genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60494365--60494391	13	2.1	13	100	0	54	29	14	0	55	1.40
60496405--60496442	20	1.9	20	84	10	51	57	0	2	39	1.12
60497535--60497565	6	5.2	6	92	0	53	80	0	19	0	0.71
60497537--60497583	18	2.7	18	83	3	60	72	0	27	0	0.85
60497535--60497568	12	2.8	12	95	0	59	79	0	20	0	0.73
60497617--60497672	27	2.1	27	83	12	71	42	0	8	48	1.34
60498002--60498033	13	2.5	13	94	0	55	46	0	6	46	1.27
60498032--60498909	288	3.1	285	85	8	1132	59	7	5	27	1.46
60498213--60498909	147	4.8	147	89	4	1001	59	6	6	27	1.45
60505243--60505332	46	2.0	46	86	0	126	28	31	6	33	1.83
60505306--60505547	47	5.1	47	86	4	322	28	29	9	33	1.88
60510056--60510097	22	1.9	22	90	9	68	2	28	0	69	1.01
60512230--60512259	7	4.1	7	91	8	51	86	0	0	13	0.57
60512230--60512259	15	2.1	15	93	6	53	86	0	0	13	0.57
60525191--60525827	44	14.3	44	78	4	427	33	16	20	30	1.94
60525236--60525806	89	6.4	89	80	5	582	33	15	20	30	1.94
60525193--60525802	133	4.6	133	87	1	756	32	15	20	30	1.94
60528380--60528423	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
60535932--60535989	25	2.3	25	87	0	80	29	13	24	32	1.94
60536116--60536188	27	2.7	28	72	6	78	39	0	17	42	1.50
60536116--60536183	14	5.0	13	77	10	57	39	0	17	42	1.50
60537241--60537283	21	2.0	21	81	4	50	18	6	4	69	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60540399--60540492	48	2.0	48	85	8	129	39	27	13	19	1.89
60547403--60547434	12	2.7	12	95	0	55	9	18	37	34	1.83
60549003--60549224	67	3.4	64	77	9	232	31	15	29	23	1.95
60551823--60551948	64	2.0	64	80	3	146	33	19	21	25	1.97
60552847--60552881	12	2.9	12	95	0	61	60	0	14	25	1.35
60556346--60556511	46	3.7	45	84	4	203	27	19	28	24	1.98
60559315--60559351	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
60566425--60566474	15	3.4	14	76	17	57	36	22	16	26	1.94
60566412--60566497	29	3.0	29	85	0	118	33	22	17	26	1.96
60569252--60569292	16	2.6	16	88	3	57	34	26	14	24	1.94
60577736--60577794	29	2.0	29	96	0	109	57	13	18	10	1.64
60581689--60581997	47	6.6	45	74	11	189	29	19	27	23	1.98
60581684--60581905	95	2.4	94	81	7	258	28	19	27	25	1.99
60588879--60589193	47	6.7	47	71	14	204	28	20	28	22	1.99
60589982--60590096	55	2.1	54	82	6	133	19	16	33	30	1.94
60595959--60596145	38	4.8	38	80	4	169	36	32	18	13	1.89
60596002--60596161	41	4.0	41	80	5	127	36	32	16	14	1.89
60604306--60604402	42	2.3	42	89	3	151	23	15	24	36	1.94
60616549--60616600	12	4.2	12	76	13	61	50	3	0	46	1.20
60616555--60616605	25	2.1	24	88	3	75	49	3	0	47	1.20
60617158--60617187	15	2.0	15	93	0	51	30	3	6	60	1.39
60619043--60619075	17	2.0	17	88	5	50	45	36	0	18	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60620110--60620139	6	5.0	6	91	0	51	33	16	20	30	1.94
60620110--60620152	12	3.6	12	81	9	52	32	20	20	25	1.97
60620104--60620152	18	2.7	18	80	0	53	32	24	18	24	1.97
60627292--60627324	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
60630825--60630885	28	2.1	30	84	6	81	26	8	9	55	1.60
60638642--60638717	37	2.1	37	100	0	152	34	18	15	31	1.92
60641102--60641673	177	3.2	176	89	1	865	29	22	19	29	1.98
60641288--60641384	45	2.2	44	85	7	124	28	21	17	31	1.96
60641465--60641561	45	2.2	44	87	7	133	27	22	18	30	1.97
60641333--60641899	309	1.8	310	83	4	750	28	21	19	29	1.98
60641510--60641805	132	2.2	132	80	2	308	28	20	20	29	1.98
60653800--60653833	17	2.0	17	94	0	59	11	44	5	38	1.65
60656421--60656449	14	2.1	14	100	0	58	41	0	6	51	1.28
60657567--60657603	18	2.1	18	89	0	56	29	0	10	59	1.31
60657844--60658009	43	3.7	42	72	19	147	23	16	30	29	1.96
60657889--60658057	51	3.5	50	77	14	201	24	18	29	27	1.98
60657844--60658057	51	4.6	46	75	15	174	23	17	29	29	1.97
