genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.123.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39429574--39429652	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
39430379--39430421	19	2.3	19	100	0	86	39	0	27	32	1.57
39430404--39430431	13	2.2	13	100	0	56	50	0	21	28	1.49
39434283--39434345	32	2.0	32	90	6	101	23	22	34	19	1.96
39435839--39435878	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
39435847--39435913	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
39435862--39435901	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
39440391--39440513	49	2.5	49	79	7	133	29	21	26	22	1.99
39450017--39450079	31	2.0	31	90	0	99	25	7	12	53	1.65
39450008--39450078	31	2.2	32	85	5	81	23	8	12	54	1.65
39451563--39451591	7	4.3	7	95	4	51	41	0	27	31	1.56
39452244--39452327	42	2.0	42	100	0	168	30	9	19	40	1.83
39456517--39456701	56	3.3	55	89	5	264	35	24	12	27	1.92
39457269--39457307	19	2.1	19	85	0	51	41	2	5	51	1.38
39468678--39468729	27	1.9	27	96	0	95	30	0	11	57	1.34
39471984--39472046	24	2.6	24	85	9	76	33	1	6	58	1.33
39482558--39482782	40	5.7	40	87	5	305	25	27	21	24	1.99
39482558--39482782	119	1.9	120	84	6	305	25	27	21	24	1.99
39490426--39490608	40	4.7	40	84	8	216	25	27	22	24	2.00
39490426--39490608	78	2.3	81	82	10	227	25	27	22	24	2.00
39495095--39495481	86	4.4	86	85	4	413	28	19	18	33	1.95
39495575--39495609	14	2.5	14	90	0	52	20	17	2	60	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39498006--39498177	93	1.8	93	89	0	272	27	30	21	20	1.98
39497999--39498180	46	3.9	46	76	9	181	28	30	20	20	1.98
39500325--39500357	12	2.8	12	86	4	50	0	18	3	78	0.87
39501120--39501168	22	2.2	22	82	7	55	36	4	2	57	1.30
39501135--39501185	22	2.3	22	86	6	68	33	1	3	60	1.26
39501157--39501234	40	1.9	42	84	5	106	35	1	6	56	1.33
39514813--39514893	40	2.0	40	97	0	153	39	4	12	43	1.64
39519670--39519988	47	6.7	47	74	15	252	26	18	30	24	1.98
39519719--39519988	96	2.8	96	78	15	244	26	17	31	25	1.97
39525262--39525328	28	2.4	28	89	0	98	17	41	20	19	1.90
39527875--39528243	48	7.8	48	81	6	421	34	26	18	20	1.96
39527883--39528243	96	3.8	97	84	5	479	34	26	18	21	1.96
39527883--39528236	188	1.9	188	86	2	514	33	26	18	20	1.96
39530607--39530659	23	2.3	23	84	12	65	28	16	0	54	1.43
39530625--39530755	5	24.2	5	72	17	84	23	15	1	59	1.44
39530625--39530701	28	2.8	28	88	7	113	23	18	0	58	1.39
39530651--39530731	21	3.8	21	80	6	83	20	14	1	62	1.38
39530717--39530755	11	3.5	11	85	0	51	28	7	5	58	1.47
39530717--39530758	22	1.9	22	90	0	66	26	9	4	59	1.48
39530776--39530808	16	2.1	16	94	5	59	12	9	0	78	0.95
39530850--39530937	34	2.4	37	81	14	103	27	9	1	62	1.32
39531166--39531224	27	2.1	28	84	9	77	22	10	1	66	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39531598--39531660	22	2.8	22	90	7	92	28	17	1	52	1.54
39531691--39531738	6	8.3	6	79	9	55	20	16	0	62	1.33
39531690--39531745	12	4.9	12	82	6	55	19	19	0	60	1.36
39531853--39531916	27	2.4	28	73	7	69	39	3	9	48	1.51
39534763--39534787	11	2.3	11	100	0	50	76	16	8	0	1.02
39540174--39540203	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
39542295--39542331	18	2.0	20	89	10	60	67	18	8	5	1.36
39545073--39545130	30	2.0	31	86	10	86	56	6	3	32	1.42
39545104--39545160	24	2.5	24	77	5	64	59	3	7	29	1.40
39546671--39546719	7	6.9	7	90	4	80	12	0	40	46	1.41
39546671--39546719	21	2.3	22	96	3	91	12	0	40	46	1.41
39547324--39547770	231	1.9	229	81	7	541	35	19	15	29	1.93
39547557--39547853	86	3.4	86	82	7	320	32	18	18	30	1.95
39547799--39547911	60	1.9	60	96	0	208	20	25	19	34	1.96
39547858--39547997	73	1.9	72	85	4	192	32	21	17	28	1.96
39548812--39548899	45	2.0	45	86	4	124	14	26	13	45	1.82
