genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48975134--48975457	46	6.9	47	74	14	217	24	30	18	27	1.98
48975134--48975318	96	1.9	97	84	8	250	25	30	17	26	1.98
48975806--48975907	52	2.0	52	90	0	159	28	18	11	41	1.86
48979761--48979796	18	1.9	19	88	5	56	11	41	2	44	1.54
48987310--48987410	52	1.9	52	95	0	184	31	40	11	15	1.84
48994513--48994730	40	5.5	40	91	2	325	23	22	27	25	2.00
48996570--48996678	42	2.6	43	79	5	123	27	19	23	29	1.98
48999678--48999747	21	3.2	21	72	18	70	21	11	25	41	1.86
49003644--49003717	36	2.1	36	94	0	130	22	27	13	36	1.92
49013456--49013480	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
49018123--49018153	15	2.0	16	93	6	55	54	0	25	19	1.44
49018609--49018638	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
49021072--49021107	15	2.5	14	86	8	54	13	5	11	69	1.34
49026548--49026758	46	4.5	47	74	10	164	29	18	29	22	1.98
49026548--49026805	140	1.8	140	81	6	326	29	18	28	23	1.98
49034141--49034451	47	6.6	45	76	11	243	28	19	28	22	1.98
49034141--49034451	93	3.3	93	86	6	389	28	19	28	22	1.98
49035493--49035550	21	2.8	21	92	2	91	13	37	25	22	1.91
49036259--49036297	19	2.1	19	85	0	51	28	28	0	43	1.55
49040245--49040271	6	4.5	6	100	0	54	0	0	14	85	0.61
49042553--49042628	36	2.1	37	87	7	111	36	3	6	52	1.46
49046813--49046837	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49049765--49049827	6	10.8	6	77	6	67	77	3	3	15	1.02
49049746--49049827	17	4.7	18	76	14	73	75	2	3	18	1.06
49055130--49055154	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
49068732--49068769	11	3.2	12	81	11	51	39	0	0	60	0.97
49068886--49068943	30	1.9	30	89	0	89	60	8	5	25	1.47
49070968--49071055	41	2.1	41	85	4	115	37	20	21	20	1.94
49071034--49071111	39	2.0	40	92	2	131	30	15	25	28	1.96
49072043--49072087	14	3.2	14	81	12	56	40	42	4	13	1.64
49072127--49072179	14	3.7	14	76	14	54	50	24	1	22	1.59
49072098--49072179	29	2.9	28	81	3	74	48	25	3	21	1.66
49072662--49072712	7	7.0	7	75	16	50	68	1	1	27	1.11
49072669--49072711	15	2.9	15	82	0	50	69	2	2	25	1.12
49077210--49077250	20	2.0	20	95	0	73	31	26	29	12	1.92
49077278--49077316	18	2.2	18	100	0	78	30	30	23	15	1.95
49085520--49085637	45	2.7	43	80	7	123	32	27	17	22	1.96
49093873--49093902	16	1.9	15	93	6	51	50	0	3	46	1.18
49094106--49094154	22	2.4	22	80	10	59	46	12	18	22	1.82
49094319--49094347	13	2.1	14	93	6	51	48	0	0	51	1.00
49094392--49094444	18	2.8	18	75	24	56	47	0	0	52	1.00
49094460--49094501	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
49094464--49094500	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
49100318--49100374	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49100834--49100863	14	2.1	14	100	0	60	40	20	6	33	1.78
49104791--49104837	21	2.2	21	84	0	58	23	21	40	14	1.90
49105769--49105799	14	2.1	15	94	5	55	83	0	0	16	0.64
49107317--49107360	19	2.5	18	79	13	56	47	0	0	52	1.00
49107326--49107373	19	2.5	19	89	0	69	45	2	0	52	1.12
49108381--49108405	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
49108177--49108490	104	3.0	105	83	4	416	26	0	12	59	1.39
49114203--49114244	18	2.1	21	87	12	63	71	0	0	28	0.86
49114203--49114243	19	2.0	21	86	9	59	73	0	0	26	0.84
49114679--49114729	19	2.6	19	81	9	59	58	3	0	37	1.16
49114703--49114764	18	3.5	17	74	14	54	51	1	0	46	1.10
49118391--49118429	19	2.0	20	90	5	62	38	0	10	51	1.36
49121351--49121389	16	2.4	17	86	4	53	38	5	0	56	1.22
49121766--49121811	9	4.8	10	84	10	60	58	2	0	39	1.10
49121771--49121811	19	2.2	19	86	8	57	60	2	0	36	1.10
49122895--49122940	11	4.2	11	78	18	51	43	0	2	54	1.12
49136698--49136882	40	4.7	40	80	7	200	24	22	27	25	2.00
49136751--49136905	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
