genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91884262--91884417	43	3.6	42	79	6	118	25	17	24	32	1.97
91890669--91891079	47	8.6	49	92	2	617	33	8	29	28	1.86
91890669--91891079	96	4.3	96	93	2	677	33	8	29	28	1.86
91898686--91898793	52	2.1	51	81	8	121	44	7	0	48	1.31
91898864--91898916	8	6.5	8	86	4	79	75	0	1	22	0.90
91898855--91898916	17	3.7	17	82	4	72	72	0	1	25	0.94
91898863--91898938	25	3.0	24	83	11	82	73	0	2	23	0.95
91898864--91898929	16	3.9	16	84	7	69	72	0	3	24	0.98
91900380--91900433	26	2.1	26	96	0	99	29	24	18	27	1.98
91901373--91901404	16	2.0	16	100	0	64	37	18	18	25	1.94
91914889--91915218	48	6.9	48	71	9	233	25	30	18	26	1.98
91914889--91915120	96	2.4	96	84	5	299	24	32	18	25	1.97
91914889--91915209	96	3.3	95	80	6	294	25	30	18	26	1.98
91914889--91915217	144	2.3	144	81	4	369	25	30	17	26	1.98
91917483--91917524	20	2.0	21	95	4	77	23	4	4	66	1.30
91918618--91918726	55	2.0	55	98	0	209	31	13	14	40	1.85
91925850--91925893	21	2.1	21	83	8	54	68	2	6	22	1.25
91925849--91925904	20	2.8	19	78	10	58	66	1	5	26	1.23
91927262--91927308	25	2.0	24	87	8	69	61	0	6	31	1.21
91931562--91931601	18	2.2	18	95	0	71	65	0	7	27	1.20
91931928--91931958	14	2.2	14	100	0	62	35	6	9	48	1.62
91936482--91936526	22	2.0	22	82	0	54	66	11	4	17	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91938636--91938709	12	6.5	12	76	14	61	59	1	1	37	1.14
91938663--91938701	20	1.9	21	89	5	62	51	0	0	48	1.00
91938815--91938877	21	3.0	20	71	15	56	25	1	3	69	1.12
91941929--91941972	21	2.0	21	83	16	54	47	4	9	38	1.56
91942194--91942242	20	2.5	20	86	0	62	32	16	14	36	1.89
91945412--91946568	47	24.3	47	94	2	1945	29	29	8	31	1.87
91945462--91945540	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
91945412--91946568	96	12.1	96	94	2	1978	29	29	8	31	1.87
91945412--91946568	143	8.1	141	94	2	1945	29	29	8	31	1.87
91949978--91950105	43	3.0	43	79	6	152	28	18	21	31	1.97
91970752--91970867	37	3.1	37	94	0	196	26	31	18	23	1.98
91970986--91971494	47	10.7	47	93	1	813	29	30	8	32	1.86
91976182--91976242	24	2.5	24	86	5	79	21	16	29	32	1.95
91981614--91981692	31	2.5	31	97	0	149	27	26	18	26	1.98
91981716--91981808	42	2.2	42	94	0	159	39	22	10	26	1.87
91981952--91982048	26	3.8	26	87	1	135	26	20	24	27	1.99
91982098--91982154	20	2.9	21	85	10	68	33	21	7	38	1.80
91982855--91982933	27	2.9	27	94	3	133	20	26	22	30	1.98
91982985--91983037	27	2.0	27	84	0	70	35	13	15	35	1.86
91982994--91983102	27	4.0	27	76	13	96	31	9	18	41	1.82
91983082--91983241	27	6.0	26	77	3	149	30	11	19	38	1.88
91983082--91983208	54	2.4	54	84	0	173	30	9	20	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91983082--91983241	54	3.0	54	82	1	169	30	11	19	38	1.88
91983058--91983241	81	2.3	80	82	5	210	29	11	19	39	1.87
91983083--91983208	27	4.7	27	83	0	153	30	8	20	39	1.83
91983240--91983602	27	13.4	27	81	4	255	37	7	22	31	1.83
91983389--91983521	28	4.9	27	80	7	151	32	8	21	37	1.83
91983389--91983521	55	2.4	55	81	6	153	32	8	21	37	1.83
91987205--91987255	20	2.5	20	100	0	102	21	21	27	29	1.99
91990828--91990863	16	2.2	17	90	5	56	2	33	8	55	1.44
91995011--91995285	38	7.2	38	86	0	361	33	25	19	22	1.97
91995016--91995279	76	3.5	76	90	0	402	33	25	19	22	1.97
92001408--92001494	44	2.0	44	86	4	122	34	22	19	22	1.97
92002693--92002759	3	22.3	3	82	11	84	64	1	0	34	1.03
92003765--92003929	45	3.7	45	87	0	231	45	15	18	20	1.85
92003765--92003970	45	4.6	45	85	2	227	45	14	18	20	1.85
92005604--92005779	46	3.8	46	77	15	200	20	19	29	30	1.97
92005601--92005770	93	1.8	93	94	0	304	21	20	29	29	1.98
92014925--92015019	38	2.5	38	92	1	154	27	14	3	54	1.55
