genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.350.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112251526--112251601	27	2.8	27	78	11	75	46	1	1	51	1.17
112252445--112252503	17	3.6	16	73	15	50	40	1	0	57	1.09
112253774--112253954	59	3.0	60	89	5	278	53	7	18	20	1.68
112257561--112257591	15	2.1	15	93	0	53	48	22	0	29	1.51
112266597--112266743	42	3.3	42	83	8	179	29	27	13	29	1.94
112266663--112266833	47	3.6	48	84	6	197	30	26	14	28	1.95
112266624--112266833	95	2.3	94	82	8	236	30	26	14	28	1.95
112266842--112266881	7	5.7	7	100	0	80	15	30	12	42	1.83
112266883--112267093	31	6.8	31	87	2	271	26	25	18	29	1.98
112267076--112267197	50	2.4	51	91	2	201	26	21	15	36	1.93
112271920--112272127	9	23.0	9	71	17	139	33	1	2	62	1.19
112271921--112272160	9	26.8	8	67	23	67	34	1	2	62	1.17
112271915--112272014	17	5.6	17	70	24	55	35	1	2	62	1.14
112271926--112272252	27	12.0	27	67	19	94	34	1	2	61	1.20
112272030--112272115	17	5.0	17	67	17	52	31	2	2	63	1.19
112271936--112272069	56	2.4	56	80	7	150	32	1	2	62	1.19
112272065--112272160	45	2.2	45	85	7	126	35	1	2	61	1.15
112272093--112272190	38	2.6	37	79	7	99	37	0	1	61	1.03
112271930--112272232	28	11.0	28	67	20	72	34	1	2	61	1.19
112272677--112272749	31	2.4	30	82	11	78	26	6	10	56	1.59
112275486--112275528	20	2.2	20	87	4	61	51	0	13	34	1.42
112277009--112277176	12	14.0	12	84	2	203	41	14	18	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112277009--112277176	18	9.3	18	84	0	210	41	14	18	25	1.88
112279217--112279283	28	2.4	29	75	5	66	47	0	2	49	1.16
112279281--112279394	9	12.4	9	70	14	65	30	2	1	64	1.17
112279281--112279369	38	2.4	37	83	9	101	32	2	2	62	1.19
112279935--112279991	6	9.5	6	92	0	87	45	15	17	21	1.85
112279935--112279991	18	3.2	18	92	0	96	45	15	17	21	1.85
112282174--112282217	21	2.1	21	86	0	61	11	13	2	72	1.21
112282860--112283082	3	74.7	3	76	7	204	30	7	1	61	1.31
112283997--112284035	16	2.4	17	91	4	62	58	0	2	38	1.12
112287481--112288835	462	2.9	461	93	1	2241	32	16	22	27	1.96
112290499--112290645	79	1.9	79	84	8	201	34	19	21	24	1.96
112292344--112292453	33	3.2	32	67	20	78	59	9	0	31	1.29
112292330--112292490	71	2.3	71	87	2	225	57	8	2	31	1.42
112294844--112294877	5	7.0	5	93	6	61	61	0	0	38	0.96
112300422--112300491	29	2.3	29	80	4	77	42	12	7	37	1.71
112302094--112302200	19	5.6	19	86	0	151	28	30	24	16	1.97
112302254--112302290	19	1.9	19	88	0	56	21	29	35	13	1.92
112303081--112303142	34	1.9	30	93	3	79	32	20	25	20	1.98
112303855--112304058	9	22.1	9	65	19	66	31	1	5	60	1.32
112304033--112304089	22	2.7	22	77	17	59	33	1	3	61	1.23
112304177--112304210	17	2.1	16	94	5	59	38	0	0	61	0.96
112304244--112304287	21	2.1	21	86	0	61	27	0	6	65	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112306421--112306479	29	2.0	29	96	0	109	37	32	3	27	1.73
112306554--112306691	26	5.1	26	81	10	177	31	26	13	28	1.94
112306552--112306691	55	2.5	55	94	0	235	30	26	15	27	1.95
112306647--112306733	45	1.9	45	95	0	156	31	25	14	28	1.95
112308034--112308076	14	3.0	14	78	18	52	62	6	0	30	1.21
112315544--112315594	22	2.3	23	96	3	95	41	25	3	29	1.73
112315544--112315603	22	2.7	22	89	7	77	46	23	3	26	1.68
112322413--112322550	19	7.2	18	71	20	77	51	0	7	40	1.35
112322514--112322568	27	2.0	28	85	3	76	49	1	3	45	1.30
112326715--112326740	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
112327103--112327182	3	26.7	3	73	5	63	62	2	6	28	1.32
112327084--112327182	39	2.6	38	77	9	101	60	4	8	27	1.43
112327113--112327182	18	3.9	18	81	5	70	64	2	5	27	1.30
112328521--112328570	25	2.0	25	88	0	73	28	20	14	38	1.91
112329042--112329384	90	3.8	90	90	1	535	32	17	24	25	1.96
112335030--112335067	13	2.9	13	88	11	60	47	42	0	10	1.38
112335029--112335092	20	3.3	18	77	14	65	45	39	1	14	1.54