39559929--39559995	26	2.4	30	78	14	72	61	10	2	25	1.43
39559948--39560004	28	2.0	28	86	0	78	61	12	0	26	1.31
39560352--39560411	25	2.4	25	75	8	61	60	3	6	30	1.39
39562118--39562293	46	3.8	46	76	8	187	20	20	29	29	1.98
39562114--39562286	93	1.9	93	91	2	285	20	20	30	28	1.98
39565394--39565579	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39565447--39565612	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
39568468--39568547	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
39568459--39568546	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
39570930--39571108	46	3.9	46	74	7	173	21	20	27	29	1.98
39570929--39571099	93	1.8	93	88	0	261	22	20	28	29	1.98
39572555--39572690	41	3.4	41	83	5	147	31	20	19	28	1.97
39572575--39572687	41	2.9	41	88	5	153	33	17	18	30	1.94
39574930--39575007	29	2.7	29	82	6	86	67	1	11	19	1.28
39575011--39575133	4	30.2	4	77	8	106	68	1	5	24	1.20
39575011--39575128	49	2.5	46	83	8	150	67	1	5	24	1.22
39576786--39576904	45	2.7	44	78	2	130	29	21	13	36	1.91
39576786--39576919	44	3.0	44	79	2	151	29	19	16	34	1.94
39586075--39586183	42	2.6	42	85	2	148	28	22	17	31	1.97
39589974--39590038	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
39590154--39590234	28	2.9	28	94	1	135	22	24	20	32	1.98
39590154--39590259	56	1.9	55	82	7	133	20	24	19	34	1.96
39596505--39596729	49	4.5	49	83	3	279	29	25	17	26	1.98
39596505--39596738	101	2.4	98	82	4	290	29	26	17	26	1.98
39601268--39601541	46	5.9	45	73	12	191	25	28	18	27	1.98
39609159--39609184	10	2.6	10	100	0	52	19	0	11	69	1.18
39611179--39611205	14	1.9	14	100	0	54	25	7	29	37	1.83
39612007--39612046	19	2.1	19	85	4	53	55	15	0	30	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39613154--39613249	27	3.6	27	89	0	156	27	13	17	41	1.87
39615074--39615235	50	3.3	50	87	3	229	39	14	13	32	1.85
39615050--39615235	99	1.9	101	85	4	261	39	13	14	31	1.86
39615050--39615235	50	3.7	49	86	3	228	39	13	14	31	1.86
39619905--39619965	31	2.0	31	83	6	79	11	13	11	63	1.51
39636835--39636883	10	4.7	10	75	9	53	36	0	4	59	1.17
39636833--39636894	32	1.9	33	96	3	117	40	0	4	54	1.22
39639187--39639223	18	2.1	18	90	10	58	59	0	35	5	1.20
39653821--39653910	45	2.0	44	84	2	117	28	18	24	27	1.98
39657132--39657195	31	2.1	31	87	0	92	26	21	14	37	1.92
39657404--39657511	50	2.2	48	86	8	146	30	22	19	27	1.98
39657404--39657511	25	4.4	25	87	5	132	30	22	19	27	1.98
39657559--39657605	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
39661812--39661897	22	3.9	22	86	6	120	26	18	25	29	1.98
39661815--39661934	45	2.6	45	80	6	118	32	17	21	28	1.96
39666551--39666606	17	3.3	17	79	0	58	25	16	30	28	1.96
39669184--39669230	20	2.3	20	85	0	58	25	21	17	36	1.94
39669145--39669286	60	2.4	60	78	7	146	28	18	19	33	1.95
39673839--39673899	28	2.1	29	91	8	99	27	13	29	29	1.94
39678736--39678770	14	2.4	15	90	4	54	28	14	0	57	1.38
39679060--39679105	24	1.9	24	86	8	67	36	10	2	50	1.50
39679440--39679524	41	2.1	41	95	0	152	24	23	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39684205--39684238	15	2.3	14	90	10	50	26	0	2	70	1.01
39686634--39686790	43	3.7	44	80	12	175	31	24	17	26	1.97
39686634--39686790	86	1.8	85	83	6	210	31	24	17	26	1.97
39693882--39693920	20	2.0	20	89	0	60	17	12	28	41	1.87
39715987--39716048	15	4.1	15	83	4	72	58	16	14	11	1.64
39730667--39730741	26	2.9	26	83	13	84	29	20	24	26	1.99
39730680--39730751	26	2.8	26	89	2	101	27	20	25	26	1.99
39743214--39743303	29	3.1	29	85	4	112	31	30	12	26	1.92
39743226--39743333	29	3.8	29	83	1	128	31	28	12	27	1.92
39747137--39747341	40	5.1	40	86	4	263	21	22	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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