49147803--49147874	24	3.0	24	83	4	74	40	19	23	16	1.91
49147721--49147833	49	2.2	52	77	10	128	31	20	27	20	1.97
49147815--49147873	24	2.4	25	83	11	86	42	20	22	15	1.89
49148049--49148096	24	2.0	24	84	8	62	31	16	31	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49149170--49149243	24	3.0	24	90	2	121	36	5	37	20	1.76
49157287--49157384	24	4.0	24	85	6	144	37	5	36	20	1.75
49171593--49171647	25	2.2	25	87	6	76	29	30	10	29	1.91
49171766--49171908	43	3.3	42	81	3	160	32	30	22	14	1.94
49171897--49172017	40	3.0	39	87	4	170	27	31	21	19	1.98
49177656--49177764	43	2.5	42	83	4	128	34	31	20	13	1.91
49177668--49177789	43	2.8	43	82	2	129	34	30	20	14	1.93
49177792--49177907	40	2.9	40	96	0	205	26	30	23	19	1.98
49184432--49184461	15	2.0	15	93	0	51	36	6	26	30	1.82
49185313--49185348	7	5.4	7	87	12	58	58	0	13	27	1.36
49185359--49185401	5	8.4	5	97	2	77	79	0	0	20	0.74
49188920--49188949	14	2.1	14	93	0	51	50	3	6	40	1.45
49200909--49201084	68	2.6	68	79	12	166	21	27	17	34	1.95
49202949--49203001	24	2.3	23	83	3	61	41	22	20	15	1.89
49203014--49203092	24	3.2	24	72	12	72	40	18	21	18	1.92
49218860--49218897	15	2.5	15	100	0	76	23	26	28	21	1.99
49230763--49230885	49	2.5	49	80	6	133	26	28	18	26	1.98
49230929--49231049	47	2.6	44	78	11	118	24	29	16	28	1.97
49233102--49233235	50	2.6	50	84	6	164	24	15	26	32	1.95
49233286--49233529	50	4.9	50	77	4	249	24	16	27	31	1.96
49233148--49233529	137	2.6	145	86	6	512	24	16	26	31	1.97
49233292--49233473	101	1.8	101	86	2	267	25	15	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49233732--49233763	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
49239027--49239109	28	3.1	27	80	11	98	37	22	21	18	1.94
49239211--49239274	26	2.4	26	84	2	74	23	10	28	37	1.89
49242989--49243035	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
49243424--49243655	101	2.3	101	80	3	263	25	16	27	31	1.97
49243419--49243663	50	4.9	50	76	4	242	24	17	27	31	1.97
49244020--49244057	13	2.9	13	88	0	58	21	34	36	7	1.82
49249424--49249532	27	4.0	26	78	11	103	38	20	22	19	1.93
49252888--49253079	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
49252859--49253078	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
49261014--49261205	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
49260985--49261204	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
49263035--49263137	5	19.2	5	77	18	93	19	3	0	75	1.01
49263038--49263132	41	2.5	37	83	16	115	18	4	1	75	1.02
49263037--49263137	6	16.5	6	73	11	71	18	3	0	76	1.00
49266204--49266332	50	2.6	50	87	0	177	25	17	27	29	1.97
49266543--49266573	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
49273341--49273491	56	2.7	56	85	0	194	33	17	18	30	1.95
49275688--49275755	25	2.8	24	84	8	84	25	23	23	27	2.00
49275674--49275755	25	3.4	24	80	11	80	24	23	20	31	1.98
49275961--49276182	27	8.2	27	84	2	214	27	16	18	38	1.92
49275961--49276186	54	4.2	54	82	5	251	26	16	17	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49275988--49276236	81	3.1	81	82	6	240	26	14	18	40	1.89
49276056--49276238	27	6.8	27	79	5	147	27	10	20	41	1.85
49276245--49276413	27	6.3	27	86	0	212	39	8	22	29	1.83
49276393--49276561	27	6.3	27	78	6	166	31	8	18	40	1.82
49276258--49276520	81	3.3	80	79	5	260	36	8	19	35	1.82
49276364--49276515	80	1.9	81	90	1	243	32	9	18	39	1.82
49276383--49276561	54	3.3	53	80	6	191	30	8	19	40	1.82
49288632--49288746	40	2.9	40	88	5	178	23	28	23	24	1.99
49291421--49291445	10	2.5	10	100	0	50	28	12	0	60	1.32
49292623--49292935	46	6.6	46	85	6	342	20	23	14	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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