60657832--60658057	94	2.4	93	88	0	344	24	19	28	28	1.98
60662946--60663022	27	3.0	26	77	7	77	25	25	24	23	2.00
60670283--60670353	26	2.7	25	79	12	72	26	1	8	63	1.31
60674368--60674448	41	2.0	42	82	7	103	39	3	3	53	1.37
60675299--60675363	33	2.0	33	96	3	123	44	12	9	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60675352--60675454	48	2.1	48	89	0	152	33	9	17	39	1.82
60676357--60676406	13	3.6	14	74	15	50	4	8	6	82	0.96
60676372--60676421	24	2.1	23	82	10	57	8	6	8	78	1.11
60685925--60686009	43	2.0	43	90	0	134	52	5	4	36	1.46
60687876--60687938	30	2.1	30	93	0	108	55	12	3	28	1.52
60689108--60689175	23	3.0	23	80	0	73	20	16	10	52	1.72
60692746--60692793	18	2.7	18	93	0	78	33	12	14	39	1.84
60695620--60695966	47	7.0	49	92	5	553	32	8	28	30	1.87
60695846--60696085	120	2.0	121	93	3	410	33	7	28	30	1.86
60695968--60696096	47	2.7	47	92	0	213	34	7	28	28	1.85
60695895--60696039	73	2.0	74	97	2	274	33	6	28	31	1.84
60696215--60696293	37	2.1	37	85	0	113	24	17	31	26	1.97
60699417--60699451	13	2.7	13	95	0	61	42	25	8	22	1.82
60700135--60700175	21	2.0	21	85	0	55	51	29	4	14	1.63
60701353--60701419	14	4.7	14	85	3	62	40	7	14	37	1.75
60701367--60701413	15	3.2	15	87	3	60	46	6	12	34	1.67
60706664--60706701	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
60708891--60708938	20	2.4	20	82	0	69	33	31	18	16	1.94
60712151--60712234	22	3.7	22	72	12	62	47	0	1	51	1.08
60713575--60713632	26	2.2	27	87	9	84	22	1	0	75	0.89
60713576--60713632	10	6.3	9	78	15	57	21	1	0	77	0.86
60716771--60716829	31	2.0	30	83	6	75	50	8	1	38	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60719214--60719460	130	1.9	127	86	4	345	37	18	17	27	1.93
60719232--60719497	130	2.1	129	82	3	322	37	16	16	29	1.91
60720443--60720487	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
60720566--60720700	3	45.7	3	69	15	77	62	1	7	28	1.30
60720566--60720659	23	3.9	25	78	9	90	60	2	6	30	1.33
60720599--60720656	20	2.9	20	82	7	73	58	3	5	32	1.37
60720729--60720762	14	2.3	15	90	5	52	61	5	11	20	1.50
60720735--60720781	15	3.1	15	81	6	51	63	4	10	21	1.43
60720755--60720796	12	3.5	12	81	12	50	59	0	9	30	1.29
60720776--60720814	15	2.6	15	84	8	53	58	2	7	30	1.39
60723020--60723143	40	3.1	40	81	9	137	35	21	17	25	1.95
60723204--60723299	40	2.4	40	84	3	122	32	18	19	29	1.96
60723195--60723328	40	3.3	40	81	2	117	30	18	20	30	1.96
60723162--60723518	196	1.8	196	84	4	488	28	19	20	31	1.97
60723399--60723518	40	3.0	41	78	7	147	28	19	22	30	1.98
60723400--60723521	41	3.0	40	77	8	149	30	18	21	29	1.97
60723928--60723962	14	2.5	14	90	0	61	22	5	48	22	1.72
60723983--60724016	13	2.6	13	85	0	50	20	0	26	52	1.46
60724006--60724053	18	2.7	18	83	6	62	25	2	29	43	1.66
60724042--60724089	7	6.7	7	80	4	60	20	0	35	43	1.52
60724905--60725087	84	2.2	84	83	5	219	34	12	20	32	1.90
60725019--60725157	71	1.9	72	86	4	201	36	10	21	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60727242--60727301	27	2.2	27	79	5	68	36	5	5	53	1.45
60728029--60728229	9	22.8	9	68	16	84	46	14	1	36	1.56
60728037--60728069	16	2.1	16	94	0	57	48	15	0	36	1.45
60728024--60728181	64	2.5	64	86	1	226	46	14	1	36	1.56
60728121--60728229	48	2.3	48	91	3	175	48	13	1	35	1.54
60736823--60737264	218	2.0	218	99	0	866	32	12	19	34	1.90
60738210--60738238	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
60739091--60739200	43	2.5	43	88	1	148	25	29	18	27	1.98
60743157--60743208	20	2.7	20	75	21	56	30	21	17	30	1.96
60744313--60744390	39	2.0	39	92	0	129	21	15	34	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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