genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.270.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88686701--88686740	21	2.0	21	90	5	64	15	37	25	22	1.93
88692938--88693109	46	3.7	46	80	9	188	29	18	27	24	1.98
88692935--88693134	94	2.1	94	82	5	244	30	18	26	25	1.98
88696906--88697132	69	3.3	69	87	4	318	26	10	18	44	1.82
88696906--88697168	69	3.8	68	85	7	300	26	10	17	45	1.80
88696906--88697168	138	1.9	137	83	5	343	26	10	17	45	1.80
88698022--88698078	20	2.8	20	73	5	53	19	33	17	29	1.95
88702157--88702388	49	4.7	49	84	3	293	29	28	17	25	1.97
88702144--88702384	99	2.4	100	86	2	324	29	27	17	26	1.98
88706504--88706546	20	2.2	20	82	0	50	58	18	4	18	1.56
88707047--88707105	9	5.9	9	81	16	64	37	13	0	49	1.43
88708641--88708684	22	2.0	22	86	8	63	29	4	0	65	1.12
88717738--88717860	46	2.7	46	84	2	149	27	17	32	21	1.96
88717921--88718044	49	2.5	49	81	3	133	29	20	27	22	1.98
88720734--88720760	14	1.9	14	100	0	54	29	14	40	14	1.86
88726229--88726327	48	2.1	48	100	0	198	34	8	33	24	1.85
88727770--88727845	31	2.5	30	87	12	102	42	6	14	36	1.72
88728198--88728237	14	2.9	14	92	7	64	45	0	0	55	0.99
88728198--88728262	14	5.2	13	83	14	59	47	0	0	52	1.00
88728209--88728285	12	6.4	12	73	21	56	46	0	2	50	1.15
88728223--88728285	22	2.7	23	77	20	69	47	0	3	49	1.17
88728202--88728285	34	2.3	37	80	15	104	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88728546--88728600	16	3.4	16	85	5	76	30	27	5	36	1.79
88736022--88736064	11	4.0	11	84	3	61	44	6	0	48	1.29
88736021--88736067	21	2.2	20	82	10	58	46	8	0	44	1.33
88736552--88736706	43	3.6	43	87	0	220	21	30	30	18	1.97
88743947--88744009	27	2.3	27	94	0	108	36	34	22	6	1.80
88743974--88744069	43	2.2	43	96	0	183	32	32	26	9	1.88
88744072--88744175	38	2.7	38	89	0	154	31	26	20	21	1.98
88747415--88747681	43	6.3	42	79	6	261	20	29	31	17	1.96
88747667--88747707	19	2.2	19	90	0	64	24	17	31	26	1.97
88748871--88749716	43	19.6	43	78	6	789	19	31	31	17	1.95
88749128--88749233	50	2.1	52	84	7	137	20	31	30	17	1.96
88748873--88749630	179	4.4	177	79	8	712	19	31	31	17	1.95
88748848--88749715	298	2.9	300	81	8	870	19	31	31	17	1.95
88749619--88749880	42	6.2	42	76	7	161	20	32	28	19	1.96
88749727--88749880	42	3.6	42	84	4	177	19	30	28	21	1.97
88748862--88749838	477	2.1	471	81	6	1080	19	31	31	17	1.95
88760665--88760849	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
88760666--88760849	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
88760718--88760882	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
88770039--88770716	43	15.7	43	73	8	428	21	30	29	18	1.97
88770013--88770852	43	19.5	43	71	11	275	21	31	29	17	1.96
88770013--88770837	85	9.6	86	70	12	271	21	31	29	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88770297--88770447	42	3.6	41	74	10	117	24	28	29	17	1.98
88770301--88770707	212	1.9	212	80	4	480	21	30	29	18	1.97
88770697--88770871	85	2.1	85	85	4	237	22	34	26	16	1.95
88770357--88770871	43	12.1	42	75	7	276	22	31	28	17	1.97
88773346--88773386	21	2.0	21	85	0	55	31	31	19	17	1.95
88777496--88777616	58	2.1	59	84	4	156	25	18	22	33	1.96
88782184--88782551	190	2.0	183	85	4	495	28	26	24	20	1.99
88789244--88789321	12	6.9	11	75	15	63	75	1	5	17	1.05
88789254--88789315	17	3.8	16	78	8	54	74	1	6	17	1.11
88789270--88789320	21	2.4	21	87	9	68	78	1	3	15	0.99
88789297--88789326	16	1.9	15	93	6	51	80	0	6	13	0.91
88789245--88789322	32	2.3	35	77	20	85	75	1	5	17	1.05
88789264--88789329	33	2.0	33	82	11	82	77	1	6	15	1.04
88795631--88796006	190	2.0	180	85	6	504	29	24	23	22	1.99
88800533--88800719	50	3.8	49	80	7	189	26	17	27	28	1.98
88807739--88807863	29	4.4	29	78	12	111	26	32	12	28	1.93
88807740--88807880	29	5.0	27	73	14	88	26	31	14	28	1.95
88813979--88814107	48	2.6	48	82	4	143	23	29	17	30	1.97
