8
16
70
27
51
42
3
1
53
1.26
57356786--57356920
43
3.1
44
82
6
175
24
17
29
28
1.97
57356803--57356920
45
2.7
43
82
6
157
26
16
28
27
1.97
57357190--57357387
38
5.2
38
83
1
218
22
20
24
33
1.97
57357380--57357552
45
3.9
45
81
6
183
23
22
28
25
1.99
57358688--57358790
34
3.1
33
84
8
136
39
0
13
45
1.50
57362062--57362109
24
2.0
24
84
8
62
56
4
0
39
1.19
57364321--57364384
30
2.1
30
91
5
103
42
3
26
28
1.70
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57368234--57368267
6
5.7
6
86
13
52
50
0
0
50
1.00
57368353--57368384
16
2.0
17
88
11
50
56
0
3
40
1.15
57369467--57369495
14
2.0
15
93
6
51
27
0
6
65
1.18
57370860--57370970
47
2.4
47
84
6
154
35
23
16
25
1.95
57371734--57371762
4
7.2
4
100
0
58
0
24
0
75
0.80
57378097--57378207
47
2.4
47
83
6
145
35
22
16
26
1.95
57378970--57378998
4
7.2
4
100
0
58
0
24
0
75
0.80
57379029--57379057
14
2.1
14
100
0
58
20
13
0
65
1.26
57380549--57380577
14
2.1
14
100
0
58
20
20
24
34
1.97
57391125--57391192
33
2.1
33
100
0
136
27
11
14
45
1.80
57393439--57393475
17
2.1
18
90
5
58
32
0
2
64
1.07
57396709--57396746
16
2.4
16
90
0
58
31
36
2
28
1.71
57396391--57396791
202
2.0
203
93
1
689
41
18
12
27
1.86
57399475--57399626
51
3.0
51
87
0
205
34
23
9
32
1.88
57400834--57400870
16
2.3
16
90
0
56
29
2
24
43
1.68
57400942--57400968
12
2.2
12
100
0
54
51
0
18
29
1.46
57402528--57402595
29
2.4
28
83
14
77
52
4
1
41
1.30
57402556--57402598
13
3.1
13
83
12
50
60
2
0
37
1.10
57402558--57402592
8
4.4
8
85
0
52
60
2
0
37
1.12
57402579--57402632
21
2.5
22
84
9
65
72
3
1
22
1.10
57407337--57407377
16
2.5
17
80
15
50
73
0
9
17
1.09
57417912--57418581
84
7.8
84
80
10
585
44
10
11
32
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57417912--57418745
168
5.0
164
78
11
689
45
10
11
33
1.74
57420170--57420212
22
2.1
22
87
12
65
39
0
16
44
1.48
57421906--57421941
12
3.0
12
83
0
54
8
11
52
27
1.65
57422720--57422866
66
2.2
67
96
2
271
28
31
25
14
1.95
57423981--57424097
51
2.3
51
96
0
216
26
23
16
33
1.96
57426867--57426928
22
2.8
22
78
4
63
35
16
20
27
1.94
57426817--57426998
67
2.6
70
78
13
178
33
17
21
26
1.96
57438587--57438634
17
3.0
16
82
8
53
58
2
22
16
1.49
57445357--57445404
25
1.9
25
91
8
80
45
27
12
14
1.81
57445870--57446040
46
3.6
47
82
10
183
22
31
19
26
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352