genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  55  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17675455--17675718	80	3.3	81	80	8	229	25	22	27	25	2.00
17675535--17675849	40	7.9	40	86	1	330	25	22	27	25	2.00
17677116--17677235	56	2.1	56	96	0	222	45	8	23	23	1.80
17678772--17678840	23	3.1	23	62	8	61	33	5	28	31	1.81
17678689--17679365	47	14.5	47	92	3	984	33	9	29	27	1.89
17685521--17685556	16	2.3	16	90	4	56	19	19	5	55	1.62
17689223--17689349	61	2.1	60	97	1	236	20	13	7	58	1.60
17694225--17694331	44	2.4	45	79	13	114	33	14	28	24	1.94
17694157--17694557	133	3.0	132	70	13	365	30	17	24	26	1.97
17694713--17694829	41	2.7	46	75	17	131	32	18	20	28	1.96
17694771--17694867	44	2.2	45	83	5	117	29	18	20	30	1.97
17694184--17695004	429	1.9	429	90	0	1311	31	17	23	26	1.97
17694612--17695009	133	3.0	133	70	7	353	32	16	23	27	1.96
17696512--17696552	21	1.9	21	90	5	64	29	7	4	58	1.46
17696516--17696564	21	2.3	21	79	6	55	28	6	6	59	1.46
17696680--17696739	28	2.2	27	82	5	75	28	5	5	61	1.38
17701353--17701392	21	1.9	21	84	0	53	32	2	10	55	1.47
17703081--17703170	29	3.0	31	67	20	84	37	11	7	43	1.69
17705050--17705081	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
17706679--17706711	6	5.5	6	100	0	66	54	0	0	45	0.99
17710320--17710344	12	2.1	12	100	0	50	48	0	8	44	1.32
17711631--17711714	34	2.4	35	84	9	109	64	1	1	33	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17711633--17711690	28	2.1	28	84	12	75	67	0	0	32	0.91
17731310--17731576	109	2.5	108	81	3	275	25	16	25	31	1.97
17733902--17734030	45	2.9	45	87	3	181	47	13	17	21	1.82
17754702--17754751	21	2.3	22	79	3	57	22	22	42	14	1.88
17757642--17757823	92	2.0	90	86	4	249	33	19	20	26	1.96
17757647--17757843	92	2.2	92	84	2	245	34	18	20	26	1.96
17757647--17757877	92	2.5	92	79	4	209	34	17	22	25	1.96
17758229--17758278	22	2.3	22	80	12	59	24	22	36	18	1.95
17768150--17768185	9	4.0	9	86	13	56	22	0	0	77	0.76
17768150--17768185	18	1.9	19	94	5	65	22	0	0	77	0.76
17774598--17774921	48	6.9	47	79	7	284	24	29	20	26	1.99
17774597--17774827	94	2.5	93	86	2	300	23	29	20	26	1.99
17774604--17774921	140	2.3	142	82	4	376	24	29	19	26	1.99
17776856--17776912	14	4.2	13	71	10	51	77	5	0	17	0.95
17782834--17782860	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
17783169--17783194	13	2.0	13	100	0	52	23	23	30	23	1.99
17798234--17798279	22	2.2	21	85	14	60	45	26	0	28	1.54
17799008--17799042	17	2.1	17	94	0	61	42	11	14	31	1.81
17799233--17799272	19	2.1	19	86	9	55	32	30	0	37	1.58
17799407--17799516	41	2.8	41	79	9	138	32	25	16	25	1.96
17800423--17800460	5	7.8	5	94	5	69	57	0	0	42	0.98
17800438--17800520	42	1.9	43	85	7	114	43	3	1	51	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17800582--17800630	23	2.2	23	85	10	66	34	16	0	48	1.46
17815904--17816022	29	4.2	29	84	2	152	28	13	27	30	1.94
17821716--17821780	34	1.9	34	93	0	112	24	21	27	26	1.99
17829290--17829521	49	4.7	49	79	3	239	31	25	15	27	1.96
17829498--17829535	14	2.7	14	91	0	67	23	31	13	31	1.93
17832103--17832162	5	12.0	5	96	0	111	58	0	1	40	1.08
17836428--17836490	32	2.0	31	96	3	117	41	1	6	50	1.37
17838933--17839103	46	3.7	46	88	3	229	40	12	23	22	1.88
17841203--17841275	38	1.9	38	100	0	146	50	2	13	32	1.56
17841204--17841264	19	3.2	19	63	9	52	50	3	13	32	1.57
17841674--17841769	33	2.9	33	95	0	174	18	10	32	38	1.85
17843856--17843942	37	2.3	38	76	9	99	58	2	8	31	1.39
17844628--17844662	18	1.9	18	88	0	52	0	5	5	88	0.63
17844850--17845093	44	5.6	44	76	9	196	24	26	16	32	1.96
17845233--17845748	205	2.5	205	90	2	795	28	22	18	30	1.97
17852501--17852595	48	2.0	48	100	0	190	27	29	11	31	1.92
17854502--17854568	22	3.0	22	76	6	73	65	5	7	20	1.39
