genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.320.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104024026--104024090	26	2.5	26	72	7	60	24	9	9	56	1.60
104029801--104029834	18	1.9	18	88	5	52	58	8	0	32	1.29
104031860--104031908	26	1.9	26	87	4	73	16	2	30	51	1.56
104032313--104032374	17	3.6	17	70	20	56	50	1	1	46	1.20
104032985--104033027	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
104034313--104034347	18	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
104036355--104036441	42	2.1	41	84	2	111	42	10	5	41	1.63
104037137--104037182	18	2.6	18	86	6	58	58	2	0	39	1.10
104041905--104042002	43	2.3	44	89	3	146	48	13	6	31	1.66
104042022--104042058	19	2.0	18	89	5	56	43	18	2	35	1.65
104046646--104046743	43	2.3	44	84	8	130	48	13	5	32	1.64
104046752--104046792	19	2.2	19	90	0	64	48	19	0	31	1.49
104048465--104048501	18	2.0	19	89	5	58	32	5	13	48	1.65
104052365--104052410	23	2.0	23	100	0	92	26	4	17	52	1.63
104055046--104055112	23	2.7	26	77	17	79	38	32	2	25	1.71
104055060--104055126	23	2.9	23	86	4	91	35	32	2	28	1.72
104055067--104055134	23	3.0	23	85	8	86	35	35	1	27	1.66
104066736--104066764	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
104071073--104071120	24	2.0	24	95	0	87	20	14	29	35	1.93
104075704--104075801	51	1.9	51	91	0	160	30	21	13	34	1.92
104075898--104076227	43	7.6	43	71	10	226	35	21	23	19	1.96
104075898--104076134	86	2.7	84	82	8	271	35	21	23	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104075979--104076217	129	1.9	129	89	3	374	35	22	22	20	1.96
104076106--104076273	89	1.9	89	87	2	250	35	23	22	19	1.96
104078436--104078478	18	2.4	18	80	0	50	27	4	6	60	1.43
104078646--104078688	18	2.2	21	80	16	56	30	2	6	60	1.35
104078710--104078739	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
104083433--104083480	12	3.8	12	74	15	51	20	0	16	62	1.33
104083429--104083485	27	2.1	27	96	0	105	26	0	15	57	1.38
104086264--104086315	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
104087748--104087829	26	3.2	26	96	0	146	35	26	7	30	1.84
104088304--104088357	3	18.0	3	84	0	72	35	3	0	61	1.14
104088449--104088502	21	2.6	21	81	0	72	31	5	7	55	1.51
104090107--104090144	3	12.7	3	94	0	58	31	5	0	63	1.17
104090440--104090486	15	3.1	15	90	0	76	40	0	4	55	1.19
104090440--104090498	30	2.0	31	83	9	79	35	3	3	57	1.32
104091970--104092042	28	2.7	27	83	10	87	26	4	12	57	1.53
104095753--104095788	4	9.0	4	93	0	63	27	25	0	47	1.52
104099375--104099436	32	1.9	32	96	0	115	27	27	19	25	1.99
104101913--104101996	26	3.2	26	93	0	141	32	4	26	36	1.77
104103620--104103744	27	4.7	27	87	6	166	18	24	22	35	1.96
104103620--104103742	54	2.3	54	94	0	219	17	24	22	34	1.96
104103620--104103774	27	5.7	27	80	11	158	18	22	21	36	1.95
104106331--104106388	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104106600--104106631	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
104106726--104106967	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
104106726--104106975	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
104110533--104110616	26	3.2	26	93	0	141	32	4	26	36	1.77
104112240--104112394	54	2.9	53	88	2	213	18	23	21	36	1.95
104112240--104112376	27	5.1	27	85	7	172	17	22	23	36	1.95
104112247--104112394	27	5.5	27	78	16	139	18	23	21	35	1.95
104115835--104115974	70	2.0	70	94	2	246	30	15	15	40	1.87
104115905--104116450	87	6.3	87	92	1	880	28	16	18	36	1.92
104116167--104116201	14	2.5	14	95	0	61	17	17	5	60	1.55
104115905--104116450	175	3.1	174	90	2	889	28	16	18	36	1.92
104116430--104116650	54	4.0	55	92	2	347	29	14	17	38	1.90
104118528--104118572	3	15.0	3	85	0	63	33	4	0	62	1.15
104118661--104118714	21	2.6	21	81	0	72	31	5	7	55	1.51
104119006--104119048	22	1.9	22	86	13	61	30	9	4	55	1.52
104119331--104119434	28	3.8	27	73	13	70	27	4	8	58	1.48