92015567--92015737	41	4.2	39	77	8	139	20	20	8	50	1.73
92026930--92027105	51	3.5	48	77	8	174	24	18	26	30	1.98
92033463--92033644	99	1.8	101	87	2	278	24	19	26	30	1.98
92040002--92040177	51	3.5	48	78	8	183	24	18	26	30	1.98
92040001--92040194	101	2.0	100	85	5	259	25	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92040274--92040324	25	2.0	25	84	7	66	39	0	23	37	1.55
92047399--92047624	50	4.5	49	81	10	226	27	18	24	29	1.98
92049419--92049469	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
92051557--92051605	6	7.8	6	82	8	62	77	0	0	22	0.77
92058498--92058638	27	5.2	27	82	11	182	34	22	24	18	1.96
92058498--92058638	54	2.6	54	93	2	239	34	22	24	18	1.96
92060222--92060303	26	3.2	26	98	0	155	35	24	7	32	1.83
92063960--92064049	45	2.0	44	97	2	171	53	6	12	27	1.63
92072345--92072399	20	2.7	19	75	10	56	32	9	10	47	1.70
92075706--92075767	27	2.3	27	88	0	88	56	6	16	20	1.62
92076623--92076680	25	2.3	25	100	0	116	37	18	3	39	1.68
92079721--92079898	27	6.6	27	80	3	169	29	26	15	28	1.96
92092678--92092710	14	2.5	13	90	9	57	12	15	12	60	1.59
92095206--92095433	40	5.7	40	91	3	361	24	22	28	24	2.00
92095206--92095466	119	2.2	119	86	4	357	25	22	27	24	2.00
92104725--92104848	22	5.6	23	71	17	93	39	18	19	22	1.92
92132438--92132480	21	2.0	21	100	0	86	18	13	20	46	1.83
92133032--92133215	40	4.6	40	83	6	230	25	23	26	24	2.00
92133032--92133215	80	2.3	80	87	3	255	25	23	26	24	2.00
92134513--92134540	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
92137716--92137893	27	6.6	27	82	6	180	29	28	15	26	1.96
92142816--92142993	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92142837--92142992	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
92145266--92145422	43	3.7	43	73	9	142	26	17	23	31	1.97
92147278--92147380	23	4.5	22	76	14	84	37	18	22	21	1.94
92150636--92150719	44	1.9	44	92	0	141	47	15	7	29	1.72
92154766--92154806	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
92158775--92158819	23	2.0	23	90	0	72	55	11	13	20	1.68
92161353--92162613	629	2.0	629	99	0	2488	43	13	12	31	1.80
92165943--92166022	38	2.1	38	88	0	115	21	22	28	27	1.99
92165994--92166225	43	5.4	43	90	3	344	13	24	33	29	1.93
92166542--92166649	45	2.5	42	82	8	110	23	22	26	27	1.99
92167936--92167984	22	2.2	22	86	10	73	69	4	2	24	1.17
92171393--92171447	24	2.3	24	83	0	65	52	20	16	10	1.73
92171558--92171595	9	4.1	9	83	16	51	31	13	34	21	1.91
92171663--92171781	29	4.2	29	76	8	111	28	13	28	29	1.94
92172633--92172675	20	2.2	20	100	0	86	27	9	11	51	1.69
92172836--92172870	17	2.0	18	88	5	54	37	20	8	34	1.83
92184396--92184472	39	2.0	39	89	0	118	29	15	18	36	1.92
92189201--92189255	21	2.7	21	97	2	103	25	29	10	34	1.90
92198795--92198872	39	2.0	39	94	0	138	33	17	15	33	1.92
92211296--92211351	13	4.5	13	74	17	55	46	1	7	44	1.41
92211289--92211374	37	2.4	37	92	5	140	45	1	4	48	1.30
92211487--92211523	19	1.9	19	88	0	56	43	2	2	51	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92216672--92216858	39	4.7	39	86	7	168	25	22	27	24	2.00
92216672--92216895	79	2.8	79	82	11	253	25	22	27	25	2.00
92216672--92216895	40	5.7	40	86	6	271	25	22	27	25	2.00
92216679--92216928	79	3.2	77	79	12	240	27	21	26	24	1.99
92224589--92224775	39	4.7	39	86	7	168	25	22	27	24	2.00
92224589--92224812	79	2.8	79	82	11	253	25	22	27	25	2.00
92224589--92224812	40	5.7	40	86	6	271	25	22	27	25	2.00
92224596--92224845	79	3.2	77	79	12	240	27	21	26	24	1.99
92231389--92231474	40	2.2	39	91	4	138	20	23	5	50	1.70
92242156--92242296	48	2.9	48	86	2	176	36	27	14	20	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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