genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.283.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92640588--92640770	78	2.3	80	81	6	212	25	27	22	25	2.00
92644712--92644737	12	2.2	12	100	0	52	38	30	15	15	1.88
92648461--92648643	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
92648459--92648643	40	4.7	40	83	6	225	25	28	22	24	1.99
92650013--92650090	31	2.6	31	89	4	106	35	16	7	39	1.78
92650026--92650090	31	2.1	31	97	0	121	35	15	9	40	1.79
92650952--92651039	45	2.0	45	93	0	149	37	23	13	25	1.92
92657912--92658063	27	5.6	27	91	3	232	30	28	13	26	1.94
92657912--92658063	55	2.8	55	92	0	250	30	28	13	26	1.94
92669231--92669390	39	4.1	39	78	2	135	27	27	20	24	1.99
92672455--92672524	21	3.2	21	68	18	61	40	25	12	21	1.89
92672445--92672513	21	3.1	22	67	19	61	39	26	13	21	1.90
92677225--92677312	45	2.0	45	90	0	140	38	25	14	21	1.92
92679560--92679599	18	2.2	18	90	0	62	40	20	22	17	1.92
92679998--92680353	81	4.4	81	81	7	384	21	14	20	43	1.87
92679997--92680346	27	13.0	27	84	6	347	22	14	20	43	1.87
92680602--92680765	27	6.1	27	86	0	220	20	13	21	44	1.85
92680190--92681014	412	2.0	412	98	0	1587	24	22	20	33	1.97
92683066--92683238	45	3.8	45	80	12	210	20	21	29	28	1.98
92686170--92686238	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
92686161--92686248	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
92688635--92688807	46	3.7	46	75	13	165	19	18	31	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92688629--92688800	93	1.8	93	90	2	274	19	19	30	29	1.97
92693079--92693104	11	2.4	11	100	0	52	38	0	15	46	1.46
92694882--92694914	15	2.3	15	89	5	50	6	12	6	75	1.16
92705100--92705292	53	3.6	53	77	4	147	21	23	18	36	1.95
92708032--92708210	47	3.9	47	73	10	154	26	19	24	29	1.99
92714027--92714150	29	4.3	29	79	4	110	24	31	14	29	1.94
92714389--92714427	8	4.9	8	90	0	51	7	23	23	46	1.78
92716960--92717037	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
92716990--92717490	174	2.9	174	96	0	914	30	14	24	31	1.94
92728011--92728195	40	4.6	40	85	3	255	23	27	23	24	2.00
92743584--92743620	18	2.1	18	100	0	74	51	0	0	48	1.00
92743703--92743749	19	2.4	20	92	3	78	48	14	10	25	1.76
92750216--92750340	40	3.2	40	82	5	155	23	22	27	27	1.99
92750569--92750610	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
92756497--92756661	40	4.2	40	82	5	201	23	21	27	27	1.99
92756890--92756931	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
92772461--92772503	12	3.6	12	96	0	77	11	18	44	25	1.84
92775239--92775414	46	3.8	45	76	11	160	20	18	30	30	1.97
92775235--92775405	93	1.8	93	88	2	263	21	19	30	29	1.97
92779469--92779612	46	3.1	46	67	21	104	29	27	19	23	1.98
92781934--92782021	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
92781934--92782012	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92781945--92782021	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
92784919--92785049	45	2.8	47	78	7	142	29	27	20	22	1.99
92786890--92787091	43	4.7	43	82	4	219	34	23	14	28	1.94
92790027--92790486	49	9.6	49	92	2	715	28	29	8	33	1.86
92790027--92790486	145	3.2	145	93	1	748	28	29	8	33	1.86
92792781--92792819	20	1.9	21	84	5	53	30	10	23	35	1.88
92793830--92794239	204	2.0	204	96	0	757	24	14	31	29	1.95
92799111--92799334	46	4.8	46	74	14	167	22	27	20	29	1.99
92803982--92804285	47	6.4	47	91	3	425	32	9	30	26	1.88
92804136--92804257	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
92812464--92812503	21	1.9	21	84	0	53	30	22	32	15	1.94
92813550--92813762	48	4.6	45	78	9	214	24	26	18	29	1.98
92813593--92813762	90	1.9	90	85	2	232	24	26	18	30	1.98
92813550--92813762	90	2.3	91	81	6	223	24	26	18	29	1.98
92813550--92813803	138	1.8	138	79	8	291	24	25	18	30	1.98
92815821--92815938	48	2.4	47	83	8	148	24	20	29	25	1.99