88816706--88816836	56	2.3	56	84	0	154	35	25	12	25	1.92
88828596--88828867	144	1.9	138	91	7	438	58	6	6	28	1.50
88828846--88828877	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
88830801--88831888	72	14.4	72	79	9	984	32	20	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88830801--88832284	144	9.9	145	82	10	1513	33	20	16	30	1.94
88831521--88831888	79	4.9	72	83	9	434	31	20	16	30	1.95
88831830--88831946	58	2.0	59	91	1	191	30	25	18	24	1.98
88831892--88832192	71	4.1	73	85	7	394	32	20	15	31	1.94
88832112--88832355	86	2.8	84	79	10	226	36	20	13	29	1.91
88841136--88841164	13	2.2	13	100	0	58	13	24	20	41	1.89
88842833--88843088	138	1.9	139	94	2	374	58	6	7	27	1.49
88842938--88842967	13	2.3	13	94	0	51	63	10	0	26	1.26
88842833--88843101	139	1.9	137	94	3	477	58	6	6	27	1.49
88843076--88843107	14	2.1	16	88	11	50	65	6	0	28	1.16
88846915--88847083	25	7.0	23	85	9	214	26	23	21	28	1.99
88846915--88847083	49	3.5	47	85	8	216	26	23	21	28	1.99
88846937--88847082	23	6.1	23	87	7	202	27	22	21	28	1.99
88847141--88847197	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
88847129--88847199	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
88847134--88847188	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
88848442--88848519	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
88848650--88848969	27	11.9	27	83	4	198	35	8	19	36	1.82
88848650--88849001	81	4.3	81	70	9	223	35	8	19	36	1.83
88848557--88848992	27	16.1	27	77	7	187	34	9	18	37	1.83
88851962--88852130	25	7.0	23	83	9	196	27	23	20	28	1.99
88851962--88852130	49	3.5	47	82	8	198	27	23	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88851984--88852129	23	6.1	23	85	7	184	28	22	20	28	1.99
88852176--88852246	20	3.5	20	90	0	115	33	19	11	35	1.88
88852283--88852330	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
88853490--88853567	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
88853608--88853836	27	8.4	27	77	8	112	34	8	18	38	1.81
88853699--88853795	27	3.6	27	87	4	135	29	6	19	44	1.75
88853585--88854016	54	8.0	54	71	10	218	35	8	18	37	1.82
88853786--88853910	27	4.6	27	92	0	196	43	8	16	32	1.77
88853906--88854011	27	4.0	26	82	4	106	32	9	18	39	1.83
88853923--88854026	27	3.9	27	78	10	81	34	8	17	39	1.80
88855654--88855803	72	2.1	72	94	2	266	34	16	18	30	1.93
88866431--88866511	22	3.7	21	74	11	65	22	3	2	71	1.14
88868706--88868737	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
88872412--88872478	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
88872701--88872833	56	2.4	56	88	2	187	32	24	14	29	1.94
88874277--88874454	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
88874298--88874453	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
88882462--88882639	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
88882483--88882638	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
88886323--88886442	48	2.5	47	78	10	127	32	15	22	30	1.94
88886378--88886563	83	2.2	87	88	5	274	33	15	20	30	1.93
88898410--88898449	17	2.4	17	87	8	55	52	35	5	7	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88899943--88900054	29	3.9	28	84	4	125	26	14	29	29	1.95
88899951--88900063	58	1.9	59	85	5	158	26	14	30	29	1.95
88901978--88902238	46	5.6	46	72	12	212	30	26	19	23	1.98
88901983--88902245	93	2.8	92	91	2	420	29	26	20	23	1.98
88902029--88902194	47	3.6	47	75	14	198	29	27	19	24	1.98
88904619--88904674	15	3.7	15	81	9	78	58	10	17	12	1.61
88907621--88907884	46	5.7	46	73	16	242	28	28	20	23	1.98
88907626--88907888	92	2.8	93	95	1	467	28	28	20	22	1.98
88910007--88910233	114	2.0	113	95	0	409	34	10	17	37	1.84
88919594--88919766	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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