genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.162.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53035803--53035900	27	3.7	26	76	10	90	40	25	8	25	1.83
53035884--53036402	27	19.3	27	85	2	607	36	18	19	26	1.94
53036819--53036914	25	3.6	25	79	15	102	20	17	14	46	1.83
53036826--53036883	19	3.4	19	65	30	58	20	17	17	44	1.86
53036816--53036886	31	2.3	31	95	0	133	21	15	15	47	1.82
53036816--53036928	6	18.3	6	70	21	74	21	16	14	47	1.82
53036816--53036919	31	3.6	29	76	19	101	21	17	13	48	1.81
53040691--53040802	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
53040691--53040802	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
53041798--53041895	27	3.7	26	79	5	106	40	25	7	26	1.81
53041879--53042369	27	18.3	27	83	2	560	35	18	19	25	1.95
53042784--53042905	6	19.8	6	72	14	79	19	15	13	50	1.77
53042784--53042894	31	3.6	31	88	0	159	19	15	14	50	1.78
53042787--53042859	25	3.0	24	82	8	76	19	13	16	50	1.77
53042872--53042913	12	3.5	12	78	12	50	19	14	14	52	1.75
53046263--53046365	53	1.9	53	94	3	181	33	22	12	32	1.91
53049587--53049631	23	2.0	23	86	8	65	37	2	17	42	1.62
53063468--53063693	46	4.9	46	73	17	157	25	29	17	27	1.98
53066136--53066171	17	2.1	17	100	0	72	22	13	16	47	1.82
53067106--53067144	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
53067599--53067699	28	3.6	27	82	4	112	30	21	25	21	1.98
53067805--53067870	29	2.3	29	89	2	98	28	9	27	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53070703--53070914	40	5.3	40	80	2	214	25	26	22	25	2.00
53073619--53073657	19	2.1	19	85	0	51	41	25	10	23	1.86
53074119--53074358	118	2.0	118	99	0	471	27	25	22	24	2.00
53075611--53075711	41	2.5	41	85	1	132	35	24	17	21	1.95
53078713--53078804	27	3.4	27	85	5	114	29	25	6	39	1.81
53078836--53078948	27	4.2	27	82	4	147	44	20	5	30	1.73
53078844--53078986	54	2.6	54	84	0	178	40	20	7	30	1.81
53079865--53079934	25	2.8	25	91	0	104	27	25	21	25	1.99
53079870--53079947	25	3.2	25	82	12	90	26	24	23	25	2.00
53080154--53080236	31	2.7	31	92	3	143	30	15	26	27	1.96
53085814--53085838	7	3.6	7	100	0	50	0	24	0	76	0.80
53085925--53085988	28	2.3	28	76	10	67	26	34	20	18	1.96
53103691--53103740	20	2.5	20	100	0	100	10	34	34	22	1.87
53107824--53107866	21	2.0	21	100	0	86	46	27	0	25	1.53
53116397--53116463	26	2.5	27	82	2	82	43	23	7	25	1.80
53116397--53116482	27	3.2	27	80	4	86	40	22	8	29	1.82
53116474--53116591	54	2.2	53	77	8	123	36	16	20	26	1.94
53116474--53116592	27	4.4	27	76	8	107	36	17	20	26	1.94
53116837--53116888	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
53116818--53116971	67	2.3	67	96	0	281	18	27	22	31	1.97
53117073--53117178	6	17.3	6	74	14	83	16	16	16	50	1.79
53117073--53117152	31	2.6	31	87	0	115	16	17	17	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53130299--53130358	23	2.6	23	83	0	75	11	30	30	28	1.92
53132922--53132998	13	5.9	13	84	0	91	29	9	27	33	1.88
53132922--53132998	39	2.0	39	86	0	109	29	9	27	33	1.88
53134968--53135041	37	2.0	37	91	0	121	28	32	18	20	1.96
53135147--53135743	47	12.6	47	91	2	969	29	28	8	34	1.86
53135147--53135743	96	6.3	94	93	1	969	29	28	8	34	1.86
53135147--53135743	143	4.2	141	91	2	969	29	28	8	34	1.86
53139275--53139331	20	2.8	21	73	7	55	71	5	12	10	1.28
53140239--53140286	15	3.1	15	81	6	51	29	0	4	66	1.10
53142282--53142382	50	2.0	50	96	0	184	41	28	11	17	1.85
53145088--53145145	30	1.9	30	96	0	107	17	22	37	22	1.93
53153477--53153507	8	3.9	8	100	0	62	12	0	51	35	1.40
53171167--53171195	14	2.1	14	100	0	58	17	6	20	55	1.65
53174235--53174263	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
53182119--53182255	60	2.3	60	85	8	172	25	25	20	28	1.99
53182118--53182219	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