17854649--17854780	3	43.7	3	75	13	101	58	1	6	34	1.32
17858282--17858335	27	2.0	28	92	3	92	27	3	20	48	1.66
17858940--17858982	16	2.8	15	86	6	59	30	6	0	62	1.21
17859086--17859117	16	2.0	16	93	0	55	21	21	6	50	1.71
17861381--17861432	27	1.9	27	92	0	86	44	25	3	26	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17865674--17865744	32	2.2	32	85	5	90	52	7	8	32	1.59
17872610--17872691	42	2.0	42	82	4	103	20	35	24	19	1.96
17873148--17873172	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
17874303--17874419	40	2.9	41	85	3	157	39	9	14	36	1.79
17890840--17891588	47	15.8	47	93	2	1250	32	8	29	29	1.86
17890840--17891588	96	7.9	94	93	3	1250	32	8	29	29	1.86
17890840--17891588	143	5.3	143	94	1	1276	32	8	29	29	1.86
17891706--17891784	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
17892996--17893307	40	7.8	40	93	0	489	24	20	28	26	1.99
17897095--17897989	47	18.8	47	94	3	1524	32	8	29	29	1.87
17897095--17897989	96	9.4	94	94	2	1524	32	8	29	29	1.87
17898108--17898186	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
17901923--17902076	28	5.5	28	97	0	274	33	28	11	25	1.91
17906838--17906960	47	2.6	47	86	0	165	32	30	17	20	1.95
17908350--17908390	4	10.2	4	100	0	82	24	0	0	75	0.80
17913739--17913783	23	2.0	23	81	0	54	20	2	2	75	1.01
17917738--17917909	40	4.3	40	91	3	251	26	26	21	26	2.00
17917738--17917959	80	2.8	80	82	5	245	25	26	21	26	2.00
17917732--17917955	119	1.9	120	81	6	276	25	25	21	27	1.99
17921493--17921545	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
17923013--17923077	32	2.0	32	96	0	121	38	23	6	32	1.79
17927255--17927319	6	11.2	6	79	14	57	76	1	1	20	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17927261--17927318	30	1.9	30	86	6	82	75	1	1	20	0.97
17927254--17927325	5	12.8	5	78	16	54	75	1	1	22	0.96
17927357--17927391	14	2.4	14	85	4	52	71	0	5	22	1.07
17927474--17927614	3	47.0	3	83	5	70	52	0	9	38	1.34
17928701--17928732	16	2.0	16	93	0	55	3	0	28	68	1.04
17932766--17932858	40	2.3	40	81	9	109	31	10	19	38	1.86
17938453--17938496	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
17938516--17938556	13	2.9	15	79	20	52	58	0	0	41	0.98
17941404--17941458	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
17941514--17941588	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
17941520--17941582	25	2.5	24	84	7	72	58	6	4	30	1.43
17941602--17941668	23	2.8	25	80	8	70	55	2	7	34	1.43
17941709--17941740	15	2.1	15	94	0	55	71	0	0	28	0.86
17942209--17942336	30	4.3	30	97	0	229	17	6	50	25	1.69
17943086--17943115	13	2.3	13	94	0	51	50	6	3	40	1.45
17943018--17943558	91	6.0	89	78	9	455	37	17	16	28	1.92
17943360--17943392	14	2.4	14	100	0	66	66	6	9	18	1.40
17943018--17944438	148	8.5	177	73	17	630	35	18	16	28	1.93
17943470--17944074	73	8.2	74	84	6	728	33	19	16	30	1.94
17943464--17944074	148	4.1	146	88	3	775	33	19	16	30	1.94
17943464--17944054	221	2.7	220	91	2	920	32	19	16	30	1.94
17944079--17944432	100	3.6	101	83	7	391	37	19	18	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17944265--17944432	90	1.9	87	86	3	237	35	21	17	25	1.95
17946289--17946434	37	4.0	37	91	1	233	24	22	15	36	1.93
17946398--17946712	52	6.2	52	86	7	411	28	22	13	34	1.93
17946516--17946651	46	3.1	41	87	8	125	30	20	14	33	1.93
17946397--17946718	98	3.3	97	84	10	438	28	22	13	34	1.93
17959469--17959523	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
17959585--17959652	25	2.9	24	82	6	77	58	5	5	29	1.45
17959669--17959798	23	5.6	25	75	10	98	56	3	5	35	1.38
17959597--17959706	29	4.0	28	73	15	97	58	4	6	30	1.43
17959597--17959730	29	5.1	27	71	18	81	56	4	6	32	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352