112337525--112337654	40	3.2	40	68	9	102	30	14	25	29	1.95
112337579--112337713	41	3.3	40	75	6	146	28	16	29	25	1.97
112337542--112337713	81	2.1	81	96	0	317	30	15	27	26	1.96
112337544--112337677	40	3.3	40	76	6	153	32	14	25	27	1.95
112337567--112337694	40	3.2	40	74	6	150	29	14	28	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112344698--112344887	41	4.6	41	88	1	281	23	25	23	27	2.00
112344698--112344887	83	2.3	82	88	1	281	23	25	23	27	2.00
112345552--112345771	33	6.3	33	87	5	278	23	20	31	24	1.98
112350962--112351024	26	2.4	26	86	2	90	39	3	9	47	1.52
112352360--112352408	24	2.0	24	100	0	98	30	28	12	28	1.93
112358081--112358129	14	3.6	15	74	20	54	28	6	0	65	1.16
112358184--112358308	3	41.0	3	79	6	126	32	7	0	60	1.24
112358382--112358426	3	14.3	3	81	9	54	26	4	2	66	1.22
112358391--112358428	20	1.9	20	94	0	67	28	2	2	65	1.19
112358521--112358566	20	2.2	20	84	3	65	23	4	2	69	1.17
112360858--112360905	19	2.6	18	84	12	62	41	0	2	56	1.11
112360858--112360903	22	2.3	19	85	11	56	43	0	2	54	1.12
112361914--112361939	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
112364704--112364740	18	2.1	18	100	0	74	32	16	10	40	1.83
112365695--112365727	11	3.2	11	83	16	52	18	6	9	66	1.40
112369594--112369729	51	2.7	51	77	0	146	39	6	11	41	1.68
112371028--112371163	51	2.7	51	77	0	155	39	6	12	41	1.69
112372848--112373133	96	3.0	96	93	0	455	36	17	33	12	1.87
112372883--112373137	96	2.7	96	96	0	456	36	18	34	10	1.85
112374044--112374179	51	2.7	51	80	0	173	41	5	12	40	1.67
112374623--112374782	81	2.0	81	88	0	239	39	11	12	36	1.79
112375184--112375226	18	2.3	18	84	4	59	44	0	11	44	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112376118--112376174	29	2.0	29	92	0	96	68	15	3	12	1.34
112376989--112377129	73	1.9	73	94	2	248	45	12	9	32	1.74
112377089--112377372	94	3.0	94	93	0	487	40	10	12	37	1.77
112379106--112379223	41	2.9	40	94	2	218	27	27	19	25	1.99
112381685--112381851	84	2.0	84	92	0	280	31	15	30	22	1.95
112384468--112384563	47	2.0	47	91	0	156	31	17	16	34	1.93
112389758--112389811	28	1.9	28	84	0	72	24	9	3	62	1.41
112393211--112393274	33	1.9	34	96	3	121	39	6	1	53	1.36
112393315--112393364	19	2.6	19	80	20	59	52	0	14	34	1.42
112393747--112393817	35	2.0	35	100	0	142	47	9	16	25	1.77
112396689--112396755	31	2.1	32	91	2	109	34	8	17	38	1.82
112401733--112401791	28	2.1	28	80	0	64	35	20	0	44	1.52
112406747--112407233	254	1.9	254	91	0	796	25	16	14	43	1.85
112407203--112407263	30	2.0	30	100	0	122	29	9	26	34	1.88
112422976--112423024	25	2.0	25	84	8	64	30	0	12	57	1.36
112423937--112423966	15	2.0	15	93	0	51	63	6	3	26	1.35
112431612--112431647	4	9.2	4	87	6	56	50	22	0	27	1.50
112434815--112434863	24	2.0	24	100	0	98	36	30	4	28	1.76
112435649--112435711	32	2.0	32	100	0	126	28	19	19	33	1.96
112436289--112436328	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
112437569--112437771	105	1.9	105	85	3	275	50	14	19	16	1.78
112438159--112438197	15	2.6	15	84	8	53	46	2	33	17	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112448915--112448944	16	1.9	16	93	6	53	36	30	13	20	1.90
112449693--112450073	174	2.2	174	83	5	475	33	8	18	39	1.81
112450038--112450140	52	2.0	52	98	0	197	46	5	9	37	1.61
112460037--112460066	7	4.3	7	100	0	60	60	0	13	26	1.34
112460347--112460411	33	2.0	33	93	0	112	21	29	21	27	1.99
112461648--112461814	35	4.6	35	84	8	203	34	24	10	30	1.90
112461643--112461814	75	2.4	73	84	10	228	34	23	11	30	1.90
112468662--112468796	35	3.7	37	86	7	179	34	23	9	31	1.87
112472674--112472722	22	2.2	23	85	3	64	30	8	0	61	1.25
112473826--112473924	52	1.9	52	91	0	162	16	7	20	56	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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