92819810--92819851	21	2.0	21	90	0	66	11	33	4	50	1.60
92820522--92820564	16	2.7	16	88	0	59	58	18	13	9	1.62
92821536--92821610	31	2.4	31	95	0	141	29	25	16	29	1.96
92821634--92821723	42	2.1	42	89	4	137	35	24	14	25	1.93
92821973--92822004	16	2.0	16	93	0	55	31	9	25	34	1.87
92824603--92824681	31	2.5	31	93	0	140	27	26	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92824902--92824973	25	2.9	25	87	4	74	23	23	27	25	2.00
92825004--92825034	16	1.9	16	100	0	62	32	12	25	29	1.93
92827761--92827850	40	2.2	41	90	4	137	35	22	14	27	1.93
92827996--92828067	25	2.9	25	81	6	76	27	20	25	26	1.99
92828100--92828130	16	1.9	16	100	0	62	32	12	25	29	1.93
92830842--92830933	42	2.2	42	92	0	148	34	21	15	28	1.94
92831079--92831150	25	2.9	25	83	6	85	26	20	26	26	1.99
92831183--92831213	16	1.9	16	100	0	62	32	12	25	29	1.93
92831778--92831808	13	2.4	13	100	0	62	38	12	6	41	1.69
92833398--92833475	31	2.5	31	91	0	129	28	24	17	29	1.98
92833751--92833781	16	1.9	16	93	0	53	32	12	29	25	1.93
92836506--92836597	42	2.2	42	92	0	148	34	22	14	28	1.93
92836745--92836814	25	2.8	25	85	8	72	27	24	22	25	2.00
92836847--92836877	16	1.9	16	100	0	62	32	12	25	29	1.93
92838274--92838362	28	3.1	28	82	6	99	30	12	28	29	1.93
92841804--92841868	15	4.4	15	74	16	64	7	13	15	63	1.51
92841800--92841868	30	2.3	31	80	14	83	7	13	18	60	1.55
92843524--92843710	101	1.9	99	86	4	268	26	18	27	27	1.98
92854587--92854634	25	1.9	25	86	0	69	37	25	12	25	1.91
92854682--92854737	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
92854677--92854737	20	3.0	20	95	0	113	34	11	19	34	1.88
92855606--92855757	27	5.6	27	91	3	232	26	13	28	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92855606--92855757	55	2.8	55	92	0	250	26	13	28	30	1.94
92856948--92856988	21	2.0	21	86	9	59	51	14	17	17	1.77
92862549--92862700	27	5.6	27	89	3	214	26	13	28	32	1.93
92862549--92862700	55	2.8	55	90	0	232	26	13	28	32	1.93
92864240--92864328	23	3.8	23	82	2	115	24	20	19	35	1.95
92864240--92864328	47	1.9	46	86	2	124	24	20	19	35	1.95
92864542--92864605	31	2.1	31	90	0	101	37	17	21	23	1.94
92872211--92872266	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
92872200--92872266	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
92872317--92872455	23	6.0	23	89	4	208	25	20	23	30	1.99
92872647--92872710	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
92874027--92874091	34	1.9	33	87	3	94	21	26	23	29	1.99
92875223--92875256	6	5.7	6	96	0	59	67	11	20	0	1.21
92885815--92885842	6	4.7	6	100	0	56	67	14	17	0	1.22
92888266--92888357	28	3.2	28	83	7	105	28	13	31	27	1.93
92894271--92894644	27	13.9	27	79	6	170	37	21	8	32	1.83
92894423--92894573	80	1.9	80	86	2	214	42	21	8	27	1.82
92894409--92894741	27	12.3	27	79	5	208	39	20	9	30	1.84
92894771--92894835	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
92895644--92895709	25	2.7	25	90	2	98	28	27	21	22	1.99
92895644--92895725	25	3.4	25	85	8	82	31	23	20	24	1.98
92895931--92896102	31	5.5	31	92	0	263	29	15	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92895932--92896100	93	1.8	93	93	0	293	28	15	24	30	1.96
92899304--92899329	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
92900581--92900645	6	10.3	6	71	15	51	75	6	3	15	1.12
92900600--92900645	24	1.9	24	86	0	65	78	4	0	17	0.91
92900558--92900645	18	4.6	19	74	18	60	73	4	4	17	1.16
92905390--92905519	47	2.7	49	82	8	160	26	28	20	25	1.99
92908151--92908373	40	5.6	40	92	0	365	27	21	28	22	1.99
92908151--92908400	120	2.1	120	89	0	376	27	20	28	24	1.99
92916548--92916770	40	5.6	40	93	0	374	27	21	28	22	1.99
92916548--92916797	120	2.1	120	90	0	385	26	20	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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