104120191--104120255	32	2.0	32	96	0	121	32	6	23	38	1.79
104123392--104123422	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
104130948--104131011	31	2.0	32	96	3	121	31	6	23	39	1.79
104132489--104132541	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
104135548--104135608	29	2.1	30	81	9	72	29	6	9	54	1.59
104136009--104136046	18	2.1	18	90	0	58	31	0	7	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104140153--104140234	26	3.2	26	98	0	155	36	25	7	30	1.83
104142458--104142498	20	1.9	20	85	14	55	21	4	2	70	1.18
104144420--104144503	26	3.2	26	96	0	150	33	5	25	35	1.80
104149975--104150000	10	2.6	10	100	0	52	30	0	7	61	1.24
104150219--104150276	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
104155221--104155251	16	1.9	16	93	0	53	12	32	12	41	1.81
104155944--104155976	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
104156828--104156858	13	2.4	13	94	0	53	61	3	0	35	1.12
104157268--104157303	18	2.1	16	90	10	54	75	0	2	22	0.94
104157329--104157378	19	2.7	20	81	12	61	72	2	0	26	0.96
104157345--104157385	21	2.0	21	85	9	57	68	7	0	24	1.15
104158407--104158456	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
104163036--104163085	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
104163880--104163918	21	1.9	20	89	5	60	28	33	0	38	1.57
104164008--104164193	36	5.2	36	83	12	235	24	24	9	41	1.84
104163981--104164090	27	3.9	29	87	8	122	25	21	11	40	1.87
104163952--104164154	93	2.1	95	89	8	302	25	24	9	40	1.85
104164008--104164216	66	3.0	66	82	12	242	24	23	10	41	1.86
104164086--104164148	21	3.3	21	62	25	57	25	23	9	41	1.85
104164137--104164163	9	3.0	9	100	0	54	22	22	11	44	1.84
104164147--104164216	30	2.3	30	85	4	88	22	24	12	40	1.89
104168266--104168314	20	2.3	21	82	6	64	67	6	4	22	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104168266--104168314	21	2.3	22	75	10	57	67	6	4	22	1.30
104168950--104169007	24	2.3	25	82	5	73	31	1	3	63	1.21
104169133--104169172	20	2.0	20	86	13	57	65	5	0	30	1.14
104170073--104170111	18	2.2	18	100	0	78	46	10	0	43	1.37
104171787--104171826	19	2.1	19	95	0	71	47	7	45	0	1.31
104175254--104175300	20	2.4	20	92	3	78	59	0	0	40	0.97
104175268--104175307	20	2.0	20	85	0	53	62	0	5	32	1.17
104175543--104175615	29	2.6	27	81	16	78	32	1	1	64	1.11
104180093--104180132	14	2.9	14	80	0	53	65	0	0	35	0.93
104183701--104183746	23	2.0	23	95	0	83	28	13	13	45	1.80
104186176--104186223	25	2.0	23	84	8	60	45	4	0	50	1.21
104186303--104186396	44	2.1	44	90	7	145	36	25	5	32	1.79
104186378--104186449	16	4.5	16	91	0	108	27	26	6	38	1.82
104186446--104186490	20	2.2	20	100	0	90	37	28	17	15	1.91
104189691--104189765	37	2.0	37	92	0	123	34	37	9	18	1.83
104192330--104192369	20	2.0	20	85	9	55	30	30	7	32	1.85
104199698--104199730	16	2.1	16	100	0	66	42	6	12	39	1.67
104204684--104204799	48	2.4	48	82	2	126	23	26	11	38	1.88
104208455--104208502	11	4.2	11	79	10	51	37	0	2	60	1.09
104210319--104210776	46	10.0	46	89	1	607	40	13	23	21	1.89
104211056--104211089	17	2.1	17	94	5	61	50	0	14	35	1.44
104213861--104213905	11	3.9	11	80	11	54	33	2	2	62	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104215740--104216013	46	6.0	46	88	0	352	41	13	22	21	1.89
104216097--104216126	13	2.3	13	94	0	51	30	0	33	36	1.58
104216294--104216326	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
104221993--104222055	30	2.0	32	88	11	96	50	4	0	44	1.23
104222155--104222185	5	6.2	5	92	0	53	19	19	58	3	1.53
104233106--104233163	30	1.9	30	96	0	107	37	27	18	15	1.92
104234387--104234439	22	2.4	22	83	3	61	56	5	0	37	1.23
104236577--104236716	27	5.2	28	90	5	184	35	22	24	17	1.96
104238336--104238445	26	4.2	26	90	4	168	36	24	5	33	1.79
104239983--104240010	10	2.8	10	100	0	56	64	0	17	17	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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