53189240--53189294	27	2.0	27	92	0	92	20	30	25	23	1.98
53189583--53189609	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
53191437--53191480	22	2.0	23	86	4	63	34	9	2	54	1.44
53191437--53191480	23	2.0	22	86	13	63	34	9	2	54	1.44
53198159--53198318	27	5.9	27	80	12	168	35	21	24	19	1.96
53198177--53198318	54	2.6	54	92	3	223	35	22	23	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53201507--53201538	16	2.0	17	88	11	50	50	0	15	34	1.45
53201659--53201724	31	2.1	31	88	8	98	60	0	6	33	1.21
53216109--53216175	26	2.6	26	86	6	100	38	22	7	31	1.82
53217456--53217671	101	2.1	101	87	0	315	23	25	33	17	1.96
53218582--53218637	21	2.6	22	72	18	55	41	8	8	41	1.68
53219642--53219698	30	1.9	30	85	0	78	26	31	28	14	1.94
53224999--53225039	18	2.2	19	91	4	66	39	9	9	41	1.71
53228683--53228730	25	2.0	24	87	4	69	77	2	2	18	0.97
53228679--53228734	16	3.7	16	74	11	55	78	1	1	17	0.92
53233181--53233282	50	2.0	50	94	0	177	38	11	10	39	1.77
53242047--53242079	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
53242201--53242260	30	2.0	29	90	9	95	55	10	5	30	1.54
53242294--53242336	22	2.0	22	85	0	59	58	9	11	20	1.61
53242301--53242341	11	3.7	11	80	0	55	56	7	14	21	1.63
53246463--53246499	18	2.1	18	94	0	65	32	24	29	13	1.93
53247996--53248051	28	2.0	28	96	0	103	25	8	14	51	1.70
53250116--53250150	13	2.7	13	90	0	61	31	28	34	5	1.81
53250036--53250223	99	1.9	99	89	0	295	26	19	29	24	1.99
53272961--53273089	46	2.8	46	85	1	168	21	20	24	32	1.98
53289938--53290107	92	1.8	92	96	0	313	28	28	21	21	1.99
53289933--53290104	46	3.7	46	80	11	217	29	27	21	21	1.99
53289935--53290123	46	4.1	46	73	17	151	28	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53290525--53290584	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
53297484--53297653	93	1.8	92	94	1	304	28	28	21	21	1.99
53297479--53297650	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	22	1.99
53298074--53298133	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
53302315--53302486	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
53302308--53302483	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
53309300--53309527	48	4.8	48	74	11	216	27	18	32	21	1.97
53309260--53309527	94	2.8	94	80	10	262	28	19	30	22	1.97
53312571--53312615	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
53315406--53315531	40	3.2	40	84	0	171	34	16	13	34	1.88
53319412--53319494	41	2.0	41	86	4	114	31	16	21	30	1.96
53327708--53327764	15	3.9	15	86	2	80	36	0	10	52	1.36
53328136--53328200	23	2.9	23	75	6	80	15	20	23	41	1.89
53330209--53330299	45	2.0	45	97	0	173	25	19	18	36	1.95
53332051--53332222	46	3.7	46	78	10	179	21	18	30	29	1.97
53332044--53332215	93	1.8	93	88	0	263	22	19	29	28	1.98
53335149--53335198	15	3.4	15	86	2	66	10	18	12	60	1.59
53337578--53337751	45	3.8	45	79	13	212	21	21	28	28	1.98
53337575--53337743	92	1.8	92	93	2	295	21	21	28	27	1.99
53340325--53340442	59	2.0	59	98	0	227	38	22	2	36	1.68
53345642--53345680	18	2.0	20	85	9	55	58	7	0	33	1.26
53346448--53346479	16	1.9	17	93	6	57	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53347209--53347255	24	1.9	25	86	4	69	55	4	4	36	1.39
53347581--53347614	9	3.9	9	92	7	61	91	8	0	0	0.43
53347581--53347614	17	1.9	18	94	5	61	91	8	0	0	0.43
53348328--53348369	22	2.0	22	85	4	59	54	11	2	30	1.49
53348395--53348437	10	4.3	10	78	0	50	65	13	0	20	1.27
53349143--53349227	10	8.3	10	75	19	77	28	0	4	67	1.11
53349143--53349213	23	3.3	21	75	18	74	30	0	4	64	1.12
53349143--53349226	30	2.7	32	83	10	102	28	0	4	66	1.12
53349175--53349247	18	3.9	18	77	12	60	26	0	6	67	1.16
53361407--53361644	49	4.8	49	79	4	262	29	24	18	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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